基于转录组学测序的长白落叶松材性表达基因

基于边合成边测序(Sequencing By Synthesis,SBS)技术,使用Illumina Hi Seq2500高通量测序平台对长白落叶松c DNA文库进行测序。共获得非重复序列基因58 683条,总长度为55 283 938 bp。将得到的转录本使用BLAST软件将非重复序列基因序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG数据库比对,通过选择BLAST参数Evalue不大于10-5,最终获得29 350个有注释信息的基因序列,其中19 292个转录本注释GO编号,有9 112个转录本在COG数据库中被注释并分为25个功能分类,同时注释到120条KEGG代谢途径。在得到注释的转录本中搜索到木质素相关基因共68条,其中与木质素合成相关基因29条,与木质素分解代谢相关基因27条;找到了147条纤维素相关基因,其中与纤维素合成相关基因103条,与纤维素分解代谢相关基因44条。     

基于转录组学测序的长白落叶松材性表达基因1）

基于边合成边测序（ Sequencing By Synthesis ,SBS）技术,使用Illumina HiSeq2500高通量测序平台对长白落叶松cDNA文库进行测序。共获得非重复序列基因58683条,总长度为55283938 bp。将得到的转录本使用BLAST软件将非重复序列基因序列与NR、Swiss－Prot、GO、COG、KEGG数据库比对,通过选择BLAST参数E－value不大于10－5,最终获得29350个有注释信息的基因序列,其中19292个转录本注释GO编号,有9112个转录本在COG数据库中被注释并分为25个功能分类,同时注释到120条KEGG代谢途径。在得到注释的转录本中搜索到木质素相关基因共68条,其中与木质素合成相关基因29条,与木质素分解代谢相关基因27条;找到了147条纤维素相关基因,其中与纤维素合成相关基因103条,与纤维素分解代谢相关基因44条。     

基于RNA-Seq的杜仲转录组微卫星特征分析

对杜仲(Eucommia ulmoides)国审良种‘华仲6号’和‘华仲10号’花后70和160d的种仁共4个样本进行转录组测序,对测序数据进行组装和功能注释分类,并对转录组获得的单基因簇(unigene)进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq~(TM)2000对杜仲样品进行转录组测序,采用软件Trinity进行组装;利用BLAST软件将unigene序列分别与Nr、GO、COG和KEGG等数据库比对分析;利用MISA软件对转录组的96 469条unigenes进行SSR搜索。结果表明:转录组测序分析,共得到72 791 399个高质量的序列读取片段(Clean reads),包含了14 702 548 161个的碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得96 469个平均长度为690bp的unigene,序列信息量达到了66.56 Mb。同源性分析结果显示,有49 856个与其它物种同源的unigenes得到注释,占All-unigene的51.68%。将杜仲转录组中的unigene与GO数据库进行比对分析,根据其功能可将注释到的38 983条unigene分成3大类(细胞组分、分子功能和生物学过程)56个分支;根据COG功能可将注释的14 796条unigene基因划分成25个类别;KEGG数据库作为参照,可将注释到的11 260条unigene定位到117个代谢途径分支;SSR位点搜索结果显示,96 469条unigenes中共包含9 621个完整型SSR位点,占总SSR位点的84.14%。完整型SSR位点共包含55种重复基元,其中出现频率最高的重复基序类型为单核苷酸重复中的A/T(4 597个),其次是AG/CT(2 597个)、AT/AT(439个)。     

基于RNA-Seq的辣木叶转录组研究

为探讨辣木叶营养价值形成的遗传基础,采用RNA-seq对不同发育时期的辣木叶混合样品进行转录组测序,获得44 056 449个reads,共组装得到75 452条unigene,平均长度为795.69nt,其中有15 824条unigene长度大于1 000nt。采用公共数据库进行同源比对,共有30 847条unigene得到注释。其中,有18 277条unigenes被注释到GO数据库的52个功能组,9 689条unigene在COG数据库中得到注释。有10 130条unigene被富集到129条KEGG途径,包括碳代谢、氨基酸生物合成和氧化磷酸化途径。     

黄芩高通量转录组测序数据组装和分析

采用高通量测序技术对黄芩的转录组进行测序,获得了29 099 899条reads数据,拼接后得到53 353条Unigene;将所获得的Unigene与COG,GO,KEGG,Swiss-Prot,NR这5个公共数据库进行比对,结果发现,分别有10 756,21 950,8 101,20 339,29 288条Unigene可比对到以上5个数据库中;已注释的Unigene与COG数据库比对后按功能可分为25类;根据GO功能可分为三大类57个亚类;经过与KEGG数据库比对后按照代谢通路可分为116类;利用Get ORF软件进行ORF预测,获得长度大于300 nt的ORF共20 552个;通过SSR分析,共获得5 658个SSR标记。获得的转录组信息可为今后进行黄芩分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。     

