鸭MyoG基因启动子的生物信息学分析及其甲基化频率对基因表达的影响

采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536~–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位点甲基化频率存在个体差异,22%Cp G位点的甲基化频率与Myo G的m RNA表达量呈负相关(P0.05),78%Cp G位点的甲基化频率呈正相关(P0.05),其中,腿肌甲基化位点Cp G_1、Cp G_26.27.28.29的甲基化频率与Myo G基因表达水平均呈显著相关(P0.05)。Myo G基因在鸭与在哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭Myo G基因转录的潜在甲基化位点,其中Cp G_1与Cp G_26.27.28.29能通过DNA甲基化修饰影响Myo G基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭Myo G基因转录调控提供参考依据。     

胃癌SOCS-1基因异常甲基化及其意义

目的：探讨SOCS-1基因在胃癌和癌旁组织中的表达及其启动子甲基化状态与胃癌发生、发展和转移等的关系。方法：采集45例胃癌病人的肿瘤标本、18例癌旁胃粘膜组织以及10例正常胃粘膜组织,运用甲基化特异性PCR反应研究胃癌组织中SOCS-1基因CpG岛甲基化状态,同时运用实时定量PCR分析SOCS-1基因的表达。结果：45例胃癌标本中有21例（46．7％）SOCS-1基因呈CpG岛甲基化,癌旁组织中为2例（11．1％）,而10例正常胃粘膜组织中则未发现SOCS-1基因CpG岛甲基化;SOCS-1基因CpG岛甲基化组的SOCS-1基因表达量与无SOCS-1基因CpG岛甲基化组相比,其基因相对表达量明显减少（P〈0．05）,表明SOCS-1基因CpG岛甲基化可抑制SOCS-1基因表达。与病人临床病理特征相结合比较,发现SOCS-1基因CpG岛甲基化与年龄、性别无关,与肿瘤分化程度及TNM分期等因素有关。结论：在胃癌中存在SOCS-1基因CpG岛甲基化,且由于CpG岛甲基化而促使基因表达抑制。SOCS-1基因CpG岛甲基化在胃癌的发生、发展中可能具有一定的意义。     

猪NCOA3启动子甲基化对其在肌内和皮下脂肪组织差异表达的影响

[目的]以新淮猪肌内脂肪和皮下脂肪为试验材料,探讨核受体辅激活蛋白3(NCOA3)启动子甲基化对其在肌内与皮下脂肪组织中差异表达的影响。[方法]采用RT-PCR的方法检测NCOA3在肌内脂肪与皮下脂肪组织的表达水平。构建NCOA3启动子缺失报告载体,并采用双荧光报告基因系统分析启动子区域活性。预测NCOA3启动子区Cp G岛,利用亚硫酸氢盐法(BSP)检测2种脂肪组织NCOA3启动子区Cp G岛甲基化水平,并通过甲基转移酶处理,以检测甲基化对NCOA3基因启动子活性的影响。[结果]NCOA3 mRNA在肌内脂肪组织中表达水平极显著低于皮下脂肪组织(P0.01),其中-150~-3 bp区域启动子活性最高,Cp G岛位于-930~-699 bp,且其整体甲基化水平在肌内脂肪与皮下脂肪组织中差异不显著(P0.05),分别为90.0%,83.5%,但-904位点CG甲基化水平差异显著(P0.05)。经甲基转移酶处理p LUC-1057(包含Cp G岛)载体荧光活性显著下降(P0.05)。[结论]NCOA3基因在肌内脂肪与皮下脂肪组织存在着表达差异,-904位点CG甲基化水平对肌内与皮下脂肪组织表达差异存在影响。     

肝癌细胞系中Runx3基因表达及启动子区异常甲基化分析

目的：通过检测6种肝癌细胞中Runx3基因异常甲基化状态及表达情况,探讨药物5-aza-2＇-deoxycytidine（decitabine）激活Runx3基因重新表达的能力及对肝癌细胞生长的影响。方法：采用DNA甲基化特异性PCR（MSP）技术分别对6种肝细胞癌细胞系Runx3基因启动子区域甲基化状态进行检测,同时采用逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）检测5种肝癌细胞中Runx3的表达情况及药物5-aza-2＇-deoxycytidine处理其中3种肝癌细胞前后Runx3表达变化。结果：6种肝癌细胞系中,有3种细胞Runx3基因启动子区域存在甲基化异常,药物5-aza-2＇-deoxycytidine处理3种肝癌细胞后,Runx3基因明显表达或表达活性增强。结论：启动子区异常甲基化是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与肝细胞癌发生早期密切相关,可作为肝细胞癌早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

