山东省46个花生品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

为从分子水平上快速鉴别花生品种和选配优良杂交组合,以山东省审定的46个花生品种为材料,利用微卫星(SSR)标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从788对SSR引物中筛选出50对多态性高、稳定性好、谱带清晰的引物,共检测到175个等位位点,其中122个为多态性位点,多态性比率达70.52%;每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~7个,多态性信息量变化范围为0.6753~0.8412,平均为0.823。此外,利用14对引物可将46份材料完全区分开。聚类分析表明,在相似系数0.77处,所有供试材料聚为一类,在相似系数0.80处,仍有76%的材料聚在一起。利用SSR标记构建的指纹图谱可为花生种质资源管理及育种实践提供依据。     

节水抗旱稻品种DNA指纹图谱的构建

为了解节水抗旱稻品种的多样性,利用SSR分子标记技术对24份节水抗旱稻和2份普通水稻品种进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,24对引物共扩增出96个多态性片段,平均每对引物可检测到4个等位基因,每个SSR位点可以检测到2~6个等位基因。引物多态信息含量(PIC)的变化范围为0.36~0.75,平均值为0.58。指纹图谱显示至少可以利用RM71、RM72、RM336、RM337、RM1195和RM5414这6个核心标记的不同组合鉴别区分26份供试材料。聚类分析结果表明,26份材料间遗传相似系数为0.54~0.98,在遗传相似系数0.65处可以将供试材料分为籼、粳两类,较好地反映了供试材料的亲缘关系。本研究结果为节水抗旱稻新品种保护、真伪鉴定及亲本选配提供了参考。     

多花黑麦草杂交种SSR分子标记鉴定及表型比较分析

多花黑麦草为异花受粉植物,杂交过程中易出现杂交种生物性混杂现象,有必要对杂交后代进行真假鉴定分析.本研究旨在筛选出多花黑麦草优势杂交组合和优异杂交后代材料,为多花黑麦草杂交育种工作提供基础资料.实验利用SSR分子标记辅助鉴定5个多花黑麦草(Lolium multiflorum)骨干品种为亲本创制的杂种后代真实性,并对亲本与杂种后代主要表型进行比较.结果表明:(1)用20对引物组合共得到多态性条带426条,多态性位点百分率为82.41％,说明SSR分子标记能够很好的揭示多花黑麦草材料间的差异;(2)经SSR分子鉴定,将后代分为有父本特征谱带的杂种后代、无父本特征带的后代2类,在150个杂交后代单株中有父本特征谱带的杂种后代有108个为真杂种,其中杂交组合GC、CG真杂种最多均为24个,WG组合真杂种最少为19个;(3)杂交组合CG的F1代部分形态特征显著优于亲本,5个杂交组合内(间)在营养器官与生殖器官性状均存在显著差异,其中杂交组合MG的变异系数最高,WG的变异系数最低,杂交组合CG形态特征显著高于其他杂交组合.由研究结果可以初步判断长江2号×赣选一号多花黑麦草为优势杂交组合,其杂交种为优异杂交后代材料,可为后续杂交选育新品系提供后备材料.     

SSR标记的彩色马铃薯遗传多样性分析及指纹图谱构建

彩色马铃薯(指块茎的皮或肉为红、蓝、紫、橙色等)近年来日益为育种工作者所关注,很多彩色马铃薯品种(系)从形态学上难以鉴定是否为同一基因型,给育种工作带来诸多不便。本研究利用SSR标记对50份彩色马铃薯(Solanum tuberosumL.)材料进行了遗传多样性分析及指纹图谱构建。研究筛选出56对马铃薯SSR引物,对50份材料的基因组DNA进行PCR扩增,共检测出236个等位位点,其中多态性位点230个,多态性比率达97.46%。分析显示,基因型间遗传相似性系数在0.50~1.00之间。UPGMA聚类分析表明,在相似系数0.63处可将全部材料分为3大类。利用5对核心引物构建了50份供试材料的指纹图谱,并证明其属于44个基因型的,为彩色马铃薯资源鉴定和利用提供了依据。     

