猪H-FABP基因遗传多态性及与肌内脂肪含量的相关分析

采用PCR-RFLP的方法分析了松辽黑猪、军牧1号白猪、PIC猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪和松野杂交猪共计127头猪H-FABP基因的遗传多态性。结果表明：（1）在5′-上游区的HinfⅠ多态位点上,所有试验猪种中均发现了多态性,在第二内含子的HaeⅢ多态位点上,所有被测猪种也都存在变异,在第二内含子的MspI多态位点上,松辽黑猪、长白猪和松野杂交猪仅表现为AA型,其他猪种均表现出多态性;（2）7个猪群的基因频率和基因型频率都达到了Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;（3）松辽黑猪遗传变异对肌内脂肪含量的影响：HH基因型极显著高于Hh基因型（P〈0.01）,而Hh基因型又极显著高于hh基因型（P〈0.01）,最小二乘均值为：2.760〉2.598〉2.335,dd和Dd基因型分别极显著高于DD基因型（P〈0.01）,最小二乘均值为：2.763〉2.732〉2.347,结果提示：可通过提高“HH-dd”基因型的频率来增加松辽黑猪肌内脂肪含量,从而改善松辽黑猪的肉质。     

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR—RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′—端上游区(HinfI—RFLP)和第二内含子内(HinfI—RFLP、HaeⅢ—RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明：(1)在5′—端上游区的：HinfI—RFLP位点上，所有的品种都有变异，但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh)；(2)在第二内含子内的HinfI—RFLP位点上，二花脸只有BB基因型，而其它品种都表现出多态性；(3)在第二内含子内的HaeⅢ—RFLP位点上，只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在，等位基因D的频率分别为0．86，0．98和0．68，其余8个猪种均表现为DD型。     

辽宁种猪H-FABP和A-FABP基因位点多态性研究

目的:检测辽宁种猪H-FABP和A-FABP基因位点多态性。方法:采用PCR-RFLP技术。结果:4个猪种H-FABP基因HinfI和HaeⅢ点酶切位点上都显示多态性,优势基因型分别为HH和dd型,荷包猪H-FABP基因5′上游区和第二内含子多态性分析的结果显示H和d基因的频率较高;4个猪种A-FABP基因内含子IBsmI位点进行PCR-RFLP均检测到3种基因型,在地方猪种东北荷包猪中,等位基因A为优势基因,在国外引进猪种大白,长白,杜洛克猪中,等位基因B为优势基因。结论:荷包猪具有高肌内脂肪含量,我国地方猪种肉质优于引入品种。     

豫南黑猪及其杂交后代猪H-FABP基因的遗传变异研究

本研究以60头豫南黑猪、30头巴×豫猪、27头杜×豫猪、40头豫×苏猪为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的5-UTR(HingⅠ)和内含子2上(HaeⅢ、MspⅠ和HinfⅠ~*)的4个SNP位点在试验群体中的分布,旨在研究H-FABP基因在豫南黑猪及其杂交后代猪中的遗传变异。结果显示,5-UTR突变位点在4个试验群体中均表现中度多态(0.25PIC0.5),等位基因H的频率分别为0.83,0.33,0.70和0.61;除巴豫猪群体外,其余3个试验群体的基因频率和基因型频率均处于于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);内含子2上的3个突变位点处于连锁平衡状态,在4个群体中的显性等位基因频率分别为0.32、0.58、0.45和0.50,除豫南黑猪外,其余试验组群体均表现为中度多态(0.25PIC0.5)。本研究通过对H-FABP基因的多态位点在试验群体中的遗传变异研究,进一步揭示了H-FABP基因在不同群体中的遗传规律,为下一步通过对产H-FABP基因的选择加快群体的选育提供参考依据。     

