感染西葫芦的帕兰波番茄曲叶病毒检测与鉴定

2008年对印度北方邦东部Gorakhpur、Kushinagar与Maharajganj等3个地区的西葫芦种植区进行调查,发现西葫芦叶片呈现花叶斑点状、卷曲,植株黄化萎缩.以菜豆金色花叶病毒组外壳蛋白基因特异引物AV1-F、AV1-R对从不同地区收集的西葫芦病斑叶片样品进行PCR分析,获得约800 bp的扩增产物.对从Gorakhpur也区获得的分离物的扩增产物进行克隆和序列分析,测序结果提交GenBank核酸序列数据库;通过核酸BLAST比对和系统发育分析,该分离物与帕兰波番茄曲叶病毒株的同源性最高,达95%,两者遗传关系最近,认为此病毒分离物是帕兰波番茄曲叶病毒株.     

广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析（英文）

【目的】调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据。【方法】自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与Gen Bank已报道的序列进行比对分析。同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性。【结果】通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%。挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列。通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系。【结论】侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染。侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性。     

广西番茄烟粉虱传双生病毒的分布及遗传多样性分析

[目的]调查研究侵染广西番茄的双生病毒种类、分布及复合侵染情况,为广西番茄育种及抗病品种布局提供理论依据.[方法]自2011年起,对引起广西番茄曲叶病的双生病毒进行调查、鉴定,并采集疑似双生病毒侵染的番茄样品189份,提取样品总DNA,利用双生病毒简并引物对样品进行检测,挑选部分阳性样品的PCR产物,纯化后连接至克隆载体进行测序,并与GenBank已报道的序列进行比对分析.同时选取不同地区的各病毒分离物进行全序列扩增和测定,构建系统发育进化树,研究其进化关系及遗传多样性.[结果]通过PCR检测发现,189份番茄样品中139份为阳性样品,阳性检出率为73.54%.挑选具代表性的番茄样品进行测序比对分析,发现引起广西番茄曲叶病的双生病毒有4种:中国番茄曲叶病毒、中国番木瓜曲叶病毒、中国番茄黄化曲叶病毒和中国胜红蓟黄脉病毒,且样品存在复合侵染现象,存在7种以上不同类型的复合侵染现象;共获得47个各病毒分离物的病毒全长基因组序列.通过系统发育进化树分析发现,各病毒分离物按地域处于不同的分支,表现较丰富的遗传进化关系.[结论]侵染广西番茄的双生病毒有4种,广泛分布于广西主要的番茄种植区,且病毒的侵染多为复合侵染.侵染广西番茄的双生病毒具地域分布性.     

安徽淮北番茄曲叶病的病原鉴定初报

采用分子手段鉴定了安徽淮北番茄曲叶病的病原.从安徽淮北番茄温室采集番茄叶片样本,用CTAB法从番茄叶片中提取总DNA.利用简并引物PA、PB进行PCR扩增,从大部分样本中扩增出双生病毒500 bp特异性条带.将扩增片段克隆并测序,该片段序列全长541 bp,与我国报道的番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)各个分离物序列相似性均很高,达到95.9%～99.4%,可以初步明确侵染安徽淮北番茄的双生病毒为番茄黄化曲叶病毒(TYLCV).安徽淮北TYLCV 500 bp片段序列与山东TYLCV相似性最高,达99.4%,而且从构建的系统关系树也可以看出,安徽淮北TYLCV与山东TYLCV的亲缘关系最近,推测安徽淮北番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)可能来源于山东.     

