枣抑制消减cDNA文库构建与分析

枣树具有独特的开花结果特性,为获得枣花发育基因,以金丝4号枣不同发育时期的花蕾和同时期的叶片cDNA互为试验方和驱动方,利用抑制消减杂交技术分别构建了枣花和枣叶抑制消减杂交cDNA文库(SSH文库)。枣花和枣叶SSH文库重组率分别是92.05%和90.26%,插入片段长度均介于200~2 000 bp之间,主要集中于1 000 bp左右。分别从枣花和枣叶SSH文库中随机挑选1 000个阳性克隆进行DNA测序、组装拼接,结果显示枣花SSH文库中获得96条unigene,其中contigs 43个,singletons 53个,96条unigene预测得到73个ORF,经过同源比对分析获得有注释的序列20条,按功能分为7类;枣叶SSH文库中获得86条unigene,其中contigs 45个,singletons 41个,86条unigene预测得到70个ORF,经过同源比对分析获得有23条注释的序列,按功能分为6类。     

基于RNA-Seq的杜仲转录组微卫星特征分析

对杜仲(Eucommia ulmoides)国审良种‘华仲6号’和‘华仲10号’花后70和160d的种仁共4个样本进行转录组测序,对测序数据进行组装和功能注释分类,并对转录组获得的单基因簇(unigene)进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq~(TM)2000对杜仲样品进行转录组测序,采用软件Trinity进行组装;利用BLAST软件将unigene序列分别与Nr、GO、COG和KEGG等数据库比对分析;利用MISA软件对转录组的96 469条unigenes进行SSR搜索。结果表明:转录组测序分析,共得到72 791 399个高质量的序列读取片段(Clean reads),包含了14 702 548 161个的碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得96 469个平均长度为690bp的unigene,序列信息量达到了66.56 Mb。同源性分析结果显示,有49 856个与其它物种同源的unigenes得到注释,占All-unigene的51.68%。将杜仲转录组中的unigene与GO数据库进行比对分析,根据其功能可将注释到的38 983条unigene分成3大类(细胞组分、分子功能和生物学过程)56个分支;根据COG功能可将注释的14 796条unigene基因划分成25个类别;KEGG数据库作为参照,可将注释到的11 260条unigene定位到117个代谢途径分支;SSR位点搜索结果显示,96 469条unigenes中共包含9 621个完整型SSR位点,占总SSR位点的84.14%。完整型SSR位点共包含55种重复基元,其中出现频率最高的重复基序类型为单核苷酸重复中的A/T(4 597个),其次是AG/CT(2 597个)、AT/AT(439个)。     

枣花蕾总RNA提取方法的比较

为了探究枣花蕾总RNA提取的最优方法,以沾化冬枣的花蕾为材料,利用改良CTAB法、Trizol法和2种RNA提取试剂盒(PureLinkTMRNA小提试剂盒和北京奥莱博生物技术有限公司提供的植物RNA提取试剂盒)分别提取花蕾的总RNA,并对RNA浓度和电泳图谱进行比较分析,利用奥莱博生物技术有限公司提供的植物RNA提取试剂盒法可提取到纯度较高,完整性好的总RNA,并可用于Northern杂交、cDNA文库构建和半定量RT-PCR等分子生物学试验。     

基质金属蛋白酶-7的基因克隆和原核表达

研究构建人基质金属蛋白酶7(MMP-7)的原核表达载体,并进行原核表达获得重组蛋白MMP-7。以人肾肿瘤组织总RNA为模板,PCR方法获得MMP-7成熟蛋白的基因序列,构建含10xhis标签的原核表达载体,转化大肠杆菌BL21(DE3),并经异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导表达,获得重组蛋白,并经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),检测其表达情况。最终得到pET24a(+)-MMP-7-10his重组质粒,诱导表达后重组蛋白占总蛋白的41%左右,获得21.2kD大小蛋白,与目的蛋白大小一致,纯度大于90%,为进一步研究奠定基础。     

