野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。     

苹果EST-SSR引物的开发及部分品种亲缘关系分析

【目的】开发苹果EST-SSR引物,评价苹果种质资源的多样性与亲缘关系。【方法】利用NCBI数据库中苹果EST的SSR位点开发了35对EST-SSR引物,建立了苹果EST-SSR体系,并利用筛选出的16对引物对苹果品种资源的亲缘关系进行研究。【结果】118份基因组DNA共扩增出等位基因位点138个,位点数的变化从3到13不等,平均每对引物检测到8.62个位点,总的多态性比率为94.2%,各引物的多态性比例分布为81.8%～100%,相似系数为0.48～1.00。利用UPGMA法构建聚类树状图,在相似性系数0.65处可将118个供试材料分为5大组:其中第1组又可分为2个亚组,包含了绝大部分供试材料;第2、3、4和5组包含的品种数目分别为12个、11个、3个和2个;第5组与其他组亲缘关系较远,相似性系数仅为0.48。【结论】筛选出的16对EST-SSR引物可用于评价苹果种质资源间的遗传多样性。     

冬瓜和节瓜种质资源遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术对41份冬瓜和节瓜种质资源进行遗传多样性分析。从455条随机引物中筛选出23条能产生稳定多态性扩增谱带的引物用于RAPD分析,共产生143条扩增谱带,其中多态性谱带81条,多态性检测率为56.6%,表明冬瓜和节瓜种质资源在分子水平上具有丰富的遗传多样性。用NTSYSpc软件处理RAPD数据,41份材料间的遗传相似系数在0.60～0.99之间。聚类分析结果可将供试材料分为6大类群9个亚类,主坐标分析可将供试材料分为6大类群10个亚类。两种分类方法的结果基本一致。     

不同生态类型西瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR分子标记技术对96份不同生态型西瓜种质资源的遗传多样性进行研究。从398对引物中筛选出38对扩增条带清晰、多态性高的引物分析供试材料,共得到7043条清晰可辨条带,其中多态性条带826条,占11.7%。平均每对引物对96份材料扩增出185.34条带,其中21.74条具有多态性。96份材料间的相似系数为0.42～0.99。聚类分析结果表明,野生西瓜与栽培西瓜的亲缘关系较远。在栽培品种内华北生态型、华南生态型和西北生态型西瓜的亲缘关系较近,说明我国西瓜种质资源同源性较高,遗传基础狭窄,有必要引入更多种质资源以拓宽西瓜育种背景。     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

洋葱RAPD遗传多样性分析

 利用RAPD技术对41份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从100个随机引物中筛选出7个引物, 共扩增出64个位点, 其中多态性位点34个(53113% ) 。材料间遗传相似系数变化范围为0.694～1.000。在遗传相似系数为0.926水平上, 聚类分析结果可将供试材料分为9类, 聚类结果与形态学特征有一定对应关系。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

基于SSR标记的六种野生猕猴桃亲缘关系分析

以贵州6种野生猕猴桃36个居群为试材，采用生物信息学方法，对“红阳”猕猴桃应答橘小实蝇侵害的转录组数据进行SSR位点搜索，开发EST-SSR引物后，研究了36个野生猕猴桃居群180份种质的遗传多样性与亲缘关系，以期为合理保护及开发利用野生猕猴桃资源提供参考依据。结果表明：“红阳”猕猴桃果实EST-SSR的分布频率为43.07%,6种重复类型的重复次数分布在5～24次，优势重复类型为二核苷酸，占总SSR位点的69.19%。参试的40对EST-SSR引物中有28对引物均可在6种野生猕猴桃中扩增出目的条带，在180个猕猴桃种质中共检测出了348个等位基因位点。多态性信息含量(PIC)在0.376 6(引物：P3-22)～0.930 4(引物：P4-37),平均为0.783 6,其中只有1对引物为中等多态性引物，其它均为高多态性引物。聚类分析显示，6种野生猕猴桃在遗传距离0.72处可分成2个类群，黄毛猕猴桃、毛花猕猴桃、阔叶猕猴桃被归为一类，京梨猕猴桃、异色猕猴桃、硬毛猕猴桃为一类。     

