广东省猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了解广东地区猪流感病毒(SIV)的流行和变异情况,本研究于2013年10月至2014年1月从广东省4个不同地区采集猪鼻拭子和肺脏病料共203份,对样品处理之后进行鸡胚分离和RT-PCR检测,从中分离得到5株SIV,对其进行病毒纯化、全基因组测序和遗传进化分析。结果表明,5株SIV分离毒株其中3株为H1N1亚型,2株为H1N2。分离毒株HA裂解位点位于PSIQSR↓GL,具有典型的低致病性流感病毒特征。HA基因序列比对结果显示,5株SIV分离毒株与A/Jiangsu/ALS1/2011(H1N1)株同源性最高,核苷酸相似性为97%~99%。遗传进化分析结果显示,5株分离毒株的PB2、PB1、PA和NP基因片段属于PDM/09分支,M基因片段以及外部基因片段HA属于欧亚类禽分支,NS基因片段属于北美三元重组分支,3株H1N1亚型的NA基因属于欧亚类禽分支,2株H1N2亚型的NA基因属于人季节性流感分支。抗原位点分析结果表明,分离毒株的抗原位点基本保守,但YJ28分离株HA1蛋白上发现3个氨基酸突变,分别是L69S、S137P、E222G。本研究通过对广东省不同地区分离到的SIV进行鉴定分析,掌握SIV的变异趋势,为猪流感的防控提供切实有效的理论依据。     

H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究

对2001年中国华南及东北地区的15株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)分离株的血凝素(HA)基因进行了序列测定和分析,并绘制了进化树.研究结果表明,15株H1N1 SIV和HA基因核苷酸全长为1 778bp,共编码566个氨基酸;而且,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在10、11、23、87、287位都存在高度保守的糖基化位点,此外,在276位多了一个"-NTT-"糖基化位点,与参考毒株SW/IW/93/01一致,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.本研究进一步发现,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G,具有非高致病力毒株分子特征;而其受体结合位点在HA蛋白上第226位是Q,第228位是G,可能具有感染禽的潜力.经同源性比较,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/4754/94的同源性相对最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到95.7%～96.1%和96.5%～97.2%.由同源性比较结果和进化树分析可见,15株H1N1亚型SIV的HA基因皆属于古典型H1N1猪谱系.     

1株重组的H5N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

本研究对1株H5N2亚型禽流感病毒(CK/GD02/14)进行全基因测序及遗传进化分析,结果显示,该病毒HA蛋白裂解位点含有多个连续的碱性氨基酸(321PQIEGRRRKR*GLF333),为高致病性禽流感病毒特征。遗传进化分析结果显示,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)各基因片段都有较高的同源性(97.6%~98.9%)。HA基因位于H5N1亚型遗传进化树的7.2分支,NA基因属于H9N2亚型遗传进化树的BJ/1/94-like分支。其内部基因与1株H9N2亚型病毒的内部基因有较高的同源性,但其M基因属于类H5N1病毒分支,表明该H5N2亚型禽流感病毒为H9N2和H5N1亚型禽流感病毒的重组毒株。结果表明,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)为同源毒株,可能由江苏传到广东地区。     

人源H3N2亚型猪流感重组病毒的分离鉴定及全基因序列分析

本研究由疑似猪流感病料样品中分离一株病毒,通过HA、HI、电镜观察、生物学特性测定及全基因序列测定表明,分离病毒株为H3N2亚型人流感病毒和H1N1亚型古典猪流感病毒(SIV)的重组体,命名为A/Swine/Fujian/F2/07(H3N2).该分离株含有8个基因片段,共13 442 bp,与GenBank中登录的H3N2亚型人流感病毒、H1N1亚型古典SIV和H3N2亚型SIV进行比较分析显示:分离株的HA、NS、NA基因与H3N2亚型人流感病毒株的同源性分别为84.7 ％～98.1％、94.4 ％～99.5％和88.6 ％～97.6％;与H3N2亚型SIV的核苷酸同源性分别为87.7％～98.5％、82.5 ％～99.9％和87.6 ％～98.4％;M基因与H3N2亚型人流感病毒和SIV的同源性均在90.1％以下,而与H1N1亚型古典SIV的同源性在97.6％以上.基因型分析表明分离株的PB2、PBI、PA、HA、NP、NA和NS基因片段来源于1975年～1982年的人流感病毒,而M基因来源于H1N1亚型古典SIV,充分证明猪作为流感病毒“混合器”的作用.     

