甘薯AFLP扩增产物的PAGE胶快速银染方法

对目前6种常用的PAGE银染方法的成本、时间及染色效果等进行比较.结合笔者所在实验室的具体情况,用简易强碱法对甘薯AFLP扩增产物进行银染,分析银染过程中漂洗时间、次数,银染用水对银染效果的影响,建立了甘薯AFLP扩增产物的PAGE胶快速银染方法,可以批量生产银染AFLP扩增产物,银染效果较好.     

小麦基因组DNA快速提取及SSR标记PAGE的银染检测

为了提高SSR-PCR速率,降低试验成本,以8份抗条锈小麦幼苗为材料,比较分析了两种DNA提取方法(CTAB法和SDS法)以及两种SSR标记PAGE银染法(Sanguinetti银染法和Bassam银染法).结果表明:用CTAB法和SDS法均可获得质量较好的DNA,但CTAB法花费的时间较长,提取效率低(在相同条件下SDS法提取速度约为CTAB法的2倍);Sanguinetti银染法染色背景较浅、条带清晰、分辨率高、具有较高的多态性检出率,并且在速度上优于Bassam法,仅需30多min,而Bassam银染法染色步骤烦琐,对试剂质量和水质要求均较高,且未能染色成功.     

大豆SSR标记PAGE银染方法的改进

比较改进后的两种最常用的银染方法Bassam和Sanguinetti,建立了一种更加行之有效、简便快捷的应用于大豆SSR标记的PAGE银染检测方法。     

两种聚丙烯酰胺凝胶银染方法的比较

比较了两种聚丙烯酰胺凝胶的DNA染色方法。对小麦SSR扩增产物的染色结果显示,改进的Bassam银染法颜色背景浅,灵敏度较高,能够看到副带染色。改进的Sanguinetti方法对条带的鉴别力稍差,但因省时省力,成本较低可用于大规模引物筛选时的染色。     

披碱草属物种AFLP体系优化

试验对内切酶EcoRⅠ和MseⅠ的用量和酶切时间、预扩和选扩过程中模板稀释倍数以及扩增引物浓度分别进行了优化,并采用了Bassam法和Sanguinetti银染法进行了比较分析。结果表明:采用3UEcoRⅠ和MseⅠ这两种酶在37℃下酶切3 h,预扩模板稀释10倍和1.5 ng/μL引物进行预扩,选扩模板稀释20倍和2 ng/μL引物进行选扩,采用Bassam法进行银染,能够得到较好的试验结果,为AFLP进一步在披碱草属中的应用提供了参考。     

堇菜属植物AFLP反应体系的建立

以堇菜属17种植物为试材,建立了适合堇菜属植物研究的AFLP反应体系.采用改良的SDS法提取堇菜属植物总DNA,对堇菜AFLP银染反应体系进行优化.在提取液中加人β-巯基乙醇,PVP可有效去除酚类等物质,以满足AFLP分析标记对基因组DNA的纯度高、完整性好的要求.37℃下酶切6h可以将基因组DNA完全切开,预扩增产物稀释35倍作为选择性扩增模板效果好,扩增产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,通过银染,能得到清晰的指纹式样.     

两种聚丙烯酰胺凝胶电泳染色方法对SRAP标记的影响

应用SRAP标记对桃进行标记,比较了两种聚丙烯酰胺凝胶的银染方法。染色结果显示,弱碱银染法背景颜色浅,灵敏度较高。强碱银染法对条带的鉴别力稍差,但因省时省力,适于分子标记辅助选择（MAS）大规模引物筛选时的染色。     

古腊梅AFLP分子标记体系的建立及应用

对古腊梅DNA的提取方法进行了探索,得到了高质量的适合于AFLP分析的DNA。同时对古腊梅AFLP分子标记体系进行了优化,通过对酶切连接反应体系、预扩增和选择性扩增体系的调整,对聚丙烯酰胺凝胶和银染方法的改进,最后得到了适合古腊梅的AFLP分子标记分析体系。应用此体系对古腊梅和100多份腊梅材料进行AFLP分析,发现古腊梅与其他腊梅材料之间存在多态性条带。     

烟草AFLP银染分析体系的建立

以14个烟草品种为试材,初步建立了适合于烟草AFLP分析的银染分析体系:烟草基因组的DNA提取采用CTAB法;地酶切连接同步进行;预扩增选用E+A和M+C引物;选择性扩增选用E+3和M+3引物;扩增产物利用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳,后用银染法检测。采用优化的体系,20对引物组合扩增出清晰的烟草AFLP图谱。     

高质量天麻基因组DNA的提取

以新鲜天麻块茎为试验材料,采用改良CTAB法提取天麻基因组DNA用于遗传分析和分子标记辅助育种.结果表明,改良CTAB法提取的天麻基因组DNA产量高、纯度高;PCR扩增条带清晰、明亮,无杂带和脱尾;能满足AFLP和SSR的分析要求.说明改良CTAB法能获得高质量天麻基因组DNA.     

