贵州省健康仔猪病毒宏基因组学研究

为了初步了解贵州省规模化猪场健康仔猪携带病毒的病原本底,在贵州4个猪场采集了151头健康仔猪的咽拭子和肛拭子。病毒宏基因组学分析显示这些仔猪共携带25个科的病毒,包括噬菌体、昆虫病毒、脊椎动物病毒等。在脊椎动物相关的病毒科中,其中4个猪场共同存在星状病毒、冠状病毒、微小核糖核酸病毒等11个病毒科。此外,在每个猪场中,疱疹病毒、黄病毒在咽拭子中的reads数均大于肛拭子中的reads数;数圆环病毒、呼肠弧病毒、微小核糖核酸病毒、星状病毒、冠状病毒在肛拭子中的reads数均大于咽拭子中的reads数,提示这些病毒的组织嗜性。对猪瘟病毒、类圆环病毒、博卡细小病毒、星状病毒、萨佩罗病毒的contigs进行进化分析,结果发现星状病毒具有丰富的遗传多样性,而其他病毒与各自参考毒株进化关系较近;猪类圆环病毒与牛类圆环病毒核苷酸同源性很高,提示存在跨种传播或基因重组。对突隆病毒进行了检测,发现其广泛分布于4个猪场健康仔猪的咽拭子和肛拭子,阳性率为75%～100%。研究为健康仔猪携带病毒的多样性和本底情况提供了重要的基础数据。     

河南地区NADC30-like PRRSV毒株的增殖特性与遗传进化分析

为研究河南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行特点和遗传变异情况,采集河南省滑县地区猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场中的病料,经研磨、稀释、离心处理后将悬液上清接种于原代猪肺泡巨噬细胞,进行病毒分离培养,结果显示,PAM出现典型细胞病变效应,将得到的分离株命名为HNhx。应用PRRSV N蛋白的特异抗体进行间接免疫荧光(IFA)试验,结果表明,接种HNhx分离株的PAM出现特异性荧光,证明该分离株为PRRSV。应用RT-PCR技术对Nsp2区进行扩增分析,根据扩增目的产物大小推测HNhx分离株为NADC30-like毒株。遗传分析发现,与其他参考毒株相比,HNhx毒株的ORF3、ORF4和ORF5基因与NADC30毒株的同源性最高。基于ORF3、ORF4和ORF5序列构建进化树,系统进化分析的结果表明,HNhx归于NADC30-like亚群。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒17-ZJ-HZ毒株的分离鉴定与分子流行病学分析

杭州某猪场断奶仔猪群出现高热、呼吸困难等症状,疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染,3头病猪肺脏病变样本送本实验室检测,通过RT-PCR方法检测其病原核酸。肺脏匀浆液无菌处理接种到MARC-145细胞,细胞病变观察、Western-blot、间接免疫荧光等方法验证PRRSV病毒分离情况;RT-PCR方法分五段扩增获得全长病毒基因组序列,采用MEGA等软件分析该毒株的核苷酸序列以及GP5、NSP2氨基酸序列;分离病毒接种3日龄PRRSV阴性仔猪,评价该病毒的毒力。结果表明:该场送检样品为PRRSV阳性;成功分离得到17-ZJ-HZ病毒;获得15 325 bp的 PRRSV全基因组序列。序列分析表明,该毒株与经典北美株的NSP2存在典型的29+1个氨基酸的缺失,且进化分析归于HP-PRRSV亚群。攻毒60 h后猪只出现典型的PRRSV临床症状和病理变化,以上结果表明该毒株为高致病性PRRSV(highly pathogenic PRRSV, HP-PRRSV)的北美株。     

华南地区猪流行性腹泻病毒的分子流行病学调查与分析

为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析.结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100％,在所有样品中的平均检出率为53.0％,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6％、42.8％、12.8％和47.2％.根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群.结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化.     

广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5 基因遗传变异分析

【目的】监测 2021 年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒 (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV) 的分子流行动态,为 PRRSV 综合防控措施的制定提供参考。【方法】在广东省内不同 地区 PRRSV 检测为阳性的 37 个规模猪场采集 521 份患病猪组织样本进行 PRRSV 检测。对样本进行 ORF5 基因 测序,采用 DNAStar 分析 ORF5 核苷酸的同源性及其推导氨基酸的同源性,并用 Mega7.0 构建基于 ORF5 基因的 系统遗传进化树。【结果】从 37 个猪场采集的样品 PRRSV 阳性率为 24.4%,猪场阳性率为 45.9%。通过测序分 析获得 17 株来自不同猪场的 PRRSV ORF5 基因序列,遗传进化分析表明所有毒株均属于北美毒株（PRRSV 2）, 其中有 5 株属于 Lineage 8( JXA1-like 和 CH-1a-like）谱系,9 株属于 Lineage 1( NADC30-like 和 NADC34-like）谱系, 3 株属于 Lineage 3（QYYZ-like）谱系,没有监测到 Lineage 5（VR2332-like）谱系的毒株。17 株 PRRSV 毒株的 ORF5 基因之间核苷酸序列同源性为 81.3%~99.5%,推导的氨基酸序列同源性为 80.0%~98.3%。【结论】2021 年 广东省 PRRSV 流行株以 Lineage 1（NADC30-like 和 NADC34-like）和 Lineage 8（JXA1-like 和 CH-1a-like）谱 系为主,占比分别为 52.94% 和 29.41%,Lineage 3（QYYZ-like）谱系降为次要流行株,占比为 17.65%。     

