家兔MITF基因部分外显子多态性的PCR-SSCP分析

小眼畸形相关转录因子MITF是色素细胞的发育成熟中的重要因子,可调控酪氨酸基因家族的表达,参与黑素生成的调控,从而影响动物的毛色。本实验采用PCR-SSCP技术,检测白色獭兔、海狸色獭兔和闽西南黑兔群体中家兔MITF基因的5个外显子和部分内含子区域的多态性,结果发现,引物1、2、5、7的扩增片段均未表现出多态,在获得的大小为255 bp的引物4扩增片段中发现一个SNP(C43T)位点,在各群体中表现为3种等位基因型AA、BB、AB。测序结果表明第4外显子扩增片段的突变位于5′端的内含子区域,不影响氨基酸序列。统计结果显示,白色獭兔群体不处在哈代温伯格平衡状态(P<0.05),其余群体则均处于平衡状态。闽西南黑兔群体表现出中度多态(0.5>PIC>0.25),其余群体为低度多态。     

6个家兔群体KAP3.1基因的遗传变异分析

研究设计了2对特异性引物,经过序列拼接首次获得了家兔KAP3.1基因的全长CDS序列,同时采用PCR-SSCP法对6个家兔群体KAP3.1基因的全部CDS序列以及部分5'端和3'端序列进行SNP检测,结果显示,KAP3.1-1位点上发现3种基因型,2个等位基因,在序列上发生了C91T突变,为沉默突变;而KAP3.1-2位点未检测到突变.6个群体的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡,且表现为低度或没有多态.福建黑兔与九疑山兔,福建黑兔与皖系长毛兔,有色獭兔与白色獭兔,九疑山兔与白色獭兔,九疑山兔与皖系长毛兔之间不存在分布差异(P>0.05),而其他家兔群体彼此之间的分布差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01).研究为KAP3.1基因是否能作为家兔毛质性状选育工作的分子标记可提供一定参考.     

4个家兔群体MC1R基因外显子的遗传多样性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对4个家兔群体MC1R基因外显子序列进行分析,结果显示:MC1R基因外显子出现2个等位基因(A、B)、3种基因型(AA、AB、BB),103～108位点存在AGACGG插入。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,在所选的4个家兔群体的MC1R基因外显子中,A等位基因在白色獭兔、彩色獭兔和九疑山兔群体中表现为优势等位基因,B等位基因在闽西南黑兔表现为优势等位基因;A等位基因与白色、蛋白色等浅毛色性状相关,B等位基因与黑色、青紫蓝色及海狸色等深毛色性状相关。本研究为判断MC1R基因是否能作为家兔毛色性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

5个家兔群体FGF5基因的遗传多样性分析

设计5对特异性引物,采用PCR-RFLP法及PCR-SSCP法对5个家兔群体FGF5基因CDS序列进行分析。结果显示:FGF5-1A发现了2个等位基因、3种基因型,在该引物285~287位点存在TCT缺失;FGF5-3B发现了2个等位基因、2种基因型,在该引物58位点处存在T→C突变。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,且在所选的5个家兔群体的FGF5-1A中,A1等位基因均为优势等位基因,獭兔群体表现为中度多态,肉兔群体表现为低度多态,毛兔未检测到多态。皖系长毛兔与其他家兔群体之间分布均差异极显著(P<0.01),九疑山兔与海狸色獭兔之间分布差异显著(P<0.05)。该研究为FGF5基因是否能作为家兔毛质性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

6个家兔群体KAP6.1基因的遗传多样性分析

设计了2对特异性引物,经过序列拼接,获得了家兔KAP6.1基因的全长CDS序列,并采用PCR-SSCP方法对6个家兔群体KAP6.1基因的全长CDS序列进行分析.结果显示,KAP6.1-1座位发现了2个等位基因,3种基因型,且A755G突变处于该基因的增强子区域,而KAP6.1-2座位未发现突变位点;6个家兔群体均处于哈代-温伯格平衡,表现为中度或低度多态;福建黑兔与九嶷山兔、有色獭兔与白色獭兔、皖系长毛兔与苏系长毛兔的不同基因型分布差异不显著(P0.05),而其他家兔群体彼此间的不同基因型分布存在显著(P0.05)或极显著差异(P0.01).