濒危植物领春木天然群体遗传多样性的SCoT分析

以领春木天然群体为试材,采用SCoT分子标记技术,研究了山西中条山领春木天然群体的遗传多样性,以期为领春木种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:23条SCoT共扩增出108条,其中多态性条带80条,多态性比例为74.07%;观察等位基因数平均为1.71,有效等位基因数平均为1.50,Nei′s基因多样性平均为0.281 7,香农信息指数平均为0.411 7;38份供试材料的平均相似系数为0.855。这说明38份领春木种质资源的遗传多样性不高,遗传基础相对较为狭窄。     

基于SRAP和SCoT标记的猕猴桃种质遗传多样性分析及变异材料鉴定

[目的]探明59份猕猴桃品种/种质的遗传背景及鉴定果肉全红型材料('H-16')的亲缘关系.[方法]利用SRAP及SCoT两种分子标记进行遗传多样性分析及变异鉴定.[结果]筛选出的12对SRAP引物和16条SCoT引物在59份材料中分别扩增出多态性条带125条和143条,平均多态性比率为99.07％和100％,平均遗传相似系数为0.668和0.640,其中'H-16'与红阳的遗传相似系数最高,分别为0.952和0.930,表明两者遗传背景高度一致.SRAP及SCoT两种分子标记分别将59份猕猴桃材料分为4组和8组,部分中华猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚为一类,显示中华猕猴桃与美味猕猴桃种间关系较近,存在频繁的基因交流现象.筛选出的3对SRAP引物和2条SCoT引物,在'H-16'和红阳中扩增出差异条带,表明'H-16'为红阳的变异材料,且12对SRAP引物将全部中华系红肉猕猴桃聚为一类,可作为筛选控制红色性状位点的候选SRAP引物.[结论]SRAP和SCoT分子标记有效地将59份猕猴桃划分成4组和8组,表明其遗传背景存在差异,且遗传多样性较为丰富,两种标记都可用,SCoT更高效.两种标记都可用于猕猴桃变异材料的早期鉴定,且成功鉴定'H-16'为红阳的色泽变异品种(系),为后期开展种质资源评价和新种质选育提供技术参考和理论依据.     

中华猕猴桃矮型性状EST-SSR连锁标记的筛选

以中华猕猴桃（Actinidia chinensis Planch）矮型种质‘赣猕5号’为母本,普通型中华猕猴桃‘奉雄2号’为父本构建F1群体,采用优越而高效的基于表达序列标签（Expressed Sequence Tags,EST）的简单序列重复（Simple Sequence Repeats,SSR）标记技术,结合群体分离分析法（Bulked Segregant Analysis,BSA）在荧光DNA测序仪（ABI3130）上进行了‘赣猕5号’矮型性状连锁的EST-SSR分子标记研究。结果表明,通过本实验室开发并设计的85对EST-SSR荧光引物的扩增筛选,其中引物EST-Ad042在亲本及其矮型与普通型DNA 池之间扩增出一条285 bp 的多态性片段,经对其F1代分离群体部分矮型与普通型单株的随机验证,该片段稳定出现,在矮型植株中表现为有带,在普通型植株中表现为无带。遗传连锁分析表明,该标记与矮型基因之间的连锁距离为8.8 cM。EST-SSR荧光引物能够有效地筛选到中华猕猴桃的特异标记,可以作为鉴别矮型与普通型植株的标记引物。     

云南芋种质资源遗传多样性的AFLP分析

 采用荧光标记引物的AFLP分子标记技术, 用筛选出的“3 + 2”引物组合, 对48份云南芋种进行遗传多样性分析, 3对引物共扩增出184个DNA位点, 平均每对引物可检测出56.3个多态性位点,多态性位点高达91.8% , 云南芋种质资源在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。聚类分析表明: 野生种质和栽培种质的亲缘关系较远, 栽培种质基于AFLP标记的分类结果与形态性状基本一致, 少数材料差异较大。     

基于EST-SSR标记与果实品质性状的贵州野生刺梨核心种质构建

采用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的220份野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源的遗传多样性进行分析,结果表明:10对EST-SSR引物共扩增出多态性条带27条,多态百分率为76.67%;9个品质性状中平均单果质量、可滴定酸、固酸比、维生素C和类黄酮含量的变异系数达到20%以上;说明该220份贵州野生刺梨种质资源遗传变异丰富,遗传多样性分布范围较广,适于进行核心种质的构建研究。进一步将9个品质性状指标进行6级分类,并处理为9个品质标记共产生54条多态带,与EST-SSR标记一起,采用Nei’s遗传距离进行UPGMA聚类,同时采用位点优先取样策略进行核心种质构建,以表型保留比例、均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率、变异系数变化率、多态性位点百分率、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数等对核心种质进行评价,并利用主坐标分析法对核心种质进行确认。结果表明:构建的32份核心种质在分子水平,表型水平及地区分布上都能够代表原种质的遗传多样性。     

