加利福尼亚兔和新西兰兔UCP1基因第5外显子多态性和生物信息学研究

本试验以加利福尼亚兔和新西兰兔为研究对象,分别用磁珠法动物基因组DNA抽提试剂盒提取新西兰兔和加利福尼亚兔的DNA,通过构建DNA池,扩增UCP1基因的第5外显子及第4内含子部分序列。扩增产物进行双向测序,利用DNAStar和BLAST分析测序结果。结果发现:在加利福尼亚兔中没有发现SNP位点,在新西兰兔中有4个多态性位点,分别为G743T、A744G、C819A和G849T,其中G743T为同义突变,A744G为错义突变,导致编码的苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);C819A、G849T突变位点位于内含子区。多态位点的出现对UCP1基因的RNA二级结构产生的影响表现在其最小自由能由-1.93 MJ/mol变为-1.932 MJ/mol,同时SNPs位点对UCP1基因蛋白结构也有一定影响。     

利用RAPD和ISSR分子标记对西瓜作图亲本的多态性分析

以西瓜为材料,对基因组DNA的RAPD和ISSR分析体系中的Mg2+、dNTPs和引物浓度进行了优化.筛选出的RAPD优化体系(20 μl)为:引物0.4 μmol/L,dNTPs 200 μmol/L,Mg2+ 2.0 mmol/L,DNA 20 ng,1 × Buffer缓冲液,Tap 酶1.0 U;ISSR优化体系(16 μl)为:引物0.25 μmol/L,dNTPs 160 μmol/L,Mg2+1.0 mmol/L,DNA 20ng,1×Buffer缓冲液,Taq酶0.64 U.以远生态西瓜品种自交系64+1⊕ -3和6⊕-2、及23⊕-1和4-1⊕-2为作图亲本,利用筛选好的RAPD和ISSR体系对作图亲本的多态性进行分析.结果表明,在作图亲本64-1⊕-3和6⊕-2中,181个RAPD引物中有11个引物不能有效扩增,其余170个引物产生了525条扩增带,平均每个引物在基因组中可检测到3.08个基因位点,其中可检测出多态性位点的引物有55个,产生了77条多态性扩增带,平均多态率为14.67%;62个ISSR引物中有17个引物不能有效扩增,其余45个引物产生了188条扩增带,平均每个引物产生了4.18条扩增带,15个多态性引物可以在双亲间检测到多态性位点23个,平均每个多态性引物能扩增出1.53个多态性位点,多态率为12.23%.在作图亲本23⊕-1和4.1⊕-2中,利用499个RAPD引物进行了基因组的扩增,其中43个引物为非有效引物,456个引物产生了1 431条带,平均每个引物产生3.14条带,142个多态性引物检测到了240个多态性基因位点,平均多态率为16.77%.表明西瓜作图亲本问的遗传背景较狭窄.     

山猪UCP3基因遗传变异及其与胴体、肉质性状的相关研究

将猪解耦联蛋白3(UCP3)基因作为山猪肉质性状研究的候选基因之一,应用PCR-SSCP技术检测山猪及其杂种猪UCP3基因的多态性,对具有多态性的位点进行测序后,与其他品种猪UCP3基因序列进行比较分析。结果在山猪及其杂种中检测到2种UCP3 PCR-SSCP多态型,测序及比较分析后共找到19处多态位点,其中A型具有独特的4处多态位点。对5个品种猪UCP3基因共有的15处多态位点比较后发现,山猪的B型与长白猪的相应序列相似性最高,15处多态位点中有14处相同(只1567处有一个替换),山猪UCP3的A型与内江猪相应序列相似性最高,15处多态位点中有11处相同。对11个品种猪AυaI的PCR-RFLP基因型分布进行比较,发现山猪与梅山猪、内江猪的分布较一致。利用SAS 6.12软件,对PCR-SSCP不同基因型个体胴体性状与肉质性状进行了显著性检验与多重比较,结果表明UCP3 PCR-SSCP不同基因型间肉质性状差异均不显著,在胴体性状中AA型背膘厚显著低于BB型,因此UCP3有可能作为胴体性状遗传标记用于标记辅助选择。     

