朝那鸡MC1R基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联分析

为了研究宁夏地方品种鸡朝那鸡的黑色素皮质激素1受体(melanocortin 1 receptor, MC1R)基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联性,试验选择120日龄健康的朝那鸡150只(红羽、黑羽和白羽各50只)为试验对象,采用高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术对朝那鸡MC1R基因G274A和A427G位点进行基因型分型检测,并且对基因型和羽色性状进行了关联分析。结果表明：试验朝那鸡群体MC1R基因G274A位点有GG、GA、AA三种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,多态信息含量(PIC)为0.286 7,表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),说明MC1R基因位点为G274A的朝那鸡群体选育潜力较高;A427G位点有AA、AG两种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,PIC为0.062 3,表现为低度多态(PIC<0.25),说明MC1R基因位点为A427G的朝那鸡群体选育潜力较低;这两个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05...     

乌骨绵羊MC1R基因多态性研究

酪氨酸酶(TYR)、酪氨酸酶相关蛋白1(TYRP1)和酪氨酸酶相关蛋白2(TYRP2)是动物黑色素生物合成过程的重要酶,黑素皮质素1受体(MC1R)一旦与配体α-促黑素细胞激素(α-MSH)结合,对TYR、TYRP1和TYRP2酶活性的表达水平均有重要影响,因此认为MC1R是黑素合成模式的控制点。本研究以MC1R基因为候选基因,对乌骨绵羊MC1R基因多态性进行了研究,希望揭示MC1R基因与乌骨绵羊乌质性状之间的关系。结果表明,乌骨绵羊MC1R基因存在2个多态位点,分别为A12G和G144C。翻译表明这2处突变都为同义突变,对应的氨基酸分别是丝氨酸(Ser)和亮氨酸(Leu)。PCR-RFLP分析发现绵羊MC1R存在2个等位基因,即MC1R*1和MC1R*2,对应11型、22型和12型3种基因型。乌骨绵羊和兰坪本地绵羊MC1R等位基因的频率差异不显著,而与罗姆尼羊差异显著,推测MC1R基因可能不是控制乌骨绵羊乌质性状的主效基因。     

猪毛色基因黑色素受体1的基因型分析

为检测黑色素受体1(melanocortin receptor 1,MC1R)基因型在不同毛色猪种中的分布,研究该基因在猪毛色决定中的地位和作用,本试验使用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪的MC1R基因型进行了检测。结果显示,长白猪、大白猪存在nt894insCC和G1197A突变;杜洛克猪存在G668C、C1318T和G1554A突变;西藏小型猪存在C1318T和G1554A突变,而在nt894insCC位点则表现出其他基因型。通过对4个猪种的MC1R基因型的检测,为研究MC1R基因对毛色的作用机理奠定了基础。     

鸡PRR5L基因5'UTR多态性及其与脂肪性状、屠体性状的关联分析

试验旨在研究类富脯氨酸5（proline rich 5 like，PRR5L）基因遗传变异对鸡脂肪性状及屠体性状的影响。以矮脚黄鸡为研究对象，根据GenBank公布的鸡PRR5L基因全序列（登录号：XM_015287209.1）设计扩增引物，利用PCR直接测序技术检测PRR5L基因的5'UTR区域单核苷酸多态性（SNPs），并用统计学方法分析其与鸡脂肪性状及屠体性状的关联性。结果发现，PRR5L基因5'UTR区域存在C480G、G514A和A579G 3个多态位点，均表现出3种基因型。χ²适合性检验结果发现，群体在G514A位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态（P < 0.05）；在C480G和A579G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。基因型与性状关联分析结果显示，在脂肪性状方面，PRR5L基因3个多态位点各基因型间腹脂重、腹脂率和肌内脂肪含量差异均不显著（P > 0.05）；在屠体性状方面，在G514A位点处AG与GG基因型的胸肌重差异显著（P < 0.05），其余指标差异均不显著（P > 0.05）。因此，可推断PRR5L基因5'UTR的G514A位点可能是一个影响鸡胸肌生长发育的位点，但该位点能否作为标识鸡屠体性状的分子标记辅助选择还需要进一步探究。     

