河南粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析

为了建立河南粳稻品种的DNA指纹图谱,了解河南粳稻种植品种的遗传多样性,本研究利用均匀分布于水稻(Oryza sativaL.)12条染色体的37对SSR引物,以河南1963～2010年间主要推广种植的37个粳稻(O.sativaL.ssp.japonica)品种为材料,进行简单序列重复(SSR)指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,33对引物具有特异多态性片段,共检测到114个等位基因,平均每位点3.53个等位基因;引物多态性频率为0.054～0.739。37个品种的遗传相似系数为0.627～0.992,平均为0.812。17个品种都至少具有1对SSR特征引物,其余20个品种的鉴定需要结合不同的SSR引物。利用19对核心SSR引物构建的指纹图谱能逐一区分出36个粳稻品种。采用非加权类平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0.710处可将37个品种分为2大类,河南选育品种基本都聚到同一大类群,表明河南推广的粳稻品种遗传基础狭窄。     

利用SSR标记分析部分粳稻品种的遗传多样性

以我国16个粳稻品种为材料,包括水稻雄性不育系、恢复系、杂交种以及少量常规稻,从分布在水稻基因组的12条染色体上300对SSR引物中筛选出14对多态性丰富、重复性高的引物,这些引物在16份材料间共扩增出61个多态性片段,平均每对SSR引物可检测到4.36个等位基因。聚类分析表明:品种间遗传相似系数在0.57~0.97之间。生产中应用的BT型水稻雄性不育系与恢复系分别聚类于不同的类群,遗传关系较远。     

利用SSR技术构建多花黑麦草品种指纹图谱

通过构建我国多花黑麦草主栽品种的SSR标记指纹图谱数据库,以实现对多花黑麦草品种的快速、准确鉴定.本研究利用SSR标记,基于多态性高、稳定性强和连锁群分布均匀的原则,从100对多花黑麦草(Lolium multiflorum Lam.)基因组来源的SSR引物中,筛选出12对引物用来构建了21个多花黑麦草品种(系)的指纹图谱.12对SSR引物共扩增出108种多态性基因型,多态性比率达94.15％,每对引物的基因型从5～22种不等,平均每对引物扩增出9种基因型,多态性信息量(PIC)变幅为0.744～0.934,平均为0.843,此12对引物可以在构建多花黑麦草品种DNA指纹数据库作为核心引物推荐使用.21个多花黑麦草品种(系)基因型间遗传相似性系数在0.4956～0.8571之间,UPGMA聚类分析表明,在相似系数0.69处可将全部材料分为3大类.7对引物在9个品种上具有唯一特征带,采用15-08C单对引物即可将21个多花黑麦草品种完全区分开,该对引物不仅多态性高(PIC=0.934),且具备多个品种的特征谱带.基于该引物建立了供试品种指纹图谱标准模式图,每个品种具有唯一的指纹图谱(带型),为牧草品种的审定和保护以及选配优良杂交组合培育新品种提供了重要的理论依据.     

西藏玉米地方品种与国内骨干自交系间的遗传关系分析

为揭示西藏玉米地方品种与我国常用玉米优势群间的遗传关系,挖掘西藏玉米地方品种的遗传潜能,以69份西藏玉米地方代表品种和代表我国常用玉米优势群体的10个骨干自交系为试验材料,选用均匀覆盖玉米染色体组的40对核心SSR引物,采用多重荧光PCR技术与毛细管电泳荧光检测相结合的方法,检测西藏玉米地方品种的遗传多样性及其与骨干自交系间的遗传关系。结果表明,69份西藏玉米地方品种中共检测到364个等位基因变异,每对引物检测出3~23个等位基因,平均9.1个,平均多态性信息量为0.693,遗传多态性高于我国西南区玉米地方品种的多样性水平,支持我国玉米由印度经西藏传入四川的论点。依据79份参试材料的Roger遗传距离采用类平均法将参试材料划分为5个类群,各类群中西藏玉米地方品种与骨干自交系间的遗传相似系数变化介于0.09~0.58之间,平均值为0.26,表明西藏玉米地方品种与国内玉米现代品种及核心地方品种间的亲缘关系较远。本试验初步推断西藏玉米地方品种可能具有独立的遗传演化系统,且基于SSR分析结果,确定了西藏玉米地方品种多态性及其与骨干自交系间的亲缘关系,为我国优势玉米种群的发掘和改良提供了理论参考。     

