基于InDel 标记的茄子种质资源遗传多样性分析

用19 对InDel 标记对来自国内外的46 份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：19 对InDel 标记的多态性 信息含量（PIC）范围在0.48～0.66 之间，均值为0.59。46 份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00 之间，均值为0.70， 说明46 份茄子种质资源之间的遗传差异不大，遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似系数为0.66 处， 将46份茄子种质资源划分为4大类群。聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性，而与来源地的关联性并不大。     

茄子耐盐种质亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD标记对14份耐盐茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：从100个引物中筛选出10个多态性较好的引物,共扩增出102条带,多态性条带所占的比例为77.45%。聚类分析结果显示：14份耐盐茄子材料的遗传相似系数在0.316～0.975之间|在遗传相似系数0.47处可将14份耐盐茄子材料分为3大类,大部分种质资源（85.71%）都聚在第3类（栽培种）,表明收集到的茄子耐盐种质亲缘关系较近。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

利用SCoT分子标记分析85个猕猴桃品种（系）及野生近缘种的遗传结构

【目的】中国是猕猴桃属植物资源的原生地,秦巴地区是中华猕猴桃原变种和美味猕猴桃变种复合体的主要分布地区,对其主要种质资源群体结构进行分析,为该地区猕猴桃资源的保护及开发利用提供理论支撑。【方法】利用筛选的20个多态性丰富的SCoT分子标记,采用Beiyes算法、UPGMA法和PC方法对秦巴地区85份主要猕猴桃种质资源进行群体遗传基础分析。【结果】20个多态性SCoT标记共扩增产生108个等位位点,92个多态性位点。平均每个SCoT标记检测出5.4个位点和4.6个多态性位点,每个SCoT位点的遗传多态性信息含量在0.46～0.96,平均值为0.70。从6个猕猴桃材料中筛选到了特异SCoT引物。Beiyes和UPGMA聚类结果不同,三元主成分分析不能将85个材料明确分组。85份猕猴桃品种(系)及野生近缘种的遗传相似系数为0.54～0.94,平均为0.74。生产中栽培的36份猕猴桃品种(系)的遗传相似系数为0.63～0.90,平均为0.74。46份雌性资源的遗传相似系数为0.57～0.90,平均为0.74。36份雄性资源材料的遗传相似系数为0.60～0.94,平均为0.77。20份野生近缘种的遗传相似系数为0.56～0.91,平均为0.73。【结论】Beiyes算法分析的群体遗传结构比UPGMA和PC分析与实际更接近。秦巴地区中华猕猴桃复合体内遗传资源较丰富。野生近缘种间遗传差异较大,雌性资源的遗传差异较雄性资源大。     

茄子全基因组InDel变异特征及分子标记开发和应用

选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序,鉴定出145 407个InDel,12号染色体InDel数最少(7 752),1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10bp的InDel位点,挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选,63对表现出稳定的多态性,比例为43.75%;主要等位基因频率为0.4038～0.9808,平均为0.7659;基因多样性指数(H_s)为0.0377～0.6501,平均为0.3217;多态性信息含量(PIC)为0.0370～0.5750,平均为0.2663,42个标记多态性信息含量大于0.200,多态性较好。当遗传距离为0.235时,将26份不同类型的茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外,选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F₁代真实性鉴定,鉴定结果表明3个为真实杂交种,与田间鉴定结果吻合。     

茄子种质资源遗传多样性的形态标记分析

对76 份茄子种质进行形态学标记,以评价供试茄子种质资源的遗传多样性水平,结果表明：
供试茄子种质的形态学性状均存在明显的遗传差异,种质间各性状平均变异系数为54.83%,其中叶刺的
变异系数最大,为493.3%,果实弯曲度的变异系数最小,为10.9%;对茄子表型性状进行聚类分析,以
Pearson 相关性系数23 作为聚类阈值,将76 份茄子材料划分成三大类群,以Pearson 相关性系数19.5 作
为聚类阈值,将76 份茄子材料划分成七个类群。     

枸杞种质遗传多样性SCoT分析

以17份枸杞种质为试材,采用SCoT标记法,分析了17份枸杞种质资源的遗传多样性,以期为枸杞种质资源的深度开发与利用提供参考。结果表明:从42条引物中筛选出7条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出32条条带,其中30条条带具有多态性,多态性比率为93.47%;UPGMA聚类分析显示,17份枸杞种质间遗传相似系数在0.30~1.00,平均相似系数为0.80,在遗传相似系数为0.72时,可将17份枸杞资源分成四大类。表明采用SCoT标记法能够揭示枸杞种质间的遗传多样性。     

