猪IGF-I基因SNP位点与生长性能的相关分析

【目的】分析猪胰岛素样生长因子I（IGF-I）基因SNP位点与生长性能的相关性,为后期猪的品种选育提供理论依据。【方法】采用PCR-RFLP对长白猪、环江香猪、广西巴马小型猪及长×巴F1代、F2代杂交猪的IGF-I基因SNP位点（rs322131043）进行分型,统计不同猪种该位点的基因型频率和等位基因频率,并分析长×巴F2代杂交猪的基因型频率与其生长性能的相关性。【结果】IGF-I基因SNP位点在广西巴马小型猪中以AA型为优势基因型,长白猪中以GG为优势基因型,其中A基因频率在广西巴马小型猪、环江香猪、长白猪3个品种中依次降低。不同基因型的长×巴F2代杂交猪中,基因杂合（AG）型猪的体重、体长、胸围、体高平均值在各日龄基本上都比基因纯合（AA/GG）型的低。【结论】猪IGF-I基因SNP位点与其生长性能密切相关,但该位点是否可应用于品种选育仍需进一步验证。     

草鱼载脂蛋白A-I-1基因3＇非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因（Apoprotein A-I-1,apoA-I-1）3＇非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明：C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平（P〉0.05）;G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异（P〈0.05）。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3（TTC792T-GGG851A）个体的体质量均值最高,D6型（CCC792T-AAG851A）个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异（P〈0.05）。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

高坡猪PRKAA1基因多态性对肉质性状的影响

以腺苷单磷酸活化蛋白激酶α1(PRKAA1)基因作为候选基因,对50头10月龄的高坡猪PRKAA1基因序列进行PCR扩增,采用PCR扩增产物直接测序方法对该基因的SNP位点进行筛选,同时对不同基因型与肉质性状关联分析。结果表明,在高坡猪PRKAA1基因的序列中发现3个SNPs,分别为g.12988 TG、g.13071AG、g.13152 AG,其中g.13152 AG位点在第7外显子区域,并引起了其所编码的氨基酸由谷酰胺酸(Gln)变为精氨酸(Arg),其他突变位点均是处于内含子区域。g.13152 AG位点与肉质性状关联分析结果表明,AA基因型个体眼肌面积显著高于GG和AG基因型个体(P0.05);AA基因型个体肌肉的p H值极显著高于GG型,AG基因型个体与GG型个体相比未达到显著水平;其他性状在各基因间未达到显著水平。     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

绵羊ADIPOQ多态性与生长性状的关联分析

【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X ²检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F₂代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F₂代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F₁代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H₁代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F₁代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F₁代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F₂代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H₂代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F₂代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F₂代、H₁代和H₂代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。     

Polymorphism amongst several CPA4 gene sequences and correlation analysis of growth traits in grass carp

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3％、AG型占23.8％、GG型占25.9％,G241T位点的GG型占48.6％、GT型占47.9％、TT型占3.5％.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P＞0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P＞0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P＞0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

SNPs screening of 3'UTR in Apoprotein A-Ⅰ-1 gene and its association with growth traits in grass carp

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-Ⅰ-1基因(Apoprotein A-Ⅰ-1,apoA-Ⅰ-1)3’非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点.C792T位点的CC型占46.53％,CT型占50.69％,TT型占2.78％;G851A位点的GG型占77.08％,GA型占20.83％,AA型占2.08％.采用一般线性模型对2个SNPS位点与草鱼4个生长性状——体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明:C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平(P＞0.05);G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异(P＜0.05).将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3(TTC792T - GGG851A)个体的体质量均值最高,D6型(CCC792T-AAG851A)个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异(P＜0.05).推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型.本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础.     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

CBG基因外显子Ⅱ SNPs对猪背膘厚和肌肉颜色的影响

本试验采用PCR-SSCP检测方法研究猪CBG基因外显子Ⅱ在金华×皮特兰F2资源家系猪群中的DNA多态性,发现了3 种基因型(GG CC、GG CG和AA GG).对纯合子个体测序检测,发现在CBG基因第二外显子内存在2个多态位点(G149A和G157C),其中G149A位点的单核苷酸替换导致CBG基因相应位置编码的氨基酸发生变化,由缬氨酸(Val)变为异亮氨酸(Ile).对金华×皮特兰F2资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪背膘厚和肌肉颜色的遗传效应,结果显示:GG CC基因型猪的6~7肋骨背膘厚以及a﹡值分别比AA GG基因型猪的高0.31 cm和0.73 cm,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的b﹡值分别比AA GG基因型和GG CG基因型猪的高0.66和0.93,差异显著(P＜0.05);GG CG基因型猪的c﹡值分别比GG CC基因型和AA GG基因型猪的高6.57和7.40,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的h﹡值比AA GG基因型猪的低4.58,差异显著(P＜0.05).     