侵染广州番木瓜的曲叶病毒DNA-A分子特征及生物学测定

 从中国广州番木瓜上检测获得双生病毒分离物GT，核苷酸序列测定表明，GT分离物 DNA-A全长2 769个核苷酸，编码6个ORFs，其中病毒链编码AV1（CP）和AV2两个ORFs，互补链编码AC1～AC4四个ORFs。DNA-A全序列、基因间隔区核苷酸序列及各ORF编码的氨基酸序列比较表明，GT与广东番木瓜曲叶病毒分离物GD2亲缘关系最近（96.7％）。生物学初步测定表明，该病毒可通过烟粉虱（Bemisia tabaci）传播到番木瓜、烟草和番茄植株上。     

青岛烟草番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定与全基因组序列分析

2016年6月从青岛即墨市中国农业科学院烟草研究所试验基地采集疑似感染番茄黄化曲叶病毒的烟叶样品。提取病叶总DNA,使用双生病毒(Geminivirus)通用引物PA/PB对样品进行PCR扩增和测序,感病叶片DNA仅检测出番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,简称TYLCV);根据测定的部分序列片段,设计了1对全长序列背向引物,对其基因组全长进行克隆测定。结果显示,该病毒核酸为单链环状DNA,基因组为单一组分DNA-A,经过分子比对和系统进化树分析发现,TYLCV-SDQDJM(Gen Bank:KY640456)与山东省潍坊市番茄分离物TYLCV、山东省泰安市番茄分离物TYLCV同源性最高为99%,与已经报道的其他地区TYLCV分离物同源性均在97%以上,因此确定从青岛即墨市采集的烟草矮化病毒症状烟株是由TYLCV侵染所致;同时采集了发病植株以及周边蔬菜保护地部分蔬菜上的烟粉虱成虫进行检测,其中15.0%的烟粉虱样品检出番茄黄化曲叶病毒,因此明确了侵染该地区烟草的番茄黄化曲叶病毒是由带毒烟粉虱传播的。     

1个台湾番茄曲叶病毒温州分离物的全基因组序列

从浙江温州田间表现曲叶症状的番茄叶中提取获得病毒分离物wzh,对wzh全基因组序列进行测定。结果表明:wzh全长2 740个核苷酸,具有菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒基因组典型特征,共编码6个开放阅读框(open reading frame,ORF),病毒链编码AV2及AV1 2个ORFs,互补链编码AC1、AC2、AC3及AC4 4个ORFs。BLAST搜索结果显示,wzh与Begomovirus中来自亚洲的病毒同源性较高,而与美洲、非洲等地的相对较低,与台湾番茄曲叶病毒(Tomatoleaf curl Tai wan virus,ToLCTWV)DNA-A全序列同源性最高,为99%。全序列系统进化关系树显示,wzh与TolCTWV的亲缘关系最近,并形成一个独立的分支,而与其他19种双生病毒的亲缘关系均相对较远。因此,wzh是台湾番茄曲叶病毒的一个分离物。     

番茄黄化曲叶病毒侵染危害海南番茄及其分子特征

[目的]明确引起海南三亚、东方和陵水番茄黄化曲叶病的病毒分子特征,为防控该病害提供科学依据.[方法]以2019年2月从海南三亚、东方和陵水采集的15份疑似番茄黄化曲叶病样本为材料,采用菜豆金色花叶病毒属病毒的通用简并引物AV494/CoPR对15份样本进行PCR检测,并对PCR检测为阳性的样本进行滚环扩增(RCA)及基因克隆,获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的病毒基因组全序列,进而在GenBank数据库BLASTh程序进行相似性比对,利用SDT 1.2的MUSCLE alignment进行序列相似性比较分析,采用MEGA 6.0的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树,明确所获得病毒分离物与已报道分离物的亲缘关系.[结果]获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的3个番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)分离物基因组全序列,其大小均为2781 nt,编码6个开放阅读框(ORF),其中病毒链上AV1和AV2基因,互补链上AC1、AC2、AC3和AC4基因.相似性比对分析结果表明,TYLCV海南分离物与墨西哥和美国分离物的相似性在99.0%以上,与来自我国不同省(市)的14个TYLCV分离物的相似性在98.0%以上.系统发育进化分析显示,海南三亚、陵水和东方3个分离物与墨西哥、美国及我国北京和江苏分离物聚集在一个小分支,进一步与来自我国其他12个省(市)、韩国、哥斯达黎加和澳大利亚的分离物形成一个分支.[结论]侵染海南番茄的TYLCV可能来自我国大陆的番茄等种苗和烟粉虱带毒传入,也有可能来自墨西哥和美国等其他国家.     

