黔北麻羊BMPR-ⅠB第9外显子C40G位点多态性及组织差异表达

骨形态发生蛋白ⅠB受体(bone morphogenetic protein receptor ⅠB,BMPR-ⅠB)基因在哺乳动物的繁殖过程中起着重要的作用,但对其在山羊(Capra hircus)中的分子遗传机制研究相对较少.为揭示BMPR-ⅠB对黔北麻羊(Ovis linnaeus)繁殖性状的影响,利用直接测序法和聚合酶链式反应-单链构象多态(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)技术检测了BMPR-ⅠB外显子9的单核苷酸多态性,并采用qRT-PCR对黔北麻羊垂体、输卵管、子宫、下丘脑和卵巢等不同组织中的BMPR-ⅠBmRNA进行相对定量.结果表明,黔北麻羊BMPR-ⅠB在第9外显子中存在C40G突变,属于同义突变,SSCP分析检测到CC、CG和GG共3种基因型,且GC基因型个体的产羔数与CC和GG基因型间达差异显著水平(P＜0.05).qRT-PCR结果显示,BMPR-ⅠB在两组黔北麻羊(单羔组和双羔及以上组)的5个组织中均有表达.两组中BMPR-ⅠB的表达水平趋于一致,卵巢最高,输卵管最低,且在卵巢组织BMPR-ⅠB mRNA表达量在两组间达差异极显著水平(P＜0.01),但其他各组织间均未达到差异显著水平(P＞0.05).对不同物种BMPR-ⅠB编码区序列的多重对比发现,黔北麻羊与波尔山羊、牛(Bos taurus)、山羊、人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、绵羊(Ovis aries)、野猪(Susscrofa)、云岭黑山羊的氨基酸序列的相似度分别为99.6％、98.8％、99.2％、97.4％、97.8％、99.0％、98.0％和99.6％.结果提示,BMPR-ⅠB中的C40G突变可能影响黔北麻羊的繁殖性状,在传统育种方法的基础上,可配合BMPR-ⅠB的筛选进行分子标记辅助选择,为进一步提高贵州地方山羊品种的繁殖性能提供理论依据.     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

绵羊TrkA基因的表达及其SNPs与产羔性状的关联性分析

为研究绵羊(Ovis aries)酪氨酸蛋白激酶受体(tyrosine kinaseA,TrkA)基因组织表达特征及其SNPs与产羔性状的关联性,本研究以TrkA基因为研究对象,利用qRT-PCR分析其在湖羊心、肝、脾、肺、肾、瘤胃、十二指肠、背最长肌、脂肪、下丘脑、垂体和卵巢等12种组织中的表达水平,同时采用DNA混合池测序和限制性长度片段多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)等技术检测TrkA基因在963只有产羔记录湖羊(n=526)和小尾寒羊(n=437)群体中的多态性,及其与产羔性状的关联性.结果表明,TrkA基因在卵巢、肺和肝脏中的表达水平最高,在心脏中次之,在背最长肌、瘤胃、脂肪、下丘脑、垂体、脾、肾和十二指肠间表达量较低.通过DNA池测序和RFLP分析,在TrkA基因的内含子9和14分别检测到NC_019458.2:g.105281586C＞T和NC_019458.2:g.105284246G＞C两个突变.在NC_019458.2:g.105281586C＞T位点,小尾寒羊和湖羊群体中均检测到3种基因型,分别为CC、CT和TT型,其中CT为优势基因型,C为优势等位基因;在该位点,湖羊群体遗传杂合度(heterozygosity,He)和遗传纯合度(homozygosity,Ho)均为0.50,有效等位基因数(effective allele numbers,Ne)为1.99;小尾寒羊He=0.51,Ho=0.49,Ne=1.95;多态信息含量(polymorphic information content,PIC)均为0.37,且在小尾寒羊群体中偏离了Hardy-Weinberg平衡状态.在NC_019458.2:g.105284246G＞C位点上同样检测到GG、GC和CC三种基因型,其中GC为优势基因型,C为优势等位基因;该位点在湖羊群体He和Ho均为0.50,Ne=2.00;小尾寒羊He=0.49,Ho=0.51,Ne=l.96.PIC均为0.37;x2适合性检验结果表明,湖羊群体在该位点显著偏离于Hardy-Weinberg平衡状态.多态位点与绵羊产羔数的关联性分析表明,NC_019458.2:g.105281586C＞T与湖羊和小尾寒羊的产羔数显著相关(P＜0.05),而NC_019458.2:g.105284246G＞C突变位点仅与湖羊的产羔性能显著相关(P＜0.05).本研究结果表明,TrkA基因可作为绵羊产羔性状早期筛选的候选基因,其SNPs可为绵羊繁殖性状分子标记辅助选择提供依据.     