应用SSR分子标记鉴定甜瓜杂交种纯度的研究

摘要：本文以两个甜瓜杂交一代品种“东方蜜1号”、“东方蜜2号”及其亲本和若干同母异父的杂交组合为实验材料,利用SSR标记对甜瓜杂交种纯度快速鉴定的方法进行了研究。结果表明：SSR标记在甜瓜杂交种及亲本间具有较高的多态性,利用筛选出的SSR引物能够快速准确的区分出杂交种中混杂的母本自交系种子,对3批杂交种纯度的快速鉴定结果与大田鉴定结果一致。但是,利用筛选出的单一SSR引物不能完全区分开杂交种和与其同母异父的供试杂交组合,而用不同的引物组合能够将杂交种与大多数供试杂交组合区分开,但对于个别与杂交种遗传背景十分接近的杂交组合仍不能区分开。     

利用小麦SSR标记分析鸭茅种质资源的遗传多样性

使用小麦(Triticum aestivum)SSR引物和扩增程序,以中国春小麦(T. aestivum)品种为对照,利用SSR标记对来自国内外的45份鸭茅(Dactylis glomerata L.)种质资源进行遗传多样性研究.结果表明,20对引物扩增出295个条带,多态性条带为187条,多态性条带比率为61.15%,鸭茅种质资源的遗传相似系数范围为0.7848～0.9513.聚类分析和主成分分析将供试材料分为6大类,聚类结果不仅能反映鸭茅生态适应性特征与其生长发育状况及生产性能相关,还显示出国产鸭茅品种遗传基础较为狭窄.研究表明将小麦SSR引物用于检测鸭茅遗传多样性行之有效.     

山东省46个花生品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

为从分子水平上快速鉴别花生品种和选配优良杂交组合,以山东省审定的46个花生品种为材料,利用微卫星(SSR)标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从788对SSR引物中筛选出50对多态性高、稳定性好、谱带清晰的引物,共检测到175个等位位点,其中122个为多态性位点,多态性比率达70.52%;每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~7个,多态性信息量变化范围为0.6753~0.8412,平均为0.823。此外,利用14对引物可将46份材料完全区分开。聚类分析表明,在相似系数0.77处,所有供试材料聚为一类,在相似系数0.80处,仍有76%的材料聚在一起。利用SSR标记构建的指纹图谱可为花生种质资源管理及育种实践提供依据。     

47份水稻品种资源的ISSR遗传多样性分析

为研究广东省惠州市种植的常规水稻品种的遗传多样性,本实验利用ISSR标记对47份水稻品种资源进行遗传多样性检测。从49条引物中筛选出5条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出53条带,每个引物可以扩增出9～13条带,平均为10．6条,其中47条具有多态性,比率为88．7％。不同水稻品种间遗传相似系数变幅为0．319～0．936,平均达0．691,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。通过聚类,从分子水平对水稻品种资源的遗传关系进行分析,并对47份水稻品种资源进行分类,ISSR标记能将47份水稻品种完全区分开,为水稻品种资源的研究利用提供参考。     

云南杂交玉米SSR标记核心引物的筛选及多样性分析

为降低合成引物成本,加快杂交玉米品种鉴定进程,筛选适用于云南玉米杂交种SSR标记鉴定的核心引物。本研究用玉米SSR标记鉴定规程中推荐的40对SSR引物对12个杂交玉米品种DNA进行扩增,筛选出多态性高、扩增效果好、稳定性好的20对引物,推荐其作为云南玉米杂交种特异性鉴定的核心引物。并用筛选的核心引物对云南220个杂交玉米材料进行多样性分析及评价。筛选的20对SSR引物在12个杂交玉米品种中共检测到216个等位变异,平均每对引物检测到10.80个。20对SSR核心引物在220个杂交玉米材料中共检测到236个等位变异,平均每对引物检测到11.80个;平均有效等位变异为3.158 8;平均Shannon-Weaver多样性信息指数为3.028 2。聚类分析表明,220个杂交玉米材料间的相似系数为0.62~0.95。以0.62为阈值可将220个杂交玉米材料划分为两大类群,第Ⅰ类群包括10个玉米材料,占4.5%;第Ⅱ类群包括210个玉米材料,占95.5%。本研究筛选的20对SSR引物多态性高、扩增效果好、稳定性好,可作为云南玉米杂交种特异性鉴定的核心引物。     

