花生DNA三种不同限制酶切组合的AFLP多态性标记分析

利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记技术,3种不同的酶切组合,其中EcoRⅠ/MseⅠ240对引物、PstⅠ/MseⅠ96对引物、PstⅠ/TaqⅠ96对引物,对汕油162×Sunoliec95R作图亲本进行分析,统计了不同酶切组合的扩增总带数、多态性位点及多态性率。多态性位点、多态性率及扩增总带数都有不同程度的差异,说明尝试不同的限制酶组合可以揭示出花生品系间更为丰富的遗传变异。有望开发AFLP分子标记,为花生分子育种打下基础。     

花生DNA分子标记的研究Ⅲ不同限制酶组合AFLP分析效果比较

采用了28对EcoR I/Mse I AFLP选择性扩增引物、64对Pst I/Taq I AFLP选择性扩增引物,对 作图亲本24-3、B4及其杂种F1进行了分析,统计了两种限制酶组合的扩增总带数、多态性带数及多 态性率。秩和检验结果说明,两种限制酶组合AFLP每对引物扩增出的总带数无显著差异,而多态性条 带数目以及多态性率均有极显著的差异。证明尝试不同的限制酶组合可望揭示出花生品系材料间更 为丰富的遗传变异性。     

辣椒细胞质雄性不育恢复基因的AFLP标记

采用AFLP技术对辣椒细胞质雄性不育系21A及其相应的恢复系湘紫基因组DNA进行多态性比较,筛选了64对AFLP选择性引物PstⅠ-NNN+MseⅠ-NNN组合,有58对引物组合在两系间扩增出5156条带,多态性位点为4个,主要表现为条带数目、条带位置和条带强弱的差异。其中在恢复系材料中仅有3个多态性片断,找到了辣椒细胞质雄性不育恢复系湘紫基因组DNA特异的AFLP片段ACA/CGC300、AGT/GGT375和AGC/CGC380,并对这些特异片段的来源及其在细胞质雄性不育恢复系中的作用进行了讨论。     

两种双酶切组合在细鳞鱼AFLP体系中的比较分析

采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明：采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21-45,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29-53,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。     

花生DNA分子标记的研究 III 不同限制酶组合AFLP分析效果比较

 采用了28对EcoR I/Mse I AFLP选择性扩增引物、64对Pst I /Taq I AFLP选择性扩增引物，对作图亲本24-3、B4及其杂种F1进行了分析，统计了两种限制酶组合的扩增总带数、多态性带数及多态性率。秩和检验结果说明，两种限制酶组合AFLP每对引物扩增出的总带数无显著差异，而多态性条带数目以及多态性率均有极显著的差异。证明尝试不同的限制酶组合可望揭示出花生品系材料间更为丰富的遗传变异性。     

三倍体毛白杨无性系的AFLP分子标记鉴定

利用AFLP标记技术采用MseⅠ+3/EcoRⅠ+2引物组合,对12个三倍体毛白杨和二倍体毛白杨无性系进行了分析鉴定. 从38对引物组合中选出12对扩增条带较多的引物组合,多态性比例最高的是M-CAT/E-TC,多态性水平达到32.4%,最低的M-CTT/E-TT只有15.7%,证明供试材料之间的亲缘关系较近;UPGMA聚类分析结果与供试材料的系谱关系以及形态鉴别结果一致,表明凡亲本相同或形态差异小的无性系具有较高的相似系数;利用3个引物组合的8条多态性条带构建了12个供试材料的指纹图谱,可以作为三倍体毛白杨无性系鉴别以及品种保护的依据.      

