华南虎绦虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与序列分析

以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关绦虫ITS序列进行对比分析,结果显示,采自广州动物园华南虎的2条绦虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为1387bp,序列相似性为100%,与猬迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei)、舌形属绦虫(Diphyllobothrium ligula)、宽节双叶槽绦虫(Diphyllobothriumlatum)的ITS及5.8S rDNA序列相似性分别为96.7%、66.5%、71.5%,结果显示,此次分离的绦虫属于迭宫属的猬迭宫绦虫,所测得的华南虎猬迭宫绦虫的ITS序列为首次报道。     

黄鳝大型多钩槽绦虫cox1基因的多态性研究

为阐明黄鳝大型多钩槽绦虫渝西地区分离株线粒体基因细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)的遗传变异情况,本试验对黄鳝大型多钩槽绦虫cox1序列进行PCR扩增、克隆、测序及序列分析,并与GenBank中已知绦虫相应基因序列进行比较分析.结果显示渝西地区6个样品cox1碱基序列长度一致,均为444bp.同源分析发现渝西地区不同分离株间的同源性较高,为97.3%~100%,而6个大型多钩槽绦虫分离株与GenBank中收录的其他绦虫相比,同源性较低,为10.1%~12.1%.由于大型多钩槽绦虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可以作为种间遗传变异研究的标记.     

水牛垂体催乳素cDNA的克隆与序列分析

根据GenBank中报道的几种哺乳动物催乳素（PRL）基因序列，设计1对特异性引物。从广西本地水牛脑垂体中提取总RNA，利用RT—PCR技术扩增水牛PRLeDNA全序列，并连接到pMD18-T载体，经PCR和酶切鉴定的阳性克隆进行测序，测定结果表明：该eDNA开放阅读框（ORF），长度为690bp，编码氨基酸为229个，其中前19个氨基酸为信号肽。用NCBI上的Blast功能将测序结果同GenBank已发表的序列进行比对，具有很高的同源性，其中与牛属动物同源性最高，达98．4％，证明所克隆的序列为水牛PRLeDNA全序列，已提交到GenBank（登陆号：EF054878）。本研究成功克隆水牛PRLeDNA全序列，为下一步构建原核表达载体、表达体外蛋白，以及进一步研究其生物学功能奠定了基础。     

5种植物花瓣ACS基因的克隆与分析

分析已发表的植物1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC）合成酶（ACS）基因序列,设计一对简并引物,在随机选择的非洲菊、月季、桂花、茶梅和山茶等5种植物花瓣cDNA中进行PCR扩增．结果表明,在5种植物花瓣中都能扩增出约800bp的特异片段,登录GenBank发现均未被注册,因此将序列提交到GenBank并获得了序列号．在NCBI上进行Blast比对,发现所克隆的5个Acs基因均与其他植物花瓣的ACS基因有一定的序列相似性,最高达94％,最低为80％．将5个ACS基因的片段进行多序列比较分析,发现茶梅ACS基因与山茶ACS基因的序列差异最小,序列相似性达99％．本试验设计的ACS基因简并引物在植物中有一定的通用性,后续可以适当调整引物的简并度,以得到高通用性的简并引物．     

猪核转录因子C/EBPβ基因3′末端部分序列的克隆

[目的]研究猪核转录因子C/EBPβ,扩增C/EBPβ3′非翻译区（3′UTR）部分序列。[方法]以报道的猪C/EBPβ基因片段（DQ450678.1）为模板设计引物,应用3′末端快速扩增技术（3′RACE技术）进行扩增。[结果]成功克隆猪核转录因子C/EBPβ的3′UTR,并获得GenBank登录号：FJ869121。[结论]与GenBank中报道的其他哺乳动物相应序列进行比较分析,猪核转录因子C/EBPβ的3′UTR序列与人C/EBPβ基因核苷酸序列BLAST比对,同源性为93%,为克隆其基因组全长及分析其功能奠定了基础。     

