Cloning and Sequence of Glycoprotein H Gene of Duck Plague Virus

The glycoprotein H （gH） gene homologue of duck plague virus （DPV） was cloned by degenerate polymerase chain reaction （PCR） and sequenced. It was located immediately downstream from the thymidine kinase gene （TK）. In addition, the 3＇-end of the gene homologue to herpesvirus UL21 was located downstream from the gH gene. DPV gH gene open reading frame （ORF） was 2 505 bp in length and its primary translation product was a polypeptide of 834 amino acids long. It possessed several characteristics of membrane glycoproteins, including an N-terminal hydrophobic signal sequence, an external domain containing eight putative N-linked glycosylation sites, a C-terminal transmembrane domain, and a charged cytoplasmic tail. Comparison with other herpesvirus revealed identities of 20.2, 25.1, 23.0, 23.0, 26.5 and 26.0% with the gH counterparts of the human herpesvirus virus 1 （HSV1）, equine herpesvirus 4 （EHV4）, bovine herpesvirus 1 （BHV1）, pseudorabies virus （PRV）, gallid herpesvirus 2 （GHV2） and gallid herpesvirus 3 （GHV3）, respectively.     

伪狂犬病病毒Min-A株TK基因的克隆与序列分析

参考GeneBank收录的伪狂犬病病毒TK基因的序列设计了1对引物,对PRV Min-A株进行了PCR扩增,扩增产物克隆于pGEM-T Easy载体．对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,证实了克隆片段的可靠性．测序结果表明目的片段包含1个957bp的开放性阅读框(ORF),编码318个氨基酸组成的多肽．在TK ORF上游-22,-166,-199位存在3个GC框样序列,在终止密码子下游第110个核苷酸处的l306位存在有多聚腺苷加尾信号．PRV Min-A株与PRV Ea株、NIA-3株TK的核苷酸同源性分别为98．4％,97．9％;推导氨基酸的同源性分别为97．8％,97.2％．通过对α疱疹病毒TK氨基酸进行多序列比较．获得了在PRV TK氨基酸序列上的6个保守区间．推测这些保守氨基酸对于胸苷激酶(TK)结构的稳定性和催化活性的发挥是必需的。     

传染性喉气管炎病毒河南株TK基因的克隆与序列分析

根据传染性喉气管炎病毒TK基因的核苷酸序列设计并合成一对引物,利用该对引物PCR扩增出鸡传染性喉气管炎病毒河南株ILTV-CGI、LTV-XY及以色列疫苗株TK全长片段,并进行克隆、测序。结果显示3株ILTV的TK基因全长均为1 183 bp,包含一个开放性阅读框(1 092 bp),编码363个氨基酸的多肽;3株ILTV TK基因核苷酸序列完全一致,并与GenBank收录的ILTV美国632强毒株、北京E2株TK基因完全一致,而与山东烟台株、英国Thorne强毒株和英国216株TK基因核苷酸同源性均为99.5%,与其他疱疹病毒TK基因核苷酸同源性在19.1%～27.2%之间。分子进化分析揭示了各毒株间的亲缘关系。     

玉米矮花叶病病原河北株系的分子鉴定和外壳蛋白基因的序列分析

从河北省石家庄地区田间表现典型的矮花叶症的玉米病叶中得到分离物MD-HB,按照报道的马铃薯Y病毒属CP基因前后保守区序列的比较,设计合成了一对引物,采用RT-PCR法扩增了1 2kb的全长外壳蛋白(CP)和病毒基因组的3′末端非编码区(3′-URT)的cDNA序列,将其克隆到pGEM-T载体上,并进行序列分析。结果表明,CP基因由939个碱基组成,编码313个氨基酸并含有与蚜虫密切相关的DAG(Asp-Ala-Gly)序列。Nib/CP基因交界处的蛋白酶切位点为Q/S。与侵染禾本科作物的马铃薯Y病毒属甘蔗花叶病毒亚组的4种病毒代表株系甘蔗花叶病毒(SCMV-Ger)、SCMV-MDB、玉米矮花叶病毒(MDMV-A)、高粱花叶病毒(SrMV-H)和约翰逊草花叶病毒(JGMV-O)对应的序列进行比较,结果核苷酸序列的同源性依次为94 4%、84 3%、67 5%、74 2%和60 1%,氨基酸序列的同源性依次为95 5%、87 9%、67 1%、70 3%和58 8%;另一方面,此病毒分离物与来自甘蔗的SCMV株系SCMV-A和MDMV-SC的核酸序列及氨基酸序列的同源性分别为82%、81 1%和83 1%、82 8%,说明它们具有较远的亲源关系。认为应将我国SCMV玉米分离物单独从SCMV划分出来,作为SCMV亚组的一个新病毒种而不是SCMV的一个株系。     