大口黑鲈载脂蛋白基因序列单核苷酸多态性及与生长性状相关分析

载脂蛋白(apoprotein,Apo)是血浆脂蛋白的重要组分,参与调节酶活性、脂肪运输与吸收和能量储存。为了探讨Apo基因多态性与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状的相关性,本研究根据大口黑鲈EST库中ApoA1、ApoA4和Apo C1基因设计引物扩增这3个基因的DNA片段,采用直接测序法和序列比对在ApoA1基因上筛选到1个颠换单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(A+489C),在Apo C1上筛选到2个颠换SNP位点(A+24G和A+75C),在ApoA4上筛选到1个转换SNP位点(A+633T)。利用Sna Pshot分型技术对从同批次繁殖和同塘养殖的大口黑鲈群体中随机选取的159尾鱼中的4个SNPs位点进行基因型检测,统计分析显示,4个位点在所检测大口黑鲈群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,且ApoA4基因上的A+633T和Apo C1基因上的A+24G和A+75C位点在群体中的基因型和等位基因频率一致,3个位点完全连锁。运用软件Spss15.0中的一般线性模型对4个SNPs位点与大口黑鲈全长、体高和体质量进行关联分析,结果表明,ApoA1基因上的A+489C位点的3种不同基因型大口黑鲈在体质量和体高性状方面的差异显著(P0.05);ApoA4基因上的A+633T位点和Apo C1基因上的A+24G和A+75C位点与生长性状的关联分析结果一致,不同基因型个体在全长、体高和体质量性状上的差异显著(P0.05)。A+489C、A+633T、A+24G和A+75C均与大口黑鲈生长性状显著相关,可作为大口黑鲈分子标记辅助选育研究的重要候选标记,应用于后续的分子辅助育种实践中。     

蛋鸽雌激素受体基因多态性与产蛋量关联分析

雌激素受体(estrogen receptor,ESR)是核受体超家族中的一种配体依赖的转录因子,大量研究显示,ESR基因与动物的繁殖活动密切相关.为了分析ESR基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)及其与蛋鸽(Columba livia)产蛋量的关系,本研究以泰平王鸽(C.livia)215个样本为研究对象,采用第一代测序法对ESR基因部分片段进行SNPs筛选.在所测的3个片段中共发现了10个突变位点,分别为ESRα基因的T129416C,ESRβ基因的T365C、A388G、C389A、A429G、G451A、G577A、T672C、A923C和T17167C,其中有3个突变位于外显子上,但只有位点G577A导致了氨基酸的改变,由氨基酸异亮氨酸(isoleucine,Ile)转变为缬氨酸(valine,Val).对10个位点进行了Hardy-Weinberg平衡状态检验,结果显示,所有位点均处于平衡状态.10个位点的连锁不平衡分析显示,位点S2与位点S4、S9为强连锁不平衡(D'≈1,r2＞0.8),位点S4、S9可以完全代表S2.多态位点与产蛋量关联分析显示,位点S8与产蛋量呈极显著相关,其中杂合子AB型的平均产蛋量极显著的高于纯合子AA型(P＜0.01);而纯合子BB型的平均产蛋量低于AB型,高于AA型,但差异不显著(P＞0.05).本研究表明,ESRβ基因中位点S8可作为蛋鸽产蛋量性状选育的候选分子标记位点,为蛋鸽的分子标记辅助育种提供资料.     

