猪粪和土壤样品中微生物DNA提取方法的比较

猪粪施于土壤可能会对土壤微生物多样性造成影响,为选用同一种DNA提取方法用于土壤和猪粪微生物DNA的提取,该文采用了化学裂解法和试剂盒法同时从土壤和猪粪样品中提取微生物DNA,并对这两种方法的提取DNA的效果进行了比较。结果表明,试剂盒法不能用于提取土壤中的微生物DNA;可以从猪粪中提取到DNA,PCR扩增能得到目的产物,但重复性不高。化学裂解法提取的土壤微生物DNA浓度高但纯度低,纯化后纯度增加,但DNA有所损失,用于PCR扩增时结果不理想;处理猪粪样品,提取的DNA浓度较低但纯度较高,PCR扩增结果比较理想。由此可见,化学裂解法用来提取猪粪样品中的微生物DNA是可行的,但需寻求更好的土壤样品微生物DNA的提取方法。     

猪粪和土壤样品中微生物DNA提取方法的比较

猪粪施于土壤可能会对土壤微生物多样性造成影响，为选用同一种DNA提取方法用于土壤和猪粪微生物DNA的提取，该文采用了化学裂解法和试剂盒法同时从土壤和猪粪样品中提取微生物DNA，并对这两种方法的提取DNA的效果进行了比较。结果表明，试剂盒法不能用于提取土壤中的微生物DNA；可以从猪粪中提取到DNA，PCR扩增能得到目的产物，但重复性不高。化学裂解法提取的土壤微生物DNA浓度高但纯度低，纯化后纯度增加，但DNA有所损失，用于PCR扩增时结果不理想；处理猪粪样品，提取的DNA浓度较低但纯度较高，PCR扩增结果比较理想。由此可见，化学裂解法用来提取猪粪样品中的微生物DNA是可行的，但需寻求更好的土壤样品微生物DNA的提取方法。     

一种快速有效提取植物和真菌DNA和RNA的简易方法

本文利用一种真菌核酸的快速提取方法提取了3种真菌的DNA和RNA,并将该法略作改进用于烟草DNA和RNA的提取。同时,通过低温保藏试验评价核酸提取液和提取产物的稳定性和有效性;利用凝胶电泳、PCR和RT-PCR等方法比较分析核酸质量;并将提取效果与传统方法或试剂盒的提取效果进行比较,以分析其有效性。结果表明,改进后的提取方法是一种简单、方便和有效的实验方法,不仅可用于真菌也可用于植物DNA和RNA提取,用这种方法提取得到的DNA和RNA在低温保存条件下比较稳定,能较长时间保持其原有活性。     

魔芋DNA快速微量提取及其ISSR-PCR扩增

魔芋属天南星科魔芋属草本植物,其组织富含多糖和多酚等次生物质,这类物质的存在不仅使DNA提取变得困难,还会影响下游的分子生物学操作。采用改进的提取方法,主要包括在2mL Eppendorf离心管中液氮研磨,CTAB-SDS裂解细胞,β-巯基乙醇浓度从2％提高到5％和添加PVP抑制多酚氧化,缓冲液去多糖等步骤,成功的提取了魔芋鲜叶的高质量DNA,其A260／A280位于1．80-2．00之间,产率超过470μg／g,ISSR0PCR扩增效果好。该方法具有快速、低廉、微量、稳定等特点,为深入研究魔芋资源遗传多样性、标记辅助育种和种芋纯度的鉴定奠定了基础。     

龙眼和荔枝染色体DNA的提取与鉴定

以龙眼“大乌圆”和荔枝“三月红”两个品种的幼叶和果实组织为试材 ,采用在细胞核被裂解之前 ,去除细胞质中的酚类物质和蛋白质 ,而后用 SDS裂解细胞核 ,异丙醇和乙醇沉淀染色体 DNA的方法 ,成功地从两种不同组织中提取和纯化了两种果树的染色体 DNA,DNA的得率介于 2 86～ 314μg/g FW之间 ,凝胶电泳显示无明显降解现象 ,适宜作为 PCR模板应用 ,并成功地进行特异性基因扩增     

紫色水稻土水稳性团聚体土壤微生物基因组DNA提取方法探讨

为了找到提取土壤微生物总DNA的最佳方法,通过OD值检验、凝胶电泳、PCR和DGGE分析,比较了Reddy法、基于DNAout kit试剂盒改进的实验方法、以及Kuske修订法、Edgcomb改进法、SDS高盐提取法、Eichner调整法等常用的不同土壤微生物基因组的DNA提取方法在亚热带地区长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体0.25～2.0 mm粒径上的提取效果.结果表明,6种方法都可以从团聚体中提取到长度大于23.1 kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产量存在明显差异,土壤总DNA均不需纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA基因V3区的通用引物可扩增得到相应的片段.研究表明,改进的DNAout kit试剂盒法是长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体中微生物基因组DNA的最佳提取方法.     