武定鸡脂联素基因多态性分析

[目的]对武定鸡脂联素基因（NC_006096）第1外显子上的c.A99G突变位点进行多态性分析。[方法]翅静脉采集67只武定鸡全血,提取基因组DNA,采用PCR-RFLP法分析Hsp92Ⅱ限制性内切酶对PCR产物进行单酶切的结果。[结果]在c.A99G同义突变位点上存在AA、AB和BB 3种基因型,其中A基因频率为0.686 6,B基因频率为0.313 4;PIC=0.337 8,表明该位点为中度多态位点;χ²适合性检验表明,脂联素基因c.A99G位点处于平衡状态。[结论]采用PCR-RFLP法可有效检测武定鸡脂联素基因c.A99G突变,该位点有3种基因型,等位基因呈中度遗传多态水平且处于平衡状态。     

MC4R和PROP1基因多态性及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联分析

为了探讨MC4R和PROPI基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记.本研究采用PCR-SSCP方法检测中国美利奴羊和德国美利奴羊MC4R和PROP1基因的多态性,分析了多态位点不同基因型及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联性.结果表明:MC4R基因MC4R-3位点存在G894C突变,MC4R-4位点3′侧翼区存在A1223G、G1229A和T1307G 3个突变位点;PROP1基因在外显子3上存在A2660G突变,导致Thr181Ala改变.关联分析表明,在中国美利奴羊群体中,MC4R-4位点不同基因型个体体斜长和腰角宽差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROP1基因不同基因型个体尻宽和胸围差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROPl-MC4R-4优良基因型聚合体BB-BB个体体斜长高于其它合并基因型个体(P＜o.05).结果提示绵羊MC4R和PROP1基因单核苷酸多态性及合并基因型对中国美利奴羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因.     

赤狐黑色素皮质激素受体-1基因结构特征预测及分子进化分析

为进一步分析黑色素皮质激素受体-1(melanocortin-1 receptor,MC1R)基因的分子特性,利用生物信息学方法对GenBank中已报道的赤狐MC1R基因完整编码区序列的碱基组成特点及其编码蛋白的结构特征进行了预测及分析,构建了12个物种MC1R蛋白的系统进化树。结果表明,赤狐MC1R基因编码区序列长度为954 bp,共编码317个氨基酸,为单一外显子,G+C含量高于A+T,编码的蛋白质是一种分子质量为34.8694 ku,等电点为9.13的亲水性稳定碱性蛋白;存在7个强跨膜区、7个广泛磷酸化位点和1个潜在的蛋白激酶C磷酸化位点(第157位的苏氨酸),α-螺旋为其主要二级结构元件;属于G蛋白偶联受体家族一员,包括多个潜在重要功能基序;同源性分析与分子进化树结果均表明,赤狐与北极狐、狗和貉的亲缘关系最近。     

京海黄鸡MC4R基因多态性及其与部分屠体性状的关联分析

以140只京海黄鸡个体为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序技术分析了鸡MC4R基因的多态性。结果表明:MC4R基因第662位发生G→C突变,第733~734位间插入1个C碱基;χ2检验结果表明,实验中发现的多态位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态;GLM分析结果显示,AB型个体腿肌重极显著高于BB型(P0.01),DD型个体胴体重和半净膛重显著高于CD型(P0.05),AA/DD组合型个体具有高于其他基因型的趋势。因此推测,MC4R基因可以作为影响和控制鸡屠体性状的候选基因。     

