单细胞转录组测序在家畜生产中的应用

常规转录组学研究大多是在器官或组织水平上进行转录组测序,忽略了细胞间基因表达的异质性,而单细胞转录组测序(single cell RNA-seq,scRNA-seq)技术可从动物组织分离出的单个细胞的微量全转录组RNA扩增后进行高通量测序,从而在单细胞水平上揭示基因与表现型的关系.现概述scRNA-seq的关键技术要点...     

转录组测序及其在猪上的研究进展

转录组学是研究基因结构和功能的重要研究方法,其中RNA-seq测序技术的快速发展使得转录组学日益成为分子生物学和功能基因组学的重要组成成员。转录组测序技术是转录组学研究的重要基础,该技术关系着能否高效、准确地识别转录组信息,因而关乎着转录组分析的可行性。基因转录组测序技术的转录组学分析已经在猪、牛等畜种上有所运用,丰富了畜牧学的研究。文章主要对转录组测序的相关概念以及其在猪上的运用进行综述。     

转录组学技术及其在水貂上的研究进展

近年来,转录组学技术和其在水貂上的研究已经受到了越来越多研究者的关注。在转录组学技术中,主要包含两大技术:杂交技术与测序技术,这两类技术都广泛运用到各种生物体中,其中包括鱼、羊、水貂等。转录组学技术在鱼上的研究广泛且透彻,但在水貂上的研究并不多。文中在已有文献研究的基础上,基于各种动物对转录组学技术的研究进展进行了综述。     

RNA-seq在家禽中的应用研究进展

RNA测序(RNA-seq)作为新一代的测序技术,为全转录组的分析研究提供了强大的技术支持。最近几年,转录组学技术已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等方面,RNA-Seq作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。同样,在对家禽的研究中,RNA-seq的应用也达到了前所未有的热度。文章综述了近年来家禽在生长发育、繁殖性状、家禽遗传多样性及适应性研究及家禽疾病相关基因筛选方面的转录组学研究进展,在综述已有成果的基础上,分析了转录组学技术自身存在的局限性和现阶段转录组学在家禽研究中面临的问题与挑战,并对未来家禽转录组学研究趋势进行了展望。     

非编码RNA及其在畜禽中的应用研究进展

在真核生物基因组转录过程中，除了一些蛋白质编码RNA以外，还有一些不同类型的非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）也参与了复杂生命活动过程的调节。近年来，全转录组测序技术的出现和生物信息学的快速发展极大地促进了人们对ncRNA的研究，ncRNA在生物领域的多个方面具有重要作用，如在人类肿瘤、非肿瘤等方面的疾病治疗，在动物胚胎发育、肌肉生长、脂肪沉积、免疫应答及皮肤毛囊调控等领域都有了很大的进展。作者主要综述了全转录组测序技术、ncRNA分类、主要作用机制和ncRNA在畜禽中的应用，为探究ncRNA在动物中的调控机制提供理论依据。     

单细胞转录组测序技术在动物肠道中的应用研究进展

高通量测序技术的发展是实现单细胞转录组测序的基石。高通量测序技术基于单细胞分辨率完成组织细胞分型、分析基因表达模式、揭示基因调控关系。文章介绍了3种单细胞转录组测序技术（10×Gnomics、Smart-seq2、Drop-Seq）的原理，阐明了微生物屏障、化学屏障、物理屏障和免疫屏障的组成和功能。通过单细胞转录组测序技术揭示动物肠道免疫的细胞异质性研究，以期为肠道健康的深入研究提供参考。     

转录组测序技术在生物学研究中的现状及展望

高通量测序技术在当前生物学研究中占据了越来越重要的地位,而转录组学的研究更是占据了很大区域。本文针对Illumnina测序对转录组测序的应用前景、发展概况以及存在的问题进行综述,并对Pacbio测序原理进行剖析,对Nanopore公司开发的MinlON四代测序进行展望,阐述整个转录组测序技术的发展。     