安徽及周边地区枣种质资源遗传多样性研究

利用ISSR标记对32份安徽省地方枣种质资源及山东、河南等邻近省份的42份枣资源进行了遗传多样性分析。26条引物在74份种质中共扩增出241个位点,其中多态性位点214个,多态性比率为88.8%。利用NTSYS软件计算得到DICE相似系数为0.5936 ~ 0.9353;32份安徽地方种质共扩增出219条电泳谱带,其中186条为多态性条带,多态性比率为84.93%,32份样品遗传相似系数在0.6267 ~ 0.9353之间,表明安徽地方枣种质资源遗传多样性较为丰富。采用UPGMA法对74份种质的ISSR数据进行聚类分析,分析结果显示可分为8个类群,种质间亲缘关系与地理来源关系较为密切,来自安徽的地方种质基本上都独立聚成不同的类群,表明安徽地方枣种质与周边其它省份枣种质资源亲缘关系较远;研究结果表明体细胞突变可能是推动安徽地方枣种质进化的重要因素。     

基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析

【目的】采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性，为余甘子系统分类、遗传资源创新利用提供理论基础。【方法】利用ddRADseq技术对112份余甘子种质资源进行高通量简化基因组测序，利用Cutadapt和Trimmomatic软件对原始数据进行过滤，筛选得到高质量测序数据；使用MUNEAK软件进行多态性标记发掘，基于获得的SNP和InDel标记，进行群体结构分析、主成分分析、系统发育分析及遗传多样性分析。【结果】余甘子测序样品共获得8934个SNP和InDel标记，群体结构分析将余甘子种质分为2个类群，类群划分与种质来源地相关，该结果与主成分分析和系统发育分析相一致。余甘子各种质间遗传距离为0.027～0.459，平均遗传距离为0.248；云南地区的余甘子种质的期望杂合度、观测杂合度及多态性信息含量值最高，依次为0.267、0.184及0.218；余甘子群体间的Fst在0.080～0.266之间，群体遗传分化程度中等偏高。【结论】该测序技术可有效地解析余甘子种质的群体结构和遗传多样性，为余甘子种质资源的鉴定评价、系统分类及遗传多样性研究提供参考。     

基于表型性状的茄子遗传多样性分析

对136份茄子种质资源的17个表型性状进行遗传多样性分析。结果表明:17个表型性状均有不同程度的变异,果形和果色变异最大,株高和茎粗变异最小;17个表型性状之间相关关系较低,主成分分散;136个茄子材料的遗传相似系数在0.28~0.82之间,具有较高的遗传多样性;植株颜色是判断茄子品种间亲缘关系的最重要指标。     

基于EST-SSR标记分析猕猴桃种质遗传关系

利用开发的11对EST-SSR引物分析了33份猕猴桃种质资源的遗传多样性及其遗传关系。结果表明,11对EST-SSR引物在所有供试材料中均可扩增出清晰条带,其中有8对引物呈现多态性,多态性扩增率为72.7%,对33份种质材料的区分率达100%。8对多态性引物共检测到61个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数为2-17,平均为7.6个。利用NTSYS-pc软件,以不加权成对算术平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类,谱系图显示,33份种质材料之间的相似系数在0.60～0.97,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很远。在相似系数0.73的水平上可将供试猕猴桃材料分为7个类群,其结果与传统的形态分类大体一致。从分子角度揭示了猕猴桃种质资源的遗传多态性及其遗传关系。可为猕猴桃种质改良提供理论依据。EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记,可为猕猴桃分子育种及遗传连锁图构建奠定基础。     

芥菜种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP 分析

利用SRAP 标记对111 份芥菜种质的遗传多样性进行了分析,并记载了其形态特征。从300 对SRAP 引物中筛选出21
对多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物组合,共扩增出150 条条带,其中106 条为多态性条带,多态性比率为70.67%。
SRAP 聚类分析结果表明,111 份芥菜材料的遗传相似系数在0.38～0.89 之间,分为5 大类和若干亚类。对芥菜的叶片性状及根、
茎、叶、薹的发育状况等农艺性状进行调查分析,结果表明111 份芥菜材料的遗传相似系数在0.39～1.00 之间,分为4 大类和
若干亚类。这两种方法的聚类结果基本一致,表明SRAP 标记可以应用于芥菜种质资源遗传多样性和亲缘关系研究。     

山葡萄种内遗传多样性的SSR分析

利用26对SSR引物对124份山葡萄种质资源的遗传多样性初步分析,等位基因(Na)数平均为3.6923,有效等位基因(Ne)数平均为2.5779,Shannon多样性指数(I)平均为1.0195,基因多样度(Nei)平均为0.5762。野生种质资源的遗传多样性高于选育品种;而野生种质资源中黑龙江省的遗传多样性高,其次是吉林省野生资源,辽宁省野生资源最低。山葡萄种质的遗传相似性系数J为0.224～0.972,平均遗传相似系数为0.588。根据遗传相似性系数进行UPGMA聚类,建立树状聚类图。利用26对SSR标记能将供试的124份山葡萄种质相互区分,在遗传相似性系数0.39处将供试山葡萄种质资源分为6大类群,多数种质的聚类和山葡萄长期生长发育的地理分析研究结果一致。     