花生油酸/亚油酸(O/L)比值的AFLP分子标记筛选

通过采用不同的酶切组合,即EcoRⅠ/MseⅠ组合240对引物、PstⅠ/MseⅠ组合96对引物、PstⅠ/TaqⅠ组合96对引物,分别对花生高油酸品种Sunoleic95R和低油酸品种汕油162进行AFLP分析.分析了两亲本之间的差异,回收了72条AFLP多态性条带,在所选定高和低O/L比值亲本材料之间建立了AFLP...     

谷子抗锈病基因AFLP分子标记的筛选

[目的]筛选与谷子抗锈病相关的AFLP分子标记。[方法]以谷子抗锈病十里香和感锈病豫谷1号及其F2代分离群体为材料,利用AFLP技术筛选谷子抗锈病基因分子标记。[结果]在192对引物组合中,初步筛选到能够揭示抗感材料之间多态性的10对引物组合,检出率为5%。对10个抗病材料中特异条带进行回收及分析,比对结果表明,2个特异条带与玉米W22 pol基因和水稻的丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶基因同源性分别为86%和92%;其他特异条带未发现同源的序列,可能为新基因。[结论]该研究为分子辅助育种及谷子抗锈基因克隆奠定了基础。     

利用AFLP方法筛选中华绒螯蟹性别相关标记

利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术筛选中华绒螯蟹性别相关标记,共使用192对引物组合检测中华绒螯蟹雌、雄和雌雄混合3个基因组池的多态性,共扩增出5 376条多态性条带,平均每对引物组合扩增出28条多态性条带,获得88条雌雄差异条带。利用雌雄各10个个体再次进行AFLP验证,共62条差异条带具有性别差异,包括两种情况:(1)有49条条带在雌性的4～6个个体中存在,在雄性全部个体中缺失;(2)有13条条带在雄性4～6个个体中存在,在所有的雌性个体中缺失;其余的26条没有性别差异性。差异条带经回收、克隆、测序,结果发现有些条带包含多个序列,共得到77条DNA序列,其中31条序列与鸟类、两栖类和哺乳类等脊椎动物性染色体DNA部分片段具有同源性,相似区间在22～212 bp不等,其中6条DNA序列与命中序列之间具有生物学相关性。设计特异性的引物在基因组中检测,没有获得性别特异SCAR标记。     

17种木犀科植物的AFLP指纹分析

应用AFLP技术对木犀科17种植物的亲缘关系进行了分析,利用从16对引物中筛选出的多态性好的5对引物,共扩增出条带553条,其中多态性条带451条,多态性比率81.6%;不同属之间,白蜡属的多态性比率最低;采用UPGMA法进行了聚类分析,初步证明丁香属和女贞属之间亲缘关系最近,连翘属和素馨属亲缘关系较近;筛选出了15种木犀科植物的特征性AFLP标记,为分子水平开展木犀科植物的分类研究提供了有益参考。     

冰糖橙优良芽变的AFLP分析

应用AFLP技术,筛选了40对引物,其中EcoR I AGC M seI CGA,EcoR I AGC M seI CAC,EcoR I AGG M seI CAC,EcoR I AGG M seI CCA,EcoR I ACG M seI CAC,EcoR I ACG M seI CCA等共12对引物经PCR扩增,效果理想,共扩增出4 227条带,带型清晰、丰富、可靠性强。在EcoR1-ACG M seI-CAC这对引物下,果实性状优良的单株变异与普通对照(即普通冰糖橙)有明显的带型差异,多态性比例达10.2%。应用AFLP技术进行柑橘芽变的分析和鉴定获得成功。     

双梯度超薄胶PAGE分离DNA及其银染与回收

双浓度梯度超薄胶PAGE分离DDRT－PCR扩增产物表明，在30cm长的凝胶板上能清晰分辨长度仅差1bp的DNA，清楚地显示100多条分离谱带，并可直接从银染PAGE胶中回收DNA谱带。简便节省，是基因表达分析的有效方法。     

Assessment of the Genetic Diversity of Pummelo Germplasms Using AFLP and SSR Markers

The genetic diversities of 110 pummelo germplasms and 12 of their relatives were analyzed by SSR and AFLP methods. Approximately 99.1% of the 335 SSR loci were polymorphic, and 9.85 alleles per SSR locus were identified. The gene diversity values changed from 0.1939 to 0.9073, and 46 SSR polymorphic bands were scored. 72% of the 343 AFLP loci were polymorphic, and 82 polymorphic loci per AFLP were identified. Heterozygosity changed from 0.21863 to 0.28445, and 44 AFLP polymorphic bands were scored. The UPGMA result showed that 122 pummelo genotypes and their relatives could be divided into eight groups, and the pummelo genotypes composed mainly of Shatian pummelo varieties group, Wendan pummelo vareties group and a huge hybrid pummelo varieties group. The classification result was expected to widen the genetic background of pummelos using various target varieties.