适于转录组测序的枣不同器官总RNA提取方法筛选

为获得适用于转录组测序的枣花、结果枝和果实的总RNA提取方法,以中秋酥脆枣为材料,比较分析了Ambiogen和Autolab 2种总RNA提取试剂盒和基于Autolab试剂盒改良的CTAB法的总RNA的提取效果。结果表明:3种方法提取RNA的OD260/OD280差别不大,但用2种试剂盒提取的RNA有降解,其中Ambiogen试剂盒提取的花、结果枝和果实3个器官的RNA质量浓度分别为126、284和222 ng/μL;Autolab试剂盒提取的RNA质量浓度分别为307、402和266 ng/μL;基于Autolab试剂盒改良的CTAB法提取的RNA质量浓度分别为401、417和296 ng/μL。与2种试剂盒相比,基于Autolab试剂盒改良的CTAB法提取出来的RNA完整性好、纯度和浓度高,能够满足转录组测序的要求。     

南方低山丘陵区泡桐无性系主要性状的综合选择

[目的]为了选育出适宜南方低山丘陵区栽植的白花泡桐优良无性系。[方法]以湖北省赤壁市5年生的18个泡桐无性系为研究对象,对其4个生长性状(胸径、主干高、总材积、接干高)和2个干形性状(主干削度、形数)进行变异分析、遗传参数估算、性状间的相关性分析以及多性状综合评价。[结果]结果表明:各性状在无性系间的差异均达到极显著水平。胸径、主干高、总材积、接干高和形数的重复力较大,均在0.785 8以上,主干削度的重复力较小(0.516 3)。胸径、主干高、总材积和接干高之间均呈极显著的表型和遗传正相关关系;除与主干高、接干高分别呈不显著和显著的表型负相关外,主干削度与其它性状间的表型和遗传负相关关系均达极显著水平;除与主干高呈不显著的表型正相关外,形数与其它性状间的表型和遗传相关关系均达极显著水平;通过多性状选择指数方程选择出的3个优良无性系与CK相比,其胸径、主干高、总材积、接干高、主干削度和形数的遗传增益分别为13.33%、6.59%、28.68%、40.08%、12.99%和8.89%,实际增益分别为13.82%、7.55%、32.04%、43.31%、25.16%和11.31%。[结论]依据建立的多性状指数方程,选择出适宜在南方低山丘陵区栽植的白花泡桐优良无性系3个,分别为01-23、01-22和1-58,入选率17%。     

南方低山丘陵区泡桐无性系生长和干形综合选择

针对南方低山丘陵区缺乏适宜栽培的泡桐优良无性系的现状,本研究以湖北省赤壁市泡桐无性系测定林为对象,对5年生24个泡桐无性系的4个生长性状(胸径、主干高、总材积、接干高/苗干高)和2个干形性状(主干削度、形数)进行了遗传参数估算及性状间的相关性分析,并利用多性状指数法对其进行了评价和选择。结果表明:各性状在无性系间的差异达到显著或极显著水平。胸径和总材积的重复力较大,分别达到0.727 3和0.726 9,其余4个性状的重复力稍小,为0.201 8~0.383 7。4个生长性状间呈极显著的表型和遗传正相关关系,2个干形性状间呈极显著的表型和遗传负相关关系。形数与4个生长性状间均呈极显著的遗传和表型负相关关系。削度与胸径、主干高、接干高/苗干高的遗传正相关关系均达到极显著水平,与胸径、总材积的表型正相关关系分别达到极显著和显著水平。依据建立的多性状指数方程选择出适宜在南方丘陵区栽培的4个优良无性系,分别为609、204、302和207,入选率17%。与CK相比,入选群体的胸径、主干高、总材积、接干高/苗干高、削度和形数的遗传增益分别为3.93%、5.75%、21.84%、13.18%、5.72%和-0.45%,实际增益分别为5.40%、16.75%、30.04%、34.35%、28.34%和-1.62%。