红果枸杞EST-SSR分子标记开发及应用

为了快速区分市场上不同品系的宁夏枸杞(Lycium barbarum L.),我们针对8种宁夏枸杞中进行了开发新型SSR引物,结果显示这些EST-SSR标记可用来调查分析枸杞的遗传结构。除此之外,运用SSR标记并进行聚类,表明供试的材料遗传多态性较高,8个枸杞品系拥有较高水平的多样性位点,其中宁杞1号和宁杞3号的遗传相似性最高,宁杞8号、宁杞3号和宁杞5号相似性系数为0.222 2,相似性最低,亲缘关系较远,因此这13对SSR引物可被用来快速鉴定宁夏枸杞的8个品系,为枸杞品种鉴定和保护,宁夏枸杞的道地性研究提供科学依据。     

陆地棉品种SSR标记的多态性及用于杂交种纯度检测的研究

:用 48对 SSR引物对 30个棉花栽培品种和4个高优势杂交种的亲本进行了多态性筛选 ,结果只有 2 7对引物检测到了多态性。应用SSR3442、SSR2 4 95、SSR3347和 SSR1 2 31标记 ,区分了湘杂 2号、皖杂 40、中棉所 2 8、南抗 3号的F1杂种和它们的亲本以及其它栽培品种 ;这些标记可分别用于这些杂交种的分子鉴定和种子纯度的检测     

油茶栽培品种SSR指纹图谱构建及聚类分析

本研究首次利用从油茶DNA序列中开发的SSR标记及其近缘种通用性的SSR标记开展油茶栽培品种的分子甄别研究。7对通用性高、多态性好、扩增清晰的SSR标记构建了油茶43个栽培品种的DNA指纹图谱。遗传参数统计显示,43个油茶品种遗传多样性指数为0.347 1,Shannon指数为0.517 2;7对SSR引物扩增共得到位点36个,其中多态性位点35个,位点多态性达97.22%,其中利用4个标记CO_g SSR16、CO_gssr37、CO_e SSR4和CO_e SSR44两两组合可以完全鉴别出43个油茶栽培品种。聚类结果表明油茶品种的亲缘关系与地理来源存在一定的相关性,如来自江西的赣无系列品种大多能够成组聚类,而来自广西的品种(桂软11号,桂软24号,岑软2号,陆川大果)与来自越南的品种(和江2号,越南油茶,东孝2号)聚在一个类群;但也有一些品种地理来源不同而同样聚在同一类群,显示了油茶遗传背景的多样性与复杂性。本研究为油茶品种鉴定及遗传学研究等提供技术基础及理论依据。     

基于雌雄花序表达谱测序的板栗SSR标记开发及其应用

本研究基于板栗雌雄花差异表达谱数据库,筛选鉴定到雌雄花特异表达基因,在雌雄花特异表达基因中识别和定位了19个SSR位点。通过在SSR两端设计特异引物,经过PCR扩增,筛选到5对多态性和稳定性较好的引物。进一步采用毛细管电泳检测技术对17份板栗资源进行亲缘关系分析。结果显示17个品种可分为3大类,其中第Ⅰ类群包含‘超短枝1号’、‘超短枝2号’、‘沂蒙短枝’、‘燕红’等6个品种,主要为北方板栗品种;第Ⅱ类群中包含10份资源,主要为包括湖北地方品种在内的南方板栗品种;第Ⅲ类仅包括‘金栗王’,与前两大类亲缘关系明显较远。本研究开发的SSR分子标记重复性和多态性较高,可用于板栗资源遗传多样性分析,并为开发板栗雌雄花特异分子标记提供科学依据。     

SRAP和SSR标记对马铃薯遗传多样性的差异分析

掌握宁夏地区主要马铃薯品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系为马铃薯育种提供理论依据。利用SSR和SRAP 2种分子标记对47份马铃薯种质材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记结果进行比较。12对多态性SRAP标记共检测到180个多态性位点,平均每对引物检测到15个多态性位点,每个SRAP位点的PIC值为0.2~0.43,平均值为0.34;47份马铃薯种质资源遗传相似性系数为0.57~0.83。15对多态性SSR标记检测到80条多态性位点,平均每对引物检测到 5.3个多态性位点,每个SSR位点的PIC值为0.37~0.72,平均值为0.51;马铃薯种质材料遗传相似性系数为0.60~0.97。根据系谱资料分析发现,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。宁夏地区主要的马铃薯品种遗传相似度较低,亲缘关系较远。     