一株H1N1亚型猪流感病毒的遗传演化分析及在雪貂体内复制和飞沫传播能力评估

本实验室于2016年在天津分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Tianjin/312/2016(H1N1)(简称为TJ312株)。为了解该株病毒的生物学特性及遗传演化特征,本研究对经PCR分段扩增该病毒全基因组并测序,采用SeqMan软件拼接成全基因组序列经BLAST比对,得到与该SIV各基因节段序列同源性最高的病毒株,采用mafft分析其各基因节段编码氨基酸序列的分子特征,利用MEGA5.1软件分别构建该病毒8个基因节段的进化树。结果显示,SIV TJ312株各基因节段与2016年分离自天津的H1N1 SIV相应各基因节段的同源性在99%～100%。进化树结果显示该病毒株HA、NA和M基因均来自欧亚类禽H1N1 (EA H1N1) SIV谱系;PB2、PB1、PA和NP基因来自2009/H1N1流感病毒谱系;NS基因来自北美三重配H1N2 SIV谱系。蛋白分子特征分析结果显示,HA蛋白碱性氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓G,符合低致病性流感病毒分子特征;受体结合位点符合人源唾液酸受体(α-2,6唾液酸受体)的分子特性;NA蛋白aa275为H、aa295为N,且该蛋...     

猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。     

野鸭源H6N1亚型禽流感病毒全基因的克隆及序列分析

扩增、克隆H6N1亚型禽流感病毒(AIV) A/ mallard/ Sanjiang/275/2007(M-275)的全基因序列,进行序列分析,并探讨该病毒的进化特点.设计特异性引物,扩增克隆2007年从三江自然保护区野鸭身上分离到的H6N1亚型AIV,测序后进行序列分析.同源性分析发现,M-275与H6亚型和N1亚型AIV同源性最高,说明M-275为H6N1亚型.其裂解位点为PQIETR↓G,无连续碱性氨基酸的插入,说明M-275属于典型的低致病性毒株.通过序列比对,M-275的HA基因与2000年以后北美以及中国地区分离到的H6亚型AIV同源性在97％以上,与HA基因同源性最高的毒株为A/northern pintail/Alaska/44202-143/2006 (H6N1)和A/northern pintail/Alaska/44204-158/2006(H6N4),与NA基因的核苷酸同源性最高的毒株是A/mallard/ON/499/2005(H5N1),推测M-275的NA基因片段来自于该病毒谱系.进化分析结果显示,HA基因与美国、日本、中国等国家和地区流行的N1、H2、N4、N8和N9等亚型毒株处于同一分支;NA基因与美国、日本等国家和地区流行的H2、H5、H6、H11、H3等亚型毒株处于同一分支;PB1基因与美国、日本等国家和地区流行的毒株处于同一分支;而PB2、NP、M以及NS基因则与日本、韩国、香港和中国地区的病毒株处于同一分支;PA同中国地区和澳大利亚、马来西亚、瑞典等国家的毒株处于同一分支.M-275毒株基因组构成来源复杂,NA基因和NP基因分别与野鸭源的H5N1和HIN1等毒株同源性很高,表明H6亚型禽流感病毒也在不断的发生重排,值得深入研究.     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定及小鼠致病性的研究

为了初步了解从江苏某屠宰场分离鉴定出的一株猪源H1N1亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Jiangsu/1070/2019(H1N1)的致病性,对该分离株纯化后进行全基因序列分析,测定其生物学特性,并以10⁶ EID₅₀病毒感染BALB/c小鼠。序列分析结果显示,该病毒HA基因的裂解位点为³³⁹PSIQSR↓G³⁴⁷,符合低致病性SIV的分子特征,与A/Swine/Jiangsu/J006/2018(H1N1)同源性最高达到98.94%,NA基因与A/Swine/Shandong/LY142/2017(H1N1)同源性最高达到98.79%,内部基因PB2、PB1、PA、M、NP和NS分别与2018年出现的不同猪源H1N1亚型具有高同源性,因此该病毒是一株在猪体内重组的病毒;病毒在鸡胚上的半数感染量(EID₅₀)为10^-8.5/0.1 mL,在MDCK细胞上的半数感染量(TCID₅₀)为10^-5.22/0.1...     

