獭兔MITF基因部分外显子多态性研究

M ITF是色素细胞发育成熟中的重要因子,参与黑素生成的调控,从而影响动物毛色。采用PCR测序技术,检测了白色獭兔、海狸色獭兔样本中MITF基因5个外显子区域的多态性。结果表明,外显子2,4未表现出多态,外显子1,5,7中存在一些多态位点,这些多态位点存在于白色个体之间或白色和海狸色个体之间。表明MITF中部分多态与獭兔毛色有显著关联,说明MITF是影响毛色的关键基因。     

4个家兔群体MC1R基因外显子的遗传多样性分析

为探究黑色素皮质素受体1(MC1R)基因外显子与家兔毛色形成之间的关系,采用PCR-SSCP高温变性结合DNA测序方法,对4个家兔群体(白色獭兔、青紫蓝獭兔、九嶷山兔和闽西南黑兔)的MC1R基因的多态性进行了检测,并分析了MC1R基因位点突变与家兔毛色之间的相关性。结果表明,MC1R基因外显子发现了2个等位基因、3种基因型,103-108位点存在AGACGG插入。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,在所选的4个家兔群体的MC1R基因外显子中,A等位基因在白色獭兔、青紫蓝獭兔和九嶷山兔群体中表现为优势等位基因,B等位基因在闽西南黑兔群体中表现为优势等位基因。A等位基因与白色、蛋白色等浅毛色性状相关,B等位基因与黑色、青紫蓝色及海狸色等深毛色性状相关。     

伊拉肉兔和美系獭兔MSTN基因多态性研究

为了探索伊拉肉兔和美系獭兔MSTN基因多态性，以期为家兔分子选育提供理论依据。试验分别选取了伊拉肉兔与美系獭兔70只，其中公母各35只，采用PCR扩增MSTN基因部分片段并测序，结果：① 共发现了4个SNP位点，分别位于MSTN基因序列外显子Ⅰ的111bp处，内含子Ⅰ的234bp处，外显子Ⅱ的338bp处和内含子Ⅱ的34bp处；外显子Ⅲ中则未发现多态位点；内含子多态位点首次发现。② MSTN基因外显子Ⅰ的SNP位点发生C—T的转换，有CC、CT和TT 3种基因型，CC为优势基因型，且基因型频率分布在伊拉肉兔群体中不符合hardy-weinberg平衡外（P <0.05）。③ 内含子Ⅰ的SNP位点发生了G-A的转换，有GG、GA和AA 3种基因型；外显子Ⅱ的SNP位点处T-A的颠换，有TT、TA和AA 3种基因型；内含子Ⅱ的SNP位点处发生T-C的转换，有TT、TC和CC 3种基因型。这3个SNP位点基因型频率在伊拉肉兔和美系獭兔群体中均符合hardy-weinberg平衡（P >0.05）。④ 4个SNP位点在伊拉肉兔和美系獭兔群体中均表现为中度多态（0.25相似文献   

獭兔Tyr基因外显子3多态性检测及序列分析

以不同獭兔群体为研究对象,采用PCR-SSCP技术检测了Tyr基因外显子3的多态性,针对獭兔Tyr基因外显子3中的碱基突变,进行了生物信息学预测比较分析,以期为獭兔毛色形成机制提供分子生物学基础。结果表明,外显子3存在2个等位基因、3种基因型,A1118C的突变导致编码的赖氨酸变成了苏氨酸。白色和青紫蓝色獭兔各基因型和基因型频率的卡方适合性检验结果显示,BB基因型频率在青紫蓝色獭兔和白色獭兔中均较高,说明等位基因B是青紫蓝色獭兔群体和白色獭兔中的优势等位基因。Hardy-Weinberg平衡检验结果表明,两个群体均处于平衡状态。青紫蓝色獭兔群体的多态信息含量为中度多态(0.25PIC0.50),白色獭兔群体的多态信息含量为低度多态(PIC0.25)。青紫蓝色獭兔杂合度较高,白色獭兔杂合度较低。生物信息学分析结果表明,外显子3中A1118C的突变未改变TYR蛋白质的理化性质、二硫键、跨膜结构、信号肽、磷酸化位、二级结构和三级结构,但改变了TYR蛋白质的糖基化位点,从而有可能影响到TYR蛋白质的功能。     