应用SSR分子标记鉴定甜瓜杂交种纯度

以甜瓜(Cucumis meio L.)杂交一代品种东方蜜1号、东方蜜2号及其亲本和7个同母异父的杂交组合为实验材料,利用SSR标记对甜瓜杂交种纯度进行了快速鉴定.结果表明,应用筛选得到的12对东方蜜1号SSR特异性引物及3对东方蜜2号SSR特异性引物可快速准确地鉴定出杂交种中混杂的母本自交系种子,且鉴定结果与大田鉴定结果基本一致.利用SSR引物组合MS48 MS60和MS4 MS20分别可以把东方蜜1号、东方蜜2号与其各自亲本及同母异父的7个杂交组合完全区分开.应用SSR引物组合的方法不仅能够有效地检测出混杂在杂交种中的母本自交系种子,也能检测出其它不明来源花粉所导致的生物性混杂,提高了甜瓜杂交种纯度检测结果的准确度.     

普通玉米和特用玉米的SSR标记聚类

利用SSR标记研究了64份玉米自交系（包括普通玉米和特用玉米自交系）的亲缘关系。用30对扩增带型稳定的SSR引物,从供试材料中检测出116个等位基因变异,每对引物检测出等位基因2~10个,平均3.87个。SSR引物的PIC介于0.306~0.893之间,平均多态性信息量为0.717。按UPGMA方法对供试自交系进行聚类,以遗传距离0.586为基准,可将材料划分为11类。64份自交系的SSR标记聚类分析表明,普通玉米与特用玉米糯玉米、甜玉米、爆裂玉米等并不能严格地各自划为一类,只有亲缘关系较近的特用玉米自交系聚在一起,有些特用玉米与普通玉米聚在一起,部分特用玉米具有丰富的普通玉米种质资源遗传背景。特用玉米自交系间的遗传距离与普通玉米自交系间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。此外,不同类型特用玉米间、特用玉米与普通玉米间的遗传差异较大,特用玉米在进化和选育过程中积累并保存了丰富的遗传变异。     

基于SSR标记的梨资源遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术对56份梨资源进行了遗传多样性分析。利用筛选出的6对SSR引物共扩增40条谱带,其中多态性位点38个,多态性位点比例为95%,每对引物产生有效等位基因6.3个。各位点期望杂合度H值在0.0354～0.491,平均为0.1964;有效等位基因Ne值在1.0367～1.9648,平均值为1.2958;香农指数I值平均值为0.3256,说明了供试梨材料的遗传多样性较低。利用SSR标记可将44个栽培品种区分开,但无法区分芽变和原种。根据SSR标记揭示的多态性,采用NTSYS-pc软件,以UPGMA法进行聚类分析,结果显示所检测的56份梨材料在相似系数0.71处可分为4组,其中中国的白梨、秋子梨和砂梨相互交错在一起,没有独自各自成组。     

利用核心简单重复序列(SSR)标记分析无籽西瓜品种的DNA指纹及遗传多样性

为构建无籽西瓜品种的DNA指纹,实现无籽西瓜品种的快速准确鉴定,客观评价品种的遗传多样性,本研究利用核心SSR标记对我国54份无籽西瓜(Citrullus lanatus)主栽品种进行了分析。结果显示,23对多态性引物共扩增出63种基因型,基因型数2～5个不等,平均2.74个;平均多态性信息量(PIC)为0.39,变化范围为0.04～0.67,有5个品种具有特征谱带;54个品种遗传相似系数变化范围为0.643 9～1.0,平均0.859 3,参试品种具有较高的遗传相似性;组合23对引物,除无法区分雪峰花皮无籽与郑抗无籽1号、郑抗新1号与广西3号、黒宝无籽与桂冠1号,其余品种均能一一区分开,利用PIC0.4的10对引物构建了5份主要参试品种的DNA标准指纹图谱;采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将54个品种分为7大类。本研究建立了参试品种的标准DNA指纹图谱,为我国无籽西瓜品种的真实性鉴定和知识产权保护提供了技术基础。     