松辽黑猪METTL23基因内含子4多态性及其与繁殖性状的关联分析

为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。     

松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联性。选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用Sanger直接测序法检测NR5A2基因内含子6的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因内含子6的SNP与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性。结果显示,松辽黑猪群体中NR5A2基因第6内含子存在T/C突变,共检测到3种基因型分别是TT、TC、CC,其中CC为优势基因型、基因型频率最高,等位基因C为优势基因。NR5A2基因突变位点遗传纯合度(He)相对较低,表明其在松辽黑猪群体中的遗传变异偏低。经χ~2适合性检验,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,多态信息含量(PIC)为0.294 7(0.25PIC0.5),表现为中度多态,说明该SNP位点可以提供遗传信息。总产仔数、产活仔数及断奶仔猪数TT基因型均最高,其中总产仔数及产活仔数TT基因型显著高于CC基因型,断奶仔猪数TT基因型均显著高于TC及CC基因型;各基因型仔猪初生重,3周龄重、断奶重无显著差异;初生重,3周龄重及断奶重CC基因型均高于TT基因型及TC基因型,又因CC基因型为优势基因,此基因型对松辽黑猪母猪的选育具有一定的意义。综上所述,NR5A2基因第6内含子存在突变位点T/C,不同基因型之间在松辽黑猪产仔数存在显著差异,但该SNP位点是否可作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记还需要进一步验证。     

军牧1号白猪、杜洛克猪和藏猪的H-FABP 和LPIN1基因多态性分布

为探索H-FABP和LPIN1基因在不同猪种中的多态性分布情况,应用PCR-RFLP技术检测了61头军牧1号白猪、51头杜洛克猪和51头藏猪H-FABP和LPIN1基因的多态性分布。结果发现,军牧1号白猪、杜洛克猪和藏猪在H-FABP基因的Hinf Ⅰ多态性位点上均表现为单一的HH型,而Hea Ⅲ多态性位点上均表现出多态性,等位基因D的基因频率分别为0.1475、0.2255和0.7647,Msp Ⅰ多态位点上,军牧1号白猪表现为单一的aa型,杜洛克猪和藏猪则表现为多态性,等位基因A的基因频率分别为0.6078和0.4609。在LPIN1基因的Eco88 Ⅰ多态性位点上,杜洛克猪表现为单一的AA型,军牧1号白猪和藏猪表现为多态性,等位基因A的基因频率分别为0.4262和0.2059;在Bsh1236 Ⅰ多态性位点上,杜洛克猪表现为单一的TT型,军牧1号白猪和藏猪则表现为多态性,等位基因T的基因频率分别为0.7459和0.2059。     

松辽黑猪FOXA2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&...     

IGF-I调控区微卫星座位遗传多态性对松辽黑猪肉质性状的影响

在克隆5’上游微卫星序列的基础上，以40头松辽黑猪为研究材料，分析了该微卫星序列的多态性，同时进行了各基因型与肌内脂肪含量等肉质和胴体性状的关联性分析。结果表明：在5’端侧翼微卫星位点上多态性丰富，共检测到4个等位基因（A、B、C、D）共6种基因型，等位基因A、B、C、D的频率分别为0．1125、0．0875、0．4250和0．3750；杂合度0．6580、多态信息含量0．5944、有效等住基因数2．9240；遗传效应分析发现AA基因型个体具有较高的肌内脂肪含量。     

军牧1号白猪肉质主效基因的多态性检测分析

猪的肉质属于数量性状,受多个主效基因和候选基因的控制。为检测军牧1号白猪肉质主效基因多态性,本试验采用RFLP技术检测了400头军牧1号白猪氟烷基因(RYR1)、心脏脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)和酸肉基因(RN)3个重要肉质基因的多态性。群体遗传结构分析表明,军牧1号白猪群体中RYR1基因的N基因频率为0.908 3,n基因频率为0.091 7;心脏脂肪酸结合蛋白基因的5′区的HinfⅠ位点的H基因频率为0.688 8,h基因频率为0.311 2;H-FABP基因内含子-2HaeⅢ位点D基因频率为0.478 8,d基因频率为0.521 2;H-FABP基因内含子-2MSPⅠ位点不存在多态性;RN基因也不存在多态性。     

