鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联

【目的】全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1（JAK1）、 zinc finger DHHC-type containing 8（ZDHHC8）、vav 3 guanine nucleotide exchange factor（VAV3）、SATB homeobox 1（SATB1）等候选基因;84个与这两个性状潜在关联同时达到5%染色体水平显著的位点。【结论】利用GWAS分析策略筛选和鉴定的重要突变位点及候选基因,将为揭示鸡免疫器官发育的分子调控机制和抗病育种分子标记辅助选择提供必要的分子基础。     

江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体) 1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。     

蛋鸡资源群体的盲肠长度全基因组关联分析

【目的】盲肠是鸡进一步消化和吸收养分,尤其是纤维的器官,对鸡的生长及后期产蛋都具有重要作用,因此鸡的盲肠长度是一个重要的生理指标.【方法】通过对白来航鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交所得F2代个体的盲肠长度进行测量,并运用单核苷酸多态性(SNP)芯片检测其基因分型,根据SNP检测数据运用SAS进行遗传评估,并用全基因组混合模型关联算法(GEMMA)进行单变量全基因组关联分析(GWAS).【结果】结果显示,盲肠长度表现出中等遗传力(0.39).GWAS鉴定出54个SNP与盲肠的长度显著相关,且1号染色体170 Mb附近对于盲肠长度来说是一个重要区域.在这个区域,覆盖26个SNP位点的18个基因被定为候选基因,其中2个分别在编码序列(CDS)和3'非翻译区(3'UTR),对应于NHLRC3和SIAH3,它们可能是影响盲肠长度的重要SNP位点和基因.【结论】利用GWAS筛选并鉴定出和鸡盲肠长度相关联的SNP位点及基因,将为揭示蛋鸡盲肠发育的机制和分子育种提供基础.     

SNP标记位点与罗氏沼虾生长性状的相关分析

【目的】明确SNP标记位点与罗氏沼虾生长性状间的关联性,为罗氏沼虾生长性状候选基因的寻找、生长性状调控机理及后期分子标记辅助育种研究打下基础。【方法】采用直接测序技术对25个SNP标记位点在罗氏沼虾生长性状极端群体中进行多态性检测。采用卡方检验（χ2）筛选出2个极端（体长极大和极小）罗氏沼虾群体中与生长状况存在潜在相关性的SNP标记位点,进一步对罗氏沼虾浙江群体60个个体进行SNP基因型与生长性状（体长、头胸甲宽、第一腹节宽、第一腹节高和体重）的关联分析。运用一般线性模型对SNP标记位点与罗氏沼虾5个生长性状的关联性进行检测。【结果】卡方检验结果显示,SNP6、SNP7、SNP16、SNP20和SNP24等5个标记位点在罗氏沼虾极端群体中与生长性状存在潜在相关。5个潜在相关SNP标记位点与生长性状的相关性分析结果表明,SNP6、SNP7、SNP16和SNP24等4个位点与生长性状呈显著（P<0.05,下同）或极显著（P<0.01,下同）相关,其中位点SNP6与体长和体重关联极显著,与头胸甲宽关联显著;SNP7与体长、头胸甲宽、第一腹节宽和体重关联极显著,与第一腹节高关联显著;SNP16与头胸甲宽、第一腹节宽、第一腹节高和体重关联极显著,与体长关联显著;SNP24仅与第一腹节高关联显著。对浙江群体中60尾个体体长50%小个体和体长50%大个体2个群体中4个SNP位点的基因型频率进行统计,结果显示,SNP6和SNP24 2个标记与生长的关联性显著,SNP7和SNP16与生长的关联性极显著。【结论】HSP90和HGS基因可能是与罗氏沼虾生长相关的重要功能基因,研究结果为下一步基因定位及分子标记辅助育种提供了更多的标记基础。     