清远麻鸡生长激素基因(GH)的SNPs检测及其对生长及繁殖性状的遗传效应

为了研究生长激素基因(GH)对清远麻鸡部分生长及繁殖性状的遗传效应,基于聚合酶链反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)基因多态性并行检测系统,对清远麻鸡(Gallus gallus)生长激素(CH)基因内含子1的G662A位点和内含子4的T3094C,C3199T位点进行检测,并分析其对部分生长及繁殖性状的遗传效应.检测结果显示,清远麻鸡在3个位点上均产生了3种基因型,LDR分型结果同直接测序结果一致.G662A位点对生长及繁殖性状均不存在显着的效应;T3094C位点上,TT型个体的开产日龄显着晚于CC和CT型个体,其18周龄体重又显著高于CC和CT型个体;C3199T位点上,不同基因型个体仅在50周平均蛋重上存在显着差异,TT型个体的50周平均蛋重显着高于CC和CT型个体.3个位点的合并基因型对开产蛋重、50周平均蛋重以及生长性状均有显着的影响,且对生长性能的遗传效应更加明显,合并基因型AACTCC可以作为筛选清远麻鸡高的体重的分子标记.     

蛋鸭骨桥蛋白基因OPN的多态性与蛋品质性状的相关性研究

骨桥蛋白(osteopontin,OPN)是一种分泌型磷酸化蛋白,其可能在蛋壳形成过程中发挥作用。为了分析蛋鸭OPN基因单核甘酸多态性(SNPs)及其与蛋品性状的相关性,本研究以山麻鸭和绍兴鸭(Anas platyrhyncha domestica)各100个个体为研究材料,采用直接测序法进行OPN基因外显子7 SNPs的筛选。结果显示,山麻鸭中共发现8个突变位点,绍兴鸭有9个突变位点。在山麻鸭群体中,G544C、A671G,G672C、T761C和T873C 5处SNPs对部分蛋品性状有极显著或显著作用。而绍兴鸭群体中,A671G、G672C和T761C 3处SNPs对部分蛋品性状有极显著或显著作用。其中,山麻鸭A671G及G672C位点有3种基因型,对蛋壳厚度,BB型个体均值极显著高于其他基因型,对哈氏单位,AA型个体均值显著高于其他基因型。T761C位点有3种基因型,BB基因型对300日龄蛋壳厚度极显著优于AB/AB基因型。T873C位点,BB基因型在300日龄蛋壳厚度和蛋壳强度及500日龄蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重均高于其他基因型。因此推断,位点T761C的B等位基因和T873C的B等位基因为改善蛋品性状的有利基因。绍兴鸭A671G和G672C位点在500日龄蛋形指数方面,AB基因型均值极显著高于AA和BB基因型。在T761C位点,BB型和AB型的300日龄蛋壳强度和蛋壳厚度均值显著高于AA基因型,在500日龄蛋形指数、蛋重、蛋壳重和蛋内容物重4个性状上,AB基因型均值略高于AA基因型,极显著高于BB基因型。结果表明,OPN基因可作为蛋品性状分子标记,为蛋鸭的标记辅助选择育种提供基础资料。     

牛CXC趋化因子受体1基因(CXCR1)编码区单核苷酸多态性

采用巢式PCR、DNA测序和CRS-PCR方法,研究了牛(Bos taurus)3个品种中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的chemokine(C-X-Cmotif)receptor1(CXCR1)基因编码区的单核苷酸多态性(SNPs).发现了819(G/A)、995(G/A)和1008(C/T)3个SNPs,其中995(G/A)和1008(C/T)为首次报道的2个位点,995(G/A)导致氨基酸的改变Arg422His.CXCR1基因819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别为G、G和C,其等位基因频率分别为0.63/0.73/0.71、0.60/0.85/0.71和0.74/0.76/0.71.经适合性检验,鲁西黄牛在995(A/G)和1008(C/T)位点达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);渤海黑牛的所有位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05).3个品种牛在819(A/G)和1008(C/T)位点均表现为中度多态(0.25相似文献   

