高粱红条病病原的分子鉴定

从山西高粱红条病病叶中得到一种病毒分离物,命名为GL-SX.根据甘蔗花叶病毒亚组(SCMV subgroup)外壳蛋白(CP)基因C-端和复制酶(NIb)基因C-端的保守序列设计引物,对GL-SX进行免疫捕获反转录PCR (IC-RT-PCR) 扩增,获得一条长约1.1 kb的扩增片段,扩增片段克隆后测定序列,该序列含1087个核苷酸(nt),编码362氨基酸(aa),取其中的近全长CP氨基酸序列(296 aa)与甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus, SCMV)、玉米矮花叶病毒 (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)、高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus, SrMV)和约翰逊草花叶病毒(Johnsongrass mosaic virus, JGMV) 等4种病毒的对应序列进行同源性比较,结果与SCMV的同源性最高(95.3%),而与SrMV、MDMV和JGMV等3种病毒的同源性相对较低,依次为69.3%、69.1%和55.4%.根据Potyvirus属病毒种类划分的标准,将GL-SX鉴定为SCMV.将GL-SX的近全长CP氨基酸序列与SCMV种内各分离物的对应序列进行同源性比较及构建关系树,结果显示GL-SX与SCMV-MDB具有较远缘的种内亲缘关系,而与德国的一个SCMV玉米分离物(SCVM-Hoe)及中国的两个玉米分离物(SCMV-ZJ和SCMV-BJ)具有很高的同源性.     

马铃薯X病毒贵州分离物的分子鉴定

从贵州威宁县染病马铃薯植株中分离得到马铃薯X病毒贵州分离物(PVX-GZ),采用RT-PCR扩增并克隆了该分离物的外壳蛋白基因(CP).经测序,该CP基因长714 bp,编码237个氨基酸残基,分子量25.2 ku;与19种已报道的PVX各地分离物的同源性相比,其核苷酸和氨基酸序列分别在78.6％～97.5％和84.8％～99.6％之间,其中,与两种典型的PVX X3株系(荷兰分离物X3和英国分离物UK3)的基因序列同源性达97.1％以上.结合寄主鉴别结果,判断该分离物属PVX的X3株系.     

小西葫芦黄花叶病毒辽宁分离物的鉴定与序列分析

从辽宁省沈阳市和盖州市分别采集表现花叶的南瓜样品,经透射电镜负染色实验,观察到典型的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)线状病毒粒子.利用Potyvirus通用引物Legpoty F/LegpotyR分别对3个沈阳样品和3个盖州样品进行RT-PCR扩增,得到预期片段,克隆并测序.Blast显示6个病毒样本与小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV)同源性最高,均大于99%.利用已经报道的特异引物ZYMV-F/ZYMV-R,从6个样本中扩增到约1.2 kb的ZYMV片段,片段包含完整的外壳蛋白(CP)基因.基于CP的核苷酸序列同源性分析,发现2个ZYMV辽宁分离物与山西分离物ZYMV-[CN:SX:Chrysanthemum:14](KP742962)同源性最高,达99.1%和99.4%.系统进化树分析表明,2个ZYMV辽宁分离物与山西分离物ZYMV-[CN:SX:Chrysanthemum:14]聚集在一个分支,推测ZYMV辽宁分离物与山西分离物亲缘关系最近.     

鲁粤两省黄瓜花叶病毒辣椒分离物CP基因序列分析及亚组鉴定

从广东和山东呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到2个黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)的分离物.利用RT-PCR技术克隆了病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因.核苷酸序列测定表明,CMV-GDLJ和CMV-SDLJ 2个病毒分离物CP基因序列长度为657bp,编码218个氨基酸.2个病毒分离物的CP基因序列与CMV亚组Ⅰ的6个株系CP基因序列同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ的3个株系同源性均低于80%,据此将分离物CMV-GD和CMV-TA归属于CMV亚组Ⅰ.     