草地藏系绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因第二内含子的克隆和测序

采用PCR技术对草地藏系绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因第2内含子进行了扩增,扩增产物经克隆和测序显示,其长度为1 893bp,该基因片段与GenBank中普通绵羊和猪的H-FABP基因第2内含子分别有99%和66.4%的同源性。实验还对22只草地藏系绵羊H-FABP基因第2内含子中174 bp的序列进行了PCR-SSCP分析,结果未检测到多态性。     

牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因的分子克隆和进化分析

对牦牛心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因进行了克隆测序，并与GenBank中9个物种相应基因编码区核苷酸序列进行了比对分析，在此基础上采用邻接法、最大简约法和最小进化法构建了牦牛与其它物种间分子系统进化树。结果表明，牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成，外显子1、外显子2、外显子3和外显子4大小分别为73、173、102和54bp，内含子1、内含子2和内含子3大小分别为3460、1892和1495bp。CDS序列全长为402bp，前体氨基酸数为133个。不同物种间在该基因核苷酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99．8％、97．8％、97．0％、92．8％、88．8％、83．3％、83．1％、76．4％、68．7％。通过邻接法、最大简约法和最小进化法用H-FABP基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树，结果表明，3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致。系统树总体分为两支，斑马鱼为独立的一支，而牦牛与其它物种为另一大分支。牦牛与普通牛、绵羊与山羊先分别聚在一起，然后再聚为一类；后与猪、人依次聚为一类。小鼠和大鼠先聚为一类，再与人和其它物种聚类，然后再与鸡聚为一类。该系统聚类结果与动物学分类一致，表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。     

莱芜猪ACSL4和H-FABP基因的多态性及育种应用

选取了106头莱芜猪核心群及部分后备猪,用PCR-RFLP的方法分别检测了酰基辅酶A合成酶长链4（Acly-CoA synthetase long chain family 4,ACSL4）基因的SNP G2645A位点和心脏型脂肪酸结合蛋白（Heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因的HinfⅠ及MspⅠ位点的多态性。结果显示,在ACSL4的SNP G2645A位点共检测到AG和GG 2种基因型,没有检测到AA基因型;G等位基因是优势等位基因;莱芜猪该位点呈高度多态。在H-FABP的HinfⅠ位点共检测到HH、Hh和hh 3种基因型,莱芜猪在该位点呈中度多态。莱芜猪在上述2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经测序验证,莱芜猪H-FABP基因HinfⅠ位点的多态性是1 324位点T的插入、缺失所造成的。莱芜猪在H-FABP的MspⅠ位点没有多态性。在莱芜猪本品种选育中,可以顺序选择ACSL4G2645A位点GG基因型纯合个体和H-FABP HinfⅠ位点HH基因型纯合个体,提高莱芜猪IMF性状的均一性,将进一步促进莱芜猪种质的保护和利用。     

猪H-FABP基因第2内含子SNPs分布及连锁不平衡遗传模式研究

本研究以藏猪、鄂西黑猪、大白猪、莱芜黑猪、北京黑猪、野猪、荣昌猪、八眉猪和里岔黑猪等国内外9个品种16头猪为研究对象,应用Primer Premier 5.0软件设计引物对心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid binding protein,H-FABP）基因第2内含子进行扩增测序后拼接,获得了长2078 bp的第2内含子全序列,发现了14个位点的SNPs;对所有突变进行Hudson-Kreitman-Aguade测验等遗传分布分析结果发现,西南型、高原型猪核酸分布值（π）、Tajima’s D测验值（DT）、Fu和Li’s D测验值（DFu and Li）分别为0.18％、-0.52和-0.30,华北型猪π、DT和DFu and Li分别为0.25％、0.76和0.72,培育和国外品种猪π值为0.29％;对所有类型的猪进行分析,其π、DT和DFu and Li分别为0.25％、-0.60和-0.17,在不同的猪种中各个位点的SNPs变异很大,对其进行构建进化树等一系列分析,得到相似结论,并最终推断出可能会影响肌内脂肪（intra muscular fat,IMF）含量的突变位点,为研究H-FABP与IMF的关系提供了理论基础。     