宁都黄鸡 GH 基因 SNP 与鸡冠性状的关联分析

【目的】研究宁都黄鸡 GH 基因（Growth hormone，GH）5''- 侧翼和内含子 1 区域单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP）与鸡冠性状的关联性，以期筛选地方鸡种鸡冠性状的早期选育分子标记。【方法】以 499 只宁都黄鸡公鸡为研究对象，测定 7 个不同周龄的冠高、冠长、冠厚、肉垂长、肉垂厚以及冠齿数指标，利用 SAS（Statistical analysis system）分析 GH 基因部分序列 SNP 与鸡冠性状的关联性。【结果】 有 13 个 SNP 与 冠 高 性 状 指 标 显 著 关 联（P < 0.05）， 即 C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T，其中 A1270769G 与 7 个周龄冠高指标均显著关联；G1272611A 与 5 个周龄冠高指标显著关联；有 10 个 SNP 与冠长性状显著关联（P < 0.05），即 C1272225T、G1272611A、C1271211T、C1270902T、A1270769G、G1270640C、T1270578C、G1270503C、T1270451C、C1270032T，其中 C1271211T 与 6 个周龄冠长指标显著关联，G1272611A 与 5 个周龄冠长指标显著关联。G1272611A 位点与 5 个连续周龄冠长或冠高性状指标均显著关联，该位点在该群体中对应 GG 和 GA 2 种基因型，GG 基因型个体的 5 个连续周龄冠高或冠长均显著高于 GA 基因型个体。【结论】G1272611A 位点可作为宁都黄鸡冠高和冠长性状选育重要候选分子标记。     

林麝FSHβ、LHβ基因多态位点与产香性能关联分析

【目的】为加快高产香林麝群体的选育,本文通过分析FSHβ和LHβ基因多态性位点与产香性能的关联性,以期从遗传水平上寻找林麝产香性能标记位点。【方法】研究利用新一代测序技术,采用DNA混池测序方法对100个林麝血液样本进行SNP扫描,重点关注2个候选基因的基因区或上下游2 kb区域;运用质谱分析,对74只林麝的20个候选SNP位点进行定位分析;再结合生产实际,利用产香数据与这些SNP位点进行关联分析。【结果】位于FSHβ的2个SNP和LHβ的1个SNP位点与林麝泌香性能高度相关(P0.05);这3个SNP均位于基因的非编码区,提示这些突变位点可能与顺式调控作用有关。【结论】3个突变位点的发现可作为分子标记运用于林麝的人工选育,并为高产香林麝群体培育选种提供辅助依据。     

油菜耐盐相关性状的全基因组关联分析及其候选基因预测

【目的】通过对甘蓝型油菜耐盐相关性状进行全基因组关联分析,寻找可能与油菜耐盐性相关的SNP位点,发掘与油菜耐盐性有关的候选基因。【方法】以1.2%NaCl溶液作为培养液,去离子水为对照,对307个不同品系的甘蓝型油菜进行发芽试验。播种后7 d测定幼苗根长、鲜重及发芽率,计算盐胁迫下各性状相对值,并作为评价耐盐的指标。结合油菜60K SNP芯片,利用SPAGeDi v1.4软件对该群体307份甘蓝型油菜进行亲缘关系分析,并计算亲缘关系值的矩阵。利用软件STRUCTURE v2.3.4对关联群体进行了群体结构分析。为有效排除假关联的影响,将群体结构和材料间的亲缘关系考虑进关联分析中,同时进行了PCA+K模型、Q+K模型以及K模型3种混合线性模型分析和比较,根据所有SNP的–lg(P)观察值和期望值,确定每个性状GWAS分析的最优模型。采用TASSEL 5.0软件,在最优模型下对307份材料耐盐各性状的相对值分别与SNP标记进行全基因组关联分析。利用油菜基因组数据库,在显著SNP位点侧翼序列200 kb范围内提取基因。根据拟南芥中已经明确功能的耐盐相关基因,筛选出目标基因组区段内与耐盐相关的油菜同源基因。【结果】全基因组关联分析共检测到164个与根长显著关联的SNP位点,23个与鲜重显著关联的SNP位点,38个与发芽率显著关联的SNP位点。其中与根长、鲜重、发芽率最显著关联的SNP位点分别位于染色体A08、A02和A06,贡献率分别为23.84%、18.59%和31.81%。在这些显著SNP位点侧翼序列200 kb范围内发掘出可能与油菜耐盐性有关的50个候选基因。这些候选基因主要包括转录因子MYB、WRKY、ABI1、b ZIP、ERF1、CZF1、XERICO等以及一些下游受转录因子调控的不同功能基因NHX1、PTR3、CAT1、HKT、CAX1、ACER、STH、STO等。在根长和发芽率2个不同耐盐性状的分析结果中均筛选出位于A03染色体上的耐盐基因BnaA03g14410D。另外,这些耐盐候选基因中包含两组串联重复基因,分别是位于A03染色体上的BnaA03g18900D和BnaA03g18910D,位于C09染色体上的BnaC09g19080D、BnaC09g19090D和BnaC09g19100D。除此之外,耐盐候选基因中还包含2个距离非常近(中间只间隔2个基因)的重复基因BnaC02g39600D和BnaC02g39630D。【结论】共检测到225个与耐盐性状显著关联的SNP位点,筛选出50个可能与油菜耐盐性有关的候选基因。     

