猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

陕西省部分地区猪圆环病毒2型全基因组的遗传变异分析

为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。     

猪圆环病毒2型北京株的分离及基因组序列分析

为了解北京地区猪圆环病毒2型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2010年病料中分离的2株PCV2通过PCR、IPMA进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar进行序列分析,用MEGA5进行PCV2ORF2序列比对,构建系统进化树。结果表明,分离得到的BJ2010LC株(登录号为JQ002671)、BJ2010PG株(登录号为JQ002672)2个PCV2毒株其全基因组长度均为1 767bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为94.2%～99.5%,2个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.6%。BJ2010LC株属于基因型PCV2d,BJ2010PG株属于基因型PCV2b。     

3株猪Ⅱ型圆环病毒的分离及基因组序列分析

为了解混合感染中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2009年与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒混合感染的病料中分离的3株PCV2通过PCR、免疫荧光等进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar对序列进行拼接和分析。结果表明:分离得到的HUN-09株(GQ449670)、HUB-09株(GQ449671)和SD-09株(GQ449669)3个PCV2毒株其全基因组长度均为1768bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为95%～99.7%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为97.6%～98.5%,与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69%～70%。进化分析表明,本研究2009年分离的3株PCV2属于基因型PCV-2a。     

4株猪圆环病毒2型凉山州分离株全基因组进化分析

为了解猪圆环病毒2型(PCV2)凉山州分离株的基因型,本研究采用PCR方法对采自凉山州3个发病猪场的4个PCV2阳性样品进行全基因组序列的扩增、克隆、测序分析,并绘制遗传进化树。结果显示:4个PCV2凉山州分离株全基因组序列长度均为1767 bp,核苷酸同源性为99.4%~99.8%,与国内外101株PCV2参考毒株核苷酸同源性为93.8%~99.9%,与4个PCV2国产疫苗株核苷酸同源性为95.1%~96.0%;4个分离株ORF1和ORF2基因核苷酸同源性分别为99.3%~99.8%和99.6%~100%;构建的系统进化树显示,4个分离株均为PCV2d亚型,与YA1株(四川雅安,MH094769)的亲缘关系最近。本研究为凉山州PCV2疫苗毒株的选择提供了科学依据。     

两株死胎源猪圆环病毒Ⅱ型的分离与序列分析

将两猪场Ⅱ型猪圆环病毒(PCV2)核酸阳性的流产死胎病料,接种猪肾传代细胞PK15,成功分离到2株PCV2。利用1对PCV2特异性引物,成功扩增出这2株PCV2长约1700bp的全基因组序列,并与其他PCV2毒株序列进行相似性比较。结果表明:2个分离株全基因组长度均为1767bp,核苷酸序列相似性为99.9%;ORF2基因核苷酸相似性为99.85%,所编码的衣壳蛋白氨基酸序列相似性为100%;2个分离株与SD-3等国内分离株核苷酸序列的相似性较高,最高可达99.9%。     

广东省猪圆环病毒2型基因的克隆与序列分析

根据Gen Bank已发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)全基因组序列,设计1对特异性引物,对广东省不同地区规模化猪场采集的临床诊断为断奶仔猪多系统消耗综合征(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的组织病料进行了PCV2基因克隆和序列分析。结果表明,采集的PMWS病料均可扩增出PCV2完整基因序列,与Gen Bank已发表的PCV2参考毒株序列核苷酸同源性达93.7%~99.8%,亲缘关系密切。其中10个PCV2基因全长1767 bp,属于PCV2b亚型,1个PCV2基因全长1768 bp,属于PCV2a亚型。     

猪圆环病毒2型乌鲁木齐分离株全基因序列遗传变异分析

为分析乌鲁木齐市猪圆环病毒2型(PCV2)遗传变异情况,对疑似感染PCV2组织样品的全基因组进行PCR扩增、克隆和测序,并进行序列比对与遗传进化分析。结果表明,测序的5株PCV2基因组3株全长为1 766 bp,2株全长为1 767 bp,5株PCV2核苷酸序列同源性在96.1%~99.5%之间,与Gen Bank国内外已发表的17株PCV2基因核苷酸序列同源性在94.5%~99.7%之间;遗传进化树显示,3株属于新出现的PCV2d亚型毒株,2株属于国内优势流行的PCV2b亚型毒株。     

5株湖南猪圆环病毒1型全基因组测序与遗传进化分析

为了解湖南猪群猪圆环病毒1型（PCV1）的遗传变异情况,以PCV1阳性DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV1全基因序列并进行拼接。结果共获得5个PCV1全基因组,其中3株全基因大小为1 759 bp,另外2株分别为1 758 bp和1 760 bp。5株全基因组同源性为98.4%~99.7%,与国内外的PCV1全基因组同源性为98.1%~99.7%;ORF2序列同源性为97.6%~99.6%,与国内外的PCV1 ORF2同源性为96.1%~99.9%。系统发育树显示,5株PCV1均属于同一分支,并显示出一定的地理差异,但差异较小。结果表明,湖南省流行的PCV1毒株基因较为稳定,分离株间差异较小。本研究为湖南省猪圆环病毒病防控及相关研究奠定了基础。     

