基于16S rDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5%,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1%,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1%;由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9%,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2%;由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicidaS21序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9%。4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近。     

基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定

对分离自肉鸡肠胃的4株芽孢杆菌R1、R2、S1、H1的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在NCBI中通过Nucleotide BLAST查找其同源序列,应用DNAstar的MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V 、Clustal W3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega5.0软件中的最大似然法、邻接法、最小进化法、最大简约法构建系统发育树.序列差异和同源性分析结果显示:由Jotun Hein法可知,H1和R2与Bacillus subtilis DSM10同源性最高,达到100％;R1与B.vallismortis DSM11031同源性最高,达到99.7％;H1与B.subtilis DSM10的同源性为99.9％.由Clustal V法可知,H1与R2同源性最高,达到99.6％;R1与S1同源性最高、为98.7％.由Clustal W法可知,H1与R2同源性最高、为99.7％,R1与S1为99.4％.采用4种方法构建的系统发育树基本一致,可以确立4株鸡源芽孢杆菌的分类地位,R1、S1与B.subtilis BPRIST009、B.subtilis LXB3、B.vallismortis DSM11031之间关系最为亲近;R2、H1与B.subtilis CICC10076、B.subtilis DSM10之间关系最为亲近.     

基于16S rDNA序列的1株灭螺微生物的分子鉴定

从湖南省汨罗市血吸虫防治基地土壤中分离得到1株灭螺活性较强的微生物菌株B59,以B59菌株的总DNA为模板,采用细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增并测其核酸序列,得到1条约1 500 bp的片段。通过Blast软件在Gen Bank中进行同源性检索,将其与同源性较高的菌株的ITS序列进行Clustal X序列差异和同源性分析,分别使用MEGA 6.0软件中的邻接法、Phylip软件中的最大简约法及最大似然法构建系统发育树。结果显示,3种方法构建的系统发育树基本一致,B59菌株与Bacillus cereus的亲缘关系最近,聚为一支,相似度达100%。     

生物学软件在核酸序列比对与系统发育分析中的应用

通过Clustal X2.1、Boxshade、DNAman和MEGA6等软件的使用,介绍了生物学软件在核酸序列比对、着色美化、序列分析和植物系统发育树构建中的应用。并结合具体实例,采用邻接法对核基因组中的内转录间隔区序列进行了构树,进化枝的可信度较高,表明该方法适用于相似度较高、亲缘关系较近序列的系统发育树的构建。     

4个野生灵芝菌株的ITS序列分析

以4个野生灵芝菌株为研究材料,以6个外源菌株为参考菌株,采用MEGA4软件对ITS序列进行NJ法聚类分析,构建系统发育树.结果显示4个灵芝菌株ITS序列与另外6个参考菌株对齐序列长度在357 ～ 369 bp之间,G/C含量变化为43.4％～57.7％;德昌灵芝1#、德昌灵芝4#和通江灵芝亲缘关系最近,遗传距离为0,德昌灵芝3#与它们的遗传距离为0.0029;与4个野生灵芝菌株亲缘关系由近到远分别是韩芝、红芝、灵芝(中国科学院微生物研究所)、黑灵芝、血芝、云芝;结合4个野生菌株的ITS序列分析结果和形态特征,4个菌株被鉴定为灵芝(Ganoderma lucidum)种类的不同株系.     

杂交鲟和匙吻鲟HSP70 cDNA克隆与序列分析

采用RT-PCR法从杂交鲟(♀Huso huso×♂Acipenserschrencki)和匙吻鲟(Polyodonspathula)肝脏RNA克隆获得HSP70基因的全长cDNA(HSP70 cDNA)。所测定的HSP70 cDNA序列与NCBI/GenBank上登载的鲫(GenBank No.DQ872648)同源性最高,杂交鲟和匙吻鲟分别达96%和98%,杂交鲟HSP70序列为382 bp,匙吻鲟为334 bp。将杂交鲟和匙吻鲟与其它脊椎动物HSP70氨基酸序列用DNAstar软件进行相似度比较,鱼类与哺乳动物、两栖类非洲爪蟾之间HSP70氨基酸序列相似度平均值分别为86.2%和86.8%。鱼类之间的氨基酸序列相似度较大,平均为93.8%,表现出较高的保守性。以HSP70核苷酸序列为分子标记,用MEGA4软件中最大简约法(MP)构建了12个物种HSP70系统发育树,识别出3个大的单系类群:杂交鲟、匙吻鲟、团头鲂、鲫、鲤、斑马鱼聚为类群一(bootstrap 96);虹鳟和大西洋鲑聚为类群二(bootstrap 100);人类和褐家鼠类聚为类群三(bootstrap 89)。     