甘蓝型油菜角果长度全基因组关联分析

【目的】挖掘与油菜角果长度性状显著相关的SNP位点及候选基因,为揭示油菜角果长度性状的遗传基础和分子机制提供理论依据,为油菜产量分子标记辅助选择育种奠定基础。【方法】在江西农业大学试验地和江西省红壤研究所试验地2个环境下考察300份甘蓝型油菜自交系的角果长度性状,利用简化基因组测序技术(specific locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对300份甘蓝型油菜自交系基因组DNA进行测序并分析,利用获得的均匀分布于甘蓝型油菜基因组上的201 817个群体SNP(single nucleotide polymorphism,SNP)对角果长度性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),探测与油菜角果长度显著相关的SNP位点,并基于群体连锁不平衡分析结果搜寻显著SNP位点两侧100 kb范围内的基因,通过BLAST获得关联区域内基因的注释信息,根据注释信息找出与性状相关的候选基因。【结果】农大试验地角果长度表型变异幅度为46.35—107.07 mm;红壤所试验地角果长度表型变异幅度为39.41—101.35 mm,两性状在2个环境下均表现出广泛表型变异。通过一般线性模型(general linear model,GLM)关联分析,农大环境下共检测到121个角果长度显著关联的SNP位点,分布在A04、A06、A08、A09、C02、C03、C06和C09等8条染色体上,其中,A09染色体上分布最多(83个SNP),红壤所环境下检测到22个角果长度显著关联的SNP位点,其中,1个在C09染色体上,其余21个均分布于A09染色体,在两地探测到20个一致性SNP位点;通过混合线性模型(mixed linear model,MLM)分析,农大环境下共检测到5个角果长度显著关联的SNP位点,其中,3个SNP位点与红壤所环境下检测到3个SNP位点一致,所有位点均位于A09染色体上。对MLM关联分析得到的显著SNP位点两侧100 kb区域内基因进行搜寻并进行功能注释,发现多个候选基因参与调节碳水化合物的运输与合成、花器官和种子的发育、信号转导等,它们可能通过上述功能影响油菜角果的生长,导致角果长度的差异。【结论】通过GLM和MLM两种分析方法探测到多个与油菜角果长度性状显著关联的基因位点,并在显著性位点附近搜寻到相关候选基因。     