6个家兔群体KAP6.1基因的遗传多样性分析

设计了2对特异性引物,经过序列拼接,获得了家兔KAP6.1基因的全长CDS序列,并采用PCR-SSCP方法对6个家兔群体KAP6.1基因的全长CDS序列进行分析.结果显示,KAP6.1-1座位发现了2个等位基因,3种基因型,且A755G突变处于该基因的增强子区域,而KAP6.1-2座位未发现突变位点;6个家兔群体均处于哈代-温伯格平衡,表现为中度或低度多态;福建黑兔与九嶷山兔、有色獭兔与白色獭兔、皖系长毛兔与苏系长毛兔的不同基因型分布差异不显著(P0.05),而其他家兔群体彼此间的不同基因型分布存在显著(P0.05)或极显著差异(P0.01).     

福建黄兔INHBA基因5’端cDNA克隆及序列分析

为扩增福建黄兔INHBA基因5’端,根据GenBank上已公布的家兔序列KC831577,设计了2条巢式引物,利用5’ RACE技术克隆福建黄兔INHBA基因5’端序列,获得1个682bp片段,对该片段克隆测序,获得包括5’ UTR、第1外显子及部分第1内含子的片段。利用在线软件预测在-229~-180bp处存在可能的启动子,同时还发现9个潜在转录因子结合位点,其中包含对转录有重要调控作用的TATA-box位点。     

利用荧光多重PCR技术分析8个兔品种遗传多样性

[目的]揭示8个兔品种的遗传多样性。[方法]采用荧光-多重PCR技术,筛选出多态性较好的18对微卫星引物,对苏系长毛兔、皖系长毛兔、美系獭兔、新西兰白兔、福建黄兔、闽西南黑兔、九疑山兔和比利时兔进行遗传多样性检测。[结果]8个兔品种在18个微卫星座位上的基因频率存在一定的差异;8个兔品种的平均多态信息含量为0.418 5～0.548 9。福建黄兔的平均多态信息含量最高,为0.548 9;苏系长毛兔的平均多态信息含量最低,为0.418 5。平均遗传杂合度也出现了类似的结果,说明福建黄兔的遗传多样性最丰富。根据各品种之间的遗传距离,将8个兔品种分为3大类:苏系长毛兔、皖系长毛兔、美系獭兔、九疑山兔和闽西南黑兔聚为第1类群,新西兰白兔和福建黄兔聚为第2类群,比利时兔为第3类群。[结论]该研究可为家兔种质资源的有效保护和合理利用提供理论依据。     

6个家兔群体KAP3.1基因的遗传变异分析

研究设计了2对特异性引物,经过序列拼接首次获得了家兔KAP3.1基因的全长CDS序列,同时采用PCR-SSCP法对6个家兔群体KAP3.1基因的全部CDS序列以及部分5'端和3'端序列进行SNP检测,结果显示,KAP3.1-1位点上发现3种基因型,2个等位基因,在序列上发生了C91T突变,为沉默突变;而KAP3.1-2位点未检测到突变.6个群体的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡,且表现为低度或没有多态.福建黑兔与九疑山兔,福建黑兔与皖系长毛兔,有色獭兔与白色獭兔,九疑山兔与白色獭兔,九疑山兔与皖系长毛兔之间不存在分布差异(P>0.05),而其他家兔群体彼此之间的分布差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01).研究为KAP3.1基因是否能作为家兔毛质性状选育工作的分子标记可提供一定参考.     