新广黄鸡MCEE基因多态性分析

为探讨MCEE基因多态性及其作为新广黄鸡生长性状遗传标记的可能性,对新广黄鸡进行MCEE基因多态性检测分析。采用Sanger测序法对MCEE基因的CDS和3′UTR区进行单核苷酸多态性(Singer nucleotide polymorphism,SNP)检测,并分析其对新广黄鸡生长性状的影响。结果表明:新广黄鸡MCEE基因的CDS区检测到3个SNP位点,分别为gC4715T、gT4734C和g C4925T。其中:g T4734C为错义突变,导致pSer 34Pro改变;3′UTR区检测到4个SNP突变位点,分别为g G8959A、g A8979G、g G9001C和g C9082T。MCEE基因CDS区3个SNP位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高,属于低度多态,遗传变异较小;3′UTR区的4个SNP位点中,g A8979G位点表现为杂合型基因型频率所占比重较高,其余3个位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高。MCEE基因3′UTR区的g G8959A、g A8979G和g C9082T三个SNP位点均属于中度多态,遗传差异较大。MCEE基因3′UTR区的g A8979G突变位点显著影响28日龄新广黄鸡体重(P0.05)。MCEE基因其它突变位点与体重无显著性相关。本研究初步揭示了鸡MCEE基因多态性及其与新广黄鸡体重之间的相关性,其对鸡生长性状的遗传效应有待进一步扩大样本量和品种进行验证并深入研究其对MCEE基因表达的影响。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB（bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB）基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746A > G和852G > A位点均未检测到多态性,804G > C位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960C > T位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804G > C和960C > T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。804G > C位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响（P > 0.05）。960C > T位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头（P < 0.01）;英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头（P < 0.05）,极显著高于CT基因型2.118头（P < 0.01）;加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头（P < 0.05）,死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头（P < 0.05）。960C > T位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

思州鸡BMP15基因第1外显子多态性及其与蛋品质的关联分析

研究旨在探讨思州鸡骨形态发生蛋白15(BMP15)第1外显子多态性及其与蛋品质的相关性。采用PCR产物直接测序法检测思州鸡BMP15基因第1外显子测序,将测序结果用DNAStar软件校正;利用Excel 2007统计基因型频率数据,并进行卡方适合性检验;通过SPSS 18.0软件对BMP15基因不同基因型与思州鸡蛋品质间的关联性进行分析。结果显示,思州鸡BMP15基因第1外显子存在4个SNPs位点:397C/T、473A/G、603C/T和612C/T,均处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05);397C/T和603C/T位点的多态信息含量(PIC)分别为0.3488和0.3299,属于中度多态(0.25PIC0.5),473A/G与612C/T位点的PIC分别为0.1527和0.2075,属于低度多态(PIC0.25)。关联性分析结果表明,397C/T位点对思州鸡蛋白高度、哈氏单位、蛋黄重均有显著影响(P0.05);473A/G、603C/T位点对思州鸡蛋品质指标均无显著影响(P0.05);612C/T位点对思州鸡蛋长径有显著影响(P0.05),提示BMP15基因第1外显子对鸡蛋品质中蛋白高度、蛋长径具有较大的遗传效应。结果表明,BMP15基因可能是影响思州鸡蛋品质的基因之一,可作为思州鸡蛋白高度、蛋长径等蛋品质性状的分子标记。     

鸡TLR4突变位点对蛋白结构的影响及其遗传多样性

为研究TLR4不同SNPs位点对TLR4蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异,采用直接测序法发掘TLR4基因外显子中的SNPs,分析每个SNP位点对TL尺4蛋白结构的影响,并检测对蛋白结构影响较大的两位点在不同鸡种中的遗传多样性。结果表明,在7个鸡群中共发现了17个SNPs;C77T和G247A位点对TLR4蛋白功能影响较大;C77T位点在汶上芦花鸡偏离Hardy—Weinberg平衡,在其它4个地方鸡种和2个商业品种都处于Har—dy—Weinberg平衡,其多态信息含量在寿光鸡最高;G247A位点在5个地方鸡种中均处于Hardy—Weinberg平衡状态,而在两个商业品种偏离Hardy—Weinberg平衡,其多态信息含量在寿光鸡最低。本研究表明,TLR4基因C77T和G247A位点在7个鸡群中具有不同程度的遗传多样性,推测与该基因的功能存在相关。     