小麦苗期生物量及氮效率相关性状的全基因组关联分析

【目的】探究不同氮素供应环境下与小麦苗期生物量及氮效率相关性状显著关联的SNP位点,预测相关候选基因,为小麦氮效率的基因克隆及其在育种中的应用提供参考。【方法】以134个小麦品种（系）组成的群体为供试群体,设置低氮、正常氮和高氮3个处理,各处理重复4次,并在2年（2013和2014年）进行了2次完全重复的营养液培养试验。试验对小麦苗期生物量及氮效率相关的14个性状进行了表型鉴定,采用MLM+K+Q混合线性模型,利用90K SNP芯片对小麦生物量及氮效率相关性状进行全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）,获得显著关联的SNP位点。【结果】与正常氮处理相比,低氮处理条件下,根系、地上部及植株氮含量和氮积累量均显著下降,而根生物量和根、植株氮效率均显著增加,高氮处理下,几乎所有鉴定性状均显著增加;14个性状的广义遗传力均在40%以上,其中,植株总干重的遗传力最高（95.73%）。利用9 329个SNP标记进行关联分析,共检测到838个SNP标记位点与供试材料的14个性状存在显著关联（P≤0.001）,分布在21条染色体上。有435个（51.91%）SNP标记位点仅在一个关联分析环境中被检测到;有403个位点至少在2个处理环境（包含均值环境）中被检测到与同一性状显著关联（稳定关联标记）。其中8个SNP标记位点至少在3个环境中被检测到。在4个环境下（包括均值环境）均检测到的稳定关联位点有2个：Kukri_c65481_121和tplb0025f09_1052,分别与植株总氮利用效率（total nitrogen use efficiency of plant,TNUE）和根系总氮利用效率（root nitrogen use efficiency,RNUE）显著关联;同时与至少6个性状（生物量及养分效率相关性状）显著关联的SNP标记位点共5个,分别位于1A、1B（3）和2A染色体上;根据小麦基因组注释及LD衰减水平,在同时定位了6个性状的5个SNP位点和2个多环境（4个环境）稳定关联的SNP位点的214 kb的基因组区域中共筛选候选基因84个,根据已知克隆氮效率基因的编码蛋白类型、候选基因功能注释信息及利用植物比较基因组学资源库蛋白序列同源比对分析,筛选到3个候选基因与生物量及氮效率相关。【结论】不同氮素处理显著影响小麦苗期生物量、氮效率相关性状及其相关QTL的表达,大多数SNP位点仅在1个氮素检测环境中被检测到,但也存在环境稳定性较强的位点。生物量及氮效率相关性状之间存在显著相关关系,并在一定程度上受到相同的QTL/基因控制。     

甘蓝型油菜polCMS育性恢复位点的全基因组关联分析

【目的】甘蓝型油菜波里马细胞质雄性不育(pol CMS)在中国已被广泛应用于杂交种育种,其育性恢复程度表现出受1对主效基因的控制,并受微效修饰基因的影响。通过全基因组关联分析方法挖掘育性恢复位点,并对候选基因进行比较分析。【方法】通过芸薹属60K SNP芯片对308份甘蓝型油菜自然群体进行基因型分型,并用pol CMS系301A作母本,与上述材料分别进行杂交得到308份F1,每份F-_1分别于2013年和2014年进行种植,每年2次重复,于始花期根据花粉育性和花蕊发育情况调查F1植株的育性等级,同时对测交父本自然群体进行群体结构分析和亲缘关系评估,并结合测交父本的基因型分型结果和F_1的育性等级进行全基因组关联分析(GWAS)。从GWAS分析中显著的SNP左右100 kb区间或与显著SNP处于同一单体型块(R~20.5)的区间内预测候选基因,并对候选基因进行QTL比较分析和单体型或等位基因的效应分析。【结果】方差分析结果显示,两年F_1的育性等级存在显著差异(P0.01),但相关分析发现,两年的育性等级存在显著的正相关(r=0.52,P0.001)。群体结构分析显示,所有测交父本被分为3个亚群(冬性、春性和半冬性),亲缘关系分析发现,任何2个材料之间平均亲缘关系值为0.072,73%的任意材料间亲缘关系值小于0.1,其中,约53%的材料亲缘关系值为0。GWAS分析共检测到13个与育性恢复程度显著关联的SNP,构成了6个候选区间,分别位于A01、A09、C03、C06和C08 5条染色体上,单个SNP解释的表型变异介于2.53%—9.96%。从中共预测到6个与育性恢复位点相关的候选基因,其中4个编码的蛋白含有恢复基因特有的PPR保守基序。共线性分析发现,4个候选基因中的2个(Bna A09g46700D和Bna C08g40710D)位于A09和C08染色体部分同源区间,且与已克隆的pol CMS育性恢复位点ORF2同源。另外2个新鉴定到的候选基因(Bna C03g45840D和Bna C06g13000D)连锁的SNP等位基因或单体型变化都与育性等级显著相关(P0.001)。【结论】通过GWAS分析鉴定到多个与油菜育性恢复有关的候选基因,开发基于与这些基因连锁位点或SNP的功能标记将有助于对该不育系统进行恢复系和保持系的筛选。     