撒应用FISH-AFLP技术分析平欧杂种榛主栽品种的遗传关系

【目的】建立平欧杂种榛FISH-AFLP技术体系,并应用该技术分析平欧杂种榛主栽品种的遗传关系。【方法】以达维等10个主栽品种为试材,经DNA提取、PstⅠ/MseⅠ双酶切,进行FISH-AFLP反应,数据转换为“0—1”矩阵后,使用NTSYS pc 2.11F和Popgene 1.32软件进行数据分析并作图。【结果】从64对引物中,筛选出15对多态性强的PstⅠ/MseⅠ引物,共获得1 739条谱带,引物平均多态带比率97.94%;平欧杂种榛主栽品种的相似性系数为0.7556—0.8543,当阈值为0.8398时,可分成4个AFLP群,其中,玉坠（84-310）、辽榛4号（85-41）和平欧69号（84-69）单独为1群,其他品种为1群;平欧杂种榛主栽品种的有效等位基因数、基因多样度、Shannon信息指数分别为1.3921、0.2482和0.3957,具有较高的遗传多样性;研究获得的特征条带可用于平欧杂种榛主栽品种的快速鉴别。【结论】由于平欧杂种榛的实生选优群体是多亲本组合的混合后代,因此,该群体是一个具有高度遗传多样性的群体,主栽品种间存在复杂的亲缘关系;研究构建的FISH-AFLP技术流程、筛选得到的引物以及分析得到的各项遗传参数,可为其他榛属植物的相关研究提供参考。     

蜡梅AFLP反应体系优化及引物筛选

通过对影响AFLP反应体系主要因素的优化,建立了蜡梅的AFLP反应体系,并筛选出了适宜该体系分析的引物.结果表明,20μL蜡梅AFLP最佳酶切体系为模板600 ng DNA,3 U Pst I和3 U Mse I,在37℃下双酶切2 h;在20μL最佳连接体系中酶切产物为15μL,3 U T4连接酶,0.25μmol.L-1 Pst I接头,2.5μmol.L-1 Mse I接头,1μL 10×T4 Buffer,在22℃下连接10 h;在20μL最佳预扩反应体系中稀释10倍的连接产5μL,2.0mmol.L-1 Mg2+,2 U Taq酶,300μmol.L-1dNTP,0.5μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGA/M+ATC);在20μL最佳选择性扩增反应体系中5μL稀释20倍的预扩增产物,2.0 mmol.L-1的Mg2+,2 U Taq酶,300μmol.L-1 dNTP,0.5μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGA/M+ATC).最后,利用上面的体系筛选出了96对适宜于蜡梅AFLP分析的引物.     

马铃薯EcoRⅠ/MseⅠ内切酶组合AFLP反应体系的优化与引物筛选

以2个马铃薯品种为材料,对AFLP反应过程中的关键因素(DNA浓度、酶切体系、扩增体系等)进行了优化,旨在建立适合马铃薯的EcoRⅠ/MseⅠ内切酶组合的AFLP反应体系和筛选扩增条带丰富的引物。结果发现,优化的马铃薯AFLP反应体系为37℃酶切4 h,37℃连接4 h,连接产物稀释10倍用于预扩增,预扩增产物稀释30倍用于选择性扩增。利用建立的优化反应体系,以10个甘肃省主栽马铃薯品种为材料,从256对引物组合中筛选出24对扩增条带多、条带清晰、多态性好的引物组合。     

泡桐AFLP反应体系的建立及引物筛选

以豫杂一号泡桐为材料,通过对影响AFLP技术体系的各主要因素的研究,建立了适于泡桐AFLP分析的技术体系.结果表明最佳酶切体系(20μL)为500 ng模板DNA,3 U的Pst 1和Mse I,在37℃下双酶切3 h;20μL最佳连接体系中为酶切产物15 μL,0.25 μmol·L-1Pst I接头,2.5 μmol·L-1 Mse I接头,1 μL 10×T4 Buff-er,2 U T4连接酶,22℃连接18 h;20 μL最佳预扩反应体系中5 μL稀释10倍的连接产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,250 μmol.L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.20 μL最佳选择性扩增反应体系中5 μL稀释20倍预扩增产物,100 μmol·L-1dNTP,2 U Taq酶,350 μmol·L-1 Pst I和Mse I引物(P+AGT/M+AGT),2 μL 10×PCR Buffer.最后,筛选出了97对适宜于泡桐AFLP分析的引物.     