龙山卷丹百合无症病毒的检测

以龙山卷丹百合的病叶作为试材,采用DAS-ELISAS检测法对样品进行百合无症病毒的检测,检出率为58.3%;提取总RNA为模板,通过RT-PCR扩增其外壳蛋白基因,大小为287 bp,和预期条带大小一致。经Blast比对发现,该基因片段与Genbank上发表的LSV CP基因序列同源性达92%以上。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒广东分离物的分子鉴定

采用RT-PCR方法,扩增并测定了黄瓜绿斑驳花叶病毒广东分离物(CGMMV-GD-GZ,CGMMV-GD-LZ,CGMMV-GD-LF)的外壳蛋白(coat protein,CP)和运动蛋白(movement protein,MP)基因序列。结果显示,CP基因序列全长486 bp,编码161个氨基酸;MP基因全长795 bp,编码264个氨基酸。CGMMV广东分离物与其他15个CGMMV分离物之间外壳蛋白基因核苷酸的同源性在90.9%～100%之间,运动蛋白核苷酸同源性为92.7%～100%;与同属其他13种病毒基因组核苷酸序列同源性分别仅为29.5%～56.2%和38.8%～61.8%。基于外壳蛋白和运动蛋白基因序列构建系统发育树显示,CGMMV不同分离物进化为亚洲和欧洲两大群体,3种CGMMV广东分离物与韩国、日本等亚洲分离物同源性极高,可能具有共同的侵染源。     

兰州百合病毒RT-PCR检测技术建立及应用

病毒病是引起兰州百合产量下降、品种退化的主要原因,准确、高效的病毒检测技术在百合脱毒种球生产和推广应用中十分重要。根据CMV、LSV和LMoV病毒外壳蛋白基因序列设计引物,以百合18S rRNA为内参照,建立兰州百合病毒RT-PCR、二重RT-PCR检测体系。对兰州百合主栽区病毒病的抽样调查发现,CMV、LSV带毒率分别达到98%、100%,LMoV检出率在不同时期样品中存在较大差异。     

龙山卷丹百合黄瓜花叶病毒的检测

以龙山卷丹百合的病叶为试材,采用DAS-ELISAS检测法对样品进行百合黄瓜花叶病毒的检测,检出率为75%;提取总RNA为模板,通过RT-PCR扩增其外壳蛋白基因大小为514 bp,和预期条带大小一致。经Blast比对发现,该基因片段与Genbank上发表的CMV CP基因序列同源性达96.7%。     

瑞昌山药花叶型病毒病毒原的分子鉴定及其遗传变异性分析

为了明确瑞昌山药花叶型病毒病的毒原种类和遗传变异性大小,为该病研究和防治提供理论依据,根据前期研究结果,采用自行设计的日本山药花叶病毒(Japanese yam mosaic virus,JYMV)特异性引物,对从江西省瑞昌市白杨、范镇、高丰、洪下4个乡镇采集的20份呈典型花叶症状的病叶进行PCR检测,对扩增片段进行序列测定和同源性分析,结果发现每个样品中均存在JYMV,初步表明JYMV为瑞昌山药花叶型病毒病毒原。将瑞昌20个JYMV分离物CP基因序列相互进行同源性比较,发现其遗传变异性较大,核苷酸序列同源性为92.8%~100%,平均96.7%;氨基酸序列同源性为95.2%~100%,平均98.1%。基于CP基因序列,对来自江西瑞昌、中国广西和日本共32个JYMV分离物构建系统发育树,结果 32个分离物按其地域来源形成了3个独立的进化组群,且瑞昌分离物与广西分离物之间的亲缘关系近于瑞昌分离物与日本分离物之间的亲缘关系。显而易见,JYMV的进化与其地理来源具有明显的相关性。     

辣椒CMV广州分离物的CP基因序列分析及亚组鉴定

从广州市呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到1个黄瓜花叶病毒的分离物(CMV-GZ)。利用RT-PCR技术克隆了该病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因,其序列长度为657 bp,编码218个氨基酸。对CP基因序列进行同源性比较分析,结果表明该病毒分离物的CP基因与CMV亚组Ⅰ5个株系的同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ4个株系的同源性均低于80%。据此将该分离物归属于CMV亚组Ⅰ。