RT-PCR技术检测猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)

根据猪PRRSV的ORF7基因序列,设计并合成了1对引物,以PRRSV RNA为模板,筛选最佳反应条件,建立了检测PRRSV的RT-PCR方法。应用该方法对病毒细胞培养物进行基因扩增,均获得了分子量为443bp的特异性目的片段,而对PCV2、PRV、CSFV及Marc-145细胞进行同条件检测,结果均为阴性;PRRSV扩增产物测序结果与文献报道的PRRSV其他毒株序列同源性达92%~98%。敏感性试验表明,该体系可检测到2.39TCID50的PRRSV;对2004~2005年送检的81份临床样品进行检测,阳性率为23.4%。上述研究结果表明,建立的RT-PCR特异性好、敏感性高,可用于猪繁殖与呼吸综合征的诊断和流行病学调查。     

2019年四川省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2019年四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的遗传变异情况,采用RT-PCR方法对来自该省部分地区猪场的36份疑似PRRS猪的组织样品进行PRRSV ORF5基因测序,并对所获得的基因序列进行了生物信息学分析.结果显示,成功扩增出14条PRRSV ORF5基因片段.同源性分析显示,14条PRRSV ORF5基因序列均为基因Ⅱ型毒株,分属于1、3、8这3个不同的谱系,以NADC30为代表的谱系1和以QYYZ为代表的谱系3各5株,以JXA1为代表的谱系8毒株4株,各毒株间核苷酸和推导氨基酸的同源性分别为78.5％～100.0％、78.0％～100.0％.氨基酸序列分析结果显示,14个毒株GP5蛋白上3个主要的抗原表位上均存在广泛的变异,同时谱系1和谱系3毒株与毒力相关的位点也发生了不同程度的突变,这些突变可能影响病毒毒力及有助于病毒逃避机体的免疫系统.结果表明,2019年四川省PRRSV呈多亚型毒株同时流行的复杂局面,有必要对PRRSV的流行和变异情况进行实时监测,以此选择更为合适的疫苗毒株及免疫程序,结合严格的生物安全措施,从而达到科学防控PRRS的效果.     

PRRSV的分离与鉴定

从猪场疑似猪繁殖和呼吸综合症的病死仔猪肺脏和脾脏中分离到一株致Marc-145细胞病变的病毒,RT-PCR检测确诊为猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV),按Reed-muench法计算TCID50结果显示该分离病毒株在Marc-145细胞上的增殖毒价为106.75TCID50/ml。     

2008-2010年中国华东地区PRRSV ORF5基因遗传变异分析

 【目的】对来自2008-2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。【方法】利用RT-PCR方法对采集的样品进行PRRSV检测,并对PRRSV检测呈阳性的36份病料进行ORF5基因的序列测定和分析。【结果】260份病料中共检测到118份PRRSV阳性样品,阳性率为45.4%。ORF5序列分析和系统进化树分析结果表明,本试验所获得的36株PRRSV毒株序列均属于北美型,与GenBank中高致病性PRRSV（HP-PRRSV）参考毒株的氨基酸同源性为94.6%-100%,并可分为5个亚群,亚群III与HP-PRRSV同源性最高,几乎所有的亚群中和表位（primary neutralizing epitope,PNE）都存在变异,亚群III和IV相对于其它亚群具有更多的糖基化位点。由于36个毒株是于2008-2010年间采集自安徽、江苏、上海等7省,进化树分析结果表明,病毒的分型并没有呈现明显的地域性。【结论】2008-2010年间中国华东地区普遍存在PRRSV感染,PRRSV流行株为HP-PRRSV,其遗传演化相对稳定,但也具有不同的遗传特征。来源于不同省市的PRRSV毒株的遗传关系存在交叉,虽然亚群IV和V只出现在部分省市,但PRRSV的分布没有呈现明显的地域特征。     

北疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因克隆与遗传演化分析

【目的】研究2014年新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）遗传变异情况,监测PRRSV在新疆流行情况,为新疆的PRRSV血清学检测提供帮助。【方法】采用RT－PCR方法对分离自新疆地区的PRRS疑似病料进行ORF7基因扩增和测序,分析PRRSV ORF7基因变异情况。【结果】检测到18株PRRSV毒株具有ORF7碱基突变,均属北美洲型,与国外的参考毒株和国内的参考毒株有着不同的亲缘关系。其中,XJzx4、XJzx12与国外的参考毒株01NP1.2、PA8、VR－2332、LMY亲缘关系较近。除XJzx1、XJzx14外,其余毒株与内地毒株BJsy06、GD、HB－1 sh2002、HuN、JXA1、LN、NX06、SX2009亲缘关系较近,推断由内地毒株演化而来。【结论】新疆本地流行猪繁殖与呼吸综合征毒株是来自国内外不同地区毒株,ORF7基因在新疆具有不同的遗传变异类型。没有检测到新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因有缺失型突变。