鸡传染性喉气管炎病毒长葛株gE全基因的克隆与序列分析

[目的]防治鸡传染性喉气管炎,减少该病对养鸡业造成的损失。[方法]参考GenBank收录的传染性喉气管炎病毒gE基因序列设计并合成1对引物,以ILTV河南长葛株DNA为模板,PCR扩增出一条1 550 bp的特异性条带,并克隆至pGEM-T载体上。经PCR扩增、酶切鉴定,得到含gE基因重组质粒,并对重组阳性质粒进行序列测定。[结果]与GenBank收录的传染性喉气管炎病毒gE基因和其他部分疱疹病毒gE基因序列进行比较,发现传染性喉气管炎病毒间的核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.9%、99.8%;与其他动物疱疹病(MDV、CHV、PRV、EHV的gE基因)毒核苷酸的同源性分别为25.6%、23.9%、28.3%、26.1%。[结论]不同ILTV毒株之间gE基因差异甚小,gE基因比较保守,但与其他动物疱疹病(MDV、CHV、PRV、EHV的gE基因)毒核苷酸的同源性较低。该研究为gE基因的功能研究提供了依据。     

红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因的电子克隆及序列分析

[目的]采用电子克隆技术克隆红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因,并应用生物信息学技术分析其推导氨基酸的序列特征,为进一步探索其在免疫功能中的作用奠定基础.[方法]以斑马鱼的组织蛋白酶L核苷酸序列(Y08321.1)为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLASTn分析,将检索到的匹配结果进行碱基3′端及5′端的适当延长,用DNAssist预测其编码信息;然后从GenBank获取若干物种组织蛋白酶L序列,用DNASTAR软件进行比对.[结果]红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因全长2005 bp,含7个外显子和6个内含子;包含编码336个氨基酸的开放阅读框(1011 bp);其推导的氨基酸序列具有组织蛋白酶L所特有的氨基酸保守结构域(ERWNIN和GNFD)及由Cys25、His159和Ash175残基组成的保守活性位点,与青鳉、鲤鱼的组织蛋白酶L基因具有较高的序列一致性.[结论]红鳍东方鲀组织蛋白酶L的一些结构域和催化活性位点在进化过程中比较保守,与鱼类物种来源的组织蛋白酶L在氨基酸水平上一致性较高,在进化上亲缘关系较近.     

传染性喉气管炎病毒烟台株TK基因序列测定及TK蛋白功能初步分析

根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)美国632株TK基因序列设计并合成1对引物,以ILTV烟台株DNA为模板扩增了TK基因,并对其进行了序列测定。将ILTV烟台株的TK基因和TK蛋白分别与ILTV美国632株,英国T horne株,B e ijing E 2株,BHV-1,EHV-1,EHV-2,FHV-1,HHV-1,HHV-2,HHV-3,HHV-4,HVT,M DV-1,M DV-2,PRV和SHV-2的TK基因和TK蛋白比较后发现,其TK基因的核苷酸和TK蛋白的氨基酸同源性分别为24.6%~99.5%和15.1%~98.9%,表明不同ILTV毒株之间TK基因和TK蛋白相对保守,但与其他α-疱疹病毒的TK基因和TK蛋白同源性则较低。     

