DNA序列映射方法对蛋白质编码区预测准确率的影响

[目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC（Approximate Correlation）为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR（Finite Impulse Response）窄通带滤波器预测算法研究各种映射方法对预测准确率的影响。[结果]在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上,Voss法和Z-curve方法是较PN（Paired Numeric）法、EIIP（Electron-Io Interaction Potential）法和复数法更为有效的映射方法。[结论]该研究结果为用预测结果的AC值来验证新映射方法的有效性奠定了基础,对利用生物信息学方法正确揭示DNA序列的结构具有重要意义。     

一种高效提取虎耳草科植物基因组DNA的方法

[目的]探索从虎耳草科植物中提取DNA的有效方法。[方法]采用改进的CTAB法,从11种虎耳草科植物中提取DNA。以提取的DNA为模板,利用通用引物"psbAF"和"trnHR"对虎耳草科植物叶绿体DNApsbA-trnH片段进行PCR扩增。[结果]通过该方法提取的DNA纯度较高,质量较好。用所得DNA进行psbA-trnH扩增的产量高,可用于后续的测序等分析。对山地虎耳草的PCR产物纯化后进行测序,得到262 bp的序列。将其与GenBank中的虎耳草属其他植物的psbA-trnH序列进行比对分析,证实该序列为目标psbA-trnH片段的区域。[结论]该方法可有效去除次生物质对DNA的干扰,提取的基因组DNA可用于叶绿体psbA-trnH测序分析和其他遗传学分析。     

ABI313Oxl全自动测序仪规模化测序的影响因素研究

[目的]提高利用ABI3130xl全自动测序仪对小麦与条锈菌互作的cDNA文库进行大规模测序的成功率,降低成本.[方法]将BigDye(BigDye(R) Tem1nator V3.1 Cycle Sequencing RR-100)分别稀释16,24和32倍设计测序的PCR反应体系,分析了EDTA溶液(125 mmol/L,pH 7.0)和醋酸钠溶液(3 mol/L,pH 5.2)以及不同模板类型等相关因素对测序结果的影响.[结果]BigDye稀释16倍的PCR反应体系的测序结果易出现染料峰,影响碱基正确读值;稀释32倍体系的测序结果中可用序列短,成功率低;稀释24倍体系测序结果的可用序列长且准确率高,为最佳反应体系.EDTA溶液和醋酸钠溶液可提高DNA纯化的质量,改善测序效果.以质粒DNA为模板测序较PCR产物直接测序效果好,通过控制模板质量可以提高测序成功率.[结论]利用优化体系共测得15 000条ESTs序列,其中有高读长序列13 080条,占87.2%,表明该优化体系简单有效,且可有效节约成本.     

绵羊甘露聚糖结合凝集素的研究

[目的]为了研究绵羊甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因。[方法]以陶塞特羊全血基因组DNA为模板,参考GenBank上牛与人的MBL基因序列合成一对特异性引物,进行PCR扩增,并经回收重组到pBS-T载体,筛选阳性克隆。用DNAMAN软件将部分测序结果同已发表的牛和人MBL序列进行同源性比较,并通过Primer Premier5进行蛋白质氨基酸序列预测。[结果]经PCR扩增获得了549bp的特异性片段。部分测序结果同牛和人MBL序列的同源性分别高达97%和86%,且该DNA序列与牛MBL部分序列编码的氨基酸仅一个之差,证实该序列为绵羊MBL基因的部分序列。[结论]绵羊MBL基因序列的获得,不仅为绵羊MBL基因全序列的获得提供了依据,还有助于进一步揭示MBL的生理和病理功能,对绵羊优良品种的选育具有深远意义。     

枸杞nrDNA ITS测序鉴定的初步研究

[目的]对枸杞nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从而在分子水平对枸杞做出鉴定。[方法]采用改良CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析。[结果]克隆到枸杞nrDNA ITS片段并获得其碱基序列,成功找到3个供试枸杞种质材料的nrDNA ITS序列差异。[结论]枸杞nrDNAITS区的扩增和测序可以在分子水平对枸杞不同种质进行鉴别。     

磁铁矿尾矿宏基因组DNA提取方法的初步研究

[目的]寻找一种有效的磁铁矿尾矿宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用直接提取法和SDS高-盐法提取邯邢矿区磁铁矿尾矿宏基因组DNA,比较2种方法的提取效果。[结果]直接提取法的提取效果较差,基本上没有提出DNA,SDS高-盐法的提取效果较好,DNA得率较高;23 S rDNA特异序列扩增结果显示,所提DNA能够满足PCR扩增的需要。[结论]所取尾矿样品中含有大量的金属离子,这些金属离子不但影响溶菌酶的活性,而且影响后续PCR扩增效率,所以提取DNA前需对样品进行高浓度TE处理。     