杂交水稻亲本分子身份证及SSR指纹数据库的建立

本研究利用GB/T20396-2006推荐的48对SSR核心标记,对133份杂交水稻亲本(包括部分常规品种)进行SSR分析,根据引物在133份材料中扩增的片段大小,构建了各品种的分子身份证和指纹图谱,该身份证由48位数字或数字与字母组合组成,代表了48对引物在该品种中的扩增情况。将品种的身份证信息与品种的形态学特征特性等信息相结合,构建了具查询功能的SSR指纹网络数据库。该SSR指纹数据库除具有品种基本信息查询、品种分子身份证查询、品种间相似率查询和身份证核对等基本功能外,还可指导杂交水稻品种真实性和纯度鉴定,分析亲本间遗传相似性,为杂交稻新组合的选育提供亲本选配的参考。该数据库的建立,不仅为检测单位和育种工作者提供了一个便利的网络数据交换和共享平台,也为品种的选育、试验、管理、评价、仲裁提供技术支撑和科学参考。     

利用核心简单重复序列(SSR)标记分析西洋梨品种资源遗传多样性

由于梨(Pyrus)本身的自交不亲和特性导致不同地区品种间基因存在较大差异。为鉴定品种资源的多样性,探索重要的遗传特性,本研究利用覆盖梨全基因组17个连锁群中的134个核心简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记对45份西洋梨(Pyrus communis L.)品种资源进行遗传多样性和群体结构分析,对不同来源的SSR标记进行多态性分析。结果表明,来自梨基因组的SSR标记多态性更高,更适合梨的遗传多样性研究;所有SSR引物共检测到673个等位基因,每个SSR位点平均扩增5.02个;45份西洋梨品种的观测等位基因数(observed number of alleles,Na)、有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)以及Shannon信息指数(Shannon’s information index,I)平均值分别为5.02、3.84、0.73、0.72和1.42;遗传相似系数和聚类分析结果表明,45份西洋梨具有较高的遗传多样性,且品种的演化趋势较均匀,欧洲和美洲的品种没有因地理位置不同而产生太大差异,而是不同来源地的品种相互交织在一起,更加体现了西洋梨之间广泛的基因交流;同时推测未知来源地的库介梨、费莱茵和地里拜瑞可能来源于西欧地区;群体结构分析表明,当K=2时,西洋梨分为Pop1和Pop2两大类群,利布林、波12、拉达那、地里拜瑞、红安久和孔德梨体现了较高的杂合性;不同品种的指纹图谱分析结果表明,至少需要两个以上的引物组合才能够将不同品种区分开。研究结果为全面评价西洋梨的遗传背景和特征、准确鉴定不同品种资源提供了科学依据和高效标记,为今后西洋梨种质资源的保护利用以及遗传育种提供基础资料。     

利用简单重复序列(SSR)标记分析太湖稻区现代粳稻品种的遗传多样性

太湖地区有丰富的粳稻(Oryza satiua ssp.japonica)种植资源,随着品种大面积推广应用,育种材料的遗传基础趋窄,相似性增高,使粳稻育种突破困难。本研究利用分布于水稻(Oryza satiua L.)12条染色体上的24对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对太湖地区的42份粳稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,有23对SSR引物在42份粳稻材料间表现出多态性;23对引物共检测到105个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为2~8个,平均为4.57个,有效等位基因共有56.43个,平均每个位点为2.45个。每个多态位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变幅为0.083 0~0.8079,平均为0.496 6;每个粳稻材料多态性位点数的变幅为6~19,等位基因总数的变幅为27~55;42份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.391~0.990,平均为0.610,遗传相似系数在0.50~0.80之间的材料占全部的74.45%,供试材料相似度高;非加权配对算术平均法(unweighed pair group method with arithmetic mean;UPGMA)聚类结果显示,遗传相似系数为0.50,42份粳稻材料可以分为两个类群,一个类群包含19份常规粳稻,另一个类群包括其他23份杂交粳稻。结果显示,太湖地区的粳稻品种总体上遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,育种工作有待进一步加强新的基因资源引进和利用,创新水稻育种材料。本研究结果为新品种选育提供技术支持和理论根据。     