棉花根际促生菌基因组DNA的提取及其鉴定

植物根际微生物基因组的提取往往因为细胞壁不能完全裂解以及内含物的成分和含量受到影响,获得完整的基因组DNA一直是土壤微生物分子生物学研究的关键。本文以新疆盐碱地棉花根际促生菌为材料,比较了SDS法、CTAB法以及高盐结合的CTAB法提取棉花根际促生菌基因组DNA的效率,结果显示,SDS法和CTAB法在细胞裂解后,由于过多的多糖类物质混于上清液中使其过于粘稠而无法分层,没能得到DNA样品。高盐结合的CTAB法则有效弥补了上述方法的不足,能够获得A260/A280为1.82、A260/A230为2.43的高质量基因组DNA。同时实验还以细菌16SrDNA为内标进行PCR扩增,结果证明所获得的棉花根际促生菌基因组DNA可直接用于PCR等分子生物学进一步研究。     

脂质体介导的外源基因在黄瓜悬浮细胞原生质体中的表达

本文用脂质体包裹质粒DNA,研究了不同制备方法,不同磷脂成分对包裹率的影响,以及超声处理对脂质体内质粒DNA稳定性的影响。用改进的脱水再加水法制备质粒脂质体,使包襄率由10—20％提高到60—70％。黄瓜悬浮细胞原生质体与包裹pUC12—CAT质粒的脂质体经PEG诱导融合,培养3天和6天后均测得较强的CAT活性,说明脂质体介导的外源基因己在黄瓜细胞中成功地表达。     

水稻联合固氮菌质粒的鉴定及固氮(nif)基因定位

应用改进的Casse法提取质粒,鉴定了供试菌株的质粒存在情况:高NH_4~+和N_2培养的Alcaligenes faecalis A_15,Enterobacter cloacae E26,E.cloacaeEnSs和klebsiella planticola DWUL2分别携有1—2个大质粒,分子量在30—200Md之间;K.planficola和Pseudomonas saccharophila含有小质粒;K.oxytocaNG13不携质粒。供试菌株中DNA与nif探针R1 nif DH和Ec nif B-Y均具有同源性。A.faecalis A15,E.cloacae E26和K.oxytoca NG13的nif基因位于染色体上,而E.cloacae EnSs的nif基因则位于一个较大质粒上。     

土壤微生物总DNA提取方法的比较

采用4种土壤DNA提取方法提取了5种类型土壤的微生物总DNA，并对4种提取方法的DNA提取效果进行综合分析，进一步通过PCR—DGGE扩增提取DNA中的细菌16S rDNA片段，并对扩增产物进行DGGE电泳分析。结果表明，SDS-高盐缓冲液法抽提的DNA得率最高，SDS-酚氯仿抽提法的DNA得率最低。DNA的纯度，以BIO-101 DNA Extraction Kit试剂盒法最高，改进试剂盒法纯度最低。通过PCR-DGGE分析土壤微生物多样性结果表明，BIO-101 DNA Extraction Kit试剂盒法提取的DNA代表的微生物多样性最全，而SDS酚氯仿法抽提的DNA代表性最差。     

口蹄疫病毒3D蛋白在T4噬菌体衣壳表面的展示

本文通过PCR技术获得3D基因,使用拼接重叠延伸聚合酶链反应对3D基因内部的EcoRⅠ位点进行定点突变,将突变后的3D基因克隆至原核表达质粒pSOC和T4噬菌体的穿梭质粒pR中,通过PCR及质粒酶切鉴定,分别获得阳性重组子pSOC-3D和pR-3D。将含有3D基因的重组质粒pSOC-3D质粒转化大肠杆菌BL21进行表达,SDS-PAGE检测表达产物。将含有3D基因的重组质粒pR-3D转化T4噬菌体的宿主菌E2,通过同源重组获得重组噬菌体T4-3D,经SDS-PAGE及Western- blot检测,证明展示在T4噬菌体表面的3D融合蛋白能与FMDV感染血清发生特异性反应。     