侵染番茄的中国番木瓜曲叶病毒基因组结构特征

从云南元谋采集表现曲叶症状的番茄样品中分离粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTGs)分离物YN678。序列分析表明其DNA-A为单链环状,全序列长度为2739 bp,编码6个ORFs。BLAST比对发现,该分离物与双生病毒科菜豆金色黄花叶病毒属的中国番木瓜曲叶病毒HeNZM1分离物(PaLCuCNV-[HeNZM1])最为接近,相似性为98.5%,表明番茄中的分离物YN678是PaLCuCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ特异引物Beta01/Beta02进行PCR扩增、克隆和测序,在YN678中扩增到DNAβ分子,全长为1357 bp,该序列与中国番茄黄曲叶病毒YN149分离物(TYLCCNV-[YN149])伴随的DNAβ相似性最高,达到99.1%。这是首次从云南番茄中分离到中国番木瓜曲叶病毒。     

侵染湖北圆叶牵牛的甘薯曲叶病毒分子鉴定及遗传进化分析

【目的】明确湖北省荆州市 1 株表现黄脉的圆叶牵牛的病毒病原,为该类病害的防控提供理论依据。 【方法】从湖北省荆州市采集 1 株表现黄脉、卷叶的圆叶牵牛植株叶片,采用双生病毒简并引物 PA、PB 进行 PCR 检测,通过分段克隆、核苷酸序列比对分析和进化树构建等方法对获得的全长基因组序列进行比对及遗传 进化分析。【结果】PCR 检测结果显示,采集的样品中可扩增一条大小为 363 bp 的目的靶标序列,证实所采集 的圆叶牵牛植株受到双生病毒的侵染;通过分段克隆的方法从阳性样品中拼接获得一条全长为 2 827 bp 的全基因 组序列,核苷酸相似性比较发现,该序列与 GenBank 已登录序列的甘薯曲叶病毒（Sweet Potato Leaf Curl Virus, SPLCV）各分离物的相似性均在 91% 以上,其中与湖南分离物（GenBank 登录号：KY783941）和江苏分离物（GenBank 登录号：FJ176701）的核苷酸序列相似性分别为 97.52% 和 96.81% ,根据国际病毒分类委员会对菜豆金色黄 花叶病毒属病毒种核苷酸相似性 >91% 为同一病毒的分类标准,确定侵染圆叶牵牛的双生病毒为 SPLCV 的一 个分离物。进化树分析发现,该分离物（GenBank 登录号：OM287440）与中国及多个亚洲分离物处于一个大 分支,特别是与湖南分离物处于同一小分支,说明该研究获得的分离物与湖南分离物具有较近的亲缘关系。 【结论】侵染湖北圆叶牵牛的病原为 SPLCV,而该病毒可能通过种苗或烟粉虱经湖南传入。该研究为 SPLCV 侵 染湖北牵牛花的首次报道。     

山东寿光地区番茄黄化曲叶病毒株系的分子鉴定

本试验对山东寿光地区两份番茄病毒病样品进行分子鉴定,结果证明山东寿光地区番茄感染的病毒为番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)。对两病毒样品的DNA-A(该病毒总基因组)全长序列进行测定分析,发现两样品病毒DNA-A全长序列共有2 781个核苷酸,两序列同源性达99.9%以上,很可能为同一分离物。将此序列经nucleotide blast(核苷酸序列比对程序)比对后分析发现该序列与我国上海、安徽等地报道的番茄黄化曲叶病毒序列同源性在99.0%以上,且山东寿光地区番茄黄化曲叶病毒应为TYLCV-Israel株系的分离物。     