我国部分冬小麦新品种（系）SSR标记遗传差异的研究

本研究利用53对SSR引物对全田1999－2000年北方冬麦区及黄淮冬麦区观察圃中选出的48个新品种（系）进行遗传差异研究，共检测出58个SSR位点上的367个等位变异，平均每个位点有6.33个等位变异，其中B组每个位点的等位变异最多，这表明B基因组化更快，分化更大。48个品种（系）在全基因组及A、B、D基因组聚类结果表明这些品种的相似系数聚类的范围较小，为0.75－0.98。全基因组聚类结果与品种的系谱来源及育成地区相吻合。研究结果表明我国冬小麦品种的种质基础相对较狭窄。加强不同来源种质的利用和特异亲本类型的培育对我国冬小麦遗传改良非常重要，利用5个多态性高的SSR标记就可以将这48个小麦新品种（系）区分开，每个品种（系）都有各自独特的指纹图谱。     

SSR分子标记与玉米杂种优势关系的研究

选择较为均匀地分布于玉米（Zea mays)10对染色体上的71对SSR引物，在17个自交系间共检测出384个等位基因变异，每对引物检出2－12个等位基因，平均为5．4个，每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0．278－0．896之间，平均为0．672。利用384个多态性SSR标记位点计算了17个自交系之间的遗传相似系数（GS），其范围在0．681－0．873之间，平均为0．740。以SSR标记遗传相似系为原始数据，按UPGMA方法对17个自交系进行聚类分析，以相似系数0．750为标准，可将17个自交系分为6类，聚类结果和已知系谱关系十分吻合。根据直线相关分析，自交系间SSR分子标记遗传距离与产量及杂种优质相关极显著，但相关系数较小，分别为0．443和0．310。分群后进行的相关分析表明，遗传距离与产量以及遗传距离与杂种优势的相关系数分别提高到0．682和0．609，均达到极显著水平。因此，合理分类，并选择合适的自交系配制组合，可避免群内自交系间杂交，减少育种的盲目性和工作量。     

适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定

为了确定一套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用10个SSR引物对420份已知玉米(Zea mays)杂交种进行DNA指纹分析。综合考虑多态性和杂合率两个指标,确定bnlg161和bnlg1450为玉米杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这两个引物进行筛选,412个品种(占98%)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物bnlg439、bnlg125、umc2105、umc1705和bnlg1792为玉米杂交种纯度鉴定的备选核心引物。研究了纯度鉴定所用特异引物的选择,将特异引物分为两类:第一类是利用单个引物检测,某品种的基因型仅出现1次,将该引物作为该品种在特定品种范围内的特异引物,在420个品种中,累计29个品种具有第一类特异引物,其中umc1705和bnlg1450作为特异引物的次数最多,均为8个,phi072和phi065没有作为特异引物;第二类是根据引物基因频率表,将预测基因型频率低于2.40E-03(即1/420)的基因型作为特异基因型,除了phi072和bnlg161外,其它8个引物均可能成为具有特定基因型品种的第二类特异引物。利用推荐的7个纯度鉴定用核心引物可进一步筛选每个玉米杂交种的双亲互补型引物,建立了已知玉米杂交种的纯度鉴定DNA指纹图谱。     

黑龙江省春小麦品种遗传多样性的SSR分析

本研究利用微卫星标记(SSR)技术对黑龙江省小麦品种的遗传多样性进行了分析。12对具有多态性的SSR引物在114份小麦品种中共检测到46个等位位点,每对引物检测到的等位位点数为3~8个,平均为3.8个,平均遗传距离为0.7331。不同育种单位的小麦平均遗传距离有较大差异,最大差距为1.30倍。在对不同年代小麦品种的遗传距离分析时发现,随年代的增加,遗传距离逐渐减小,且衰减速度呈加快趋势。聚类分析将114个春小麦品种大致分为3个类群,9个亚类群,较好地反映了品种之间的亲缘关系。