关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。     

攀西地区黑山羊mtDNA D-loop区遗传多态性研究

对攀西地区9个黑山羊类群线粒体mtDNA D-loop区序列多态性及系统进化进行探讨。结果表明:群体间共有多态位点178个,单一多态位点47个,简约信息位点131个,平均核苷酸歧义度为0.03500,有53种单倍型,说明遗传多样性丰富;而通过构建黑山羊系统树可以看出,9个类群黑山羊明显分为3支系,即支系A～C。进而揭示黑山羊是多母系起源。     

东亚4个黑山羊群体mtDNA D-环遗传多样性及其起源

为了研究地方山羊品种的起源与分化,了解其遗传背景,为山羊资源的合理利用提供基础资料,利用PCR产物直接测序法对3个中国黑山羊群体和1个韩国黑山羊群体共39个个体的mtDNAD-环部分序列进行了测定和分析。测定的序列经排列比对后选取441bp分析,发现了55个多态位点,单一多态位点11个,简约信息位点44个,确定了29种单倍型,单倍型多样度为0.984。构建系统发育树将29种单倍型分成了明显的3个分支,角猾羊聚入A分支。同时利用群体间的单倍型的错配分布和遗传距离分析了各群体的亲缘关系。结果表明:4个黑山羊群体遗传多样性丰富,至少拥有3个不同的母系起源,角猾羊是家山羊的一个母系祖先。     

不同四川黑山羊品种mtDNAD-loop区遗传多样性分析

[目的]从分子水平上探讨四川4个黑山羊品种的遗传多样性和亲缘关系,为黑山羊品种的保护及合理利用提供理论依据。[方法]采用mtDNA多态性标记对四川4个黑山羊品种D-loop序列多态性进行分析。[结果]供试黑山羊品种mtDNAD-loop片段长度为1210～1212bp,共检测到5种单倍型,群体间共有多态位点65个,单一多态位点33个,简约信息位点32个,平均核苷酸歧异度为0.001518,D-loop序列多态性较贫乏;经聚类分析,乐至黑山羊和金堂黑山羊首先聚在一起,后与建昌黑山羊聚合,最后和自贡黑山羊聚在一起。[结论]4个黑山羊品种的mtDNA遗传多样性贫乏,分化程度低;聚类分析结果与品种来源和生态地理分布相一致。     

中国山羊mtDNA D-loop遗传多态性研究

[目的]研究中国山羊mtDNA D-loop遗传多态性。[方法]测定了中国7个山羊品种共计107个个体的线粒体DNA D-loop部分序列。[结果]共检测到112个变异位点,其中转换为200个,颠换为9个;界定了77条单倍型,其中有58条为各品种独享单倍型,另外19条为群体内和群体间的共享单倍型。通过构建的中国山羊系统树可以看出,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型可分为支系A、B、C和D4个支系。[结论]揭示了中国山羊是多母系起源。     

山西太行黑山羊mtDNA D-Loop区遗传多样性分析

山西太行黑山羊是一个重要的地方品种。为深入研究保种群遗传多样性,选择35只个体的线粒体DNA D-Loop区进行了测序和多态性分析。结果显示,山西太行黑山羊的D-Loop区序列长度为1 211～1 215 bp,A、T、C、G的含量分别为31.82%、28.44%、26.22%和13.52%,富含A/T碱基;共发现多态性位点113个,34种单倍型,单倍型多样性为0.998;山西太行黑山羊与辽宁绒山羊、黄淮山羊和戴云山羊的遗传距离最小(0.014),与安哥拉山羊的遗传距离最大(0.029)。构建的系统发育树显示,20个山羊群体分为4个不同的支系。山西太行黑山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,选育程度较低。研究结果可为山西太行黑山羊遗传资源保护、选育和开发利用提供参考。     

中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源

对中国 5 个家驴品种 89 个个体 mtDNA Cytb 基因的全序列进行分析,共检测到 26 种单倍型 30 个多态位点,其单倍型多样度为 0.722～0.826,核苷酸多样度为 0.0042～0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富.构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系.     