睾丸酮丛毛单胞菌活化因子基因的质粒载体构建及表达

提取睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)的基因组DNA，利用PCR扩增activator基因，将扩增产物克隆到pKtac1(含强启动子tac)中，构建重组质粒pKtac1-act1和 pKtac1-act2。经酶切分析和测序，鉴定出正确的重组质粒pKtac1-act1和 pKtac1-act2。将重组质粒转化入大肠杆菌(Escherichia coli)HB101中，用酶联免疫分析方法测定细菌总蛋白质中的activator表达量；将pAX1(含3α-HSD/CR基因)分别和重组质粒(pKtac1-act1和pKtac1-act2)一起转化入E. coli HB101中，测定细菌总蛋白质中的3α-HSD/CR和activator的表达量。结果表明：重组质粒能明显提高activator的表达；pAX1与重组质粒共转化的蛋白质粗提物中，activator和3α-HSD/CR的表达量都显著提高。     

睾丸酮丛毛单胞菌teiR基因载体构建及在大肠杆菌中的表达

提取睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)基因组DNA,利用PCR扩增teiR基因,将扩增产物克隆到pKtac2(含强启动子tac)和pK18中,构建重组质粒pKtac2-teiR和pKteiR100。将重组质粒分别转化大肠杆菌(Escherichia coli)HB101, 提取细菌总蛋白,ELISA测定细菌总蛋白中teiR基因的表达量,结果表明: 含tac强启动子的pKtac2-teiR重组质粒具有更高的转录活性;将p6(含3a-HSD/CR基因)分别和重组质粒(pKtac2-teiR和pKteiR100)共转化大肠杆菌(Escherichia coli)HB101, 测定细菌总蛋白中3a-HSD/CR 和teiR基因的表达量,结果表明: 在大肠杆菌中teiR可以明显促进3a-HSD/CR 的表达, pKtac2-teiR与p6共转化后teiR基因的表达量比pKteiR100与p6共转化后teiR基因的表达量高,但是pKtac2-teiR与p6共转化后的3a-HSD/CR的表达量低于pKteiR100与p6共转化后的3a-HSD/CR的表达量。     

香蕉条斑病毒ORFⅠ、ORFⅡ在大肠杆菌中的原核表达和自激活特性的鉴定

目前,香蕉条斑病毒所有3个ORF表达产物功能均不明确,通过双杂技术研究病毒未知蛋白与宿主蛋白的互作,可以初步推断未知蛋白的功能。本实验旨在构建香蕉条斑病毒ORFⅠ和ORFⅡ在细菌双杂系统中的诱饵质粒。首先以课题组保存的连接有香蕉条斑病毒河口分离物全基因组的pMD-18T载体DNA为模板,经过PCR扩增,切胶回收,并通过与带有λcI基因的pBT载体共同双酶切及T4连接酶连接后,得到与λcI基因融合表达的重组载体pBT-ORF1和pBT-ORF2。转化大肠杆菌XL1-BlueMRF＇报告菌株,用IPTG（0.1mmol/L）诱导目的基因片段表达。Westernblotting结果表明,ORF1-λcI和ORF1-λcI两种融合蛋白均成功表达,且大小与预期一致。之后,pBT-ORF1及pBT-ORF2分别与空质粒pTRG共转化XL1-BlueMRF＇报告菌株,pBT空质粒和pTRG-Gal11p共转化作为阴性对照。结果显示pBT-ORF1及pBT-ORF2均无自激活现象,可以进行后续的细菌双杂工作。本实验为BSV与宿主的细菌双杂系统的建立及蛋白组学的研究奠定了基础。     

TES基因C端的分段克隆与表达

为了在大肠杆菌中分段表达人类TES基因C端3个顺次排列的LIM结构域,利用PCR技术从含有TES基因全长编码序列的质粒pCMV-HA-TES中扩增出这3个LIM domain基因片段,分别重组入pGEM-T载体,再经酶切后,将获得的目的片段亚克隆入原核表达载体pQE-N1进行融合表达。酶切鉴定及测序结果表明,扩增产物与已知基因序列一致,成功构建了3个目的片段的pQE-N1表达质粒;SDS-PAGE结果显示,IPTG诱导表达出与预期分子质量大小相同的3个融合蛋白。     