家兔ANGPTL4基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。     

绵羊miR-1基因前体序列的多态性分析

为了检测不同产肉性能的绵羊群体中miR-1基因前体序列的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),并与绵羊骨骼肌发育进行相关性分析,采用不对称聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对萨福克羊和湖羊2种产肉性能不同绵羊的miR-1基因前体序列进行SNP检测,并预测该SNP位点对miR-1前体序列二级结构稳定性所造成的影响。结果表明,在绵羊miR-1基因前体成熟序列的下游115 bp处检测到1个A→G突变,并且该SNP位点与绵羊的产肉性能有一定的相关性;由国外引进的优良肉羊品种萨福克羊,GG基因型为其优势基因型,G等位基因频率为0. 76;通过miR-1基因前体序列二级结构预测发现,该SNP位点能够使其发生变化,使ΔG降低1. 5 kJ/mol。综上所述,绵羊miR-1基因前体序列的SNP位点可能对miR-1前体的加工成熟产生重要影响,最终影响绵羊的产肉性能。     

猪骨调素OPN基因多态性的研究

根据GenBank公布的猪OPN基因,设计3对引物,采用微卫星标记技术和PCR-SSCP技术检测猪OPN基因的多态性.结果显示,引物P1位点上检测到5个等位基因和4种基因型,引物P2和P3上分别存在2个等位基因和2个基因型.遗传多态性分析结果表明,P1位点上,小梅山猪的纯合度最高,为0.518,大白猪纯合度最低,为0.290.P2和P3位点上两个品种纯合度差异不大;大白猪的群体平均杂合度大于小梅山猪,其杂合度分别为0.481、0.388.     

3个牛品种UCP3基因第5内含子和第6外显子部分序列的多态性研究

以中国西门塔尔牛、安格斯牛和海福特牛为试验材料,设计特异性引物扩增解耦联蛋白3基因(UCP3)的第5内含子和第6外显子部分序列,利用PCR-SSCP技术对牛UCP3基因进行了SNPs检测和基因型分析。结果表明,3个牛品种中的优势等位基因均为B,中国西门塔尔牛和安格斯牛的优势基因型为BB型,海福特牛的优势基因型为AB型;中国西门塔尔牛和海福特牛在UCP3基因位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,而安格斯牛在UCP3基因位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态;中国西门塔尔牛和海福特牛在UCP3基因位点为中度多态,安格斯牛在UCP3基因位点为高度多态。     

甜樱桃DFR基因内含子2和内含子3的多态性

【目的】研究70个甜樱桃品种DFR基因多态性与果皮颜色的相关性。【方法】通过DNA序列分析,以不同果皮颜色的10个甜樱桃品种（Prunus avium L.）为材料,检测DFR基因的多态性。根据多态性出现的位点设计特异引物,通过PCR扩增检测70个甜樱桃品种DFR基因的多态性。【结果】获得甜樱桃DFR基因约1 kb的片段,测序结果用BLAST分析发现,其核苷酸序列与樱桃李（Prunus cerasifera）的核苷酸相似性为80 %,预测的氨基酸序列与已知的甜樱桃（P. avium）DFR氨基酸序列相似性达99 %。该片段由3个外显子和3个内含子组成,2个多态性位点分别在内含子2和内含子3上。在黄色、黄底红晕和红色果皮3个组的70个甜樱桃品种中发现3个单倍型,共5种单倍型组合。通过SAS 9.0软件分析发现,所检测到的DFR基因的等位基因频率在黄底红晕果皮品种组和红色品种果皮组中的分布无显著差异。【结论】本研究在甜樱桃DFR基因座上得到2个差异位点,分别在内含子2和内含子3内,其优势基因频率依次为：0.864和0.679;但未发现DFR基因内含子2和内含子3的多态性与果皮颜色之间存在直接关系。     