免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染及H9N2亚型病毒进化分析

本研究分析了免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染中H9N2亚型分离毒株A/chicken/Yuyao/01/2010(H9N2)的基因组特征。氨基酸序列分析显示,HA蛋白裂解位点为PSRSSR/GL,具有低致病性禽流感病毒特征,HA受体结合位点出现了人流感病毒结合位点226L,D基因出现了S31N的突变。遗传分析表明,A/chicken/Yuyao/01/2010病毒的HA基因、NA基因和NS基因在进化上属于CK/BJ/94-Like谱系,D基因和PB2基因属于G1-Like谱系,NP基因、PA基因和PB1基因属于Ck/SH/F/98-Like谱系。结果表明,从H5N1和H9N2亚型混合感染鸡体内分离的H9N2亚型禽流感病毒是一株来源于CK/BJ/94-Like谱系、G1-Like谱系和Ck/SH/F/98-Like谱系的重组病毒。     

1株天鹅源H3N2亚型禽流感病毒的全基因序列分析

为了调查动物园动物禽流感病毒的携带情况，从扬州市动物园采集了106份野禽类新鲜粪便棉拭子样品，进行SPF鸡胚接种、HA/AI试验鉴定、空斑纯化以及HA、NA、PB1、PB2、PA、NP、M、NS共8个片段扩增及测序分析。结果表明，分离到1株H3N2亚型禽流感病毒，分离率为0.94%,命名为A/Swan/Yangzhou/YZS1084/2019(H3N2)。HA基因裂解位点只有1个碱性氨基酸，符合低致病性禽流感的特征；携带242Q和244G的HA受体结合位点具有优先结合唾液酸α-2,3受体的能力，具有典型禽源特征。在扬州首次分离到的该病毒的8个基因片段均属于欧亚分支，与猪源和人源的毒株差异较大；8个基因片段来源均不相同，具有明显的遗传多样性。     

一株H1N1亚型猪流感病毒全基因克隆及遗传特性分析

为快速获知流感病毒的全基因组序列,及时得知其遗传演化特性。设计11对通用条形码引物,采用RT-PCR法扩增A\swine\Shandong\01\2009(H1N1)株的8个基因节段,进行克隆测序和遗传进化分析。核酸序列测定结果显示,全基因组序列完整无缺失,但是基因组内2个位点突变导致PB1-F2、NS-1蛋白表达不完整,HA切割位点处氨基酸序列PSIQSR/GLF,无多个连续的碱性氨基酸,符合非致病性切割位点的特征。从绘制的各个片段进化树分析,此毒株与11株近5年在人和猪中流行的H1N1相似度高,HA的同源性达98.1%~99.7%,NA同源性98.6%~99.8%,与2009年暴发的A型H1N1流行株A/California/07/2009(H1N1)8个片段进行比对,核酸同源性高达99.1%~99.6%。     

H1N1亚型猪流感病毒血凝素基因的克隆与表达

应用RT-PCR方法扩增了1株H1N1亚型猪流感病毒的血凝素基因,并克隆到pMD 18-T Simple载体中,经PCR、酶切和测序验证克隆正确后,亚克隆到真核表达载体pcDNA3.1( )中,构建了重组质粒pcDNA-HA。在脂质体作用下重组质粒pcDNA-HA转染Vero细胞。间接免疫荧光试验结果表明,血凝素基因在Vero细胞中成功进行了瞬时表达,这为猪流感病毒DNA疫苗的进一步研究奠定了基础。     

表达H1N1、H3N2猪流感病毒HA基因重组质粒在小鼠的免疫效力

应用已构建的真核表达质粒pCI-H1-HA、pCAGGS-H1-HA、pCI-H3-HA和pCAGGS-H3-HA作为DNA疫苗，利用BALB／c小鼠进行免疫保护试验，通过测定不同免疫期HI抗体滴度、分析攻毒后BALB／c小鼠体重变化及肺脏病毒含量，评价DNA疫苗的免疫效力。结果表明：构建的DNA疫苗均可诱导小鼠产生免疫力；BALB／c小鼠体重变化统计学分析显示，免疫组与对照组差异极显著（P〈0．01），pCAGGS表达载体构建的DNA疫苗免疫效果优于pCI表达载体构建的DNA疫苗（P〈0．05）。     

Expression of myeloperoxidase in swine influenza virus (SIV)-infected neutrophils in lungs from pigs experimentally infected with SIV subtype H1N2

The expression of myeloperoxidase (MPO) was examined in the swine influenza virus (SIV)-infected neutrophils in the lungs of pigs experimentally infected with swine influenza virus (SIV) subtype H1N2 by immunohistochemistry. Five pigs each from the infected and non-infected group were euthanized 1, 3, 5, 7, and 10?days post-inoculation (dpi). Immunohistochemical reactivity was mainly seen in neutrophils. The score for pulmonary histopathological lesions correlated with the score for MPO immunohistochemical reactivity (r ( s )?=?0.962, P?相似文献   

Reassortant H1N1 influenza virus vaccines protect pigs against pandemic H1N1 influenza virus and H1N2 swine influenza virus challenge

