鸭源鸡杆菌外膜蛋白W基因扩增及序列分析

为了解不同鸭源鸡杆菌菌株外膜蛋白W基因(ompW)的差异性,对不同地域32株鸭源鸡杆菌ompW基因进行扩增、测序,并应用DNAstar/MegAlign和MEGA.5.05软件对其进行比对及遗传进化分析。结果表明:ompW基因存在于所有检测的鸭源鸡杆菌中。全长在630~711bp,编码209~236个氨基酸。与参考株UMN179的ompW核苷酸同源性为88.7%~100%,氨基酸同源性为86.7%~99.6%。不同来源的鸭源鸡杆菌的核苷酸同源率为84.1%~100%,氨基酸同源性为78.7%~99.6%。进化树分析表明,鸭源鸡杆菌ompW序列差异与分离地理位置,毒力无明显的相关性。     

鸭源鸡杆菌外膜蛋白A基因克隆及结构与功能分析

为筛选鸭源鸡杆菌(G.anatis)潜在的保护性抗原基因,参考Gen Bank中G.anatis UMN179的外膜蛋白A(OmpA)基因序列设计1对引物,对鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG(RZ)株的OmpA基因进行克隆,并应用相关软件对其核苷酸及氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示,OmpA基因大小为1 083 bp,编码360个氨基酸;鸭源鸡杆菌RZ株的OmpA与UMN179、F149及12656/12的OmpA氨基酸相似性分别为93.2%、95.2%、92.7%;OmpA蛋白分子质量为38.4 ku,等电点为6.77,具有稳定性,N端有1个疏水性的α螺旋信号肽。     

致羔羊脑炎粪肠球菌XJ05 Pfs基因的克隆、功能序列分析及原核表达

采用PCR技术从致羔羊脑炎粪肠球菌XJ05基因组中扩增得到甲硫腺苷/S-腺苷高半胱氨酸核苷酶(Pfs)基因的全序列,对其功能序列进行分析,同时与其他细菌相应序列及编码的氨基酸进行同源性分析,构建该基因的原核表达载体,对表达蛋白进行反应原性分析。结果显示:XJ05的Pfs基因全长696bp,与XJ01、XJ08、XJ11,与屎肠球菌TX 2466之间的同源性在99.1%以上,其中,XJ05与V583为100%,且关键的功能序列相同,与肺炎链球菌同源性在55.8%以上、霍乱弧菌同源性在55.0%以上;pfs基因编码231个氨基酸,XJ05、XJ01、XJ08、XJ11与肺炎链球菌、霍乱弧菌、粪肠球菌V583、屎肠球菌TX 2466的同源性在86.43%以上;构建的重组质粒经诱导后表达蛋白分子量为28ku,Western blot检测显示特异性条带。结果表明,表达的融合蛋白具有良好的反应原性。     

鸭源致病性大肠杆菌Ⅰ型菌毛pilA基因序列测定及生物信息学分析

据GenBank中人源大肠杆菌pilA基因序列,由Oligo 6.0设计一对引物,以提取的鸭源致病性大肠杆菌基因组为模板,进行PCR扩增,获得了5株鸭源致病性大肠杆菌的pilA基因,序列测定和生物信息学分析表明:鸭源致病性大肠杆菌pilA基因核苷酸序列长度为549 bp,编码182aa,与人源、鸡源及猪源大肠杆菌pilA基因之间核苷酸同源性为87.3%~100.0%,氨基酸同源性为87.5%~100.0%。对不同宿主来源大肠杆菌pilA基因所编码蛋白的二级结构、亲水性、抗原性、抗原表位进行预测分析比较,结果显示Ⅰ型菌毛间具有一定的结构相似性,并存在一定的共同抗原位点;系统进化分析表明,各菌株之间的pilA基因遗传相关性与其宿主来源及血清型之间没有严格的相关性。     

鸭源鸡杆菌flfA基因的克隆及功能区域分析

为了解鸭源鸡杆菌(G.anatis)菌毛蛋白Flf A的分布情况及功能,对18株G.anatis中国分离株的flfA基因进行扩增和分子克隆,应用相关软件对其核苷酸序列及氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示,18株G.anatis均具有flfA基因,核苷酸同源性为70.2%~99.8%,氨基酸同源性为63.1%~98.8%,有6~8个B细胞抗原表位,且这些优势的抗原表位多位于保守序列区,表明G.anatis不同菌株间可能存在交叉免疫反应。     