江口萝卜猪UCP2基因启动子变异分析

[目的]研究江口萝卜猪UCP2基因启动子变异,并对其进行生物信息学分析,为江口萝卜猪品种选育及开发利用提供理论依据.[方法]利用江口萝卜猪基因组DNA构建混合DNA池,PCR产物直接测序后采用DNASTAR等生物软件分析筛选出SNP位点,然后采用Neural Network Promoter Prediction、TFsitescan、WebGene等生物信息学分析软件预测单核苷酸突变前后的UCP2基因启动子核心区域、转录因子结合位点和CpG岛.[结果]在江口萝卜猪UCP2基因启动子上共筛选到3个SNPs位点,分别是G-84>A、G-161>C和T-366>A.利用生物信息学分析软件分析单核苷酸突变对UCP2基因启动子核心区域、转录因子结合位点及CpG岛的影响,结果发现,从江口萝卜猪UCP2基因启动子上筛选到的3个SNPs位点均不在预测到的启动子核心区域,但靠近转录起始点;3个SNPs位点也不在预测得到的CpG岛内,且不会影响UCP2基因启动子的甲基化水平;3个SNPs位点能在不同程度上导致转录因子结合位点消失或产生新的转录因子结合位点,其中G-161>C突变对转录因子结合位点的影响最大.[结论]从江口萝卜猪UCP2基因启动子上筛选到3个SNPs位点,分别为G-84>A、G-161>C和T-366>A,虽然这3个SNPs位点均不在启动子核心区域及CpG岛内,但不同程度造成转录因子结合位点消失或产生,其中G-161>C的影响最大,可能是调控UCP2基因表达的重要功能突变位点.     

6个家兔群体KAP3.1基因的遗传变异分析

研究设计了2对特异性引物,经过序列拼接首次获得了家兔KAP3.1基因的全长CDS序列,同时采用PCR-SSCP法对6个家兔群体KAP3.1基因的全部CDS序列以及部分5'端和3'端序列进行SNP检测,结果显示,KAP3.1-1位点上发现3种基因型,2个等位基因,在序列上发生了C91T突变,为沉默突变;而KAP3.1-2位点未检测到突变.6个群体的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡,且表现为低度或没有多态.福建黑兔与九疑山兔,福建黑兔与皖系长毛兔,有色獭兔与白色獭兔,九疑山兔与白色獭兔,九疑山兔与皖系长毛兔之间不存在分布差异(P>0.05),而其他家兔群体彼此之间的分布差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01).研究为KAP3.1基因是否能作为家兔毛质性状选育工作的分子标记可提供一定参考.     

酵母葡聚糖对金葡菌灭活苗免疫新西兰兔效果的影响

为了研究酵母葡聚糖对金黄色葡萄球菌油乳剂灭活苗免疫新西兰兔效果的影响,将其添加到金黄色葡萄球菌油乳剂灭活苗中,配制成低(5 g/L)、中(10 g/L)、高(15 g/L)3个剂量的酵母葡聚糖金黄色葡萄球菌油乳剂灭活苗,同时用不添加酵母葡聚糖的金黄色葡萄球菌油乳剂灭活苗和生理盐水作为对照,分别给每只新西兰兔皮下注射1 mL,在注射后第7、14、21、31、41和51天,分别采血检测新西兰兔淋巴细胞转化率和抗体水平。结果表明,中剂量(10 g/L)的酵母葡聚糖金黄色葡萄球菌油乳剂灭活苗能明显提高新西兰兔的淋巴细胞转换率和血清抗体水平。说明灭活苗中添加适量的酵母葡聚糖能提高疫苗的免疫效力,增强新西兰兔的免疫功能。     

新西兰白兔·福建黄兔及其杂交组合屠宰性能和肉品质的杂种优势分析

[目的]评价新西兰白兔与福建黄兔杂交群体的杂种优势。[方法]对新西兰白兔、福建黄兔及其正反交群体共80个个体进行屠宰性能和肉品质的测定。[结果]4个家兔群体的宰前活重、全净膛重和半净膛重分别为1 817.20～2 308.60、914.10～1 231.50和985.99～1 315.20 g。公兔群体中,福建黄兔×新西兰白兔的屠宰性能最高;母兔群体中,新西兰白兔的屠宰性能最高。4个家兔群体的腿肌剪切力和背最长肌剪切力分别为25.11～40.44和18.02～26.44 N。其中,新西兰白兔公兔群体腿肌剪切力最低,而新西兰白兔母兔群体背最长肌剪切力最低。腿肌失水率和背最长肌失水率分别为33.43%～41.52%和31.79%～39.01%。其中,新西兰白兔公兔群体腿肌失水率最低,而福建黄兔公兔群体背最长肌失水率最低。[结论]杂交群体在屠宰性能和肉品质上表现出部分杂种优势。     