贵州白香猪apoA5基因多态性初步分析

贵州白香猪为贵州特有的地方品种,为了研究贵州白香猪apoA5基因多态性,试验采用直接测序法对贵州白香猪apoA5基因全序列2 473 bp进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果表明:在apoA5基因的内含子2和外显子3中分别检测出1个、11个变异位点;有4个突变发生在氨基酸编码区内,其中3个突变为同义突变,而G1 185A突变为非同义突变,导致了密码子由CGC突变为CAC,从而导致氨基酸由精氨酸(Arg)突变为组氨酸(His);另外7个突变位点发生在3'-UTR;在检测出的12个变异位点中,G1 690C及G1 821C突变符合Hardy-Weinberg平衡状态,其余10个位点偏离了Hardy-Weinberg平衡。     

德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

本试验对德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中11个物种相应基因编码区核苷酸序列、氨基酸序列进行了比对分析,同时通过最小进化法(ME法)、邻接法(NJ法)和非加权组平均法(UPGMA法)对H-FABP基因编码区核苷酸序列进行了物种间分子系统进化树分析。结果表明,德州驴H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、2、3、4大小分别为73、173、1025、7 bp,内含子1、2、3大小分别为3500、1980、1425 bp。CDS序列全长为405 bp,前体氨基酸数为134个;德州驴与马、野猪、人、牛、山羊、牦牛、大鼠、小鼠、红原鸡、绿头鸭、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上有较高的保守性,同源性大小分别为96.79%、91.36%、89.14%、88.89%、88.89%、88.64%、84.07%、83.46%、75.80%、74.81%、67.90%;3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致,并且3种分子进化树结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。     

蕨麻猪生长激素基因的同源性和多态性分析

为了探索蕨麻猪的遗传多样性,对蕨麻猪生长激素基因序列的多态性进行研究,并选择GenBank中14条序列作为比较研究对象;首次成功克隆了7条蕨麻猪生长激素基因,测出5条蕨麻猪生长激素基因DNA序列,其多态性是内含子1有1个转换和1个颠换;内含子2有2个转换。说明蕨麻猪之间的差异可能与内含子的控制有关。蕨麻猪与其他14种猪之间在编码区和非编码区共检测到核苷酸的变异为155个,内含子有119个,外显子有28个,5′端有8个。其中,颠换104个,转换14个,缺失23个,插入14个。出现碱基取代的位点中,大多数是颠换型突变,颠换与转换之比为7.43∶1,存在颠换偏倚现象。对蕨麻猪生长激素基因同源性百分数和趋异数分析,结果发现,蕨麻猪与小型猪相比同源性较近,蕨麻猪与大型猪同源性较远。蕨麻猪等15 种猪生长激素基因序列树状图分析,结果表明,蕨麻猪与Vize猪有较远的亲缘关系;蕨麻猪与贵州榕江香猪亲缘关系最近。     

猪水通道蛋白7基因第4内含子多态性分析

本研究旨在探讨国内外猪种水通道蛋白7(aquaporin 7,AQP7)基因多态性,以期为进一步研究猪AQP7基因与脂肪沉积性状的相关性提供理论依据。采用PCR-RFLP方法检测了猪AQP7基因第4内含子G/A在6个猪群中的多态性分布。检测结果表明,经PstⅠ酶切后发现了GG、AG和AA 3种基因型。在莱芜猪、里岔猪、鲁莱猪、杜洛克猪和大约克猪5个猪种中G均为优势等位基因,而在沂蒙猪中A为优势等位基因。χ²检验结果发现,基因型分布在莱芜猪、鲁莱猪和沂蒙猪群体达到了哈代－温伯格平衡(P>0.05),而里岔猪、杜洛克猪和大约克猪群体中均未达到平衡状态(P<0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01)。群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在0.3084~0.4953之间,多态信息含量在0.2609~0.3726之间,属于中度多态。本研究结果提示,地方猪种、引进猪种和培育猪种AQP7基因内含子4的基因型分布存在明显差异,A等位基因作为脂肪沉积的有利等位基因尚需进一步验证。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。