猪圆环病毒2型辽宁株全基因组克隆与序列分析

本试验从辽宁地区某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中采集病料,采用PCR方法进行猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的检测,在此基础上对阳性病料进行PCV2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV2辽宁分离株基因组全长为1768 bp,与国内外PCV2分离株的同源性为95.9%~99.5%,其中与丹麦分离株(EF565365)、澳大利亚分离株(AY424405)和江苏分离株(FJ158606)同源性最高,均为99.5%;与广东分离株(JX912915)同源性最低,为95.9%。     

猪圆环病毒2型田间分离株的全基因组克隆与基因亚型分析

为了解我国猪圆环病毒2型(PCV2)的流行态势和毒株的基因变异情况,从北京、江苏、湖北等地疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS)患病死亡猪中采集肺脏、脾脏和淋巴结等组织,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到6株猪圆环病毒2型毒株,分别命名为B07、B12、HB、LHW、LPC和NJ。对其全基因组进行克隆和序列分析的结果显示,LPC基因组全长为1766 bp,其余均为1767 bp;6个毒株序列之间同源性高达96.0%~99.9%,6个毒株与参考毒株序列的同源性为94.4%~99.8%。PCV2全基因组的进化分析结果表明,B12、HB、LHW、LPC和NJ为PCV2b亚型,B07为PCV2d亚型,从而证实PCV2b亚型毒株成为我国猪群中分离率较高的流行毒株,并且我国猪群存在PCV2d亚型毒株。     

猪圆环病毒2型山西分离株的遗传变异多样性分析

为了进一步研究山西猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异多样性情况,对山西2013—2016年间分离的9株猪圆环病毒流行株(SXQX、SXCZ、SXJC、SXJX、SXLL、SXPY、SXPG、SXXY、SXTY2株)的全基因组进行了扩增、克隆和测序,已收录入GenBank中。并将其全基因序列、ORF2序列和推导出的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的28株主要流行株进行了遗传变异多样性分析,结果显示:9株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJX、SXXY、SXJC株为1 768bp,其余均为1 767bp,分别约占33%和67%。9株PCV2流行株之间核苷酸同源性为94.7%~99.8%,与国内外28株参考株同源性为93.9%~99.9%,与国产疫苗株同源性(LG、DBN-SXO7-2、SH株)为95.1%~99.8%;PCV2全基因组序列的进化分析表明:本试验分离的SXJX、SXJC、SXXY株属于PCV2a亚型的2D亚群,SXLL、SXPY、SXCZ株属于PCV2b亚型的1C亚群,SXTY14、SXQX、SXPG株属于PCV2b亚型的1A/1B亚群,可见近几年,山西PCV2流行株以PCV-2b亚型为主。分离的9株PCV2的ORF2之间核苷酸和Cap蛋白氨基酸同源性分别为90.0%~100.0%和87.1%~100.0%,与28株参考株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为87.6%~100.0%和84.1%~100.0%,与国产疫苗株核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91.0%~100.0%和89.3%~100.0%,同源性都较高。9株分离株中,有6株分离株(SXQX、SXTY14、SXPG、SXXY、SXJC、SXJX)Cap蛋白氨基酸为233个,其中SXQX、SXTY14、SXPG株的ORF2位于1 033~1 734bp,SXXY、SXJC、SXJX株的ORF2位于1 034~1 735bp,3株分离株(SXCZ、SXLL、SXPY)Cap蛋白氨基酸为234个,其ORF2位于1 030~1 734bp,而与其他基因组序列为1 767bp分离株的ORF2相比,1 030~1 734bp位置多了3个碱基TCA,导致其氨基酸序列在234位置增加1个K(Lys)。另外还发现9株PCV2Cap蛋白除了唯一糖基化位点(NYS)(第143~145位氨基酸)呈高度保守外,还存在较多的氨基酸变异,这为山西地区PCV2的免疫预防等的研究提供理论依据,并为深入开展PCV2的分子致病机理提供基础理论数据。     

猪圆环病毒2型吉林分离株的全基因组序列分析

采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。     

猪圆环病毒2型河南株全基因组的克隆与序列分析

利用PCR方法,对河南郑州、南阳、焦作等地采集的疑似猪圆环病毒2型（PCV2）感染的病料进行检测。PCR检测为阳性的病料经处理后,接种无PCV污染的PK-15细胞中盲传6代,克隆11株PCV2全基因组并进行序列分析。结果表明,11株PCV2中有10株基因组全长为1 767bp,基因组分型为PCV2b,1株为1 768bp,说明PCV2b是河南省断奶后多系统衰竭综合征（PMWS）发生的主要因素;11个毒株的同源性位于94.9%～100%,与其他毒株的同源性为94.7%～100%;10株基因组为1 767bp的毒株处于一大分支上,遗传进化比较稳定;本试验为PCV2在河南地区的分子流行病学、遗传变异及防治奠定了基础。     