Primary structure of v-raf: relatedness to the src family of oncogenes

A replication-defective, acute transforming retrovirus (murine sarcoma virus 3611) was isolated from mouse and molecularly cloned. The nucleotide sequence of 1.5 kilobases encompassing the transforming gene (v-raf) was determined. This sequence, which predicts the amino acid sequence of a gag-raf fusion protein, terminates 180 nucleotides from the 3' end of the acquired cellular sequence. Comparison of the predicted amino acid sequence of v-raf with the predicted amino acid sequences of other oncogenes reveals significant homologies to the src family of oncogenes. There is a lack of homology within the sequence of the tyrosine acceptor domain described for the phosphotyrosine kinase members of the src family of transforming proteins. Phylogenetic arrangement of this family of oncogenes suggests that tyrosine-specific phosphorylation may be a recently acquired activity.     

花生种皮中一种NBS类抗病基因的克隆与序列分析

利用植物抗病基因核苷酸结合位点（NBS）的保守区设计一对特异引物,以抗、感黄曲霉病花生品种J11和金花1012的种皮基因组DNA和RNA为材料进行DNA-PCR和RT-PCR扩增,经克隆、测序,得到一条504 bp的目的片段pnbs1,在GenBank上的登录号为GQ199610。Blast和Blastx分析发现pnbs1核苷酸序列与C8V1G10F抗性蛋白的核苷酸序列的同源性为89%,与抗性蛋白PLTR的氨基酸序列同源性为59%。该片段的氨基酸序列中含有抗病基因NBS区域的3个保守模体：GPGGVGKTT、KKFFIVLDDVW和STILLTTR,推测pnbs1可能是花生NBS类抗性基因的核心区域。     

Sequence of the alpha subunit of photoreceptor G protein: homologies between transducin, ras, and elongation factors

A bovine retinal complementary DNA clone encoding the alpha subunit of transducin (T alpha) was isolated with the use of synthetic oligodeoxynucleotides as probes, and the complete nucleotide sequence of the insert was determined. THe predicted protein sequence of 354 amino acids includes the known sequences of four tryptic peptides and sequences adjacent to the residues that undergo adenosine diphosphate ribosylation by cholera toxin and pertussis toxin. On the basis of homologies to other proteins, such as the elongation factors of protein synthesis and the ras oncogene proteins, regions are identified that are predicted to be acylated and involved in guanine nucleotide binding and hydrolysis. Amino acid sequence similarity between T alpha and ras is confined to these regions of the molecules.     

桃基因组中R类抗病基因同源序列的克隆与序列分析

许多抗病基因均具有核苷酸结合位点(NBS)和富含亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR型抗病基因蛋白质的保守序列,设计简并引物,用以扩增桃基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到4个NBS-LRR类抗病基因同源片段(PNBS1、PNBS2、PNBS3、PNBS4)。推导的氨基酸均具有P-loop(激酶1a)保守区和中间的激酶2a、激酶3a保守区,除PNBS4外,均具有3端疏水结构域。它们与已克隆的N、L6、PRS2 等抗病基因在核苷酸水平上的同源性为21 1%~58 8%;在氨基酸水平上的同源性为18 8%~41 4%。这些抗病基因同源片段(RGA)可做为分子标记筛选桃的抗病候选基因。     

柚cDNA中NBS-LRR类R基因同源序列的分离

 提取柚花柱的总RNA，通过逆转录合成其cDNA，根据已知植物抗病基因（R基因）的NBS保守区设计简并引物，对cDNA进行扩增，获得大小约为500 bp的PCR产物，对连接产物进行酶切归类，筛选得到不同类别的克隆12个，并进行了测序。通过序列同源比较分析发现，其中有10个片段属于NBS-LRR类抗病基因的同源序列（RGA），与已知植物R基因相应区段的氨基酸序列的同源性为11.5%～47.1%。     

海南普通野生稻STK类抗病基因 同源序列的分离与分析

根据植物STK 抗病基因的保守区域设计简并引物,以海南普通野生稻基因组DNA 为模板进行PCR 扩增,通过T/A 克隆、测序和序列分析, 共获得5 条具有连续ORF 的STK 抗病基因类似物（RGAs）序列,核苷酸序列间的相似性系数为37.82%耀99.25%,相应氨基酸序列间的相似性系数为31.28%耀98.86%。氨基酸序列结构分析表明,它们都具有STK 保守结构域,与已克隆的STK 类抗病基因有不同程度的相似性,为进一步克隆海南普通野生稻中的STK 类抗病基因提供依据。     