Influenza A (H1N1) virus has caused human influenza outbreaks in a worldwide pandemic since April 2009. Pigs have been found to be susceptible to this influenza virus under experimental and natural conditions, raising concern about their potential role in the pandemic spread of the virus. In this study, we generated a high-growth reassortant virus (SC/PR8) that contains the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes from a novel H1N1 isolate, A/Sichuan/1/2009 (SC/09), and six internal genes from A/Puerto Rico/8/34 (PR8) virus, by genetic reassortment. The immunogenicity and protective efficacy of this reassortant virus were evaluated at different doses in a challenge model using a homologous SC/09 or heterologous A/Swine/Guangdong/1/06(H1N2) virus (GD/06). Two doses of SC/PR8 virus vaccine elicited high-titer serum hemagglutination inhibiting (HI) antibodies specific for the 2009 H1N1 virus and conferred complete protection against challenge with either SC/09 or GD/06 virus, with reduced lung lesions and viral shedding in vaccine-inoculated animals compared with non-vaccinated control animals. These results indicated for the first time that a high-growth SC/PR8 reassortant H1N1 virus exhibits properties that are desirable to be a promising vaccine candidate for use in swine in the event of a pandemic H1N1 influenza.     

The antibody responses to swine influenza virus (SIV) recombinant matrix 1 (rM1), matrix 2 (M2), and hemagglutinin (HA) proteins in pigs with different SIV exposure

The influenza invariant matrix 2 (M2) protein is a potential subunit vaccine candidate to induce protective immunity against broader strains of influenza A viruses (IAV). Antibodies to M2 protein have not been well characterized in IAV natural hosts. To characterize M2-specific antibodies in pigs, an ELISA to the extracellular region of the M2 (M2e) protein was developed. Sera from pigs experimentally infected with three different swine influenza virus (SIV) subtypes, immunized with an SIV inactivated vaccine, or positive for SIV maternally derived antibodies (MDA) in the absence of SIV infection were tested in assay. Confirmation of antibody titer status of pigs, was determined using a hemagglutination-inhibition (HI) test and the presence of antibodies to matrix 1 (M1) protein was measured by a recombinant M1 (rM1)-based ELISA. The antibody titers to the HA and M2e proteins but not to the rM1 were directly correlated to the dose of virus used to infect the pigs and the level of antibodies detected by the HI assay varied according to SIV subtype. Pigs experimentally infected with SIV produced low levels of M2e antibodies compared to antibodies detected by the HI and rM1 assays. Vaccination alone followed by infection did not increase the levels of M2e antibodies in contrast to HA and rM1 antibodies. Pigs with MDA had different levels of HA antibodies and were positive to M2e antibodies, but results were not correlated to HA antibodies levels and inconsistently present.     

欧亚类禽H1N1与古典H1N1亚型猪流感病毒NA基因遗传进化分析

本研究对2011年分离自吉林省猪群的3株流感病毒进行了遗传进化分析。结果表明欧亚类禽H1N1猪流感病毒和古典H1N1猪流感病毒在吉林省猪群中共同流行,因此加强猪流感流行病学调查具有重要意义。     

猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法的建立

对我国分离到的猪流感病毒和GenBank数据库中已有的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型毒株的HA、NA基因核苷酸序列进行分析,分别选出各个病毒亚型HA和NA基因中高度保守且特异的核苷酸区域,设计扩增猪流感病毒H1和H3、N1和N2亚型的2套多重PCR特异性引物,建立了猪流感H1N1、H1N2和H3N2亚型病毒多重RT-PCR诊断方法。采用该方法对H1N1、H1N2、H3N2亚型猪流感病毒标准参考株进行RT-PCR检测,结果均呈阳性,对扩增得到的片段进行序列测定和BLAST比较,表明为目的基因片段。其它几种常见猪病病毒和其它亚型猪流感病毒的RT-PCR扩增结果都呈阴性。对107EID50/0.1mL病毒进行稀释,提取RNA进行敏感性试验,RT-PCR最少可检测到102EID50的病毒量核酸。对40份阳性临床样品的检测结果是H1N1、H1N2和H3N2亚型分别为16份、1份和20份,其它3份样品同时含有H1N1和H3N2亚型猪流感病毒,和鸡胚分离病毒结果100%一致。试验证明建立的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法是一种特异敏感的诊断方法,可用于临床样品的早期快速诊断和分型。     

欧亚类禽H1N1与古典H1N1亚型猪流感病毒NA基因遗传进化分析

本研究对2011年分离自吉林省猪群的3株流感病毒进行了遗传进化分析。结果表明欧亚类禽H1N1猪流感病毒和古典H1N1猪流感病毒在吉林省猪群中共同流行,因此加强猪流感流行病学调查具有重要意义。