WHBE兔遗传特异性的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA技术(RAPD)对WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔进行了遗传分析.用10个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增.根据电泳结果选用其中8个引物扩增的条带进行遗传分析,共检测到107条扩增片段,其中多态性片段32条,占29.91%,反映了家兔品系间的遗传变异.多态性统计分析表明,WHBE免和日本大耳白兔的遗传相似度最高,为0.7948.其中4个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出不同品系的特征条带,表明WHBE兔与日本大耳白兔和新西兰兔之间有遗传的相似性,也存在遗传差异.这些结果表明应用RAPD技术可以很好地检测家兔不同品系间以及同一品系不同个体间的亲缘关系.     

新西兰白兔中Myh6基因的表达及与肌纤维性状的相关性

【目的】分析Myh6基因在新西兰白兔Oryctolagus cuniculus肌肉中的表达规律及与肌纤维特性的相关性,探究Myh6基因在肌纤维发育过程中的作用。【方法】利用冰冻切片技术测量了2、4、6、8、10、12周龄新西兰白兔背腿肌中不同类型肌纤维的密度、面积、长径和短径等性状,采用qRT-PCR测量了Myh6基因在不同周龄新西兰白兔背腿肌中的表达量,分析了上述性状与Myh6基因表达的相关性。【结果】2~8周龄新西兰白兔各类型肌纤维的密度逐渐变小,面积、长径和短径则逐渐变大(白肌纤维短径除外,仅在2~6周龄有变大趋势)。Myh6基因在4周龄表达量最高。Myh6基因表达量与公兔背部红肌纤维的面积呈极显著负相关(P0.01),与公兔腿部红肌纤维的密度呈极显著正相关(P0.01)。【结论】Myh6基因表达与肌纤维类型和肌纤维的生长发育密切相关。     

家兔核仁组成区的银染多态性及其与品种间血缘关系的研究

对青紫蓝兔、加利福尼亚兔、大耳白兔、新西兰白兔,德系安哥拉兔等5个家兔品种。采用外周血淋巴细胞培养技术制备早中期染色体。并利用Ag-As、Ag-Ⅰ及1-stcp等3种方法进行Ag-NORs数目和频率分布的研究,分析各品种间亲缘关系。结果表明:本实验中制备的染色体其长度较长,可以被准确编号,并通过G-带分析支持了上述结论。在3种银染方法中,以1-step法最为满意。家兔的Ag-NORs定位于第13、16、20号染色体短臂和第21号染色体长臂端部。家兔Ag-NORs在细胞间、个体间、品种间均有差异,上述品种的Ag-NORs均数分别为3.27、2.97、3.53、2.93、2.67,品种间差异显著大于品种内个体间差异,说明Ag-NORs具有品种特征。并且以Ag-NORs的数目和频率分布进行聚类分析结果表明,新西兰白兔、青紫蓝兔、加利福尼亚兔、德系安哥拉兔为一个类群,而大耳白兔为另一个类群。证实Ag-NORs作为遗传指标,具有品种特征,可用于研究家兔各品种间的亲缘关系。     

病毒性出血症疫苗免疫剂量对幼兔血清抗体效价的影响

选择35、40和45日龄的新西兰家兔各30只,每种日龄兔随机均分为5组,其中对照组注射生理盐水,4个试验组分别注射4种剂量(1 m l、2 m l、3 m l、4 m l)的兔病毒性出血症疫苗,分别于免疫前及免疫后1~7周内每周采血测定血清抗体效价的动态变化。结果表明:各日龄兔的2 m l、3 m l、4 m l剂量组的抗体上升速度和有效抗体维持时间均显著大于同日龄的1 m l剂量组;35日龄兔的2 m l、3 m l、4 m l剂量组的抗体峰值显著高于1 m l剂量组。提示35日龄兔注射剂量2 m l为最佳免疫程序。     

睾丸和卵巢打点注射pIRES2-EGFP质粒生产转基因兔的研究(英文)