福建正红菇遗传多样性分析

以采自福建省山区的正红菇Russula griseocarnosa为研究材料,进行ITS(internal transcribed spacer)、RPB2(the second largest subunit of the nuclear RNA polymerase enzyme II)保守区段克隆测序和序列同源性比对。将从GenBank中获得的部分红菇属物种ITS和RPB2序列与正红菇序列通过最大简约法进行系统发育分析。基于ITS序列构建的系统发育树表明,福建正红菇与云南大红菌Russula griseocarnosa X.H.Wang,Zhu L.Yang&Knudsen,sp.nov.间序列差异较小,亲缘关系较近,以99%的支持率聚为一簇。福建正红菇与欧洲红菇Russula vinosa及玫瑰红菇Russula rosea间序列差异较大,亲缘关系较远,在系统发育树上聚为不同分枝。基于RPB2序列构建的系统发育树也表明福建正红菇与云南大红菌聚为一簇(支持率94%),而与玫瑰红菇聚为不同分支。     

黄颡鱼致病性维氏气单胞菌的分离鉴定

从发病的黄颡鱼体内分离到1株优势菌RC110724,经人工感染试验证实其对黄颡鱼有较强的致病性.根据分离菌株的形态学特征、生理生化特性,结合16S rRNA序列等综合分析,鉴定该病原菌为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,登录号:KC663719).系统发育树分析表明,分离菌株与维氏气单胞菌的模式菌株ATCC 35624T亲缘关系最近,同源性为99.8％.药敏试验结果显示阿奇霉素、链霉素、呋喃唑酮、庆大霉素、氟苯尼考、恩诺沙星等10种药物对菌株RC110724有较好的抑菌效果.     

纤维素酶产生菌的鉴定及其混合发酵条件优化

分离筛选到的4株纤维素酶活较高的菌株D6、D7、B7和D1,根据形态特征初步判断为3株细菌、1株放线菌,其16S rDNA序列同源性分析结果发现D6、D7、B7与Bacillus sp.的同源性为99%,系统发育树分析与Bacillus sp.遗传关系最近,D1与Streptomyces zaomyceticus的同源性为99%,系统发育树分析与Streptomyces zaomyceticus遗传关系最近;对4株菌株进行单独与混合发酵培养,结果表明菌株组合D6/D7混合培养后的酶活显著高于其单菌培养,其在培养温度37℃、培养基初始pH值为8.0、接种量为2%(V/V)、D6/D7接种比例为2∶1(V∶V)下的酶活最高,可达到79.42 U/mL。     

羊口疮病毒ORFV/GD-QY/01 株的分离鉴定

利用MDBK细胞对广东清远某羊场的痂皮病例进行病毒分离,获得一株ORFV,命名为ORFV/GD-QY/01。参考NCBI羊口疮病毒(Orf virus)保守基因B2L序列,设计一对特异性引物进行PCR扩增后测序;运用序列分析软件对获得的羊口疮病毒株B2L基因核苷酸序列与其他羊口疮毒株进行多序列比对,构建系统发育进化树。结果表明:接种病料悬液的MDBK细胞出现细胞病变,扩增出ORFV B2L基因,该毒株与台湾山羊株(EU935106、DQ904351)相似性最高(均为99.2%),亲缘关系最近。     

斑马鱼肠道细菌的16S rDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析

为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S r DNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16S r DNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16S r DNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S r DNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S r DNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。     

乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成

[目的]了解乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成,以及嗜盐微生物的分离鉴定.[方法]梯度稀释乌鲁木齐10号冷泉水,采用TSA、2A、0.1 ×LB、HM等4种培养基进行分离纯化.其中采用0.1;、0.5;、1;、2;、5;和10; NaCl的HM培养基分离嗜盐微生物.CTAB法提取所得菌株DNA,用细菌通用引物27F/1492R扩增16SrRNA基因,构建系统发育树.[结果]分离得到33株不同基因型细菌,16SrRNA测序、BLAST比对及系统发育分析将其归为假单胞菌属、金黄杆菌属、红杆菌属、芽孢杆菌属等,其中假单胞菌属占优势.R2A培养基分离效果较好,HM培养基在NaCl 5;～20;区间分离到的菌株数较多.[结论]乌鲁木齐10号冷泉水可培养细菌多样性较低,而中度嗜盐菌数量较丰富.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

泡菜中两株乳酸菌的分离鉴定及其混合培养初探

从自然发酵的泡菜中分离到两株耐酸性乳酸细菌BL1和BL2。两种乳酸菌在MRS发酵培养基中发酵24 h,发酵液pH值可以降到3.5以下。根据形态和生理生化特征,将两种乳酸菌初步鉴定为乳杆菌属(Lactobacillus sp.)的细菌。采用PCR技术,分别克隆了菌株BL1和BL2的16S rDNA基因,然后递交到NC-BI网站,获得NCBI核酸序列号HM800503和HM800504。经BLAST序列比对,结果表明BL1和BL2分别与乳杆菌L.perolens和L.rhamnosus的同源性最高,均达到99%。菌株BL1和BL2混合培养时,可以互相促进生长。     