思州鸡BMP15基因第1外显子多态性及其与蛋品质的关联分析

研究旨在探讨思州鸡骨形态发生蛋白15（BMP15）第1外显子多态性及其与蛋品质的相关性。采用PCR产物直接测序法检测思州鸡BMP15基因第1外显子测序,将测序结果用DNAStar软件校正;利用Excel 2007统计基因型频率数据,并进行卡方适合性检验;通过SPSS 18.0软件对BMP15基因不同基因型与思州鸡蛋品质间的关联性进行分析。结果显示,思州鸡BMP15基因第1外显子存在4个SNPs位点：397C/T、473A/G、603C/T和612C/T,均处于Hardy-Weinberg非平衡状态（P<0.05）;397C/T和603C/T位点的多态信息含量（PIC）分别为0.3488和0.3299,属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）,473A/G与612C/T位点的PIC分别为0.1527和0.2075,属于低度多态（PIC<0.25）。关联性分析结果表明,397C/T位点对思州鸡蛋白高度、哈氏单位、蛋黄重均有显著影响（P<0.05）;473A/G、603C/T位点对思州鸡蛋品质指标均无显著影响（P>0.05）;612C/T位点对思州鸡蛋长径有显著影响（P<0.05）,提示BMP15基因第1外显子对鸡蛋品质中蛋白高度、蛋长径具有较大的遗传效应。结果表明,BMP15基因可能是影响思州鸡蛋品质的基因之一,可作为思州鸡蛋白高度、蛋长径等蛋品质性状的分子标记。     

马MC1R基因多态位点与毛色相关性分析

旨在研究马MC1R基因多态位点与马毛色的关联性,为马的毛色育种提供重要的理论参考依据。本研究采集了10种不同毛色共132匹马的颈静脉血,提取基因组并应用PCR技术克隆MC1R基因编码序列,通过限制性长度多态性(RFLP)分析和测序分析,对马MC1R基因多态性与毛色进行关联分析,并预测了SNPs对其编码蛋白结构的影响。构建和分析了MC1R基因的系统发育树。结果发现,马MC1R基因存在3个多态位点,其中c.G102A为同义突变,c.C248T和c.G250A为错义突变。c.C248T造成MC1R蛋白的第83个氨基酸由极性亲水丝氨酸变为非极性疏水苯丙氨酸,预测突变后该位点氨基酸与第三跨膜区的第127个氨基酸(丝氨酸)之间的氢键消失而改变了MC1R的蛋白构象,该突变导致MC1R基因出现EE、Ee和ee 3种基因型。错义突变c.G250A导致其翻译的氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰胺,该位点突变后与邻近氨基酸及跨膜域作用力复杂,推测比只出现c.C248T突变对MC1R蛋白功能的影响要小,该位点突变导致出现基因型ee~a。综合NCBI中的马MC1R基因型数据(共571匹)与其毛色性状进行相关性分析发现,在骝毛马和黑毛马群体中存在EE和Ee两种基因型,青毛马群体中存在EE、Ee、ee和ee~a基因型,栗毛中存在ee和ee~a两种基因型。黑毛和骝毛马的基因型分布差异极显著(P0.01),呈现Hardy-Weinberg不平衡,等位基因E为优势等位基因;在栗色马中未检测到E等位基因,e为优势等位基因。MC1R基因系统发育树分析显示,EE基因型个体与家马、普氏野马相似性最高。本研究结果显示,马MC1R多态位点产生的不同基因型与马的骝毛、黑毛、栗毛及以这3种毛色为基础毛色的花马毛色存在相关性,骝毛马与黑毛马中不存在基因型ee,栗毛马中则不存在等位基因E。为应用基因型对马的毛色进行定向选择育种奠定了基础。     

京海黄鸡MC4R基因新突变位点的分析

黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因突变与动物的食欲、肥胖、生长等性状有关,而鸡MC4R基因突变的研究甚少.本研究利用PCR-SSCP和DNA测序的方法,对京海黄鸡鸡群MC4R基因多态性进行了分析,发现存在2个单核苷酸多态位点,分别为第662位碱基G→C点突变和第733-734位碱基间插入一个C碱基.     