鸭瘟病毒河南株gI基因的克隆与测序

参考GenBank中鸭瘟病毒gI基因序列设计并合成引物,以鸭瘟病毒河南分离株DNA为模板进行PCR扩增,将扩增片段克隆至PGEM-T载体上,得到含gI基因重组质粒。经酶切鉴定,并对重组阳性质粒进行序列测定。结果表明,获得的片段含鸭瘟病毒gI基因,全长1 089 bp,与已报道的其他疱疹病毒gI基因具有较高的同源性,编码432个氨基酸,蛋白分子质量为39.7ku、等电点(PI)为6.06。     

猪围脂滴蛋白基因cDNA部分片段的克隆及序列分析

采用比较基因组学和简并PCR方法,根据人、小鼠和大鼠等物种PLIN基因的序列,设计简并引物,克隆了猪PLIN基因包括起始密码子的部分cDNA序列,大小为978 bp(GenBank登录号为EU416277)。该序列与人和小鼠相应序列的相似性分别为87%和83%,编码325个氨基酸,具有1个PAT-1结构域、2个蛋白激酶A位点和1个富含谷氨酸的酸性基序,预测的氨基酸序列与人、小鼠、牛和绵羊相应区域序列的相似性分别为87%,82%,86%,86%。该基因的克隆为进一步研究其功能奠定了基础。     

泥鳅和大鳞副泥鳅细胞色素P450c17-Ⅰ(CYP17-Ⅰ)基因的克隆及组织表达分析

采用3'-和5'-RACE法克隆了泥鳅和大鳞副泥鳅CYP17-Ⅰ基因的cDNA全长序列,通过实时荧光定量PCR技术分析其表达情况。结果表明,泥鳅CYP17-Ⅰ基因cDNA全长1 706 bp,开放阅读框(open reading frame, ORF) 1 563 bp,编码520个氨基酸;大鳞副泥鳅CYP17-Ⅰ基因cDNA全长1 763 bp,ORF长1 545 bp,编码514个氨基酸。2种鳅CYP17-Ⅰ氨基酸序列都有1个信号肽、1个跨膜区、1个保守的蛋白结构域和3个功能保守区。相似度分析显示,2种鳅之间CYP17-Ⅰ相似度为99%,与其他鱼类的相似度也超过70%。系统进化分析显示,2种鳅之间关系最为接近,其系统发育关系基本符合传统的分类地位。qRT-PCR结果显示,CYP17-Ⅰ在2种鳅的肠、肌肉、心脏、胃、肝脏、精巢、卵巢、脾脏等8个组织均有表达,在精巢和卵巢中表达量相对较高。     

猕猴桃果实L-半乳糖内酯脱氢酶和脱氢抗坏血酸还原酶cDNA片段的克隆与序列分析

克隆猕猴桃果实L-半乳糖内酯脱氢酶(GalLDH)和脱氢抗坏血酸还原酶(DHAR)基因,可为揭示猕猴桃高抗坏血酸(AsA)含量的分子机制奠定基础。研究以猕猴桃果实为材料提取总RNA,采用RT-PCR法,克隆出L-GalLDH基因的cDNA片段857 bp和DHAR基因的cDNA片段594 bp并测序,根据测序结果推测其氨基酸序列,并与刺梨、拟南芥、花椰菜、甘薯和草莓等植物的GalLDH基因和DHAR基因氨基酸序列进行亲缘分析。结果表明,猕猴桃GalLDH基因氨基酸序列和核苷酸序列与刺梨的相似性高达88%,其在同源基因进化关系树中单独聚为一类;DHAR基因氨基酸序列和核苷酸序列与苹果的相似性高达98%和99%,两者在进化关系上聚为一类。可知克隆到的2个核苷酸片段确为猕猴桃L-GalLDH和DHAR基因cDNA片段,同源基因植物亲缘关系聚类与传统的形态分类有一定的差异。