绵羊BMP15组织表达特征及FecXGr、FecXO和G971A突变的检测

骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)作为绵羊(Ovis aries)繁殖性状的重要调控因子,但其具体作用机制尚不完全清楚.为探究BMP15基因组织表达水平及BMP15基因突变与不同绵羊品种繁殖力之间的关系,本研究选择多羔品种(小尾寒羊)和单羔品种(滩羊和苏尼特羊)作对比,应用RT-PCR和qRT-PCR技术研究BMP15基因组织表达谱以及在不同绵羊品种卵巢组织表达差异;选择不同产羔率水平的多个绵羊群体,采用聚合酶链反应-单链构象多态性分析(polymerase chain reactionsingle strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)和测序技术检测BMP15的3个突变(FecXGr,FecXO和G971A).结果发现,BMP15主要表达于绵羊卵巢、输卵管、子宫、脾脏、十二指肠、骨骼肌和皮下脂肪组织,且在卵巢组织表达丰度明显高于其他组织;绵羊BMP15在3个品种卵巢组织的表达量存在差异,且小尾寒羊(多羔品种)表达量显著低于滩羊和苏尼特羊(单羔品种)(P＜0.05),滩羊和苏尼特羊差异不显著(P＞0.05);最新发现的绵羊BMP15 3个突变(FecXGr,FecXO和G971A)在16个绵羊群体均未检测到.研究结果提示,绵羊BMP15在卵巢组织中高表达,表达水平与绵羊排卵和产羔数呈负相关.本研究可为揭示绵羊高繁殖力调控因子BMP 15的作用机制提供数据参考.     

绵羊抑制素βA基因多态性及其与产羔数关系的研究

设计7对引物,采用PCR-SSCP技术检测抑制素βA亚基(inhibin βA,INHBA)基因在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊和湖羊)和低繁殖力绵羊品种(多赛特羊、特克塞尔羊和德国肉用美利奴羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊产羔数的影响。结果发现引物1-2、2-2和2-4扩增片段有多态性,其余4对引物的扩增片段均不存在多态性。引物1-2,多赛特羊只出现BB基因型,而其余4个绵羊品种则出现AA、AB和BB基因型;测序结果表明,BB型和AA型相比在INHBA基因5'端调控区第50位碱基处发生1处突变(G→A),该突变没有导致氨基酸的改变;小尾寒羊AA、AB和BB基因型之间产羔数的最小二乘均值差异都不显著(P>0.05)。引物2-2,多赛特羊和德国肉用美利奴羊出现GG、GH和HH基因型,而其余3个绵羊品种只出现GG基因型;测序结果表明HH型和GG型相比在INHBA基因外显子2第142位碱基处发生1处突变(C→T),该突变导致了氨基酸由丝氨酸改变为亮氨酸。引物2-4,德国肉用美利奴羊只出现KK和KL基因型,而其余4个绵羊品种则出现KK、KL和LL基因型;测序结果表明LL型和KK型相比在INHBA基因外显子2第95位碱基处发生1处突变(G→A),该突变没有导致氨基酸的改变;小尾寒羊KK、KL和LL基因型之间产羔数的最小二乘均值差异均不显著(P>0.05)。研究结果初步表明,检测的INHBA基因位点对小尾寒羊高繁殖力没有显著影响。     

荷斯坦母牛DNA依赖性蛋白激酶基因(PRKDC)多态性及其与体细胞评分的关系

设计5对引物P1～P5,采用PCR-SSCP技术检测210头荷斯坦母牛DNA依赖性蛋白激酶(DNA-dependent protein kinase,PRKDC)基因部分序列的多态性.结果发现P2扩增的外显子区域存在G34126A 1个突变位点,导致丝氨酸变为天冬酰胺;P3的扩增产物存在C77353T、T77384G、C77406T和77 408bp处C缺失4个突变位点.P2扩增产物经SSCP分析有AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.186、0.433和0.381;P3扩增片段经SSCP分析有CC、CD、DD、CE和DE 5种基因型,其频率分别为0.786、0.129、0.009、0.067和O.009.用最小二乘法分析PRKDC基因多态性与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明:对于P2扩增产物多态位点,AA基因型SCS最小二乘均值显著低于AB和BB基因型所对应的值(均为P＜0.05),AB和BB基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P＞0.05);对乳房炎抗性,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型;对于P3扩增产物多态位点,CC、CD、DD、CE和DE基因型SCS最小二乘均值差异均不显著(P＞0.05).研究结果初步表明PRKDC基因G34126A多态位点的A等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记.     