基于转录组测序生物信息学分析的研究进展

随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获得海量基因数据,但是数据的深入探索还需要进一步研究,而这些深入的挖掘,需要生物信息学分析手段,从而建立了多组学,通过对其进行不断完善,使得现代生物科学形成了一个完整的系统。这使得生物基因学的研究可以成为一个逐层的分析,将通过整合分析出的信息数据来描述生命活动。因此,功能基因组的研究已经成为了动植物基因组研究的重要方向,特别是对转录组的研究尤为重要。作者通过对转录组学的时代背景、转录组研究的复杂性、DNA测序技术的发展史以及转录组学研究方法进行归纳,简述了转录组学的发展历程,并对转录组研究内容做了一个简单系统的介绍,为更加深入地了解转录组测序奠定了基础。     

基于转录组测序生物信息学分析的研究进展

随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获得海量基因数据,但是数据的深入探索还需要进一步研究,而这些深入的挖掘,需要生物信息学分析手段,从而建立了多组学,通过对其进行不断完善,使得现代生物科学形成了一个完整的系统。这使得生物基因学的研究可以成为一个逐层的分析,将通过整合分析出的信息数据来描述生命活动。因此,功能基因组的研究已经成为了动植物基因组研究的重要方向,特别是对转录组的研究尤为重要。作者通过对转录组学的时代背景、转录组研究的复杂性、DNA测序技术的发展史以及转录组学研究方法进行归纳,简述了转录组学的发展历程,并对转录组研究内容做了一个简单系统的介绍,为更加深入地了解转录组测序奠定了基础。     

基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘

鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。     

非编码RNA及其在畜禽中的应用研究进展

在真核生物基因组转录过程中,除了一些蛋白质编码RNA以外,还有一些不同类型的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)也参与了复杂生命活动过程的调节。近年来,全转录组测序技术的出现和生物信息学的快速发展极大地促进了人们对ncRNA的研究,ncRNA在生物领域的多个方面具有重要作用,如在人类肿瘤、非肿瘤等方面的疾病治疗,在动物胚胎发育、肌肉生长、脂肪沉积、免疫应答及皮肤毛囊调控等领域都有了很大的进展。作者主要综述了全转录组测序技术、ncRNA分类、主要作用机制和ncRNA在畜禽中的应用,为探究ncRNA在动物中的调控机制提供理论依据。     

单细胞转录组测序技术及其在动物繁殖中的应用进展

动物繁殖在动物种群发展和生命进化的过程中起到群落延续、物种演化、进化变异等至关重要的作用。繁殖是各种生殖细胞的动态变化和互作效应的结果,对生殖细胞动态变化机制进行解析是了解动物繁殖过程的基础。单细胞转录组测序技术在群体细胞中以单细胞维度深入解读信息,逐步成为解读细胞类群异质性、关键基因筛选、相关通路表达、细胞互作等具有复杂性、多样性、动态性的生物学问题的首要选择。目前,单细胞转录组测序技术已经开始从动物生殖细胞的角度对动物繁殖的相关机制进行更深入的探究,以此进一步研究动物繁殖的相关过程。因此,本文主要对单细胞转录组测序技术的相关内容以及其在动物繁殖中的相关应用进行总结。     

家养动物转录组学研究进展

家养动物是人类肉、蛋、奶产品的主要来源,与人们的生活息息相关,一直以来都是生命科学领域研究的重点。近年来,随着研究的不断深入以及技术的不断发展与改进,对家养动物的研究也进入后基因组研究时代,而RNA是这一研究领域的重要内容,对RNA的研究则主要通过RNA-Seq技术来进行。本文通过对转录组学及其研究方法进行概述;并且对RNA-Seq技术的主要原理、用途、测序平台以及数据分析等方面进行了系统地介绍;重点阐述了转录组学在牛、羊、猪、鸡等家养动物中的研究现状及进展,并对其存在的问题以及未来发展趋势做了进一步的讨论。     

转录组测序技术及其在能源草基因挖掘和品种选育中的应用前景分析

转录组测序是利用高通量测序平台对物种的转录组水平进行深度测序的一项技术,为真核生物转录组研究开创了新的思维模式,目前主要应用于医学、农学及生物学等相关领域。本综述对转录组测序技术、植物转录组测序研究进展以及当前主要能源潜力植物的转录组测序研究进行了综述,并对我国能源草产业发展面临的问题进行了分析,对转录组测序在能源草基因资源挖掘和新品种培育产生的影响进行了展望。     