武川县扬沙特征及其危害分析

扬沙是指大风将地面沙尘吹起,空气相当浑浊,水平能见度在1~10km,这种天气是干旱地区特有的灾害性天气,它与地球温室效应、植被减少、森林锐减等因素有着密切的联系。随着全球气候变暖,干旱化的加剧,生态环境的恶化,沙尘(暴)天气的发生发展及其危害也日趋凸显。文章根据近年来沙尘暴日趋频繁的具体情况,分析了沙尘暴的成因和危害,提出了沙尘暴的治理和预防措施,防治沙尘暴应注意气象条件研究和生态环境治理的配合,调节人类与自然的关系,大力保护和改善生态环境。     

司法公正与司法独立的保险研究

公正是人们权利或利益的合理分配。公正观不同，公正内容也不一致，司法公司是人们对司法活动公正的一种企望，一种司法价值评价。司法公正应包括实体公正、程序公正和司法形象公正三个内容。要矫正“重实体、轻程序”现象，必须特别强调程序公正的历史价值。司法改革是实现司法公正的必经之路。在这场改革中，能否解决好司法独立的问题，尤为重要。     

梅花鹿的同期发情技术

于2000年9月9日，在吉林松花湖鹿场对30头东北梅花鹿分两试验群进行了同期发情试验，两试验群分别采用不同的试验药物进行处理，第一试验群（共14头）采用了18甲基炔诺酮埋植并配合PMSG、HCG和些二醇的处理方法，其中18甲基炔诺酮采用了高（80mg/头）和低（60mg/头）两剂量进行了对比试验；第二试验群（共16头）采用了PG两次处理同时配合PMSG和HCG的处理方法，其中PG也采用高（600μg/头），低（500μg/头）两剂量进行对比试验，通过试验，第一试验群中；18甲基炔诺酮高，低两剂量组的同期发情率分别为57.14%和0,其中18甲基炔诺酮高剂量组的双仔率为42.86%，产仔时间也较上一年有明显的缩短，平均缩短天数为23d,第二试验群中；PG高，低两剂量组的第一情期同期发情率分别为25%和14.2%，PG低剂量组产仔时间也比上一年缩短了21d。本次试验的两试验群的受胎率均为100%，表明同期发情试验所用药物对受胎无不良影响。     

关于会计诚信的思考

近年来,随着中外会计舞弊案件不断揭诸于世,会计诚信已成为会计界乃至全社会共同关注的一个沉重话题.越来越多的会计信息使用者已经或正在失去对会计的基本信任,会计正经历着前所未有的信誉危机,加强会计诚信建设已刻不容缓.     