山羊繁殖季节性相关基因DIO2与DIO3的表达分析

研究表明,2型脱碘酶基因(typeⅡiodothyronine deiodinase gene,DIO2)和3型脱碘酶基因(type Ⅲiodothyronine deiodinase gene,DIO3)对啮齿动物(Rodentia)和绵羊(Ovis aries)的季节性繁殖活动具有重要调控作用.本研究选择常年发情济宁青山羊(Capra hircus)和季节性发情辽宁绒山羊(C.hircus)作为实验对象,应用反转录PCR和定量PCR技术分别对两个基因的组织表达谱及繁殖轴组织中两个基因的表达差异进行检测分析.研究发现,(1)DIO2基因在所研究的24个组织都有一定量表达,DIO3基因主要在小脑、海马、下丘脑、垂体、脑桥以及卵巢和肾上腺等表达,品种间两基因组织表达谱相似;(2)济宁青山羊垂体DIO2基因表达量显著高于辽宁绒山羊(P＜0.05),下丘脑、卵巢表达量也均高于辽宁绒山羊,但两品种间差异不显著(P＞0.05),子宫表达量显著低于辽宁绒山羊(P＜0.05);(3)对于下丘脑组织DIO3基因,则济宁青山羊表达量比辽宁绒山羊明显要高(P＜0.05),而对于卵巢和子宫DIO3基因表达量,则济宁青山羊明显比辽宁绒山羊低(P＜0.05),济宁青山羊垂体DIO3基因表达量低于辽宁绒山羊,但两品种间差异不显著(P＞0.05).本研究提示DIO2和DIO3基因可能与山羊季节性繁殖调控有关,研究结果可为初步揭示山羊繁殖季节性分子调控机制提供参考.     

兴义鸭MEF2D基因的多态性及组织差异表达研究

肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)是属于肌细胞增强因子2(myocyte enhancer factor 2,MEF2)基因家族一员,被认为与骨骼肌生长发育有关。为研究MEF2D基因的多态性对兴义鸭(Anas platyrhynchos domestica)屠宰性状的影响,本研究利用PCR扩增结合测序的方法对90日龄兴义鸭MEF2D基因外显子区域进行SNP位点筛选,同时运用q RT-PCR对0~150日龄兴义鸭不同组织中该基因m RNA表达规律进行探究。结果显示,在MEF2D基因外显子区域共发现6个SNPs,均为同义突变;群体遗传学分析显示,6个多态位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5),经χ2检验表明兴义鸭群体在这6个多态位点均处于Hardy-weinberg平衡状态(P0.05);各SNPs与屠宰性状关联分析发现,T16236C位点的不同基因型在活重和屠体重存在显著差异(P0.05),A16305C和A21071G位点对多项屠宰指标存在显著或极显著影响(P0.05或P0.01),G16359C位点的CC基因型个体半净膛重、全净膛重显著高于GG基因型个体(P0.05),其余SNPs对屠宰性状无显著影响(P0.05);单倍型分析结果表明,兴义鸭CGCCCG单倍型的半净膛重和半净膛率显著或极显著高于其他单倍型(P0.05或P0.01);TACCCA单倍型的腿肌重显著高于其他单倍型(P0.05);TATAGA单倍型的全净膛率显著高于其他单倍型(P0.05);q RT-PCR结果显示,在10个组织中均检测到了MEF2D基因的表达,说明该基因的表达具有广谱性,且公母差异显著,母鸭腿肌中的表达量最高,心、肝脏、肺脏、肾脏、十二指肠、大脑、胸肌、腺胃中的表达量较高,而公鸭心肌、肝脏中的表达量最高,十二指肠、大脑、胸肌、腿肌、腺胃中的表达量较高。研究结果可为兴义鸭屠宰性状的分子标记辅助选育提供参考,同时为鸭MEF2D基因结构功能的进一步研究提供理论基础资料。     

济宁青山羊高繁殖力候选基因类固醇21-羟化酶基因(CYP21)的研究

采用PCR-SSCP和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)技术检测类固醇21-羟化酶基因(steroid 21-hydroxylase,CYP21)10个外显子在山羊(Capra hircus)低繁殖力品种(安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)、中等繁殖力品种(波尔山羊)和高繁殖力品种(济宁青山羊)中的碱基变异,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响.结果表明,10对引物中仅引物P10扩增片段存在多态性.对于P10扩增产物,在内蒙古绒山羊、波尔山羊和济宁青山羊中检测到AA、AB和BB基因型,在安哥拉山羊中检测到AA和AB基因型;测序分析发现,BB与AA基因型相比发生了A2789C、C2791A、G2818A、G2851C、G2852T和G2854A的突变,在第2821与2 822位发生了两个碱基CG的缺失突变,导致426～448位共有19个氨基酸发生改变;济宁青山羊BB和AB基因型产羔数最小二乘均值分别比AA基因型的多0.81只(P＜0.05)和0.47只(P＜0.05),BB和AB基因型之间差异不显著(P＜0.05).研究结果初步表明CYP21基因的B等位基因是提高山羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记.     