胃癌中Runx3基因甲基化表达及临床研究

目的:通过检测胃癌中Runx3基因启动子区域甲基化状态及Runx3基因表达情况,探讨Runx3基因启动子区域甲基化及表达在胃癌发生和发展过程中的意义。方法:采用DNA甲基化特异性PCR(MSP)技术分别对9种胃癌细胞系和35例胃癌患者手术切除肿瘤组织及其癌旁组织Runx3基因启动子区域甲基化进行检测,同时采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测Runx3 mRNA的表达情况。结果:在7种胃癌细胞系中Runx3基因启动子区域过度甲基化;Runx3基因在35例胃癌及其癌旁组织中甲基化率分别为40.0%(14/35)和8.6%(3/35);胃癌组织标本中Runx3基因表达(0.5938±0.1007)较癌旁正常组织表达(0.8311±0.2872)明显下调,差异有统计学意义(P<0.05)。Runx3 mRNA在胃癌标本的表达与其病理临床特征密切相关,在伴有淋巴结转移和低分化的胃癌组织标本中Runx3 mRNA的表达显著下调(P<0.01)。结论:Runx3基因启动子区域甲基化是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与胃癌的发生发展密切相关,可作为胃癌早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

Runx3基因在肝癌手术前后血浆中异常甲基化检测及临床意义

目的:研究肝细胞癌组织及手术前后外周血浆中Runx3基因启动子区异常甲基化状态,探讨其在肝癌早期诊断及疗效评估中的价值;方法:采用DNA甲基化特异性PCR(MSP)技术分别对肝癌患者肿瘤组织及相应血浆进行Runx3异常甲基化检测。结果:在81例肝癌组织中,Runx3异常甲基化率为43.2%(35/81),相应血浆中Runx3甲基化检出率为39.5%(32/81),血浆中Runx3基因甲基化改变与肿瘤组织甲基化状况显著相关(P<0.05);其中15例手术治疗患者手术前组织及血浆中Runx3甲基化检出率均为40%(6/15),术后只有1例患者血浆中Runx3基因异常甲基化。结论:血浆Runx3基因异常甲基化检测在肝细胞癌早期诊断及疗效评估方面有一定应用价值。     

microRNA-31和LAST2蛋白在非小细胞肺癌组织中的表达

目的 探讨microRNA-31和LATS2蛋白在非小细胞肺癌患者肿瘤组织中的表达.方法 采用Westemblot、荧光定量PCR检测22例非小细胞肺癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织中microRNA-31及LATS2蛋白的表达情况,并分析其表达水平的差异.结果 与癌旁正常组织相比较,miRNA-31在肺癌患者肿瘤组织中的表达明显增高,LAST2蛋白表达则明显降低(P＜0.05).结论 microRNA-31在非小细胞肺癌患者肿瘤组织中的表达上调,并可能通过负调控LATS2蛋白水平,从而影响肿瘤的发生和发展.     

miR-204在非小细胞肺癌患者中的表达及其对SIRT1的靶向调控作用

目的 研究miR-204在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中表达的临床意义及其对SIRT1的靶向调控作用.方法 收集39例原发性NSCLC患者的癌组织和对应癌旁组织标本.实时荧光定量PCR检测组织标本中miR-204的表达水平;并分析其与NSCLC临床病理学特征的关系.将人非小细胞肺癌细胞株A549分别转染miR-204的模拟物或抑制物,CCK-8试剂盒检测细胞的增殖,westem blot检测其潜在靶点基因SIRT1的表达.结果 癌组织中miR-204的表达量为(2.12±1.17),明显低于癌旁组织中的(3.08±1.46),P＜0.01.miR-204的表达水平与肿瘤的临床分期以及肿瘤大小有关(均P＜0.05),但与患者年龄、性别、吸烟史、分化程度、组织类型及淋巴转移情况无关(P＞0.05).A549细胞转染miR-204的抑制物后,细胞的增殖明显增强,SIRT1的表达上调;而转染miR-204模拟物则呈反向变化.结论 miR-204在NSCLC组织中呈低表达,并与患者的临床分期以及肿瘤大小有相关,其可能是通过靶向调控SIRT1而在NSCLC的发生发展中起重要作用.     