高尔基体驻膜糖蛋白GP73启动子克隆

[目的]寻找并克隆有活性的高尔基体膜蛋白GP73的启动子。[方法]对GP73基因转录起始位点上游1 000 bp至下游400 bp序列进行软件分析预测,以肝癌细胞系Huh7基因组DNA为模板,扩增目标片段,构建增强型绿色荧光蛋白(EGFP)为报告基因的重组质粒,转染细胞后在荧光显微镜下观察EGFP的表达,并采用流式细胞仪定量检测转染细胞的荧光强度。[结果]发现GP73转录起始位点上游980到下游330 bp长1 310 bp的序列具有启动子功能。该区域可能具有两个核心启动子序列和多个保守序列,包括TATA box和NF-κB、AP1、GC-SP1等DNA结合序列。[结论]该研究为探讨GP73的转录机制提供了参考。     

中国兰中几种常见DNA条形码标准序列的PCR扩增方法

[目的]DNA条形码技术是分子鉴定的最新进展之一,为了研究中国兰的DNA条形码技术,实现中国兰的快速鉴定。[方法]该文通过电泳成像技术、BLASTN核苷酸相似序列检验等分析方法,对一种中国兰ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等常用DNA条形码标准序列PCR扩增的方法进行了可行性检验。[结果]该方法可以在中国兰中有效扩增ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等条形码序列,并通过双向测序获得序列信息,ITS标准序列由于引物存在非特异性扩增,需要重新设计合适的引物。[结论]利用该方法,可以有效获得中国兰中ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等几种常见DNA条形标准序列,并大大简化了PCR反应操作步骤,为进一步研究中国兰的DNA条形码技术提供了参考和借鉴。     

玉米DNA纤维的制备及端粒DNA的Fiber-FISH

[目的]建立了一种快速制备DNA纤维的方法,用端粒DNA在玉米纤维上进行物理定位。[方法]采用刀切法从玉米嫩叶中提取细胞核。以端粒DNA为探针,在玉米DNA纤维上进行伸展DNA纤维的荧光原位杂交(Fiber-FISH),研究端粒DNA重复序列在玉米染色体上的拷贝数。[结果]用刀切法提取玉米细胞核,提高了核的完整性,并改善了DNA纤维的制备效果。玉米细胞核裂解的最佳时间为8~9 min。玉米的Fiber-FISH试验结果表明,杂交信号为伸展的念珠状长链,玉米各条染色体端粒DNA的长度为7~103μm,各染色体端粒重复序列的拷贝数存在显著差异(为15~230 kb)。[结论]玉米各染色体中端粒的长度可能不同,而且随着玉米生长及环境的变化,各条染色体端粒DNA长度的变化也不一致。     

卷烟烟气焦油量的ARMA预测模型研究

[目的]为计算机辅助配方研究提供理论依据。[方法]以同一品牌不同批次卷烟的烟气焦油量为研究对象,采用时间序列分析法,建立了卷烟烟气焦油量的预测模型,并进行了模型预测验证。[结果]ARMA(22,)模型的AIC、LF和FPE值在各模型中均最小,所以选择ARMA(2,2)为卷烟烟气焦油量的预测模型,即:(1-1.622 q-1+0.844 q-2)y(t)=(1-1.836 q-1+1.02 q-2)e(t)。根据对模型残差序列进行的白噪声检验判定,建立的ARMA(2,2)模型是显著有效模型,模型预测验证表明模型预测精度达99.51%,平均相对误差为0.49%,属于一级(优等)模型。时间序列一般用于短期预测,不能用于长期预测。[结论]该研究建立的卷烟烟气焦油量的ARMA(2,2)预测模型的预测精度高、误差小,可以用于卷烟烟气焦油量的短期预测。     

4种高梁基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少、纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后2种方法提取的DNA降解严重、纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

4种高粱基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少,纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后两种方法提取的DNA降解严重,纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

基于灰色系统理论的加工番茄产量预测模型研究(英文)

[目的]研究基于灰色系统理论的加工番茄产量预测模型。[方法]运用灰色系统理论研究了加工番茄产量变化趋势,建立了加工番茄产量预测的GM(1,1)灰模型,并以新疆2001～2009年新疆加工番茄产量为例,进行了实例分析。[结果]该模型有较高的预测精度和较强的泛化能力,对近期加工番茄产量的预测是可靠的。[结论]为新疆地区番茄产业的宏观调控、番茄加工及储藏等方面提供了参考。     

