暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区（ITS区）进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。     

江浙地区披针叶八角植物遗传多样性及ITS序列的分析

[目的]从基因水平上探讨披针叶八角植物的遗传多样性。[方法]以江浙地区披针叶八角种内12个不同类型的植株为材料,克隆其核糖体DNA内转录间隔区序列,应用相关软件对其序列差异进行了分析。[结果]供试的披针叶八角植物在形态上可以分为12种类型,其ITS序列长度为634～637 bp,序列差异值为0%～2.4%,ITS1和ITS2的信息位点均达到了6个;聚类分析结果有2组5种供试植株的ITS序列完全一致,而其生物学特征存在一定的差别。[结论]ITS序列同源性与结实性之间具有一定的相关性,而基于ITS序列差异值的种内分类标准并不适用于披针叶八角植物。     

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法

[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。     

基于nrDNA ITS序列的18份宁夏枸杞资源的遗传多样性

[目的]利用nrDNA ITS序列,探讨18份宁夏枸杞资源的遗传多样性。[方法]采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析并对测序结果进行聚类分析。[结果]通过测序首次获得了18种宁夏枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559~634 bp,平均为612 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,包括194个变异位点,占40.4%;286个保守位点,占59.6%。聚类结果表明了18份宁夏枸杞的亲缘关系与差异,并将其分为3个大类。[结论]基于nrDNA ITS区序列分析在研究枸杞种质遗传多样性方面具有一定的优越性。     

镰刀菌rDNA ITS序列的克隆及序列分析

[研究目的]为了利用rDNA ITS区的遗传变异的特点,为镰刀菌种内及种间的分类鉴定提供一定的分子技术辅助手段,[方法]试验以PMD18-T为栽体,对10个不同镰刀菌菌株的rDNA的ITS区及28S部分片段进行了克隆、测序,用DNAMAN4.0软件进行序列分析,分析了菌株间的同源性及遗传距离,并建立了分子系统进化树.[结果]试验结果表明:所测各菌种间的亲缘关系在92.2%～99.9%之间,反映了种间较大的遗传差异,这与形态学上把它们鉴定为不同的种相吻合,而从不同地区、不同寄主上分离的同一菌种的不同专化型,其同源性高达96.6%～100%,说明同一菌种的不同专化型,在rDNA基因序列上碱基差异甚微,同源性很高.[结论]利用ITS对镰刀菌进行种间的分类鉴定是稳定可行的,但对于种内及专化型的鉴定存在困难.     

10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

中华豆蟹与太平大眼蟹ITS区比较研究

[目的]为蟹类的分子进化研究积累资料。[方法]采用酚-氯仿抽提法从中华豆蟹和太平大眼蟹的肌肉组织中提取总基因组DNA,对其ITS基因片段进行PCR扩增和测序,同时对其序列同源性、碱基组成和变异情况进行初步研究。[结果]中华豆蟹与太平大眼蟹ITS序列片段分别为739和769 bp,存在明显长度差异。中华豆蟹的AT含量和GC含量分别为49%和51%,而太平大眼蟹分别为40.79%和59.3%。4种碱基(A、T、G、C)在2种蟹中ITS序列的平均含量基本相当。中华豆蟹与太平大眼蟹ITS序列片段共有777位点,其中变异位点346个,碱基转换与颠换比约为0.8。颠换数大于转换数,表现为较高的颠换偏岐。[结论]中华豆蟹和太平大眼蟹间的平均遗传距离为0.603。     

枸杞nrDNA ITS测序鉴定的初步研究

[目的]对枸杞nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)序列进行分析,从而在分子水平对枸杞做出鉴定。[方法]采用改良CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析。[结果]克隆到枸杞nrDNA ITS片段并获得其碱基序列,成功找到3个供试枸杞种质材料的nrDNA ITS序列差异。[结论]枸杞nrDNAITS区的扩增和测序可以在分子水平对枸杞不同种质进行鉴别。     