一株大凉疣螈肠道弗氏柠檬酸杆菌的分离及其药敏试验

首次从大凉疣螈（Tylototriton taliangensis）肠道分离获得弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）,利用分子生物学方法对其16SrD—NA进行了扩增测序,并与GenBank中已有的有关序列进行比较,进行了系统发育分析．．测序结果表明,16SrDNA与GenBank中序列同源率在98％～99％,分离的菌株与GUl26681（C．freundii MRB0903）处于同一分支中;序列同源性及系统发育树表明,此菌为弗氏柠檬酸杆菌;药敏试验表明,弗氏柠檬酸杆菌对氨苄西林及头孢噻吩中介,对其余药物均敏感。     

口蹄疫病毒R株基因组序列分析研究

根据GenBank上发表的口蹄疫（foot-and-mouth disease，FMD）全基因序列数据，设计了多对引物，采用RT-PCR的方法，分别对R株编码区和非编码区基因进行扩增，将各片段克隆至pMD18-T载体，进行核苷酸序列测定．按顺序拼接各基因的序列，将结果序列与GenBank上各FMDV毒株的序列进行比较和同源性分析．序列的比较和分析表明，R株编码区全长为6966个核苷酸，共编码2322个氨基酸；非编码区5’端内部核糖体结合位点（intemal ribosome entry site，IRES）长约450个核苷酸，3’非翻译区（untranslatable region，UTR）从TAA始至Poly（A）前长度为94个核苷酸，所测出Poly（A）尾长度为18个核苷酸．与GenBank世界流行毒株的序列比较，编码区核苷酸序列同源性为88％～90％，推导氨基酸序列同源性为88％～95％．     

四川蓝耳病病毒同源性分析

本文依据GenBank上所收录的猪繁殖与呼吸综合症(PRRS)所有ORF5序列信息,通过以地域为依据进行划分,并选取各地代表菌株的此段序列,通过clustalx、MEGA、treeview等程序,对其进行了序列比对,并以此建立起系统发育树分析四川高发蓝耳病病毒毒株的种属属性.研究结果证实,四川发生繁殖与呼吸综合症病毒毒株系美洲株系.同时也通过对所收录的两条四川不同毒株0RF5序列进行的比较,证实了猪繁殖与呼吸综合症病毒毒株其ORF5序列的高变异性.     

桃果肉近核色素copia-like反转录转座子序列分析及分子标记的建立（英文）

通过对与桃果实近核色素紧密连锁的SRAP标记Me07Em02扩增得到的片段进行了验证、回收、测序和分析,并登录桃基因组Peach v1.0进行比对,获得部分copia-like反转录转座子的部分序列,应用DANMAN和DNASTAR序列分析软件辅助,在桃基因组数据库和GenBank中进行BLASTn比对获得了桃copia-like反转录转座子的全基因组序列,位于Peach v1.0基因组的Scaffold-1的9 939 764～9 944 771 bp位置,全长5 008 bp,其左右两边的长末端重复序列(LTR)完全一致,长度为444 bp,其最大开放阅读框(ORF)位于该序列的487～4 545bp,编码1 535个氨基酸,将该氨基酸序列提交到GenBank中进行Protein BLAST比对,结果显示该序列也具有典型的copia-like反转录转座子的氨基酸序列特征。同时初步建立了桃反转录转座子标记方法,并对桃的遗传多样性进行了分析。     

禽A类传染病毒力检测软件的开发

运用生物信息学软件对GenBank中收录的30株禽流感病毒（AIV）和30株新城疫病毒（NDV）全基因组序列间的差异,以及对应的HA基因片段和F基因片段上的差异进行了分析,发现2条片段上均存在保守序列,该保守序列可作为区分禽流感病毒和新城疫病毒的指纹序列;设计2对扩增简并引物,建立RT-PCR-Sequence技术,并获取目的基因片段序列。在此基础上,开发出禽A类传染病毒力检测软件,通过对该指纹序列的分析,不仅可以区分AIV和NDV,还能同步测定这些病毒的毒力情况。该技术对AIV和NDV标准株的测定结果与已知信息完全吻合,并能准确判定测序错误的基因序列。