豆象干标本基因组DNA提取方法的改进

[目的]筛选豆象干标本基因组DNA的有效提取方法。[方法]以口岸截获时间不等的豆象干标本为材料,在传统方法上加以改进,对从干标本中提取豆象基因组DNA的方法进行了研究。将其所提取的基因组DNA的纯度和浓度与CTAB法和SDS法进行了比较,并对DNA进行了完整性及PCR验证。[结果]与CTAB法和SDS法相比,豆象干标本提取方法提取的DNA OD260/OD280值均在1.7~1.9,且浓度合适。DNA完整性及PCR验证结果表明,豆象干标本提取方法比较适合后续PCR试验的开展。[结论]豆象干标本提取方法适合该研究中豆象干标本基因组DNA的提取,可推广到检验检疫工作中截获豆象的检疫鉴定中,以缩短检验检疫工作周期,提高检验检疫工作准确性。     

毛细管电泳快速检测限制性内切酶酶切产物

[目的]建立1种利用毛细管电泳快速、高效检测限制性内切酶酶切产物的方法。[方法]以甲基纤维素(MC)为筛分介质,用PBR322/BsuRⅠDNA Marker为试验对象,研究筛分介质浓度、pH值、毛细管柱温度和电场强度对毛细管电泳法分离小片段双链DNA的影响,寻求最佳电泳条件,并将此方法用于检测MspⅠ内切酶的酶切产物。[结果]MC浓度对双链小片段DNA的分离度有较大影响。随MC溶液浓度的增加,分离度呈先增后减的趋势。毛细管电泳的最佳条件为:MC浓度为2.0%,pH值为8.0,毛细管柱温度15℃,电场强度为275 V/cm。在此条件下,对MspⅠ内切酶的酶切产物进行检测,在20 min内检测到3个酶切片段。[结论]与平板凝胶电泳相比,运用毛细管电泳检测小片段限制性内切酶酶切产物更高效。     

固体化微生物处理生活污水的研究

[目的]研究固体化微生物处理生活污水的效果。[方法]利用生物活性炭（BAC）、海藻酸钙包埋微生物（IM）和包埋生物活性炭（IBAC）处理生活污水中的NH4＋-N、PO43-、CODcr,对3种方法的去除效果进行比较。[结果]海藻酸钙包埋生物活性炭（IBAC）对PO43-、CODcr、NH4＋-N的去除率均较高,最高去除率分别为88.08%、87.26%、89.25%。[结论]海藻酸钙包埋生物活性炭可以改善海藻酸钙的内部结构,避免微生物的流失,同时充分发挥活性炭的吸附能力。     

枸杞叶片DNA不同提取方法比较

[目的]为研究枸杞的遗传多样性、种质鉴定和指纹图谱的构建提供基础保证。[方法]以枸杞成熟叶片为试材,分别采用常规CTAB法、高盐CrAB法等11种方法从枸杞中提取基因组DNA,比较不同方法的提取效果。[结果]11种方法中,除5XCTAB法试验结果不理想外,其余10种均能有效地从枸杞叶片中获得DNA,所提DNA的质量和产量均无明显差异。[结论]11种方法提取的枸杞基因组DNA,能够满足RAPD分析的需要。     

DRD3基因敲除鼠饲养繁殖及基因型鉴定

[目的]对于DRD3基因敲除小鼠的饲养繁殖以及鉴定方法进行分析,为进一步研究多巴胺及其受体的功能提供动物模型.[方法]引进的DRD3基因敲除小鼠均为杂合子基因型,1雌1雄同窝进行饲养繁殖,从仔鼠中提取基因组DNA,进行PCR鉴定.[结果]成功获得的子代小鼠有敲除杂合子、野生型及敲除纯合子3种基因型.DRD3敲除杂合子基因型小鼠的饲养繁殖获得成功,亦获得较多敲除纯合子基因型小鼠.[结论]正确的饲养繁殖管理及基因型鉴定方法可从DRD3基因杂合子小鼠成功获得纯合子小鼠.     

基于MODIS和DEM的土壤有机质空间预测研究(英文)

[目的]本研究以湖南省石门县为例,采用普通克里格和基于MODIS和DEM数据的回归克里格方法,结合有限个采样数据对该区有机质进行空间预测,并进行对比分析。[方法]运用由地形参数(由DEM派生得到)、归一化植被指数(NDVI)以及由MODIS派生得到的地表温度(LST)等指标进行空间模拟,然后通过平均误差(ME)和均方根误差(RMSE)验证精度,数据的描述性统计及转换均通过软件实现。[结果]结果表明在有限个采样数据下,结合多元遥感数据的回归克里格方法优于普通克里格法,回归克里格法的平均误差和均方根误差均低于普通克里格法,相对提高值为6.03%。[结论]在低山丘陵区,运用MODIS数据及其他遥感数据对土壤有机质进行空间预测具有较好的效果。