三叶因子3对非小细胞肺癌A549细胞凋亡的影响

目的 探讨TFF3基因在非小细胞肺癌中的作用及其对凋亡的影响.方法 免疫组织化学法检测组织芯片31例肺腺癌、21例肺鳞癌、10例正常肺组织TFF3表达阳性率;慢病毒包装TFF3基因ORF序列及TFF3-shRNA基因质粒、转染、嘌呤霉素筛选获得稳定过表达及沉默TFF3基因的A549细胞株;实时荧光定量PCR(real-...     

结肠癌细胞系LHX6基因启动子甲基化检测与分析

为探讨结肠癌细胞SW480和HT-29中LHX6基因启动子区CpG岛的甲基化状态,分析去甲基化与结肠癌细胞增殖的关系,用甲基化特异性PCR对SW480和HT-29细胞的LHX6基因启动子区域CpG岛进行检测,对比经5-氮杂-2-脱氧胞苷(5-aza-2-deoxycytidine,5-Aza-CdR)处理后两株细胞该区域甲基化水平之间的差异,用(3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐,噻唑蓝)(MTT)法检测5-Aza-CdR对其增殖的影响,观察5-Aza-CdR对细胞形态的影响.结果表明,SW480与HT-29细胞的LHX6基因启动子区域CpG岛均存在甲基化,分别为41.9％和28.6％;经5-Aza-CdR处理后,SW480甲基化率由41.4％降低到39.7％,HT-29甲基化率由27.4％降低至18.5％(p＜0.05);两株细胞的增殖明显被抑制.结肠癌细胞系SW480和HT-29的LHX6基因均存在不同程度的甲基化,研究结果为LHX6可能作为结肠癌肿瘤检测的新分子靶标奠定基础.     

胃肠道恶性肿瘤中Runx3基因甲基化研究

目的：通过检测胃肠道恶性肿瘤细胞系中Runx3基因启动子区域甲基化状态及Runx3基因表达情况,探讨Runx3基因启动子区域甲基化及表达在胃肠道恶性肿瘤中发生和发展过程中的意义。方法：采用DNA甲基化特异性PCR（MSP）技术分别对9种胃癌细胞系和11种结直肠癌细胞系中Runx3基因启动子区域甲基化进行检测,同时采用逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）检测Runx3mRNA的表达情况。结果：在7种胃癌细胞系和6种结直肠癌细胞系中,Runx3基因启动子区域过度甲基化;RT—PCR结果显示,在20种胃肠道恶性肿瘤细胞系中有15种细胞系Runx3基因未表达。结论：Runx3基因启动子区域甲基化是导致Runx3基因失活的主要原因之一,与胃肠道恶性肿瘤的发生发展密切相关,可作为胃肠道恶性肿瘤早期诊断的分子标记物及分子治疗的靶点。     

p53: a frequent target for genetic abnormalities in lung cancer

Allele loss is a hallmark of chromosome regions harboring recessive oncogenes. Lung cancer frequently demonstrates loss of heterozygosity on 17p. Recent evidence suggests that the p53 gene located on 17p13 has many features of such an antioncogene. The p53 gene was frequently mutated or inactivated in all types of human lung cancer. The genetic abnormalities of p53 include gross changes such as homozygous deletions and abnormally sized messenger RNAs along with a variety of point or small mutations, which map to the p53 open reading frame and change amino acid sequence in a region highly conserved between mouse and man. In addition, very low or absent expression of p53 messenger RNA in lung cancer cell lines compared to normal lung was seen. These findings, coupled with the previous demonstration of 17p allele loss in lung cancer, strongly implicate p53 as an anti-oncogene whose disruption is involved in the pathogenesis of human lung cancer.     

胰腺癌细胞株Runx3基因启动子区CpG岛甲基化的检测

目的 探讨胰腺癌细胞株中Runx3基因启动子区CpG岛的甲基化水平.方法 应用甲基化特异性PCR方法检测Panc -1、BxPC-3、AsPC-1三种胰腺癌细胞株及正常胰腺组织RunX3基因启动子区CpG岛甲基化水平.结果 在Panc-1、BxPC-3、AsPC-1细胞株中Runx3基因启动子区CpG岛的甲基化引物均发...     