利用新型分子标记EST-SSR鉴定湖北省内的主栽黑杨品种

EST-SSR标记是基于表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,并结合SSR标记特点开发出的一种新型分子标记.本文利用12对EST.SSR标记对湖北省内目前主要栽培的8个黑杨品种进行分子鉴定,同时对不同EST.SSR位点进行相关遗传参数分析.品种鉴定结果表明,仅需4对EST-SSR引物即可将8个亲缘关系较近的黑杨品种完全区别开来.遗传多样性分析显示,多态位点百分比为58.3%,平均有效等位基因数为2.09个,平均Shannon信息指数0.61,平均杂合度为0.35.这些结果表明,杨树EST-SSR标记完全可以应用于品种鉴定及群体遗传多样性分析.     

基于丝瓜全基因组序列SSR分子标记开发

为研究高效的丝瓜分子标记,本研究根据已报道的有棱丝瓜和普通丝瓜全基因组序列信息,利用MISA 2.1软件对丝瓜全基因组水平的SSR位点进行搜索,分别在有棱丝瓜和普通丝瓜中鉴定到341 829个和348 397个SSR位点,发生频率分别为2.20 kb/SSR和2.03 kb/SSR。有棱丝瓜和普通丝瓜重复单元最多的均为单核苷酸,分别占总数的73.90%和74.21%,其次为二核苷酸和三核苷酸重复单元。在有棱丝瓜和普通丝瓜中各鉴定到211种SSR重复基序,其中A/T、AT/AT、AG/CT和AAT/ATT重复基序类型出现频率最高。优选SSR位点,分别在有棱丝瓜和普通丝瓜中开发了278 522和284 966对SSR引物。通过比对两个基因组的SSR引物序列与自身的参考基因组,获得在有棱丝瓜和普通丝瓜中具有序列大小差异的SSR引物955对,随机挑选其中64对引物在6份表型差异较大的丝瓜材料中进行引物有效性检测,其中61对引物有目的条带扩出,16对引物具有多态性。本研究在丝瓜全基因组水平所开发的SSR分子标记可为后续丝瓜种质资源鉴定、亲缘关系分析及分子标记辅助育种提供基础。     

SSR标记对宁单11种子纯度的鉴定

采用SSR分子标记方法,选用24对引物,以杂交玉米宁单11杂交种子及其父母本为实验材料,对宁单11种子纯度进行鉴定。通过带型分析,筛选出在杂交种中呈现清晰且双亲互补带型的特异性引物,并依据特异性引物的筛选标记结果对抽样批次的宁单11种子样本进行纯度鉴定。结果表明:phi034、phi080、umc1638、bnlg439、bnlg1792五对SSR引物可用于玉米杂交种宁单11种子纯度鉴定。     

用复合PCR方法鉴定水稻品种的真实性

用7个SSR引物组成的二组试剂盒,采用复合PCR方法对8个水稻品种作了SSR分子标记,构建了品种的DNA指纹图谱,分析了品种的亲缘关系,鉴定了品种的真实性。     

白菜类蔬菜种子纯度SSR分子标记鉴定

种子纯度是种子质量的核心指标,是保障优良品种增产的关键因素。为了鉴定白菜种子纯度,本研究利用72对SSR分子标记检测种子纯度并结合田间植株形态观察,鉴定了5个白菜类优势品种的种子纯度,分别是‘珍绿6号’‘、津夏3号’‘、津研快绿1号’‘、速俊228’‘、速俊316’。结果表明,从72对SSR引物中筛选出5对具有多态性的引物,能够将父母本与杂交种区分开。试验中SSR分子鉴定结果虽略低于田间形态学鉴定结果,但利用统计学进行显著性分析,发现两者间无显著性差异。说明SSR分子标记可以用于白菜种子纯度的鉴定并通过本研究建立了一套准确、有效的品种纯度鉴定体系。     