为探讨直接用注射器对睾丸和卵巢打点注射pIRES2-EGFP质粒转染兔的精子细胞和卵母细胞,建立操作方便、效率高、成本低、可批量生产转基因兔的可行性。选择5只成年新西兰雄兔、29只经产新西兰雌兔,每侧睾丸和卵巢内分别打点注射0.5~0.8 mg/mL质粒0.25 mL。①第3周随机取一只雄兔睾丸做冰冻切片,于荧光显微镜下观察转染情况。②(Ⅰ:1#♂×7♀、Ⅱ:2#♂×7♀、Ⅲ:3#♂×7♀、Ⅳ:4#♂×7♀)其它雄兔于第6周和第7周与3日前做过卵巢注射并超排处理的雌兔配种,最后采集新生仔兔耳组织,提取基因组DNA,经PCR和Southern杂交检测阳性率。结果显示雄兔睾丸冰冻切片于荧光显微镜下可见绿色荧光,统计所得后代转基因阳性率,并进行差异分析,其中Ⅰ组后代阳性率最高,PCR和Southern杂交检测阳性率为93.55%和83.87%,Ⅳ后代阳性率最低,依次为80.65%和70.97%,但是各组之间差异不显著。上述实验结果表明,对睾丸和卵巢同时注射外源基因可获得较高阳性率的转基因后代,生产转基因的方法操作简便、高效,为日后大规模制备一些大型家畜的转基因后代奠定了基础。     

Growth Curves Analysis of Five Meat Rabbit Breeds

The growth curves of five meat rabbit breeds are fitted in form of Gompertz model,The results are shown as follows:the goodness of fit is higher than 99.50%;considering the body weight at one hundred day,the maximum weight(A),the instantaneous relative growth rate(K),lthe turning weight(W),the turning age(t),the early average daily gain(KW),selection,the Checkered Giant(GG) and the New Zealand White(NN) are better than other meat breeds,the slauthter age should be at the age of 90 day.     

卵巢打点注射质粒pIRES2-EGFP生产转基因兔的研究

本研究以绿色荧光蛋白为报告基因,转染兔卵母细胞,探索建立操作方便、效率高、成本低、可定量生产转基因兔的可行性方法.选择14只成年新西兰雌兔,每侧卵巢内分别打点注射0.25 mL 0.5～0.8 mg/mL的质粒,注射后第3日、第16日和第31日进行人工辅助配种;卵巢注射后第3日、第16日和31日随机各取1只雌兔卵巢做冰冻切片,置荧光显微镜下观察绿色荧光;应用PCR 和 Southern 杂交检测转基因新生仔兔阳性率.结果经荧光显微镜观察,卵巢注射后第3日配种的雌兔卵巢冰冻切片及48 h以后的胚胎呈现绿色荧光;卵巢注射报告基因后第3日配种的雌兔后代阳性率最高,PCR 和 Southern 杂交检测结果分别为72.7 %和45.5 %;第31日配种的后代阳性率最低,分别为36.8 %和15.8 %;第16日配种、第3日配种和第31日配种雌兔的阳性后代数量呈递减趋势.卵巢注射后第3日配种,虽然后代阳性率较高,但是其产仔数最少.实验结果表明,用注射器直接对卵巢打点注射外源基因生产转基因兔的方法操作简便、高效,为日后大规模制备一些大型家畜的转基因后代奠定了基础.     

福建地方家兔肉质特性的比较研究

对福建黄兔、黑毛福建兔的肉质常规营养成分、氨基酸和铁进行测定,并与新西兰白兔进行比较分析,结果表明：黑毛福建兔肌肉总氨基酸含量、鲜味氨基酸、必需氨基酸和铁含量比福建黄兔分别高1．61％、1．04％、0．65％和2．41％,粗脂肪低1．68％,差异均显著（P〈0．05）,与新西兰白兔相比,分别高1．58%、0．96％、0．47％和3．15％,粗脂肪低1．92％,差异均显著（P〈0．05）,显示黑毛福建兔的肉质营养和风味好于福建黄兔和新西兰白兔。福建黄兔的甘氨酸和谷氨酸含量显著高出新西兰白兔0．19％和0．16％（P〈0．05）,说明其风味比新西兰白兔好。