河南粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析

为了建立河南粳稻品种的DNA指纹图谱,了解河南粳稻种植品种的遗传多样性,本研究利用均匀分布于水稻(Oryza sativaL.)12条染色体的37对SSR引物,以河南1963～2010年间主要推广种植的37个粳稻(O.sativaL.ssp.japonica)品种为材料,进行简单序列重复(SSR)指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,33对引物具有特异多态性片段,共检测到114个等位基因,平均每位点3.53个等位基因;引物多态性频率为0.054～0.739。37个品种的遗传相似系数为0.627～0.992,平均为0.812。17个品种都至少具有1对SSR特征引物,其余20个品种的鉴定需要结合不同的SSR引物。利用19对核心SSR引物构建的指纹图谱能逐一区分出36个粳稻品种。采用非加权类平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0.710处可将37个品种分为2大类,河南选育品种基本都聚到同一大类群,表明河南推广的粳稻品种遗传基础狭窄。     

我国棉花主栽品种的RAPD指纹图谱研究

利用ＲＡＰＤ技术,对我国９个棉花主栽品种基因组进行ＤＮＡ片段扩增,以研究棉花不同栽培品种的指纹图谱。结果表明：１８个不同的随机引物中有１３个扩增出多态性ＤＮＡ片段,其中１个引物（ＯＰＰ－０９）可使每一品种具有其自身的特征谱带,展示了ＲＡＰＤ技术可从ＤＮＡ水平上鉴别我国现有棉花推广品种的分子差异,用它鉴定品种纯度是可行的。     

谷子新品种陇谷23号选育及SSR指纹图谱

谷子作为我国北方地区的特色作物之一,多数育种方式仍采用常规育种结合少数分子辅助选择育种,构建指纹图谱是分子育种中组成部分,对于品种特征标识和真实性鉴定有着重要的意义。陇谷23号是豫谷1号×陇谷7号杂交后代经系统选育的优质、丰产谷子新品种。2020年参加全国区域试验西北春谷早熟区组的区域适应性联合鉴定试验,7个试点平均折合产量为5 446.0 kg/hm2,增产点率为57.14%。在2020年参加的甘肃省谷子生产试验中,8点(次)均表现增产,平均折合产量为4 537.5 kg/hm2,较对照品种豫谷18号增产2.08%~36.84%。籽粒含粗蛋白(干基)125.7 g/kg、粗脂肪(干基)38.2 g/kg、粗淀粉(干基)794.5 g/kg、赖氨酸(干基)1.8 g/kg、支链淀粉(占淀粉)784 g/kg。抗谷锈病、黑穗病,中抗谷瘟病、白发病和玉米螟,适宜在甘肃中东部、山西大同、陕西榆林、宁夏固原及内蒙古呼和浩特等西北春谷区种植。利用(豫谷1号×陇谷7号)F2、RIL群体构建的连锁图谱中的74对多态性SSR标记绘制了陇谷23号9条染色体的指纹图谱,其中49对SSR与豫谷1号基因型相同、25对SSR与陇谷7号基因型相同,表明陇谷23号携带更多豫谷1号基因组组分。     

基于SSR分子标记构建盘锦大米DNA指纹图谱

建立了一种基于简单重复序列（Simple sequence repeat, SSR）标记技术和微芯片电泳技术鉴别方法,对辽宁省盘锦地区主要耕种的水稻进行检测,并建立盘锦大米DNA指纹图谱库,构建11个品种盘锦大米二维码和条形码。结果表明,48对引物在11个品种盘锦大米中共检测到438个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均为9个。筛选获得能完全区分11个品种盘锦大米的4对核心引物RM551、 RM1195、 RM1、 RM7102,根据微芯片电泳检测的结果,构建了盘锦大米的DNA指纹图谱库。本项研究为盘锦大米品种质量真伪检测、水稻种子质量溯源评价和保护起到重要作用。     