两个茄子品种纯度SSR鉴定与田间检测分析

为了鉴定国内大面积推广的两个茄子杂交品种早红茄1号和早红茄2号种子纯度,本研究运用SSR分子标记结合田间植株形态观察检测。结果发现,引物I30和K08均能在早红茄1号双亲本间扩增出差异互补的条带,引物M11能在早红茄2号双亲本间扩增出差异互补条带。基于引物筛选结果,利用引物K08和M11分别对2个品种进行鉴定,早红茄1号和早红茄2号纯度分别为95.3%和96.9%,与田间检测结果无显著差异(分别为95.8%和97.2%)。表明,SSR标记是一种准确、简单高效的茄子种子纯度鉴定方法。     

利用SSR分子标记鉴定玉米杂交种‘吉祥1号’纯度

纯度是种子质量的重要指标。‘吉祥1号’玉米杂交种是在甘肃省选育并大面积栽培的主推玉米品种。为鉴定该品种的纯度,本研究开展了‘吉祥1号’纯度鉴定SSR标记方法研究。通过比较快速提取法和改良CTAB法2种DNA提取方法在SSR分子标记纯度鉴定中的应用,结果表明:2种方法提取的DNA均适用于SSR分子标记纯度检测,但快速提取法具有简单、快速的特点,更适用于分子标记纯度鉴定。从20对SSR引物中筛选出2个标记bnlg2291k4和bnlg2305k4,用于‘吉祥1号’品种的纯度鉴定,2个标记均能明显的区分亲本和杂交种。在‘吉祥1号’杂交种中人为混入双亲,采用本研究确定的方法可准确鉴定出混入的自交系。     

应用SSR鉴定化学杀雄杂交油菜秦杂油19种子纯度的研究

为有效建立化杀杂交油菜品种的纯度鉴定方法,本研究利用简单重复序列(SSR)技术,对秦杂油19及其亲本进行了分子鉴定,从800对SSR引物中筛选出了5对带型清晰、扩增效果好且能将亲本与杂交种完全区别的引物。利用其中的SR767和SR790两引物对三者的单株进行了分析验证,三者的扩增图谱与标准图谱对应率极高,分别为97.33%、98.00%、100%和98.67%、96.67%、98.00%;利用两对SSR引物对秦杂油19的栽培品种进行分别鉴定和比较研究,结果显示两对不同引物的SSR分子鉴定结果的单株吻合率96.67%~98.32%之间,结果表明,利用SSR分子标记可以用于杂交油菜纯度鉴定。     

水稻中以遗传多样性分析为基础的分子标记

一系列分子标记系统的有效性允许我们比较其中两种标记系统在估计不同分类单位相互关系时的效率。本研究的目的是用简单序列重复(SSR)标记和随机扩增多态DNA(RAID)标记来评价40个水稻(Oryza sativa L)栽培品种和5个野生近缘种的遗传多样性。用36个十体引物和38个SSR引物对扩增后评价了这些试样的多态性。在40个栽培品种和5个野生近缘种中产生了总共499个RAPD标记，具有90．0％多态性。在所使用的38个SSR引物对中，仅有1个位点即RM115是多态的。     

青研系列大白菜杂交种及亲本指纹图谱构建和杂种纯度鉴定

利用SSR分子标记技术构建了青研系列7份大白菜杂交种及其11个亲本的DNA指纹图谱,筛选出5对具有较高多态性的SSR核心引物,核心引物组合扩增,可以鉴别亲本及其杂交种的真伪。利用其中一对共显性SSR标记P3鉴定青研早9号、青研桔15和青研春白一号三个杂交种的纯度。对比苗期性状调查结果表明,SSR分子标记用于杂交种纯度鉴定结果是可靠的。本试验为大白菜杂交种纯度鉴定提供了可靠的方法,对亲本保护及杂交种推广具有重要意义。     

冬瓜SSR多态性标记遗传及杂种种子纯度鉴定

种子纯度鉴定是种子应用于生产前的必经过程,是确保种子质量的关键,开发出一套准确有效、低廉便捷的冬瓜种子纯度鉴定方法能为种子质量提供技术支撑。本研究以‘金圆2号’、‘金圆3号’和‘绿仙子2号’3个冬瓜杂种为试验材料,筛选出2对具有共显性的SSR引物XD-18和XD-99用于冬瓜种子纯度鉴定。首先利用冬瓜杂种的F_2代分析这2个标记是否符合孟德尔式分离,若符合孟德尔式分离则再利用这2对引物分别对冬瓜杂种种子进行SSR分子标记纯度鉴定,并与田间种植纯度鉴定进行比较实验,结果显示:这2个标记在F2代群体中均符合1∶2∶1的孟德尔式分离,冬瓜杂种种子SSR分子标记纯度鉴定结果与田间种植纯度鉴定结果高度一致。本研究可为冬瓜乃至作物杂种种子的纯度鉴定提供一套更准确的技术体系。     