基于高通量测序的野生毛葡萄转录组数据分析

利用RNA-seq技术对所构建的野生毛葡萄(Vitis quinquangularis Rehd)叶片的转录组进行测定,对原始reads进行过滤和组装,得到了35 238条质量较高的unigene,平均长度为1 081 nt,N50为1 735 nt。基于NCBI蛋白质数据库(Nr)、蛋白质序列数据库(Swiss-Prot)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库和直系同源基因簇(COG)进行相似性比对,共注释了26 751条unigene,另有8 487条unigene未被注释。物种同源性显示与葡萄的同源性最高为74.48%。利用COG数据库将unigene分成25类,通过GO分类和KEGG富集性分析,将unigene分别归类于44个GO类别和122个代谢途径。此外,在35 238条unigene中共搜索到4 428个SSR位点,二核苷酸的SSR数目最多(1 906条),其次为三核苷酸(1 762条)。这些信息为毛葡萄功能基因、相关候选基因的发掘以及分子标记辅助育种提供了重要依据。     

黑紫色叶紫薇品种‘赤红’叶片转录组测序及注释分析

对黑紫色叶紫薇品种‘赤红’叶片进行高通量测序,并利用Trinity(2.8.6)对测序数据进行从头组装,共获得23 791条unigene,其中91.86%的序列在NR、GO、COG、KEGG等5大数据库中得到注释;NR数据库比对到的unigene数量最多,占比91.93%,随后依次为SWISS(67.95%)、COG(60.43%)、GO(51.37%)和KEGG(35.43%)。在NR数据库中,‘赤红’紫薇所有的unigene仅比对到1个物种——石榴（Punica granatum L.）,表明同属于千屈菜科的紫薇和石榴亲缘关系较近。从转录组中共筛选到4 775个SSR位点,包括6种核苷酸重复类型,其中A/T和AG/CT类型占比最高。对色素合成相关通路基因进行分析,共挖掘到18个与类黄酮和花青素相关的基因,其中花青素合成通路中的UGT79B1、BZ1、UGT75C1可能是‘赤红’紫薇形成紫黑色叶的关键基因。     

旱柳转录组测序及生物学分析

对盐敏感旱柳沿江柳和耐盐旱柳9901的杂交F_1代根部进行了RNA-Seq测序和分析,共获取了107 950条Unigene,平均长度为1 076.96 bp。通过与COG、GO等8个数据库比对,60 848个基因获得注释信息,其中38 182条Unigene在GO数据库中获得注释,24 101条Unigene在KEGG数据库中获得注释。GO和KEGG富集分析结果表明,差异表达基因主要调节核糖体代谢、植物激素信号转导等生物学功能。     

鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析

为进一步丰富鲫鱼基因组数据，对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序。采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序，对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析。结果提示，组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp。与相应数据库比对，最终获得117 414(91.87%)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释，并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中；有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型；获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路。在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点，共检测到48 808个SSR位点。提示获得有注释信息的unigene共117 414条，此外，获得一些SNP和SSR位点。结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础。     

基于第二代转录组、第三代全长转录组测序条件下草石蚕基因表达特性的初步研究

以宁夏贺兰县地方草石蚕（Stachys sieboldii）品种为试材，探讨应用第三代测序技术获得草石蚕全长转录本信息，应用第二代测序技术获得3个不同发育阶段草石蚕叶片和块茎的转录组信息，对测序结果进行转录组水平分析，筛选特有差异基因，并进行GO和KEGG富集分析，开展草石蚕基因表达特性的初步研究。结果表明，第三代测序后Polymerase read的数据量为50.82 G,FLNC序列的reads数为525 593个转录本；在KEGG等7大数据库的基因功能注释中均注释成功的转录本数目为6 857个，至少有1个数据库注释成功的转录本数目为14 078个；与NR数据库比对注释后，草石蚕与同为唇形目的芝麻（Sesamum indicum）基因序列相似性最高，相似基因个数为9 149个；与GO数据库比对注释后，生物学过程、细胞成分与分子功能中注释到基因个数最多的分别是新陈代谢过程5 093个、细胞2 004个、键联结合6 645个；与KEGG数据库比对注释后，在细胞转化、环境信息处理、遗传信息处理、新陈代谢和有机系统功能中注释到基因数最多的分别是运输和分解代谢409个、信号传导729个、转化...     

几丁质固定化菊粉酶的研究

以自制的几丁质作载体，戊二醛作交联剂，用吸附交联法对菊粉酶进行了固定化研究。优化了固定化反应条件，在最适条件下，菊粉酶活力最大收率为３２％。固定化菊粉酶的最适温度为６０－６５℃，比游离酶提高５℃。最适ｐＨ保持不变。固定化酶的热稳定性和对酸碱稳定性都有较明显的改善，将固定化酶装柱进行菊芋汁连续水解试验，操作半衰期达２２ｄ。     

溶液化学对高岭土吸附腐植酸影响的实验研究

对溶液化学(pH值,离子强度和溶液组成)如何影响高岭土吸附腐殖物质(HS)的实验,结果表明,溶液化学显著影响有机物在矿物表面覆盖的形成和属性:随pH值的增加,腐植酸(HA)在高岭土上的吸附率降低;随离子强度增加,高岭土对HA的吸附率呈现增加趋势;由于溶液中高岭土的含量腐植酸含量,HA的吸附等温线显示出随HA的增加吸附量增加的趋势。     