福建省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定分析

为了对福建省发生的番茄黄化曲叶病毒病的病原进行分子鉴定,并对其病原分子的变异和进化情况进行分析。根据已知的番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)基因组序列设计特异引物进行PCR扩增,对获得的特异性片段回收、克隆并测序,结果表明,PCR分子标记反应扩增到541bp的特异性条带,将该特异性产物经回收和纯化并进行克隆与测序,测序结果经BLAST比对后,表明该分离物的序列与国内外的病毒序列相似度为97%~99%。试验结果表明福建省的5个地市的番茄均已被番茄黄化曲叶病毒病危害,应当加强防治。     

山西省运城市番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定

从山西省运城市表现黄化曲叶典型症状的番茄植株上分离得到病毒分离物SXYC-X4(KY499720),对其DNA-A的全基因组进行序列分析。结果表明,SXYC-X4的DNA-A全长为2 781 bp,共编码6个开放阅读框。通过序列比对发现,SXYC-X4与山东省潍坊市的病毒分离物(KC999850)和河南省焦作市的病毒分离物(KX034543)的同源性较高,均为99. 5%,确认SXYC-X4是番茄黄化曲叶病毒。系统进化分析结果表明,该病毒分离物属于番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,简称TYLCV)-Isreal株系,与烟草曲茎病毒(tobacco curly shoot virus,简称Tb CSV)在AC4氨基酸序列上的同源性高于部分TYLCV,推测在自然界中TYLCV与Tb CSV在AC4序列处可能已经发生了广泛的重组,TYLCV有可能会获得更强的致病性,应提高警惕。     

贵州番茄黄化曲叶病毒的检测及其DNA-A序列分析

【目的】明确侵染贵州番茄的番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)分离物与其他地区TYLCV的系统进化关系,为贵州番茄黄化曲叶病毒病的防控提供科学依据。【方法】将采自贵州省关岭县的番茄疑似TYLCV样品提取DNA,用菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)通用引物BegoAFor1/BegoARev1进行PCR检测,并用TY3/TY5引物扩增并克隆TYLCV贵州分离物的DNA-A全长序列,分析序列同源性及系统进化情况。【结果】从病样中分离得到的致使贵州番茄叶片表现黄化、皱缩等症状的病原为TYLCV,通过构建系统进化树可知,TYLCV贵州分离物(TYLCV-GZ)的DNA-A与TYLCV-Mexico和TYLCV-XJKS的相似性最高,核苷酸一致性达99%以上,其与国内其他地区TYLCV分离物归属一致,属于TYLCV-IL株系,且与TYLCV-SDLC(山东)和TYLCV-XJKS(新疆)聚在一个分支上,说明其亲缘关系最近。【结论】引起贵州关岭县番茄叶片黄化、皱缩的病原为番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV),且属于TYLCV-IL株系。     

鲤肠黄脉病样中烟粉虱传双生病毒的检测

在严重发生番茄曲叶病的田间,发现主要杂草鲤肠表现出叶脉褪绿黄化、叶片皱缩或卷曲等症状,田间病株率达63%;用烟粉虱传双生病毒兼并引物对随机采集的20个鲤肠病样进行PCR检测,结果发现,从这些病样中均能扩增出1条356 bp的特异片段;室内人工接种试验结果显示,鲤肠分离物可以侵染番茄而引起曲叶症状。因此,鲤肠可能是广东番茄曲叶病毒的自然中间寄主。     

河南省番茄黄化曲叶病病原分子鉴定及全基因组序列分析

利用双生病毒简并引物PA/PB对采自河南中牟县13份表现为黄化、曲叶症状的番茄样品进行PCR检测, 结果发现11份样品检测呈阳性,检出率为84.6%.选取样品HN-158,利用滚环扩增PCR(RCA-PCR)、克隆、测 序等技术获得病毒基因组DNA-A全序列,该DNA分子全长为2781nts(登录号JQ004028.1),与已报道的番茄黄 花曲叶病毒Tomatoyellowleafcurlvirus,TYLCV山东泰安分离物SDTA(NCBI登录号:JF414236.1)核酸序列 相似度最高,为99.8%.进化分析表明,该病毒分离物与来自菏泽、泰安、济南、石家庄及天津等地的TYLCV 分 离物亲缘关系较近.以上结果表明中牟县田间番茄黄化曲叶病样品均受到TYLCV 侵染,该病毒分离物可能来源 于我国山东番茄上的TYLCV.     