转录组测序在林草植物抗逆性研究中的应用

生物和非生物胁迫对农作物产量和生态环境造成极大的威胁,林草植物对外界环境具有较强的适应能力,因此挖掘林草植物抗逆基因,分析其抗逆机制已经成为当下的研究趋势。随着科学技术的发展,利用生物测序技术研究植物抗逆的分子机制已成为当今植物逆境生理和分子生物学研究的一个重大课题,其中转录组测序(RNA-seq)研究是揭示植物抗逆机理以及筛选抗逆基因的主要研究技术。以Roche/454、Illumina/Solexa和ABI/SOLID为代表的二代测序技术(NGS)发展迅速,相较于传统测序手段具有成本低、测序时间短、高通量等优点,已被广泛应用于全基因组、RNA-seq和miRNA测序等研究。因此,RNA-seq技术可加快林草植物抗逆机制的研究和抗逆基因资源的挖掘,从而为农作物、优良林草植物抗逆性遗传改良和新品种培育奠定基础。本研究详细介绍了近年来NGS技术在林草植物应对病虫害、高温、冷害、盐、干旱以及土地贫瘠等方面的转录组学的研究进展,最后针对转录组测序的发展趋势和应用前景进行了展望。     

微生物菌群培养组学在动物医学中的应用

实验室条件下可培养的微生物约占自然界中微生物总数的1%，这限制了人们对99%未知微生物的认识和利用，而研究表明，那些“不可培养的微生物”是可以被开发和利用的，未能被纯培养的微生物才是未知微生物的主体。微生物培养组学探索利用多种培养条件和长时间的培养，结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI-TOF-MS）和16S核糖体RNA（rRNA）测序可以大规模鉴定各种微生物，同时利用全基因组测序和宏基因组测序手段对未知微生物进行深入分析。本文综述了国内外近年来微生物菌群培养组学在反刍动物胃肠道、禽类盲肠及家畜鼻腔微生物菌群研究中的最新进展，探讨将动物体内菌群培养组学方法应用于动物疾病防治领域的可行性。作为一个新兴的研究方法，尽管该培养组学还存在一些不够成熟的方面，但它的发展前景十分广阔，微生物菌群培养组学方法和其他研究方法的互补已经逐渐成为发展兽医微生物学新的突破口。     

营养组学研究体系及其在家养动物上的应用

家养动物的营养代谢与其生长性能、产品品质和排泄物的数量及成分密切相关。营养组学整合了基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和微生物组学的研究方法,在家养动物营养代谢研究中具有传统营养研究方法无法比拟的优点。应用营养组学研究体系改善家养动物的生长性能和产品品质,有利于家养动物养殖业健康持续发展。本文就营养组学研究体系及其在家养动物的应用作一阐述。     

转录组测序及其在牧草基因资源发掘中的应用前景

本研究概述了基于新一代高通量测序技术转录组测序的基本原理、实验流程、数据分析和目前的应用现状,并结合抗旱牧草转录组测序研究思路,展望了转录组测序可能对牧草种质资源基因发掘及其在牧草作物种质创新与品种设计育种中产生的影响。     

转录组学在骆驼科动物中的应用研究进展

骆驼生活在恶劣的自然环境中,拥有特殊的生物学特性。目前,骆驼的转录组(RNA-seq)水平研究较少。文章对骆驼科动物的转录组学研究方面进行了综述,揭示了骆驼在渗透调节和水分保留中涉及水重吸收和葡萄糖功能的基因网络,以及其在耐盐性、水代谢、抗癌性、被皮毛色等方面的一些机制,分析了现阶段转录组学在骆驼科动物研究中面临的问题与挑战,并对未来骆驼科动物转录组学研究趋势进行了展望,为骆驼科动物独特生物学特点的生理机制研究提供参考。     

转录组测序及其在反刍动物中的应用研究进展

近年来，随着下一代测序技术的快速发展和成本降低，转录组测序（RNA-seq）已经成为一种全面而准确的基因表达模式分析工具。反刍动物，尤其是牛羊等具备较高的经济价值，因此，研究反刍动物的转录组测序具有重要意义。本文介绍了RNA-seq技术及其在反刍动物应用中的最新研究进展，为反刍动物基因组学研究提供参考依据。