海南地方猪POU1F1基因多态性与体质量的相关性

采用 PCR–SSCP、PCR–RFLP 技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的 POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究.结果表明:猪 POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显子4存在2个等位基因和3种基因型;在外显子4基因座上,五指山猪、临高猪、屯昌猪呈 Hardy–Weinberg 平衡状态,五指山猪近交系呈不平衡状态,4个猪种群的遗传多态性均处于中度多态(0.250.5);利用 SPSS 软件分析五指山猪 POUIF1基因内含子3和外显子4基因的多态性与其3个生长阶段体质量的相关性,发现引物 P1与 P4不同基因型个体体质量的差异均不显著     

獭兔酪氨酸酶相关蛋白1(Tyrp1)基因序列分析及外显子多态性研究

[目的]探索獭兔酪氨酸相关蛋白1(Tyrp1)基因在毛色形成过程中的分子机制。[方法]对獭兔Tyrp1基因序列的核苷酸序列、编码产物的基本理化性质等进行预测和分析,同时利用PCR-SSCP(Single strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products)技术检测Tyrp1基因CDS序列的多态性分布状况。[结果]信息学分析发现,TYRP1蛋白是不稳定的亲水性蛋白,有信号肽,具有酪氨酸酶家族特征性功能结构域。多态性检测发现仅在Tyrp1基因CDS的483 bp处存在1个C→T的同义突变,位于外显子2上,该碱基的突变没有造成氨基酸的改变(AUC→AUT,异亮氨酸)。Hardy-Weinberg平衡检验表明,青紫蓝色獭兔群体处于非平衡状态,白色獭兔群体处于平衡状态。青紫蓝兔群体为中度多态信息含量(0.25PIC0.50),白色獭兔群体为低度多态信息含量(PIC0.25)。[结论]Tyrp1基因对獭兔的毛色有一定的影响。该研究结果可为獭兔毛色的选种选育提供一定的参考。     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

獭兔KAP和FGF5基因的多态性与经济性状的关系

分析獭兔KAP基因和FGF5基因的多态性与经济性状的关系,为獭兔下一步的性状改良提供理论基础.利用PCR-SSCP技术对KAP基因的4个位点进行遗传变异检测,通过SPSS软件下的GLM程序分析150只獭兔KAP基因2个多态位点及FGF5基因2个多态位点不同基因型的最小二乘均值(LSM)、最小二乘效应值(LSE)及其遗传方差;通过标记位点与胴体性状和毛皮性状的遗传相关预测了选择反应.结果表明:獭兔KAP3.2位点可作为胴体深和被毛密度的标记位点,KAP6-1位点可作为獭兔体质量,胴体质量和被毛长度性状的标记基因型的标记位点,FGF5-1位点可作为体质量、胴体质量、皮质量和被毛密度的标记位点.     

TOLLIP基因3′侧翼区的群体遗传多态分析

为了寻找TOLLIP基因的突变位点,揭示中国荷斯坦牛的群体遗传特征。以中国荷斯坦牛群体66头个体为研究对象,用PCR方法扩增了牛TOLLIP基因3′侧翼区的部分片段,通过直接电泳与测序相结合的方法检测该片段的多态性,计算基因型频率,基因频率和多态信息含量,分析该多态位点在中国荷斯坦牛群体中的遗传特征。结果表明,该扩增片段的第43 bp处存在5个碱基(TCGGG)的缺失,致使多态性产生。其AA,AB和BB的基因型频率分别为0.3485,0.5152和0.1364;A等位基因(243 bp)和B等位基因(238 bp)的频率分别为0.6061和0.3939;多态信息含量和杂合度分别为0.3635和0.4775,表明该缺失突变在中国荷斯坦奶牛群体中处于中度多态;χ2适合性检验结果表明,中国荷斯坦牛群体在该位点的缺失突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

大耳白兔MSTN基因SNPs位点筛查及生物信息学分析

为探明大耳白兔MSTN基因与生长发育及肉质性状的关联性,以大耳白兔为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序技术对该基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,从而筛选出对大耳白兔肉质性状有显著影响的SNP位点,利用生物信息学方法从分子水平对大耳白兔MSTN基因编码的蛋白质进行功能预测和同源性分析。结果显示:大耳白兔MSTN基因编码区序列全长1 128 bp,编码375个氨基酸,是一种不稳定的水溶性蛋白;蛋白质分子量42.8 ku,理论等电点为6.97;蛋白质二、三级结构均为混合型,无规则卷曲所占比例最高。在扩增区域的非编码区发现1个SNP位点,该突变不影响编码氨基酸的改变。同源性分析表明,大耳白兔MSTN基因与普通家兔相似度为100%,与家猫相似度较高,亲缘关系很近。     