牛CXCR1基因编码区单核苷酸多态性的研究

本研究采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛的CXCR1基因编码区的单核苷酸多态性（SNPs）,发现了819（G/A）、995（G/A）和1008（C/T）3个SNPs,其中995（G/A）和1008（C/T）为首次报道的两个位点,995（G/A）导致氨基酸的改变Arg422His。CXCR1基因819（A/G）、995（A/G）、1008（C/T）3个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别为G、G、C,其等位基因频率分别为0.63/0.73/0.71、0.60/0.85/0.71、0.74/0.76/0.71。经χ2适合性检验,鲁西黄牛在995（A/G）和1008（C/T）位点达到Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;渤海黑牛的所有位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）。3个品种牛在819（A/G）和1008（C/T）位点均表现为中度多态（0.25相似文献   

磷脂酶C-zeta基因(PLCz)多态性与中国荷斯坦公牛精液性状相关性研究

睾丸特异性磷脂酶C-zeta(PLCz)在哺乳动物的精卵融合过程及胚胎发育过程中发挥重要作用,主要是激发精卵融合过程中钙波的震荡.本实验选取3个种公牛站的424头中国荷斯坦公牛个体作为实验材料,通过提取种公牛精液中的全基因组DNA,运用DNA测序、PCR-RFLP技术对PLCz基因的全序列进行了单核苷酸多态性分析.实验发现8个新的SNPs位点,其中g.27529 T＞A和g.27597 T＞C位于内含子7,g.47969 G＞A、g.48020 T＞C、g.48079 G＞A、g.48127 G＞T和g.48384 G＞T位于内含子12,而位于外显子8的多态位点g.27768 G＞C发生突变后可以导致第337位的氨基酸丙氨酸改变为脯氨酸,故而此突变为非同义突变.此外,连锁不平衡分析表明g.27529 T＞A、g.27597 T＞C和g.27768 G＞C 3个位点完全连锁,以SNP1 g.27597T＞C代表;g.47969 G＞A、g.48020 T＞C、g.48079 G＞A、g.48127 G＞T和g.48384 G＞T 5个位点完全连锁,以SNP2 g.47969 A＞B代表.通过与公牛精液品质相关性分析表明,SNP2位点与精子畸形率显著相关(P＜0.05),SNP1则与公牛精液品质无显著关联性.然而,突变体SNP1和SNP2所构建的9种单倍型组合与公牛精液品质性状显著相关,单倍型组合TTAB的射精量(P＜0.05)、鲜精密度(P＜0.01)和冻后活力(P＜0.05)显著高于其他单倍型组合,鲜精活力显著高于单倍型组合TTBB(P＜0.05),畸形率则显著低于单倍型组合CTAB(P＜0.05).结果表明,单倍型组合TTAB可以作为中国荷斯坦公牛高精液品质的有效分子标记.     

鸡卵细胞卵黄生成受体基因(ovr)SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

以6个鸡(Gallus gallus)品种混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡卵细胞卵黄生成受体(occyte vitellogenesis receptor,ovr)基因内含子单核苷酸多态性(SNPs)位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析.结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2T3967G,内含子7C8099T和A8296G,内含子9A8839T和G9084A共5个突变位点;其中内含子2HinfⅠ突变位点与开产日龄和蛋壳厚度相关极显著(P＜0.01),与产蛋量、蛋重和蛋黄比例相关显著(P＜0.05);3种基因型中订个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体.研究结果证实了ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响.     