拮抗链霉菌AFLP分析技术体系的研究

[目的]探索基于AFLP的拮抗链霉菌DNA模板制备方法及其扩增体系,为AFLP技术在链霉菌乃至放线菌资源分析中的应用提供依据。[方法]以改进的CTAB法提取DNA,利用Pst I／Mse I型AFLP试剂盒及其反应体系进行扩增,采用5％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析扩增结果。[结果]提取了10个拮抗链霉菌菌株的基因组DNA,0.8％琼脂糖凝胶电泳检测显示其主带清晰,片段大小为37.64-40.86Kb,无降解现象,亦无RNA残留;其OD260/OD280为1.625-1.833;Pst I／Mse I双酶切产物琼脂糖电泳呈弥散荧光长带,说明酶解充分;筛选出的3对引物对DNA模板的扩增谱带清晰,多态性丰富。[结论]该研究建立的DNA模板制备方法及其扩增反应体系可用于链霉菌的AFLP分析。     

拮抗链霉菌AFLP分析技术体系的研究

1材料与方法 1．1菌株供试拮抗链霉菌共10个菌株,均由该课题组分离自京郊菜田土壤和天然次生林土壤（表1）。     

拮抗链霉菌AFLP分析技术体系的研究(英文)

[Objective] The aim of this study was to investigate the preparation method and amplification system of antagonistic streptomyces DNA templates based on AFLP assays, and also provide a basis for the application of AFLP technology in the analysis of streptomyces or even actinomyces. [Method] The DNAs were extracted by the modified CTAB method and amplified by the Pst Ⅰ/Mse Ⅰ AFLP kit and its reaction system. The amplified products were analyzed by the denatured polyacrylamide gel electrophoresis. [Result] The genomic DNAs of ten antagonistic strains of Streptomyces were extracted and tested. The result of 0.8% agarose gel electrophoresis showed that the major DNA bands were clear without degradation and RNA residue, with the fragment sizes ranging from 37.64 to 40.86 Kb. By ultraviolet spectrophotometry, the OD260/OD280 values varying from 1.625 to 1.833 were obtained. Furthermore, the agarose gel electrophoresis of DNA products digested by Pst Ⅰ/Mse Ⅰ presented the dispersed fluorescent long band, which indicated that the enzymatic hydrolysis was fully carried out. The amplified bands of DNA templates by the screened three pairs of primers were clear with rich polymorphism. [Conclusion] The preparation method and amplification system of DNA template established in this study can be used in the AFLP analysis of Streptomyces.     

用AFLP分析珍稀食用菌—松茸遗传特性的初步研究

 采用 3对AFLP引物组合 ,研究了从四川省雅江县黄背高山栎林下采集的 10株松茸菌根菌基因组的遗传特性。结果表明 ,AFLP图谱能较好地反映测试菌株的遗传特性 ,10株供试菌间具有高度的遗传相似性 ;10株供试菌株全部在 90 %相似性处聚在一起 ;在 92 %相似性水平上被分为 3个群。AFLP扩增引物Eco + 1/Mse + 1、Eco +2 /Mse + 2及Eco + 3 /Mse + 3的最佳用量分别为 1pmol/ 5pmol、0 .6pmol/ 10pmol和 0 .1pmol/ 8pmol。     

AFLP分子标记技术的改进——内切酶EcoRⅠ/TruⅠ组合与EcoRⅠ/MseⅠ组合的比较

通过对EcoRⅠ/TruⅠ与EcoRⅠ/MseⅠ两个双酶切组合的比较,证明在AFLP标记体系中,完全可以用内切酶TruⅠ替代昂贵的内切酶MseⅠ。EcoRⅠ与TruⅠ可同时加入,在不同温度下分段进行酶切:37℃酶切4 h,然后65℃酶切2 h,可达到分步酶切的效果。     

沙冬青cDNA-AFLP体系的建立及引物筛选

[目的]建立适合于沙冬青cDNA—AFLP的反应体系。[方法]以对照、3种逆境处理的沙冬青为材料,采用Trizol法和改良CTAB法提取总RNA。[结果]改良的CTAB法可抽提到较高质量的总RNA,适于沙冬青总RNA的提取。采用EcoRI/MseI酶切体系,64对选择性扩增引物中有35对适合沙冬青cDNA-AFLP分析。[结论]该研究为利用cDNA-AFLP标记对沙冬青抗逆基因进行深入研究奠定基础。