皖南黑猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的多态性分析及克隆测序

对皖南黑猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-上游区和第二内含子的多态性进行分析及克隆测序,为开展皖南黑猪肉质性状分子育种奠定理论基础。采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了184头皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区和第二内含子区的遗传变异情况,并对该基因的多态片段进行克隆和测序分析。结果显示:(1)在5’-上游区,HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.62,表现为中度多态(PIC=0.359 6);在第二内含子区,HaeⅢ位点上存在多态性,等位基因D的基因频率为0.92,表现为低度多态(PIC=0.130 7);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型;HinfⅠ*位点上也存在多态性,等位基因B的基因频率为0.78,表现为中度多态(PIC=0.282 4);(2)χ2检验表明,除5’-上游区HinfⅠ多态位点外,其他3个位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);(3)对H-FABP基因3个多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1811bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。本试验确证了皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区的多态位点并在第二内含子区检测到了HaeⅢ和Hinf*Ⅰ多态位点,这可为进一步分析H-FABP基因不同基因型与IMF含量的关系,以及确定影响IMF沉积的主效基因提供一定的数据基础。     

西部地区主要猪品种与野猪遗传聚类分析

对八眉猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪等西部地区地方品种和汉中白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪等8个猪品种以及野猪基因组DNA、混合DNA样进行了RAPD分析。根据8个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明：长白猪与大白猪亲缘关系最近，八眉猪和汉江黑猪次之，而野猪与长白猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果，认为内江猪、八眉猪和汉江黑猪为一类型，荣昌猪和汉中白猪可划分为同一类型，但对野猪与其他品种的亲缘关系应作进一步分析。     

马拉硫磷对东亚飞蝗不同种群遗传结构的分化研究

以接近于LD50的马拉硫磷处理东亚飞蝗Locustamigratoriamanilensis(Meyen)天津北大港和山东无棣种群个体,用SSRP-PCR标记技术分析检验东亚飞蝗在不同选择压力下,存活个体与死亡个体的基因型与马拉硫磷致死作用的可能相关关系。结果表明,无棣种群死亡组的多态性明显高于存活组,而北大港种群存活组的多态性高于死亡组,北大港群体的多态性高于无棣群体。各多态位点与马拉硫磷致死性相关性检测表明:第一,相同引物的不同位点对马拉硫磷的敏感性不同,不同种群对马拉硫磷致死性存在相关性的位点不同;第二,不同处理的东亚飞蝗在同一引物扩增出的同一位点对马拉硫磷毒性的反应不同。这些结果表明,马拉硫磷对东亚飞蝗在不同引物扩增的不同位点有选择致死作用。Nei’s遗传距离值在两个种群中都是在死亡组和存活组最高,表明马拉硫磷对东亚飞蝗种群的遗传结构产生了一定的分化作用。     

OPN基因多态性与猪繁殖性状相关分析

研究长白猪、大白猪、杜洛克猪及槐猪的骨调素(OPN)基因多态性及其与猪繁殖性状的关系.研究表明:OPN基因在6136 bp处发生同义突变(C→A),发现大白猪、长白猪和槐猪群体中存在3种OPN基因型(CC、CA和AA),而在杜洛克群体中仅发现AA型.在槐猪群体中,CC、AA型初产母猪个体的总产仔数(TNB)均显著高于CA型(P<0.05),不同基因型初产母猪的产活仔数(NBA)差异均不显著(P>0.05);CC、AA型经产母猪个体的TNB均极显著高于CA型(P<0.01),CC型经产母猪的NBA极显著高于CA型(P<0.01),AA型经产母猪的NBA显著高于CA型(P<0.05),但无论是初产母猪还是经产母猪,CC型和AA型的TNB和NBA差异均不显著(P>0.05).在大白猪、长白猪和杜洛克猪群体中,OPN基因对其TNB和NBA均无显著影响(P>0.05).