鸭源致病性大肠杆菌工型菌毛pilA基因序列测定及生物信息学分析

据GenBank中人源大肠杆菌pilA基因序列，由Oligo 6．0设计一对引物，以提取的鸭源致病性大肠杆菌基因组为模板，进行PCR扩增，获得了5株鸭源致病性大肠杆菌的pilA基因，序列测定和生物信息学分析表明：鸭源致病性大肠杆菌pilA基因核苷酸序列长度为549bp，编码182aa，与人源、鸡源及猪源大肠杆菌pilA基因之间核苷酸同源性为87．3％～100．0％，氨基酸同源性为87．5％～100．0％。对不同宿主来源大肠杆菌pilA基因所编码蛋白的二级结构、亲水性、抗原性、抗原表位进行预测分析比较，结果显示Ⅰ型菌毛间具有一定的结构相似性，并存在一定的共同抗原位点；系统进化分析表明，各菌株之间的pilA基因遗传相关性与其宿主来源及血清型之间没有严格的相关性。     

鸡γ-干扰素基因在大肠杆菌中的表达

构建鸡γ-干扰素基因(lFN-γ)的融合表达质粒,并在原核系统表达。根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用prim er5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序。测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列同源性为100%。将序列连接到原核表达载体pET28 a(+)上,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导后进行SDS-PAGE电泳分析。结果表明鸡γ-干扰素表达蛋白大小为20.8KD,并以包涵体形式表达。为鸡γ-干扰素生物制剂或疫苗佐剂的开发奠定基础。     

甘薯S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因克隆与表达

从实验室建立的甘薯冷胁迫抑制消减文库中分离出一cDNA片段,经NCBI比对后发现该片段与其它植物的S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因具有90%的同源性,根据相关物种S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因cDNA序列设计引物,以甘薯总RNA为模板,经RT-PCR扩增首次获得全长1182bp的甘薯SAMS完全编码区,NCBI比对分析结果表明:该片段与不同种属植物sams基因的编码区序列的核苷酸相似性达85.48%,所推导的氨基酸序列相似性达93.6%。根据核苷酸序列和氨基酸序列分别构建了SAMS系统进化树,从分子水平阐明了植物种属间的亲缘进化关系,为其种质资源利用提供理论依据。利用该序列与原核表达载体pET32a连接构建融合表达载体pET-SAMS,酶切鉴定后转入大肠杆菌BL21,在不同温度下诱导3h后均表达出一63KDa大小融合蛋白。     

鸡γ-干扰素的克隆·表达和序列分析

[目的]为鸡γ-干扰素的进一步研究奠定基础。[方法]根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,设计1对特异性引物。利用RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆鸡γ-干扰素基因,并在IPTG诱导下在大肠杆菌中表达重组菌。[结果]克隆的鸡γ-干扰素基因全长495bp,编码165个氨基酸,与国外克隆的鸡γ-干扰素基因序列的同源性为100%。鸡γ-干扰素蛋白含有12个α螺旋,3个β折叠,7个β转角。它具有强抗原性,而第16～23位氨基酸无抗原性。重组蛋白的分子量约18kD,其经IPTG诱导表达4h后,表达量最高,表达产率高达25%。[结论]鸡γ-干扰素具有一定的抗原性,预示其在免疫反应中起一定作用。     

鸭多杀性巴氏杆菌外膜蛋白A基因表达及抗原性鉴定

根据已发表的Pm70株的序列(GenBank登录号:AE004439)设计了两对引物,用PCR方法扩增了鸭多杀性巴氏杆菌标准株C48-102的外膜蛋白基因A(ompA),扩增的片段为1062bp。将测序结果与GenBank中多杀性巴氏杆菌P52、PM70、T931317、T94289的ompA序列比对结果表明,核苷酸水平上同源性为89.0%～98.9%;在氨基酸水平上同源性为90.7%～99.2%。全ompA序列在大肠杆菌中干扰蛋白的正常表达,因此截断ompA蛋白的信号肽序列,将去信号肽的ompA基因插入到pPRO-EX-Htb载体上,构建了原核表达载体Htb-ompA,转化BL21,并诱导表达,SDS-PAGE结果表明,表达蛋白约为35kDa,与预期的分子量大小相符。Western-blot结果表明,表达的蛋白具有良好的抗原活性。本研究重组蛋白ompA的获得,为敲除ompA基因多杀性巴氏杆菌突变株的血清学检测奠定基础。     