应用臭氧降解农药百菌清的试验研究

农药残留超标是目前影响我国果蔬质量和食品安全性的一大问题。笔者以农药百菌清为研究对象 ,利用不同质量浓度的臭氧 ,采用不同作用时间 ,进行了百菌清降解试验。试验中发现 ,臭氧初始质量浓度为1.4 mg.L-1时 ,在 0～ 15 min内百菌清残留率快速下降 ,至 15 min时已降至原有量的 4 0 ,之后随着放置时间的延长百菌清的降解程度并无明显增加 ;当臭氧初始质量浓度为 7.0 mg.L-1时 ,5 min后百菌清降解率几乎为 10 0 ;臭氧与百菌清混合后适当的振荡 ,有利于百菌清的降解。试验结果表明 ,臭氧有完全降解百菌清的可能。     

油菜素内酯在黄瓜上的应用效果研究

采用发芽期浸种试验和幼苗期喷施试验 ,研究了油菜素内酯 (BR)不同处理对黄瓜种子萌芽和幼苗生长的影响。以 0 1mg/kg浓度浸种的效果最为显著。相同浓度的油菜素内酯对不同品种影响也有差异。 0 0 1mg/kg浓度喷施的效果最为显著 ,可促进幼苗的营养生长 ,提高幼苗的株高、茎粗和干物质积累量 ,叶面积和壮苗指标也有所增加。     

水动力对藻类的作用机理研究

归纳总结近年来国内外关于水动力对藻类生长影响的相关研究报道,针对水动力对藻类的作用机理进行综述。     

香蕉喷施“碧护”试验总结

为探讨＂碧护＂在香蕉生产上的应用效果,通过碧护0.136%赤·吲乙·芸可湿性粉剂在福建省漳州市香蕉主栽品种天宝高蕉的喷施试验,表明＂碧护＂能显著提高香蕉的抗叶斑病力和抗寒力,消除或减轻田间肥害或药害,促进香蕉平衡生长发育,还可明显提高香蕉果实的外观质量和商品性能,而对蕉株及其生长发育均无任何不良影响。＂碧护＂在香蕉生产上的使用是安全的,可大力推广应用。     

基于HTML文档的WEB图像分类研究

随着信息技术的快速发展和Internet的普及应用，Internet已经成为包含各种信息形式，如文本、图像、视频、音频等的巨大信息资源库。然而由于Web图像从主题、格式，到功能和来源都多种多样，很难用一个统一的标准进行分类。本研究首先从Web页面上图像的功能角度对图像进行初步分类，将其分为链接类、装饰类、广告类和内容类。初步分类可提高Web图像处理的效率和性能，并为它基于Web的应用与研究提供帮助。     

放牧对人工草地植物群落演替影响研究进展

 根据人工草地植物群落的各种变化特征，可以及时掌握草地在放牧利用下的演替方向;适度放牧不但能促进牧草生长发育，提高牧草再生能力及营养价值，保持草地较高的利用价值，而且保护了草地的植物多样性，是维持群落稳定防止草地退化，有利于草地持续利用的重要措施。     

乙醇对腐植酸吸附甲苯的影响

为客观地评价乙醇汽油组分在环境中的迁移规律,并为其环境风险评估提供科学依据。通过静态吸附批量实验,研究了汽油组分甲苯在腐植酸上的吸附行为及乙醇对其的影响。结果表明,随着乙醇体积分数（fc）的增加,甲苯的溶解度呈线性增加。腐植酸对甲苯的吸附过程为快速吸附缓慢平衡,其吸附等温线均很好地符合Freundlich吸附模式。其中溶剂中乙醇的体积分数对甲苯在腐植酸上的吸附行为影响显著,在pH为（5.9±0.2）,温度为（25±1）℃的情况下,随着溶剂中乙醇体积分数从0增加到20%,甲苯在腐植酸上的吸附系数（K）从（0.143±0.021）降至（0.066±0.012）mgn+1·L-n·g-1,并且吸附参数（1/n）有接近1的趋势,表明乙醇不仅能降低腐植酸吸附甲苯的能力,而且能够使腐植酸表面变得更加均质,从而使其吸附甲苯的等温吸附线线性增加。最后,通过拟合数据可得出,在实验条件下通过吸附数据计算出来乙醇的共溶剂效力值3.45,小于通过溶解数据计算出来乙醇的共溶剂效力值3.87,表明在乙醇影响下腐植酸可能会发生一定的溶胀。     

大蒜施用毒赛尔复硝钠乳油的防效试验

试验表明,大蒜采用高效低毒27%,47%毒赛尔复硝钠乳油灌根,能有效杀灭蒜蛆,防效可达80.78%~99.56%,毒赛尔复硝钠乳油在较低的用药量下,防效要高于甲胺磷乳油;又能促进蒜头膨大,对大蒜株高、蒜头径围、蒜头重及植株鲜重等生物性状都有良好的促进作用,可提高大蒜的产量和品级,增加收益。