用EST—SSR分子标记技术构建大白菜核心种质及其指纹图谱库

摘要利用EST-SSR分子标记对大白菜种质资源基因库中686份样品所代表的1900份大白菜种质资源进行分析研究。构建大白菜种质资源的核心种质并且形成核心种质的EST—SSR指纹图谱库。结果表明利用4组鉴定白菜品种的EST—SSR的特异性标记组合,获得近158个EST—SSR多态的标记,对大白菜种质资源基因库中686份样品所代表的1900份大白菜种质资源进行核心种质的构建提供了分析数据。形成的核心种质包括168份样品,占库存资源的8．8％,它的多态位点百分率保持了原群体的100％。所构建的核心种质涵盖了原资源的绝大部分区域来源的品种,包含了早、中、晚熟品种中所有典型的大白菜类型和其相关的特征特性。并进一步进行了核心种质资源遗传多样性分析。核心种质的EST—SSR指纹图谱库中,每一份样品的指纹都是唯一的,为登记、评价、整理、分发、繁殖等种质资源库的管理和育种者对其材料的利用提供了重要的有价值的信息。EST-SSR标记组合是构建中国大白菜核心种质及其指纹图谱的经济、高效的方法。     

基于SSR标记的我国主栽日本栗品种(系)遗传结构分析和指纹图谱构建

为解析我国主栽日本栗品种资源的遗传多样性并构建其指纹图谱,本研究通过毛细管电泳和高质量的17个SSR分子标记对日本栗品种资源进行位点检测。结果显示,日本栗与茅栗具有较近的种间亲缘关系。在59份日本栗品种(系)中共检测到131个等位位点,每个标记平均有7.706个等位位点;多态信息含量(PIC)变幅为0.375~0.815,平均值为0.605;供试日本栗品种表现出高的遗传多样性。系统发育树、群体结构和主坐标分析结果一致,支持中国境内的部分日本栗品种(系)独立形成一个分支,且大多品种为杂交资源。此外,本研究根据多位点匹配分析确定了CmSI0922、CmSI00702和CmSI0658为核心引物,并利用这3个核心引物构建了59份日本栗品种(系)的指纹图谱。综上所述,相比其他栗属植物,日本栗分布范围较狭窄,但其具有丰富的遗传多样性,且品种资源间存在广泛的基因流。本研究成功构建了59份日本栗品种(系)资源的具有唯一对应关系的指纹图谱,为栗属植物的资源鉴定和保护利用提供了有力支撑。     

利用简单重复序列(SSR)标记分析太湖稻区现代粳稻品种的遗传多样性

太湖地区有丰富的粳稻(Oryza satiua ssp.japonica)种植资源,随着品种大面积推广应用,育种材料的遗传基础趋窄,相似性增高,使粳稻育种突破困难。本研究利用分布于水稻(Oryza satiua L.)12条染色体上的24对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对太湖地区的42份粳稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,有23对SSR引物在42份粳稻材料间表现出多态性;23对引物共检测到105个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为2~8个,平均为4.57个,有效等位基因共有56.43个,平均每个位点为2.45个。每个多态位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变幅为0.083 0~0.8079,平均为0.496 6;每个粳稻材料多态性位点数的变幅为6~19,等位基因总数的变幅为27~55;42份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.391~0.990,平均为0.610,遗传相似系数在0.50~0.80之间的材料占全部的74.45%,供试材料相似度高;非加权配对算术平均法(unweighed pair group method with arithmetic mean;UPGMA)聚类结果显示,遗传相似系数为0.50,42份粳稻材料可以分为两个类群,一个类群包含19份常规粳稻,另一个类群包括其他23份杂交粳稻。结果显示,太湖地区的粳稻品种总体上遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,育种工作有待进一步加强新的基因资源引进和利用,创新水稻育种材料。本研究结果为新品种选育提供技术支持和理论根据。     

Molecular Characterization of Local Spanish Peach [Prunus persica (L.) Batsch] Germplasm

A collection of 85 local Spanish peach cultivars has been studied with SSR markers. To carry out this work 42 SSRs previously developed in peach were screened to select the microsatellite loci that presented high polymorphism and that were easier to score in high resolution agarose gels. Ten SSRs were selected to identify the peach cultivars and to estimate the genetic similarity among them. The selected microsatellites resulted in the amplification of 35 fragments in the 85 genotypes studied, differentiating 46 genotypic profiles, from which 31 correspond to unique cultivars. The rest of the profiles correspond to groups of two to five cultivars and one group of 17 undistinguishable cultivars. The genetic similarity estimated from the molecular data clearly separated the flat and most of the white-fleshed peaches from the rest of genotypes that are mostly yellow non-melting local peaches. The results obtained in this work will help to improve the conservation and management of local Spanish peach germplasm allowing the establishment of core collections that represent most of the diversity conserved.     