SSR标记对甜菜抗褐斑病品种的聚类分析

为了选育、鉴定抗褐斑病较好的国内甜菜品种,分析抗褐斑病品种的亲缘关系,本试验利用筛选出的多态性较好的14对SSR引物组合对17份甜菜品种进行亲缘关系分析,采用MEGA 3.1软件和EXCEL2007获得遗传距离并绘制聚类图,结合分子标记和田间调查结果进行抗褐斑病性调查和聚类分析。[结果]共产生99条扩增带,多态性条带81条,平均多态性百分比为81.8%。平均遗传距离为0.4601,平均遗传相似系数为0.6312。聚类分析结果显示,在遗传距离0.20处,可将17份供试材料分为五个类群,其中第一类群又分为两个亚类。[结论] 分子标记结果显示,17份供试材料遗传多样性较丰富。田间调查结果表明,有五个品种抗褐斑病性较好。聚类结果表明SSR分子标记用于划分甜菜抗褐斑病性的品种有一定辅助作用。     

利用SSR标记鉴定茎瘤芥(榨菜)“涪杂5号”种子纯度

为建立一套丰产抗病型的茎瘤芥杂交品种"涪杂5号"种子纯度的快速鉴定方法,本研究以"涪杂5号"及其双亲为试验材料,采用改良CTAB法快速提取DNA与SSR标记分析相结合,对茎瘤芥杂交种种子纯度进行检测。利用改良CTAB法提取的DNA能够满足SSR分析要求,从600对SSR芸薹属共有引物中筛选出3对共显性SSR标记引物Ol11-G11、Na14-G06和Na14-G10,父母本条带互补,可将杂交种中的假杂株分离开。分别利用其中两对引物相结合,对"涪杂5号"种子群体进行SSR检测,结果发现分子标记鉴定结果与田间鉴定结果基本一致。研究结果表明了利用SSR引物Na14-G06与Na14-G10或Ol11-G11相结合可实现对茎瘤芥杂交种"涪杂5号"种子纯度的快速和准确鉴定,并为其大面积推广和安全生产提供了理论依据。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱数据库的建立

为了建立甜樱桃品种指纹图谱数据库,从而对不同甜樱桃品种进行分子鉴定,以“红灯”、“萨米脱”、“吉塞拉5号”、“吉塞拉6号”等24个甜樱桃主要栽培品种为试材,利用2.5%琼脂糖凝胶电泳进行SSR引物的筛选,选择差异明显且等位基因数目少（2个）的SSR标记,从38对SSR引物中筛选出能够扩增出稳定带型且不同材料之间差异明显的SSR引物,并从中选出10对SSR引物进行甜樱桃分子指纹分析,根据各甜樱桃DNA样品的电泳条带结果进行赋值,利用Visual Basic和Access软件进行数据库编程,创建一个数据库,入选的10对引物对样品的扩增结果赋值排列起来,即成为甜樱桃的“基因身份证”号码,从而根据分子身份证对不同甜樱桃种质进行鉴别。     

白萝卜纯度鉴定的SSR分子标记筛选与鉴定

当前萝卜商品种繁多,各类品种鱼龙混杂、参差不齐,因此开发鉴定萝卜品种的SSR分子标记对萝卜商品种鉴定是一项非常重要的工作。本研究分别以白萝卜商业品种‘夏抗40天’及其父母亲本为实验材料,通过SSR重复片段的选择、筛选和鉴定,从115对SSR引物,最终确定3对引物在白萝卜商业品种‘夏抗40天’及其父母亲本中呈共显性关系,此3对引物对白萝卜商业品种‘夏抗40天’纯度的鉴定准确性与田间性状一致。新的SSR分子标记的开发可以更好的适应对新的萝卜商品种及其纯度的鉴定,同时也为分子标记辅助育种在萝卜育种研究中开展应用提供参考。