滇东南水牛线粒体DNA控制区遗传多样性分析

 为了从母系遗传角度阐明滇东南水牛的群体遗传特征,本文采用PCR产物直接测序的方法对随机采集的35头滇东南水牛样品的线粒体DNA控制区序列进行了检测,并结合已发表的数据对所得序列进行了群体遗传和系统发育分析。结果在滇东南水牛中共检测到47个核苷酸多态位点,其中单一变异位点8个,简约信息位点39个,共定义了17种单倍型。在所分析的滇东南水牛序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别为28.00%,25.5%,31.7%,14.8%,单倍型多样度为0.815±0.066,核苷酸多样度为0.01134±0.00306,序列间平均核苷酸差异数是9.926,群体内遗传距离为0.011±0.002。系统发育和遗传差异分析显示：滇东南水牛与河流型水牛存在较大差异,检测的所有个体均属于沼泽型水牛mtDNA世系,但其由A和B两个支系组成,B支系又可进一步分为B1和B2两个亚支系。结果表明,滇东南水牛mtDNA遗传多样性较低,其存在两个母系血统来源,受河流型水牛基因渗入较小。     

河南省3个山羊品种mtDNA D-loop区的序列变异与系统发育关系研究

对河南省3个山羊品种(槐山羊、伏牛白山羊、牛腿山羊)共计27个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列进行了PCR扩增和测序分析。检测到98个变异位点,19个单倍型,平均核苷酸差异数(K)为18.13,核苷酸多样度(Pi)为1.65%,单倍型多样度(Hd)为0.92;4种碱基A、T、C、G的频率分别为31.1%、28.9%、25.8%和14.2%;多态位点的突变类型以转换为主;构建的NJ进化树分为3枝,槐山羊、伏牛白山羊、角羊骨羊和部分牛腿山羊聚为一枝,部分牛腿山羊单独聚为一枝,作为外群的捻角山羊单独为一枝。河南省3个山羊品种遗传多样性丰富,支持山羊品种的多起源说。     

云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析*

 为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明：文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。      

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种,共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现12个变异住点,观察到10种单倍型;2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％,核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等;贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。     

贵州黑山羊IL-2基因的克隆及序列分析

根据Gen Bank中山羊IL-2基因序列(登录号:NM_001287567)设计一对特异性引物,采用RT-PCR技术从贵州黑山羊外周血淋巴细胞中扩增IL-2基因,并将其克隆到p MD19-T载体上,构建IL-2基因克隆质粒,通过质粒PCR、双酶切和序列测定进行鉴定,对其核苷酸、氨基酸进行了比对分析并绘制系统进化树。结果表明,贵州黑山羊IL-2基因大小为468 bp,编码155个氨基酸。该基因与山羊、绵羊、藏羚羊、蓝牛羚、林麝、猪、牛、猫、大熊猫、犬、人、鼠、鸡等动物的核苷酸一致性在39.6%~100%,氨基酸一致性在26.7%~100%,遗传进化树表明,贵州黑山羊IL-2基因与鸡亲缘关系最远。     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

山羊抑制素α前体基因5'侧翼区及外显子的克隆与序列分析

[目的]弄清INHα前体基因与山羊繁殖季节性的关系,并研究INHα前体基因进化的保守性。[方法]对常年发情的山羊品种海门山羊和季节性发情的山羊品种安徽白山羊共20只母羊的抑制素0【前体基因（INHα）5’侧翼区和外显子进行了克隆和序列比较分析。[结果]与安徽白山羊相比,海门山羊INHα前体基因存在3个SNP,不存在氨基酸改变,核苷酸同源性为99．7％,氨基酸同源性为100％。在山羊、牛、猪、人、鸡、马、大鼠、狗之间INHα前体基因的核苷酸序列同源性为12．7％-96．5％。[结论]INHα前体基因在物种内趋于高度保守,任何核苷酸和氨基酸的改变都可能直接影响整个基因编码和基因调控能力的改变。