CTGF、Gprin3基因多态性及其与牦牛体尺性状的关联分析

【目的】 检测牦牛结缔组织生长因子（CTGF）和G蛋白调节诱导神经突增生家族亚型因子3（Gprin3）基因的单核苷酸多态性（SNP），并分析多态位点与牦牛体尺性状的关联性。【方法】 以西藏的斯布牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛及四川的麦洼牦牛5个类群260头个体为研究对象，利用基因池筛选技术检测CTGF、Gprin3基因SNP位点，分析其多态信息含量、有效等位基因数、纯合度及杂合度等指标，利用最小二乘线性模型分析不同基因型与牦牛体尺性状的关联性。【结果】 牦牛CTGF基因存在3个SNPs位点，分别为T1537A、C2195T和C2421T，均位于内含子区，其中T1537A位点在斯布牦牛和麦洼牦牛中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，而在帕里牦牛、类乌齐牦牛和申扎牦牛中均偏离Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体高呈显著相关（P<0.05）；C2195T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，且处于中度多态（0.25<PIC<0.5）；C2421T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体重、体斜长、胸围、管围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。牦牛Gprin3基因共发现4个SNPs，分别为G310C、C414T、C1100T和G1213A，其中G310C、C414T及C1100T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G1213A位点在类乌齐牦牛中偏离Hardy-Weinberg平衡状态，在其余4个类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G310C位点在5个牦牛类群中均处于低度多态（PIC<0.25），C414T和C1100T位点在类乌齐牦牛、斯布牦牛中均处于中度多态，G1213A位点在类乌齐牦牛中处于中度多态，在其余牦牛类群中为低度多态；C414T位点与牦牛体重、体高、体斜长和胸围均呈显著相关，而在斯布牦牛和申扎牦牛中C1100T位点与其胸围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。【结论】 牦牛CTGF和Gprin3基因具有丰富的多态性，CTGF基因T1537A、C2421T位点及Gprin3基因C414T、C1100T位点均与牦牛体尺性状有关，可作为影响生长发育性状的候选基因及基因座用于牦牛定向选育。     

三江黄牛DKK1、DKK4和MyoG基因遗传多态性分析

为开展三江黄牛遗传多态性分析,利用DNA池直接测序法对三江黄牛DKK1、DKK4和MyoG基因全序列进行遗传多态性分析。结果表明:三江黄牛DKK1基因存在A1051G、G1152T2个突变位点,均存在3种基因型,处于中度多态(0.25PIC0.50),符合Hardy-Weinberg平衡。DKK4基因检测发现C1949T和C1749T突变位点,位点C1949T存在3种基因型,位点C1749T发现2种基因型,均符合Hardy-Weinberg平衡,其中C1949T处于中度多态(0.25PIC0.50),遗传变异较大,C1749T为低度多态(PIC0.25);MyoG基因未发现多态位点,为三江黄牛经济性状的遗传改良提供理论依据。     

黑色素皮质素受体1(MC1 R)基因与哺乳动物毛色

哺乳动物的有色毛表型要受黑色素皮质素受体1(Melanocortin Receptor1,MC 1 R)位点的不同等位基因调节。MC1R基因的变异与动物的皮毛、人的皮肤和头发颜色差异密切相关。本文对该基因的定位、突变、多态检测及黑色素皮质素受体的作用机制进行了综述。     

Ex-FABP基因5'UTR遗传变异及其与鸡脂肪性状关系的研究

以Ex-FA BP为候选基因,采用直接测序方法寻找贵妃鸡、怀乡鸡母鸡Ex-FA BP基因的SNP,在基因5'调控区筛查到3个多态位点G2707A、C2717A、T2725G,用生物信息学和PCR-RFLP方法分析并验证这3个位点.结果显示:只有位点G2707A存在一个SacⅡ酶切位点;三位点多态信息含量:其中贵妃鸡母鸡的PIC均为0,表现为单态;怀乡鸡母鸡的PIC分别为0.3723、0.3749、0.3727,处于中度多态.经过Χ2适合性检验,所有母鸡群体在该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P＜0.05).比较G2707A位点的3种基因型GG、GA和AA对怀乡鸡母鸡群体脂肪性状的影响,结果基因型对皮脂厚、肌内脂肪没有显著影响;但在活重、屠体重性状方面,GA型显著高于GG型(P＜0.05);腹脂重和腹脂率,GG>GA型(P＜0.05),并有GG>AA>GA型的趋势.生物信息学分析显示,该突变位点没有处于转录因子结合位点,不会影响基因转录.     

鸡MC3R基因多态性与体重和体组成性状的相关研究

研究将鸡黑素皮质素受体3(MC3R)基因作为影响鸡体重和体组成性状的候选基因,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第六、七、八世代为研究对象,采用PCR-SSCP和测序方法检测了MC3R基因编码区的多态性位点,并分析了MC3R基因多态性对鸡体重的影响。结果在MC3R基因编码区发现了一个C273T单碱基突变,此多态性位点对第六世代和第八世代两个群体的7周龄体重和屠体重有显著影响。结果可为后续肉鸡体重性状的分子标记辅助选择提供理论依据。