胆固醇氧化酶基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

采用PCR方法从来源于蒙古野驴的马红球菌(Rhodococcus equi)4-2G2菌株中分离出编码胆固醇氧化酶的新基因(choEW),其与已知的胆固醇氧化酶基因choE和choB同源性均达99％;按其推断的氨基酸序列与choE和choB相比在485位缺少一个氨基酸,分析认为choEW与choB和choE属于同一基因家族。将choEW插入到原核表达载体pET-His中,构建出重组质粒pETW,并转化Escherichia coli BL21(DE3)plysS获得工程菌。经IPTG诱导后表达出分子量约为56 kD的蛋白质,与核苷酸序列推断的蛋白大小相符。目的蛋白表达量约占细胞总蛋白的11.9％。     

鸡γ-干扰素的克隆·表达和序列分析

[目的]为鸡γ-干扰素的进一步研究奠定基础。[方法]根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,设计1对特异性引物。利用RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆鸡γ-干扰素基因,并在IPTG诱导下在大肠杆菌中表达重组茵。[结果]克隆的鸡γ-干扰素基因全长495bp,编码165个氨基酸,与国外克隆的鸡γ-干扰素基因序列的同源性为100％。鸡γ-干扰素蛋白合有12个α螺旋,3个β折叠,7个β转角。它具有强抗原性,而第16～23位氨基酸无抗原性。重组蛋白的分子量约18kD,其经IPTG诱导表达4h后,表达量最高,表达产率高达25％。[结论]鸡γ-干扰素具有一定的抗原性,预示其在免疫反应中起一定作用。     

鸡杆菌河南分离株的分子进化分析

【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管家基因部分核苷酸序列,与已知的鸡杆菌属和巴氏杆菌科其他属相关参考株的相应基因序列进行比较分析并构建进化树。【结果】扩增出rpoBi、nfB和atpD3个管家基因部分序列,长度分别为566,531和1 441 bp,将测序结果登陆到GenBank。鸡杆菌分离株间的同源性分别为98.3%~100%(rpoB)、90.5%~100%(infB)和98.3%~100%(atpD);分离株与国外鸭源鸡杆菌分离株间的同源性分别为97.1%~98.5%(rpoB)8、5.2%~93.2%(infB)和98.3%~98.8%(atpD);分离株与国外鸡杆菌属其他种的同源性分别为84.3%~86.8%(rpoB),83.1%~86.7%(infB);鸡杆菌分离株与巴氏杆菌科其他代表属的同源性分别为77.4%~79.3%(rpoB)、78.2%~79.7%(infB)和83.5%~84.1%(atpD)。遗传进化分析显示,9株鸡杆菌河南分离株与鸭源鸡杆菌处于同一大分支之中。【结论】9株鸡杆菌河南分离株均为鸭源鸡杆菌。     

鸡β- 防御素7 的克隆及表达

以NCBI已登录的鸡β-防御素7(登录号:NM_001001194)为模板,设计特异性引物,扩增鸡β-防御素7基因,目的基因与pET32a载体相连,构建表达质粒并导入大肠杆菌BL21,经IPTG诱导表达和抗菌试验。结果表明,PCR扩增的目的片段,经测序证明与鸡β-防御素7基因NM_001001194序列同源性达99%,经IPTG诱导表达的重组蛋白与预期大小相符。平板抑菌试验结果表明,该重组多肽对金黄色葡萄球菌有较强的抗菌活性。     