甜瓜种质资源多样性分析与指纹图谱的构建

采用15个形态学标记和32个CAPS( Cleaved Amplified Polymorphism Sequences,CAPS) 标记鉴别73份甜瓜材料。通过15个形态学标记,在遗传相似系数为0.82时将73份甜瓜材料分为3种类型。在分子标记中,被筛选的32对CAPS引物多态性比率为 29.63%,PIC值分布在0.22~0.38,平均值为0.34;经过CAPS标记聚类分析,73份甜瓜材料间的遗传相似系数在0.50~0.97之间,当相似系数在0.60时,可以将供试材料分为3种类型。通过构建指纹图谱代码与QR编码,为73份甜瓜材料建立了独特的核酸指纹图谱,每份材料可以相互区别,以便快速对种质资源进行鉴定。     

基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析

用105对茄子SSR引物对34份茄子高代材料进行遗传多样性分析。试验结果表明：47个标记在供试材料中有多态性,共检测出148个多态性位点。多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.025 4～0.909 3,显示了较高的多态性。供试材料遗传相似系数在0.63～0.93之间,供试材料之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,将供试材料归为两大类4个亚类,SSR分子标记与果实性状聚类分析结果基本一致。     

菠萝遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记研究了61份菠萝种质的遗传多样性。从99对SRAP引物中筛选出35对引物对61份菠萝种质进行遗传多样性分析,均得到了清晰指纹,且所有品种表现出多态性;供试菠萝品种的多态性比率均较小,在47.32%~68.90%;35对SRAP标记共获得567条带,多态性位点384个,多态条带比率为67.72%;61份菠萝种质其相互之间相似系数为0.8027~0.9510,表明61份菠萝品种之间遗传关系相对较近;应用UPGMA进行聚类,在大致相似系数0.8330的水平上,61份材料可分为5种类型。     

菠萝蜜遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记方法对76份菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus Lam.)种质资源DNA的遗传多样性进行了检测,24个引物共检测到477条带,其中427条具多态性(占89.52%),平均PIC为0.23,24个引物能把76份种质完全区分开来。遗传距离分析结果显示供试种质的遗传多样性较低,在DNA水平上的遗传相似系数为0.626～0.945,平均为0.775。聚类分析表明,76份菠萝蜜材料在遗传距离系数为0.752处可分为4大类,其中热带植物园的种质WJ2和GSYWJ1与其他种质的遗传距离相对较大,干胞和湿类型不能独立聚类。另外各地区的种质与雷州半岛种质明显分开聚类,而雷州半岛各地区的种质混杂聚类在一起,不能按地区单独聚类。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

丝瓜种质资源遗传多样性的SSR与SRAP分析

利用SSR和SRAP标记对30份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,分别从52对SSR和48对SRAP引物中选取10对和12对多态性好的引物,其中10对SSR引物共扩增出32条多态性带,12对SRAP引物扩增出118条多态性带。30份种质间的平均遗传相似系数为0.761,说明丝瓜间种质遗传背景比较狭隘。聚类分析显示,30份丝瓜种质被划分为普通丝瓜与有棱丝瓜两大类。     

大白菜自交系背景选择InDel标记与重要农艺性状的关联分析

InDel背景选择标记有利于大白菜育种亲本的高效选配。以31份不同类型大白菜自交系为材料进行农艺性状变异分析、InDel标记遗传背景和群体结构分析,并将多态性标记与农艺性状相关联。结果显示,31个农艺性状的变异系数变幅为15.97%～47.63%,平均为32.58%,表明供试群体表型变异丰富;从177对InDel引物中筛选出158对多态性引物,在31份材料中共检测出701个多态性等位变异位点,平均每对引物检测到等位变异位点4.418个,变幅为1～11个;标记位点的多态性信息含量(PIC)变幅为0.612～0.963,平均为0.843;有效等位基因变异数(Ne)变幅为1.656～3.985,平均为2.640;供试材料遗传相似系数(GS)在0.575～0.910之间,变化幅度较大,说明群体的遗传背景具有较大差异。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;关联分析发现分布于8个连锁群的22个InDel标记与供试材料的12个农艺性状(开展度、全株质量、球叶数、外叶数、叶片宽、叶片长、叶球高、叶球宽、叶球质量、中肋长、中心柱长和株高)相关。