牦牛KDM2A基因克隆及其在不同组织和减数分裂进程的表达

组蛋白去甲基化酶(histone demethylase,KDM)2A是细胞周期基因表达所必需的调控分子。为了研究牦牛(Bos grunniens)KDM2A基因的结构和功能,并进一步分析该基因在不同组织及卵母细胞减数分裂进程中的表达模式,本研究首先克隆获得牦牛KDM2A基因序列全长3 546 bp,包括完整的开放阅读框3 489 bp,编码氨基酸1 162个(Gen Bank登录号:MH345760)。牦牛KDM2A基因与其他物种的相似度与构建的系统进化树结果一致。牦牛KDM2A蛋白分析显示,其理论分子质量为132.7 k D,理论等电点为7.59,不稳定指数52.73,总平均亲水指数-0.587。KDM2A蛋白氨基酸序列中存在117个磷酸化位点,6个N-糖基化和2个O-糖基化位点;二级结构包括无规则卷曲、α螺旋和β折叠。KDM2A蛋白含有cupin超家族jumonji-C(Jmj C)结构域、锌指(CXXC zinc finger,ZF-CXXC)结构域、植物同源域(plant homeodomain,PHD)、F-盒蛋白(F-box,FBOX)结构域和有丝分裂相关蛋白(antagonist of mitotic exit network protein 1,AMN1)结构域,不含跨膜结构域和信号肽,主要在细胞核发挥生物学功能。KDM2A mRNA在子宫、脾脏和卵巢的表达量较高,极显著高于其他组织(P0.01);KDM2A mRNA在卵母细胞减数分裂过程中均表达,其中MⅡ期的表达量极显著高于GⅤ期和MⅠ期(P0.01),GⅤ期KDM2A的表达水平高于MⅠ期,但差异不显著(P0.05)。本研究成功克隆了牦牛KDM2A基因序列,并明确其在组织和卵母细胞减数分裂进程中的表达模式,为深入探讨KDM2A基因在牦牛卵母细胞减数分裂进程中的作用机制提供了基础资料。     

西门塔尔杂种牛UCP3基因多态性与生长性状的关联性分析

宁夏作为全国重要的肉牛养殖地,肩负着向全国提供优质牛肉的责任。西门塔尔(Bos taurus)杂种牛作为主要养殖群体,更是研究的重点。检测西门塔尔杂种牛解偶联蛋白3(uncoupling protein3,UCP3)基因的遗传多态性,分析其与生长性状的相关性,旨在选择出具有生长速度快的基因类型个体,为下一步选育选配工作提供基础资料。本研究采用PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)方法结合DNA测序检测UCP3基因的多态性,利用DNAMAM、POPGENE1.31、PIC(Polymorphism information content)程序、SAS软件,计算等位基因频率、基因型频率、多态信息含量,对各个基因型与生长性状(体重、体高、体斜长、胸围)进行关联性分析。UCP3基因共检测到5处点突变,为G5465A、C7921G、T8018C、T8162C、A7953G,其中A7953G突变前后不引起氨基酸改变,其他位点突变后分别引起丙氨酸变成苏氨酸,脯氨酸变成精氨酸,半胱氨酸变成精氨酸,酪氨酸变成组氨酸;对其中两个多态位点进行适合性检验,多态位点Hardy-Weinberg不平衡;遗传多样性分析表明,两个位点的PIC值分别为0.372 7、0.370 4,均表现为中度多态;最小二乘均值分析表明,在第3外显子,GA基因型个体各月龄生长性状优于GG基因型,5 465 bp处发生G→A的突变会影响体重、体高和体斜长,尤其在生长后期,增重优势明显;在第6外显子CC基因型各月龄体尺性状优于TC基因型个体,8 162 bp处发生T→C的突变会影响从初生到18月龄的体高、体斜长的增长速度(P0.05);将2个突变位点合并进行分析,组合基因型个体(GACC)体重、体高、体斜长均高于其他基因型组合,且体重性状的组合效应值高于单个多态位点。UCP3基因单个或组合位点不同基因型与西门塔尔杂种牛生长性状之间有着显著、极显著的关联,组合GACC基因型不同月龄体重、体斜长优于单个位点。可以将G5465A、T8162C位点作为宁夏西门塔尔杂种牛生长性状分子辅助标记(marker assisted selection,MAS),同时,初步确定GACC基因型是影响宁夏西门塔尔杂种牛体重性状的最佳组合基因型,这对加快宁夏本地肉牛发展具有重要意义。