Specific chromosome defect associated with human small-cell lung cancer; deletion 3p(14-23)

A specific, acquired chromosomal abnormality (deletion 3p) has been found in at least one chromosome 3 in 100 percent of the metaphases in 12 of 12 cell lines cultured from human small-cell lung cancer tissue and in 2-day tumor culture specimens from three patients. Analysis of the shortest region of overlap shows the deletion to be 3p(14-23). This specific change was not seen in five of five lung cancer cell lines other than small-cell lung cancer or in two lymphoblastoid lines cultured from cells of small-cell lung cancer patients whose tumors had the 3p deletion.     

不同组织学类型肺癌脑转移的MRI表现

目的:探讨不同组织学类型肺癌脑转移的MRI表现.方法:回顾性分析36例行MRI检查、经手术病理证实为肺癌脑转移且已明确肺癌组织学类型的病例.结果:36例中,单发转移10例,多发转移26例;鳞癌19例,腺癌13例,小细胞癌1例,大细胞癌3例;36例107个转移灶中,鳞癌71个,腺癌30个,小细胞癌2个,大细胞癌4个;各种病理类型的肺癌脑转移瘤灶中,鳞癌重度水肿比例最高(57.7%),囊性变最多(45.1%),腺癌转移瘤卒中出现率最高(30.0%).结论不同组织类型的肺癌脑转移有不同的MRI表现.     

非小细胞肺癌中MAGE-3蛋白的Western Blot分析

目的：观察黑素瘤抗原-3(MAGE-3)蛋白在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达。方法：用Western blot方法对3种人肺癌细胞系和56例NSCLC标本及相邻正常肺组织标本MAGE-3蛋白的表达情况进行研究。结果：3种人肺癌细胞系均表达MAGE-3蛋白;56例NSCLC标本中,28你表达MAGE-3蛋白,而相邻正常肺组织均不表达MAGE-3蛋白。结论：MAGE-3蛋白在NSCLC中有较高比率的表达．有望以该抗原作为适宜靶点对NSCLC患者进行免疫治疗。     

p53 mutations in human cancers

Mutations in the evolutionarily conserved codons of the p53 tumor suppressor gene are common in diverse types of human cancer. The p53 mutational spectrum differs among cancers of the colon, lung, esophagus, breast, liver, brain, reticuloendothelial tissues, and hemopoietic tissues. Analysis of these mutations can provide clues to the etiology of these diverse tumors and to the function of specific regions of p53. Transitions predominate in colon, brain, and lymphoid malignancies, whereas G:C to T:A transversions are the most frequent substitutions observed in cancers of the lung and liver. Mutations at A:T base pairs are seen more frequently in esophageal carcinomas than in other solid tumors. Most transitions in colorectal carcinomas, brain tumors, leukemias, and lymphomas are at CpG dinucleotide mutational hot spots. G to T transversions in lung, breast, and esophageal carcinomas are dispersed among numerous codons. In liver tumors in persons from geographic areas in which both aflatoxin B1 and hepatitis B virus are cancer risk factors, most mutations are at one nucleotide pair of codon 249. These differences may reflect the etiological contributions of both exogenous and endogenous factors to human carcinogenesis.     

Gene amplification of c-myc and N-myc in small cell carcinoma of the lung

The relationship of the copy numbers of the c-myc and N-myc oncogenes to tumor formation and progression was studied in small cell carcinoma of the lung. When 96 neoplastic lesions from 45 patients were examined, these lesions could be grouped into three categories: high copy (tumors with greater than 3 copies of the N-myc or c-myc gene per haploid genome), middle copy (1.5 to 3 copies per genome), and normal copy. Fourteen of the patients had middle copy tumors, but this was almost always a result of chromosome duplication rather than the amplification of a small genetic locus. In contrast, five patients had high copy tumors, with the increased copy number in each case due to gene amplification. The amplification did not occur in a heterogeneous fashion within individual patients, since all metastatic lesions from patients with high copy lung tumors were also high copy, while none of 41 metastatic lesions from the other patients were high copy. These data suggest that gene amplification is an important step in neoplastic growth in a subset of patients with small cell carcinoma of the lung and that this genetic event occurs relatively early (before metastasis) in this subset.