一个支持芥蓝起源于中国的分子证据

有关芥蓝的起源存在地中海沿岸起源说和中国南方起源说,本试验利用EST-SSR分子标记技术对包括8份芥蓝在内的38份甘蓝类材料进行遗传多样性分析。通过引物筛选,选取61对EST-SSR引物扩增38份材料,共获得174条多态性好、稳定、清晰的条带,应用NTSYSpc2.11软件计算材料间的遗传相似性系数和UPGMA聚类分析。在相似系数为0.62处,所有甘蓝类材料分为三大类群：欧洲西北部沿海地区类群、地中海沿岸类群、中国华南地区类群,支持芥蓝起源于中国南方的观点,并且本试验选用的芥蓝按照叶形和叶面分为两类。     

48 份分蘖洋葱种质资源遗传多样性的ISSR 标记和农艺性状分析

对来自黑龙江省和吉林省不同地区的48 份分蘖洋葱资源的遗传多样性进行了ISSR 标记及农
艺性状观测分析。从51 条ISSR 引物中筛选到13 条多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,这13 条引
物共扩增出132 个位点,其中109 个多态位点;应用Nei-Li 相似系数法估算了48 份材料间的遗传相似系
数,结果表明,48 份分蘖洋葱遗传相似系数变化范围在0.59 ～ 0.94 之间。对分蘖洋葱的抽薹情况、幼叶
色、鳞茎色和单球质量进行了调查,结果表明,48 份分蘖洋葱遗传相似系数变化范围在0.38 ～ 1.00 之间。
ISSR 标记和农艺性状分析均表明48 份分蘖洋葱的遗传多样性较丰富;两种方法的聚类结果基本一致,聚
类结果与地理分布有明显的联系。     

利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。     

萱草部分野生种和栽培品种亲缘关系的AFLP分析

 借助AFLP标记对35份萱草野生种和栽培品种进行亲缘关系研究, 结果表明, 7对引物组合对萱草共扩增出条带380条, 其中多态性条带357条, 平均多态性达到93.39% , 单对引物扩增条带19～85条, 平均每对引物组合扩增多态性条带51条。7对引物扩增出的多态性条带均超过90.0%。种质资源相似系数为0.3822～0.9656, 平均相似系数为0.7039。UPGMA聚类结果将供试材料分为3类, 即早花、中花和晚花类, 同一产地的品种基本能聚在一起。AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示萱草种质资源的亲缘关系。     

砧用南瓜种质资源形态学性状与SSR标记分析

搜集了设施黄瓜嫁接栽培中常用的47 份砧用南瓜种质资源,利用63 个形态标记和40 对南瓜SSR 标记,对其进行遗传多样性及亲缘关系鉴定。结果表明,砧用南瓜的8 个质量性状（嫩瓜皮色、瓜形、主蔓色、瓜面斑纹、叶面白斑、叶形、嫩瓜斑纹和嫩瓜斑纹色）和23 个数量性状的多样性指数大于1.00;SSR 标记共检测到167 个等位变异,平均每个SSR 位点的等位基因数为4.18 个,变幅2 ~ 8 个,平均多样性指数为0.62,变化范围0.16 ~ 1.18。非加权算术平均法（UPGMA）聚类分析表明,砧用南瓜63 个形态学性状将47 份种质划分为4 个类群,大部分品种集中于一个类群中;40 对多态性SSR 标记将所有种质划分为3 个类群,大部分品种的分子标记与形态学标记的聚类结果相似。已搜集的47 份砧用南瓜种质资源遗传多样性并不丰富,亲缘关系较近;SSR 标记CMTm11 具有极高的多态性,可用于砧用南瓜种质分子标记辅助选择;嫩瓜皮色等8 个质量性状和大部分数量性状都可以作为形态标记辅助种质资源评价及新品种选育。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。