香港形式法治与实质法治二元发展路径初探

自回归以来,围绕香港法治实践的激烈争鸣,可简约为“法治一元论”范式下的形式法治主义者与实质法治主义者之间的博弈。“法治一元论”难以准确地解读法治发展的基本规律,不利于凝聚港人的法治共识。依循“法治二元论”范式下的香港形式法治与实质法治二元发展路径,既可有效地调和相互冲突的法治观念,又能确保香港法治的良性发展,维护香港的长期繁荣与稳定。     

Voronoi多边形的边数分布规律及其在林木格局分析中的应用

Voronoi空间分割算法在各个领域已得到广泛应用,目前Voronoi图已经成功应用于林木竞争分析中竞争木数量的选择上。本研究旨在将Voronoi多边形边数分布规律应用于样地的林木格局分析中。借助德国Stochastic Geometry统计软件和R语言程序绘制并分析不同分布格局林分的Voronoi多边形边数分布规律,研究发现:1)不同分布格局的林分,其Voronoi多边形边数分布都呈近似正态分布,频数最大值基本聚集于5或6株;2)无论何种格局分布,Voronoi多边形边数均值皆为6株左右;3)不同分布格局的林分,其Voronoi多边形边数分布标准差的均值具有较为明显的差异,表现为:团状随机均匀。进一步模拟500个随机分布林分发现,Voronoi多边形边数的标准差分布遵循正态分布。基于此,本文利用95%概率,即1.96倍标准差为置信区间的方法,确定了随机分布林分Voronoi多边形边数标准差的分布范围为:μ±1.96σ=1.333±0.035×1.96,即随机分布林分的Voronoi多边形边数标准差(SD)的置信区间为[1.264,1.402];当SD1.264时,该林分格局为均匀分布,当SD1.402时为团状分布。将这种基于Voronoi多边形的林木格局判定方法(Vs)应用于5块不同类型的现实林分,并与目前常用的基于4株最近相邻木的角尺度(W)方法进行了对比,得到的格局分布类型Vs与W二者完全相同。可见,Vs可作为一个间接判定林木分布格局的新途径。      

我国土壤中锌含量的分布规律

我国土壤的锌含量为3-790μg·g#+（-1）,平均含量为100μg·g#+（-1）。土壤锌含量因土壤类型而异,并受成土母质的影响。我国缺锌土壤主要为石灰性土壤,包括石灰性水稻土。土壤有效态锌含量共区分为五级,填绘了全国土壤有效态锌含量图。根据土壤中锌的供给情况和农作物对锌的需要情况绘制了锌肥应用分区图,作为应用锌肥的参考。     

我国省级粮食局网站域名使用现状调查

我国省级粮食局网站域名缺乏规范,国家粮食局官网搜集的省级粮食局域名共有26个。实证分析了它们在域名层级和域名命名等方面的混乱现状,并提出域名规范措施：域名层级统一为以＂.gov.cn＂为后缀的国内二级域名;＂粮食局＂英文缩写统一为＂ag＂,拼音缩写统一为＂lsj＂;域名中省名拼写方式统一为＂[省名第一字拼音全拼]＋[其后几字的拼音首字母缩写]＂或＂[省名的独特简称全拼]＋[连字符＂-＂]＋[省名拼音首字母缩写]＂。     

权利的兴起与近代宪法的产生

权利与宪法密不可分。近代以前没有明确的权利概念和专指权利的词语,"宪法"只是规定国家政权结构的法律或私人契约。权利概念及专指权利的词语的出现,促成了近代宪法的产生,引起了权利宪法化的广泛立宪活动。     

世界新一轮粮价上涨因素的多层面分析

世界粮价进入新一轮上涨时期,成因复杂.供需失衡仍是首因:世界人口的增长、传统饮食结构的转型、生物能源产业的勃兴等导致世界粮食需求绝对增长;工业化与城市化疯狂的"罔地运动"、气候变暖引致的大规模自然灾害的"常态化"、发达国家高额农业补贴的抑制作用等造成世界粮食供应相对不足.在此基础上,粮食产运成本的普遍提高、美元的连续贬值、国际资本的投机等成为推动粮价上涨的直接因素.而从根本上看,本轮全球粮价上涨则是世界农业价值回归大势的反映.