毛竹根部解磷细菌的筛选及多样性研究

本研究对毛竹(Phyllostachys pubescens)根部(包括根际、根面及内生细菌)解磷细菌进行了筛选,并通过16S rDNA序列分析对其多样性进行了初步研究。从179株毛竹根部细菌中筛选出26株解磷细菌,包括14株根际细菌、8株根面细菌、4株内生细菌。其中,芽孢杆菌BK24的解磷活性最高,其解磷活性达到369.06 mg/L。16S rDNA序列分析表明:26株解磷细菌中,13株属于厚壁菌门(Firmicutes,50.00%),5株属于变形菌门β亚群(Betaproteobacteria,19.23%),4株属于变形菌门γ亚群(Gammaproteobacteria,15.38%),4株属于放线菌门(Actinobacteria,15.38%)。芽孢杆菌属(Bacillus,38.46%)和伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia,19.23%)为优势菌属。     

长江下游4属6种鳞科鱼类线粒体16S rDNA部分序列的比较分析

采用PCR扩增获得了长江下游鲿科(Bagridae)4个属6个种类的线粒体16S rDNA序列片段。序列长度介于920 bp与933 bp之间,A+T含量明显高于C+G含量。共有939个比对位点,其中190个为变异位点;52个为简约信息位点。以大鳞脂鲤(Chalceus macrolepidotus)为外群,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)分析鲿科4属6种鱼类的系统发生关系。结果表明,16S rDNA序列可以作为鲿科属间系统发育分析的有效分子标记。聚类结果显示,鲿科鱼类构成一个单系类群,其中鳠属(Mystus)较特化,黄颡鱼属(Pelteobagrus)次之,而拟鲿属(Pseud-obagrus)与鮠属(Leiocassis)的亲缘关系最近。     

艾叶内生放线菌的分离、系统发育及相关特性研究

从艾叶药用植物中共分离得到19株内生放线菌,对这些菌株分泌胞外淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶和纤维素酶特性以及拮抗农作物病原菌和人类病原菌活性进行了研究,并对部分活性菌株进行了16SrDNA系统发育分析。结果表明:在这19株内生放线菌中,具有产胞外淀粉酶活性的菌株11株,产蛋白酶活性的菌株11株,产纤维素酶活性的菌株8株;拮抗活性试验显示,有2株菌对禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)、水稻胡麻斑病菌[Bipolaris oryzae(Breda deHaan)Shoem]和肠球菌(Enterococcus sp.)具有拮抗活性,3株菌对耐青霉素类金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)具有拮抗活性。对其中的3株菌进行了16SrDNA系统发育分析,该3株菌均属于糖霉菌属,菌株IF11、IXS和IF22均同时与Glycomyces mayteni YIM61331T、Glycomyces sambucusE71T、Glycomyces scopariae YIM56256T亲缘关系最近,序列相似性分别为98.3%、98.3%和98.1%。     

西北地区马铃薯软腐病和黑胫病致病菌鉴定及特性分析(英文)

西北地区是我国马铃薯的重要产区，为了鉴定来自青海、甘肃、宁夏、陕西和内蒙古自治区的马铃薯软腐和黑胫致病菌，利用 16S rDNA序列对来自中国 5个省（自治区）的 48 株马铃薯致病菌株和28株参比菌株进行系统发育分析。基于菌株的形态学特性、培养性状和生理生化特性、16S rDNA 序列以及特殊基因序列分析进行鉴定，利用块茎接种法测定不同菌株之间的致病性差异。pel特异性引物表明，48株细菌均具有果胶溶解特性。其中16个菌株为胡萝卜果胶杆菌胡萝卜亚种（Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum），频数为31.25%，30个菌株为黑腐果胶杆菌（Pectobacterium atrosepticum），频数为64.50%。16S rRNA基因序列的系统发育分析表明，Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum与Pectobacterium atrosepticum分别与其他Pcc和Pa菌株聚集成明显的类群，自举支持值分别为97%和99%。致病性测定显示不同分离菌株浸渍块茎的水平不同。分离的Pcc和Pa菌株的块茎浸渍水平低于标准菌株。西北地区马铃薯软腐和黑胫的病原菌分别为Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum与Pectobacterium atrosepticum。     

聚维酮碘对气单胞菌的抑菌杀菌效果研究

[目的]研究聚维酮碘作为一种水产养殖上常用的消毒剂对气单胞菌的抑菌杀菌效果。[方法]以气单胞菌属标准株ATCC7966和分离自患病鱼及养殖环境的气单胞菌为试验菌株,通过肉汤二倍稀释法研究聚维酮碘的抑菌杀菌作用。[结果]聚维酮碘在低浓度时能抑制气单胞菌的生长增殖,高浓度时杀灭细菌,其对Aeromonas sp. T1、Aeromonas sp. T2、Aeromonas sp. T4菌株的最小抑菌浓度为125. 00mg/L,最小杀菌浓度为4.00g/L;其对ATCC7966、Aeromonas sp. T3、Aeromonas sp. T5、Aeromonas sp. T6菌株的最小抑菌浓度为250.00 mg/L,最小杀菌浓度为8.00 g/L。[结论]为聚维酮碘的合理使用提供了一定的依据。