两种新疆羊肚菌的分类学鉴定

[目的]对新疆霍城县大西沟采集的两种形异羊肚菌(XJURML4和XJURML5)进行分类鉴定.[方法]用真菌专一引物ITS1f和ITS4扩增两菌ITS区并进行序列分析.[结果]XJURML4 ITS片段1 130 bp( EU086775),XJURML5 ITS片段1 127 bp(EU086776).两菌的ITS2区100;相似,而ITS1区仅有4 bp差异.BLAST比对测序结果发现XJURML4和XJURML5与近缘种宽圆羊肚菌(MorcheLLa esculenta (L.:Fr.)Pers.var.rotunda Pers.:Fr.)的同源性为99.28;和98.65;;NJ法构建进化树分析ITS序列,两菌也跟宽圆羊肚菌类聚在一起.随机引物OPA3进行RAPD扩增,共产生出六条带,二条相同,剩余四条为多态性条带,表明两菌基因组上也有差异.[结论]ITS区序列和进化树分析、OPA3 - RAPD标记技术均表明两菌是宽圆羊肚菌种内的新变种,而与传统形态学鉴定结果不一致.     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

基于ITS2序列的秤星树等冬青属8种药用植物的分子鉴别

[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。     

1 株拟盘多毛孢菌的培养·纯化及其ITS区的克隆测序

[目的]为拟盘多毛孢菌分离、纯化及ITS区克隆测序相关研究提供依据。[方法]对鸡枞菌内生拟盘多毛孢菌进行分离、纯化,并通过形态学及分子生物学的方法进行鉴定,对其ITS区进行PCR扩增和克隆测序分析。[结果]形态学鉴定结果显示没有已报道的拟盘多毛孢菌与其相似,系统发育树结果也表明其属于一单独分支中。[结论]建立拟盘多毛孢菌的ITS序列数据库是十分必要的。     

基于ISSR标记的64份广东桑地方品种遗传关系分析

[目的]分析来自珠江流域（广东省和广西省）的64份广东桑地方品种的遗传关系。[方法]采用ISSR分子标记技术,分析来自珠江流域的64份广东桑地方品种的遗传多样性,并采用基于遗传相似系数的UPGMA法对这些地方品种的遗传关系进行研究。[结果]用13个ISSR引物从64个广东桑地方品种的总DNA中共扩增出128条带,其中多态性条带109条,多态性条带百分率为85.15%,表明供试的广东桑地方品种间存在丰富的遗传多样性;64个地方品种间的遗传相似系数为0.500 0～0.929 7,相对偏高。64个广东桑地方品种被分为2类,第Ⅱ类可进一步分为10个亚类。聚类结果显示,基于ISSR标记分析的64个广东桑地方品种的遗传关系与地理分布具有一定的相关性。[结论]ISSR标记技术在评价珠江流域广东桑地方品种的亲缘关系和遗传多样性等方面具有很好的适用性,可为广东桑种质资源DNA指纹图谱的建立及品种鉴定提供科学依据。     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

[目的]利用ITS核酸序列对6株根据形态学特征初步鉴定为青霉菌的海洋真菌进行鉴定。[方法]采用分子生物学技术,对6株样品的ITS序列进行克隆,并利用ClustalX1．83软件对结果进行系统发育分析。[结果]通过PCR克隆获得了6株样品的ITS序列,将结果与GenBank中已登陆的其他序列进行系统发育分析,确定了6株菌株均属于青霉菌属。[结论]该6株菌株均属于青霉菌属。     

一株虫生真菌的分离鉴定及杀虫活性初探

[目的]为虫生真菌在害虫防治中的应用提供参考。[方法]以从罹病昆虫体表分离的虫生真菌Ekks1为供试菌种,对其进行形态鉴定;以ITS4和ITS5为引物,对Ekks1的ITS序列进行PCR扩增、电泳检测和序列分析,并检测Ekks1对小菜蛾和豆蚜虫的杀虫效果。[结果]经形态鉴定,Ekks1为半知菌亚门,丝孢纲,丝孢目,丝孢科,白僵菌属,球孢白僵菌（Beauveria.bassiana）;经PCR扩增,成功获得了Ekks1菌株的ITS1-5.8s-ITS5 rDNA序列,经分析,ITS1-5.8s-ITS5序列为555 bp,菌株Ekks1与GenBank中B.bassiana（EF672309）的同源性为99%;菌株Ekks1在孢子浓度为1.5×10^7个/ml时,感染8 d后小菜蛾的校正死亡率为76%,感染72 h后豆蚜虫的校正死亡率为61%。[结论]Ekks1为白僵菌属真菌,其孢子浓度为1.5×10^7个/ml时,对小菜蛾和豆蚜虫均具有一定的致死效果。