山羊MC4R基因多态性与体质量性状的关联性分析

为探讨黑素皮质素受体4(MC4R)基因多态性对山羊体质量的影响,以波尔山羊为研究对象,采用池DNA为模板,PCR扩增MC4R基因,Sanger测序法筛选其在波尔山羊中的SNPs位点,PCR-RFLP方法进行多态位点分型,单因素方差分析不同基因型间波尔山羊各月龄体质量的差异。结果表明,编码区502 bp处新检测到A/G单碱基颠换,位于BseJⅠ酶切位点内,在波尔山羊群体中存在AA(0.779 1)、AG(0.202 5)和GG(0.018 4)3种基因型,关联分析发现AA基因型个体初生体质量、1周龄体质量显著高于AG基因型(P0.05),1周龄体质量极显著高于GG基因型(P0.01),2周龄、2月龄、3月龄体质量显著高于GG型(P0.05)。连锁分析发现,A502G、C693T、A946C和C986T位点共存在8种不同的基因型组合,AACCAACC型个体初生体质量显著高于AGCCAACC型(P0.05),AACCAACT型个体周岁体质量显著高于AACTACCC型和AGCTACCC型(P0.05)。综上所述,MC4R基因的A502G位点A基因对山羊早期体质量增加更有利,基因型组合AACCAACT对山羊周岁体质量增加更有利,可以作为山羊生长性状选择的候选分子标记。     

SST基因多态性及其与牛生长性状的关联分析

【目的】对秦川牛、鲁西牛、鲁西与西门塔尔杂种牛(简称鲁杂牛)、南阳牛、夏南牛和郏县红牛6个品种中国黄牛Somatostatin基因(SST)的第1外显子和第2外显子进行SNPs检测,研究其与6个品种中国黄牛部分生长性状的相关性。【方法】采用DNA直接测序技术和PCR-SSCP方法,对669头中国黄牛SST基因第1和第2外显子进行多态性分析,运用最小二乘线性模型对SST基因的不同基因型与6个品种中国黄牛生长性状进行关联性分析。【结果】在SST基因第126个碱基处找到1处多态位点,除秦川牛和鲁杂牛有GG和AG 2种基因型外,其他4个品种牛中均存在AA、AG、GG 3种基因型。运用卡方检验模型对6个品种黄牛中等位基因A/G的频率、基因型频率、多态信息含量等进行了统计分析,结果表明,各供试品种在这一位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点的A、G等位基因频率和多态信息含量在6个品种中国黄牛中分别为0.053 8～0.218 8,0.781 2～0.946 2和0.096 6～0.283 4。SST基因的多态性与6个品种黄牛的8个生长指标的相关性分析结果显示,该位点对669个个体中的某些生长性状指标具有显著影响;其中24月龄秦川牛品种中,GG型个体的体斜长、腰角宽和坐骨端宽均高于AG型个体(P<0.05);12月龄鲁西牛品种中,GG型个体的体斜长均高于AA型个体(P<0.05);12月龄鲁杂牛牛群体中,GG型个体的体斜长和体高均高于AG型个体(P<0.05);其他品种牛各基因型个体之间的生长性状指标差异均不显著。【结论】SST基因可能与秦川牛、鲁西牛和鲁杂牛的生长性状有密切的相关性,可作为秦川牛、鲁西牛和鲁杂牛生长性状的候选基因。     

Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究

以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。     

乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。     

威宁黄牛STAM1基因SNPs及其与生长性状关联研究

为研究STA M1基因多态性与贵州地方黄牛品种威宁黄牛生长性状关联性,选择106头威宁黄牛为对象,利用PCR-SSCP、DNA测序方法分析STAM1基因SNP与不同个体生长性状的相关性.结果表明:在STAM1基因第3内含子区存在1个SNP位点,命名为G+31122A.G+31122A位点在威宁黄牛中有不同分型,在威宁黄牛公畜中,G+31122A位点与胸围、坐骨端宽极显著相关,AA型个体胸围均值极显著低于GA型和GG型个体.而在母畜中,该位点对体直长的影响达到显著性水平,GG型个体体直长均值显著高于AA型个体.说明G+31122A突变与威宁黄牛生长性状有一定关联.     

MC4R和NR6A1基因与大白猪×清平猪F2黑色群体的经济性状关联分析

选择MC4R和NR6A1基因分别对大白猪与清平猪杂交群体F2后代中黑色个体的胴体和生长进行关联性分析,以期为生产实践中对清平猪杂交品系的选育提供理论依据。结果表明,MC4R的优势基因为G等位基因,不同基因型明显影响背膘厚,AA型个体的平均日增重与AG型个体差异显著(P0.05),与GG型个体差异极显著(P0.01),其有利基因型为GG型;NR6A1的优势基因为A等位基因,不同基因型对背膘厚的影响差异明显,其对胴体和生长性状的有利基因分别为A和G等位基因。     

草鱼羧肽酶A4基因部分序列多态性及生长性状关联分析

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3%、AG型占23.8%、GG型占25.9%,G241T位点的GG型占48.6%、GT型占47.9%、TT型占3.5%.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P>0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P>0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P>0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

Relationship between the Genetic Polymorphism of PPARγ-2 and the Susceptibility of Type 2 Diabetes Mellitus in Guangxi Bama

[目的]探讨PPARγ-2基因多态性与广西巴马小型猪2型糖尿病易感性的关系.[方法]利用高糖高脂日粮饲喂24头广西巴马小型猪,利用PCR方法扩增PPARγ-2基因外显子2部分序列,测定其空腹血糖和胰岛素(INS)含量并进行糖耐量试验.[结果]克隆的PPARγ-2基因外显子2部分序列存在1处SNP位点(19813A/G),有AG(7头)和AA(17头)2种基因型.AG型广西巴马小型猪的空腹胰岛素含量和糖耐量试验中60 min血糖值显著高于AA型(P＜0.05),而AG型广西巴马小型猪2型糖尿病发生率(71.4％)明显高于AA型(5.9％).[结论]广西巴马小型猪PPARγ-2基因外显子2的19813A/G多态性与2型糖尿病易感性有关.