萧山鸡γ-干扰素(IFN-γ)成熟蛋白基因的克隆、原核表达及真核表达载体的构建

以有丝分裂原ConA诱导鸡脾脏淋巴细胞,用Trizol试剂提取细胞总RNA,利用RT-PCR技术获得了萧山鸡γ-干扰素成熟蛋白基因495 bp的序列,GenBank登录号为DQ470471。序列分析表明,与已经发表的鸡γ-干扰素成熟蛋白基因序列的核苷酸同源性为95%-99.9%。将该cDNA序列构建得到鸡γ-干扰素的原核表达载体pET30a-ChIFN-γ,成功在大肠杆菌中表达了分子量20.88 kD的目的蛋白,与预期分子量一致;并构建得到了鸡γ-干扰素的pCI真核表达载体（pCI-ChIFN-γ）。     

3株不同毒力巴氏杆菌外膜蛋白H基因克隆及序列分析

参照GenBank中巴氏杆菌外膜蛋白H(ompH)基因核苷酸序列,设计了一对特异性引物,通过PCR方法,扩增了3株不同毒力猪源巴氏杆菌CA4-1株、679-230株、3397A株ompH全基因.PCR产物克隆至pMD18T载体,进行序列分析,发现3个菌株ompH基因完整的ORF大小分别为1008 bp、1008 bp和1047 bp,分别编码336、336、349个氨基酸,它们的前20个氨基酸均组成信号肽.与已知的15个Heddleston血清型的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较,核苷酸同源性在83.3%～99.8%,氨基酸同源性在79.2%～99.4%.序列分析结果表明,ompH基因在不同血清型之间具有较高的同源性.     

2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。     

绵羊Noggin基因的克隆、序列分析与原核表达

根据同源序列克隆原理设计一对引物,以绵羊脑组织总RNA的反转录产物为模板,利用RT-PCR扩增绵羊Noggin基因cDNA全长编码区,克隆到pMD-18T载体。测序验证后,提取pT-Noggin质粒经BamHⅠ和XhoⅠ双酶切回收目的条带,亚克隆到pET41a原核表达载体,转化BL21(DE3)菌,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物。序列分析表明,绵羊Noggin基因的cDNA全长编码区(GenBank登录号为FJ751853)为699bp,编码232个氨基酸,与其他哺乳动物氨基酸序列同源性达到95%以上。SDS-PAGE结果显示,诱导表达的融合蛋白大小为60ku,与预期蛋白大小一致。Western blot检测结果显示,该蛋白为His融合蛋白。说明成功克隆了绵羊Noggin基因的编码区序列,构建了原核表达载体,在大肠杆菌中成功表达出目的融合蛋白。     

不同禽类传染性法氏囊病毒VP2基因的克隆与序列比较分析

应用RT-PCR法对分离于不同禽类的IBDV HN 01株(鸡源)、W J株(乌鸡源)和YL 997株(鸭源)的VP2基因分别进行了克隆,对其与核苷酸序列及其编码的VP2蛋白氨基酸序列进行了分析,并对此3株IBDV与标准血清Ⅰ型STC株的VP2基因和VP2蛋白进行了同源性分析。结果表明,W J株、LY 997株、HN 01株与标准血清Ⅰ型STC株的核苷酸同源性分别为91.30%,92.50%和93.47%,氨基酸同源性分别为92.74%,91.90%和95.10%;HN 01株与W J株的核苷核和氨基酸的同源性分别为97.9%和98.4%,HN 01株与LY 997株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为98.7%和99.05%,W J株与LY 997株的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.1%和97.68%,3个毒株的VP2基因序列均完全具备超强毒株的主要特征,均为超强毒株,且与标准血清Ⅰ型STC株的核苷酸和氨基酸同源性均较低;3个野毒株之间虽具有较高的同源性,但相互之间也有一定的差异。     

花生NBS-LRR类抗病基因的克隆及原核表达

根据已知抗病基因的NBS保守区域设计引物,利用PCR技术从花生基因组DNA中克隆得到一个NBS-LRR类抗病基因,序列长539 bp,命名为PnAG3。蛋白质序列同源性分析表明多个植物抗病相关蛋白与之有一定的同源性,其中同源性最高的是花生C8_V_253抗性蛋白序列（97%）。将PnAG3基因编码区构建原核表达载体,表达产物分布于包涵体中,大小为47.26 KDa,1 mmol/L IPTG诱导4 h可获得最大表达量。为花生抗黄曲霉品种选育奠定了基础。