侵染南瓜的小西葫芦黄化花叶病毒的分离与鉴定

1999年秋在杭州一株表现典型黄化花叶的南瓜(Cucuribita moschata)上分离获得一株线状病毒HZ00s1.该病毒分离物在葫芦科作物(Cucuribitaceae)上引起系统症状.经寄主反应测定、病毒形态学和寄主组织病变观察, 初步确定该病毒为小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV).对ZYMV杭州分离物(HZ00s1)的外壳蛋白序列及3 端非编码区进行了克隆及序列测定,并与ZYMV Conneticut分离物、Florida分离物、California分离物以及WMV2 Tonga分离物进行了同源性分析.结果显示:HZ00s1分离物与其它3种ZYMV分离物CP基因核酸序列同源性为93%～94%,而与WMV2 Tonga分离物的同源性仅为67%,来自美国的3种ZYMV分离物之间的同源性高达95%～99%.HZ00s1分离物与其它3个ZYMV分离物CP氨基酸序列同源性在95%～98%之间.因此确定在杭州地区葫芦科作物上有ZYMV的发生.     

番茄黄化曲叶病毒安徽分离物的基因组结构特征及变异分析

利用滚环扩增（RCA）技术从安徽淮北番茄温室表现曲叶症状的番茄上获得番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus, TYLCV）的2个分离物全基因组。 2个TYLCV DNA-A核苷酸序列全长均为2 781 nts,共编码6个ORF。序列比对结果表明,2个TYLCV安徽分离物DNA-A核苷酸序列同源性为99.7%,与已报道的国内外其他24个TYLCV各分离物同源性高达97.8% ~ 99.9%。系统进化分析显示,TYLCV安徽分离物与来自吉林、沈阳、天津、邯郸和山东的5个TYLCV分离物亲缘关系最近。     

四川番茄黄化曲叶病病原分子鉴定及变异分析

 【目的】明确引起四川番茄黄化曲叶病（Tomato yellow leaf curl disease,TYLCD）的病原。【方法】对采自四川攀枝花市田间表现矮化、黄化和曲叶症状的番茄植株SC64-67,通过PCR、克隆及测序等技术获得病毒及卫星DNA的全基因组序列,并对序列进行变异分析。【结果】利用双生病毒简并引物PA/PB从4个样品中均扩增得到约500 bp的片段,随机选择SC65进行DNA-A全基因组扩增和序列测定,该DNA分子全长为2 732 nts,系统进化分析表明,其与已报道的中国番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV）来自云南元谋的菜豆分离物（TYLCCNV-Bean-YM）的核苷酸序列相似性最高,为96.0%。检测发现,所有分离物均伴随有卫星DNAβ分子。全序列测定表明SC65 DNAβ全长1 338 nts,与分离自云南楚雄番茄上的TYLCCNV-Y25伴随的卫星DNAβ亲缘关系最近,核苷酸序列相似性为77.5%。【结论】研究表明四川番茄黄化曲叶病样品均受到TYLCCNV/DNAβ病害复合体的侵染,但其病毒DNA-A和卫星DNAβ分子来源于TYLCCNV的不同分离物。     

福州番茄黄化曲叶病毒的全基因组结构特征

为明确引起福建省福州市长乐地区番茄上曲叶症状的病原,提取样品总DNA,利用简并引物PA/PB进行PCR扩增,从10个样品中均可扩增到500 bp左右的特异条带.NCBI BLAST序列比对表明,该序列与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)核苷酸序列相似性最高,达99.0%.再根据已知500 bp序列设计1对反向引物,扩增TYLCV分离物Fz01全基因组近全长,克隆并测序.经序列拼接发现,TYLCV分离物Fz01基因组全长2781 nts(KP685598),与已报道的TYLCV其他各分离物相似性均在89.3%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的相似性均在98.7%以上.因此,Fz01属于TYLCV的一个分离物.