腹泻仔猪中猪圆环病毒2型的检测及生物信息学分析

为研究仔猪腹泻中猪圆环病毒2型(PCV2)的生物信息,参考Gen Bank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计并合成一对特异性引物,从四川地区猪场送检的腹泻仔猪病料中扩增PCV2全长基因序列,回收PCR产物。将其插入PMD19-T载体,构建了重组质粒,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。将测序结果及推导的氨基酸序列与国内外的不同分离株进行生物信息学分析。结果表明,分离株基因组全长为1 767 bp,分离的三株基因组与Gen Bank上已发表的PCV2分离株之间的核苷酸同源性分别为1#94.7%~89.6%、2#94.7%~89.3%、3#96.4%~86.8%,氨基酸序列同源性为1#97.9%~95.7%、2#97.1%~95.5%、3#98.4%~94.8%,说明四川地区腹泻仔猪病料中PCV2的变异相对保守。     

2010-2013年四川地区猪圆环病毒2型的分子流行病学调查

为了掌握四川地区近年猪圆环病毒(PCV2)的分子流行和分子进化动态规律。将2010-2013年期间采集自四川成都、德阳、雅安、西昌、遂宁、乐山、资阳等11个养猪地区的疑似PCV2病料共324份进行了检测与分析。设计1对检测PCV2的特异性引物,PCR检测病料表明PCV2阳性为229份,PCV2感染率为70.7%。随后对本实验室分离到的11株PCV2分离毒株进行全基因组克隆与序列分析,11株PCV2四川分离株的全基因组序列分析均为PCV2b基因型,各地分离株之间的全基因同源性为95.2%⁹9.7%,与参考毒株之间的全基因同源性分别为94.1%99.7%,与参考毒株之间的全基因同源性分别为94.1%⁹9.7%;与国内外参考毒株相比,ORF1的核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性分别为96.7%99.7%;与国内外参考毒株相比,ORF1的核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性分别为96.7%¹00%、98.4%100%、98.4%¹00%,ORF2核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性88.0%100%,ORF2核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性88.0%⁹9.7%、85.4%99.7%、85.4%¹00%,序列分析发现ORF2变异位点较多,而ORF1相对较保守。本研究结果显示:2010-2013年间,四川地区PCV2感染率高,主要分布在乐山、德阳等市,且流行的基因型以PCV2b为主。     

猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析

为了解山西省猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异情况,本试验采用PCR方法对山西省分离的4株猪圆环病毒流行株（SXXZ1株、SXXZ2株、SXTY株和SXJZ株）的全基因组进行了扩增、克隆和测序,并将其全基因组序列与国内外34株主要流行毒株进行核苷酸同源性与系统进化树分析。结果显示,4株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJZ株为1 768 bp,其余均为1 767 bp,分别占25%和75%。4株毒株核苷酸同源性为95.9%~100.0%,与国内外34株参考株同源性为94.5%~99.9%,与国产疫苗株同源性为95.6%~99.8%;PCV2全基因组序列进化分析表明,本研究分离的SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株属于PCV-2b基因型,SXJZ株属于PCV-2e基因型,其中SXXZ1株和SXXZ2株与广东QY株的进化关系最近,SXTY与奥地利AUT5株的进化关系最近,SXJZ与福建FJ株的进化关系最近;而SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株与山西PCV2疫苗DBN-SX07-2株的进化关系较近,SXJZ株与国内PCV2疫苗LG株的进化关系较近。从而证实在山西省流行的PCV2毒株以PCV-2b为主,同时还分离出了PCV-2e亚型,表明山西省存在PCV-2e亚型毒株。本试验结果为山西省PCV2的分子流行病学、遗传变异及防控奠定了基础。     

15株湖南省猪圆环病毒2型全基因组测序与遗传进化分析

为了解湖南省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,以PCV2检测阳性样本DNA为模板进行全基因组测序和遗传特征分析。共获得的15株PCV2全基因组,其中10株为PCV2d基因亚型,3株为PCV2b基因亚型,2株为PCV2a基因亚型;15株PCV2全基因组同源性为94.7%~99.9%,与国内外其他PCV2全基因组同源性为93.1%~100%。PCV2a的第77、86~91、151、206和222位,PCV2b的第57、89及210位,PCV2d的第53、68、121、134、215和234位氨基酸与其他亚型存在差异。结果表明,2017—2020年湖南省主要流行PCV2d亚型,不同亚型之间ORF2氨基酸序列差异较大,但同亚型之间氨基酸序列无明显变异。本研究为湖南省PCV2研究及该病防治提供了数据支撑。     

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从山东疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病料中提取PCV2基因组DNA,进行PCR扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18TPCV2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,克隆得到的PCV2山东株的全基因组长为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中登录的国内外PCV毒株进行同源性比较。结果显示,PCV2山东株与国内外毒株的核苷酸同源性高达99．6％,推导的氨基酸同源性达95．4％。进化树分析结果显示,PCV2山东株与GZ（EF515839）株同源性最高,表明,PCV2各分离毒株在进化方面存在地域上的相关性。