大蒜种质遗传多样性的SSR分析

为了探索中国大蒜种质个体的SSR位点的分布情况,为品种鉴定、保存及遗传改良提供分子生物学依据,利用6对SSR引物对40个大蒜(Allium sativumL.)品种进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性评价。共检测到21个多态性位点,平均每对引物可扩增出约3.5条多态性片段,多态性百分率为56.76%;SSR引物组合平均有效等位基因数、Nei基因多样度和Shannon信息指数分别为1.5551、0.3414和0.5188。聚类分析显示,6对SSR引物可把40份大蒜种质资源从0.59相似系数水平上3个类群。第一类群包含28份种质,在相似系数为0.73的水平上进一步又被分成了3个亚类;第二亚类仅包含2份种质;第三亚类包含10份种质,在0.68的相似系数水平上分成了2个亚类。主成分分析和UPGMA的结果基本一致。不同地理来源的大蒜种质的Shannon-Weaver多样性指数的变幅为0.0576~0.4179,说明大蒜种质遗传多样性丰富。本研究利用SSR分子标记技术较准确地解析大蒜不同材料间的亲缘关系及遗传多样性,为中国大蒜SSR分子标记提供基础资料。     

Structure of genetic diversity among common bean (<Emphasis Type="Italic">Phaseolus vulgaris</Emphasis> L.) varieties of mesoamerican and andean origins using new developed microsatellite markers

A common bean genomic library was constructed using the ‘IAC-UNA’ variety enriched for (CT) and (GT) for microsatellite motifs. From 1,209 sequenced clones, 714 showed microsatellites distributed over 471 simple and 243 compound motifs. GA/CT and GT/CA were the most frequent motifs found among these sequences. A total of 123 microsatellites has been characterized. Out of these, 87 were polymorphic (73.7%), 33 monomorphic (26.8%), and 3 (2.4%) did not amplify at all. In a sample of 20 common bean materials selected from the Agronomic Institute Germplasm Bank, the number of alleles per locus varied 2–9, with an average of 2.82. The polymorphic information content (PIC) of each marker varied from 0.05 to 0.83, with a 0.45 average value. Cluster and principal coordinate analysis of the microsatellite data were consistent with the original assignment of the germplasm accessions into the Andean and Mesoamerican gene pools of common bean. Low polymorphism levels detected could be associated with the domestication process. These microsatellites could be a valuable resource for the bean community because of their use as new markers for genetic studies. Electronic supplementary material The online version of this article (doi: ) contains supplementary material, which is available to authorized users. An erratum to this article can be found at     

利用基于DNA标记的人工绘制植物品种鉴别图(MCID)法快速鉴定欧亚葡萄品种

传统单一的形态学品种鉴定方法难以有效区分或鉴别葡萄众多品种,优良品种或品系多来源于少数骨干亲本,由于在性状上表现出较高的相似性而难以区分。本研究选用11个碱基组成的随机引物对欧亚葡萄(Vitis vinifera L.)品种进行随机扩增的DNA多态性(RAPD)分析,根据特异性谱带构建相应的图谱关系,通过人工绘制植物品种鉴别图(manual cultivar identification diagram,MCID)法,快速鉴别区分品种。该方法操作方便,快速准确,7次PCR就能够将191个葡萄品种在分子水平上区分开,所得的品种鉴定图比聚类树更具直观性与实用性,即根据品种鉴定图就可以找出能区分任意两个品种的引物。该方法可以实现苗木的早期鉴定,在其它物种上也具有广泛的通用性。对葡萄种质资源的鉴定及促进葡萄产业的持续发展具有积极的意义。