苏云金杆菌天门变种晶体蛋白基因的克隆和表达

用改进的Birnboim法检测了苏云金杆菌9个变种的质粒组成,其中我国分离到的天门变种有12条质粒带,用Southern杂交法证明,天门变种的δ-内毒素基因位于1个约60MD的质粒上。该质粒经BglⅡ酶切后与Bam HI酶切的pBR322载体连接,转化大肠杆菌HB101。通过菌落原位放射免疫反应和Southern杂交方法,筛选带有δ-内毒素基因并能在大肠杆菌中表达的转化体。对玉米螟幼虫进行生物测定表明,阳性克隆pTCC65及pTCC18有较强的抑制幼虫生长的作用。     

Overlap-PCR克隆秦川牛HCRTR1基因及其在大肠杆菌中的表达分析

通过Overlap-PCR方法克隆了秦川牛的HCRTR1基因编码区全长,获得1278 bp编码区全长序列,将其克隆至pMD-18T载体上,经测序表明获得的cDNA序列与GenBank公布的序列同源性均为98%。提取阳性克隆的质粒经BamHI和HindⅢ双酶切后,回收到1278 bp的目的片段,定向克隆到pET32a（+）表达载体上,连接产物转化Bl21(DE3)感受态大肠杆菌,对长出的菌落进行菌落PCR和质粒酶切鉴定正确后,用IPTG诱导目的蛋白的表达。SDS-PAGE表明秦川牛HCRTR1基因在大肠杆菌中不表达,生物信息学分析表明,HCRTR1基因的表达产物为具有7个跨膜螺旋的G蛋白偶联受体,可能是此类蛋白在原核系统的表达将会影响细菌本身存活,因此原核表达系统也成为研究此类蛋白的瓶颈。     

tac启动子碱基突变对睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)降解能力的影响

应用PCR技术将发生突变的tac启动子-10区（TATGTT）回复突变为TATATT和TATGAT,构建了两个重组质粒pPM1、pPM2,酶切结果发现pPM1质粒转化大肠杆菌后部分细菌对tac启动子进行切除。将重组质粒分别与pAX1共转化大肠杆菌,提取细菌总蛋白,酶联免疫吸附法测定细菌总蛋白中activator及3α-HSD的表达量,结果表明tac启动子-10保守区为TATATT的质粒比-10保守区为TATGAT的质粒具有更高的转录活性,activator及3α-HSD的表达量高低依次均为pPM1＞pPM2＞pb。根据同源重组原理构建突变菌,并利用HPLC测定了各突变菌对睾凡酮的降解能力,结果表明不同突变菌对睾凡酮的降解能力高低依次为Cp7（C.T.+ pPM1）> Cp4（C.T.+pPM2）> Cb7（C.T.+pb）>C.T.。     

鸡大肠杆菌质粒指纹图谱及某些生物学特性的研究

用广西分离的鸡大肠杆菌(E.coli)11种血清型的代表菌株进行研究。结果表明:鸡E.coli的致病性与血清型、菌毛及大肠杆菌素(colicin)的产生有关;与细菌的抗药性关系不大;鸡E.coli不产不耐热肠毒素(LT)及耐热肠毒素(ST);鸡E.coli的血凝特性及盐凝特性与其菌毛的产生有关;来源及血清型相同的菌株才具有完全相同或基本相同的质粒指纹图谱(PP)和酶切图谱;质粒分布与血清型及菌毛的产生无明显关系,与colicin的产生及抗约性有较密切的关系。结果还表明,鸡E.coil与其它人畜致病性E.coli有显著的区别。并对此作了进一步的讨论。     

Applicability of plasmid calibrant pTC1507 in quantification of TC1507 maize: an interlaboratory study

To enforce the labeling regulations of genetically modified organisms (GMOs), the application of DNA plasmids as calibrants is becoming essential for the practical quantification of GMOs. This study reports the construction of plasmid pTC1507 for a quantification assay of genetically modified (GM) maize TC1507 and the collaborative ring trial in international validation of its applicability as a plasmid calibrant. pTC1507 includes one event-specific sequence of TC1507 maize and one unique sequence of maize endogenous gene zSSIIb. A total of eight GMO detection laboratories worldwide were invited to join the validation process, and test results were returned from all eight participants. Statistical analysis of the returned results showed that real-time PCR assays using pTC1507 as calibrant in both GM event-specific and endogenous gene quantifications had high PCR efficiency (ranging from 0.80 to 1.15) and good linearity (ranging from 0.9921 to 0.9998). In a quantification assay of five blind samples, the bias between the test values and true values ranged from 2.6 to 24.9%. All results indicated that the developed pTC1507 plasmid is applicable for the quantitative analysis of TC1507 maize and can be used as a suitable substitute for dried powder certified reference materials (CRMs).