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1.
从牛瓣胃上皮提取RNA,根据已知的人、鼠、兔、羊PepT1序列设计引物,PCR扩增目的片段cDNA,扩增产物经纯化、克隆后测序。克隆测序片段为1 566 bp(DQ309694),与其它动物已知PepT1序列比对,发现该片段位于第3~10跨膜结构域之间。牛测定序列与人、鼠、兔、羊、狗、鸡和猪PepT1相应片段核苷酸序列同源性分别为82.89%、80.14%、78.93%、96.04%、83.08%、63.90%和85.66%,相应片段氨基酸序列同源性分别为81.45%、79.62%、76.25%、94.06%、81.49%、61.41%和83.56%。对8种动物(牛、人、鼠、兔、羊、狗、鸡、猪)测序片段内氨基酸序列同源性分析表明,PepT1是高度保守的蛋白,其中跨膜结构域的氨基酸序列保守性高于膜外环。8种动物PepT1测序片段内各跨膜结构域的氨基酸序列同源性均在90%以上,第3、4、5、6、7、8、9和10跨膜结构域的氨基酸序列同源性分别为90.97%、91.07%、97.62%、93.45%、94.05%、91.67%、91.45%和95.83%。8种动物测序片段内膜外环的氨基酸序列同源性在70%~99%之间,以第4-5跨膜结构域之间膜外环的同源性最高,9-10跨膜结构域之间膜外环的同源性最低,3-4、4-5、5-6、6-7、7-8、8-9、9-10跨膜结构域之间膜外环的氨基酸序列同源性分别为77.63%、98.86%、86.72%、90.13%、91.25%、88.33%和71.74%。9-10结构域之间是1个位于细胞外的大膜外环,可能对底物的识别有重要作用,牛在此区域与鸡相同区域的氨基酸序列同源性仅为29.3%,与大鼠、狗、人、兔、猪和羊相应序列的同源性依次为65.17%、71.64%、67.16%、60.20%、73.13%和88.56%。对测序BPepT1片段编码蛋白的糖基化和磷酸化位点分析表明,测序片段编码蛋白共有6个N-糖基化位点和3个蛋白激酶C依赖性(PKC)磷酸化位点。  相似文献   

2.
为了研究藏羊MIF基因核苷酸序列及其蛋白质特性,试验采用RT-PCR方法扩增藏羊MIF基因并测序。结果表明:藏羊MIF基因长度为348 bp,编码115个氨基酸;藏羊MIF基因与参考绵羊、瘤牛、普通牛、水牛和山羊核苷酸序列同源性依次为100%、99.7%、99.7%、99.4%和100%,氨基酸序列同源性均为100%;MIF蛋白无信号肽和跨膜螺旋区,具有N-糖基化位点、蛋白激酶C位点、N-肉豆蔻酰化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和巨噬细胞移动抑制因子家族等修饰位点。  相似文献   

3.
细毛羊黑素皮质激素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了研究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因与黑色素生成的关系及该基因突变导致毛色发生改变的机理,研究采用RT-PCR和PCR等技术克隆得到了白色东北细毛羊MC1R基因长1 093 bp的cDNA片段,编码364个氨基酸,其中包括70个氨基酸信号肽和294个氨基酸的成熟肽,具有7个跨膜结构域。结果表明:细毛羊cDNA与绵羊、牛、马、人、小鼠、犬等同源性均大于91%,氨基酸序列与其他动物的同源性高于89%;除绵羊外与其他动物相比有5处发生突变,且这5处突变均位于MC1R蛋白跨膜结构区;而细毛羊和绵羊之间只有1处发生突变,由K→M,同源性达98.97%。说明细毛羊与绵羊的亲缘关系最近。  相似文献   

4.
试验旨在克隆哈萨克羊抑制素βA(inhibin beta A,INHβA)基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中绵羊INHβA基因序列(登录号:NM_001009458.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR方法对哈萨克羊INHβA基因进行扩增,将获得的INHβA基因片段插入到pMD19-T载体中进行克隆测序,并结合生物信息学方法预测和分析其核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白跨膜、蛋白修饰位点及二级结构、三级结构模型等。结果显示,哈萨克羊INHβA基因长1 278 bp,编码425个氨基酸。哈萨克羊INHβA基因与绵羊、牛、野猪、小鼠、人、大鼠、猫、兔、马的同源性分别为98.6%、97.7%、90.4%、87.9%、91.1%、88.2%、91.8%、89.8%和91.8%,表明INHβA基因在不同物种之间具有较高的保守性。INHβA蛋白分子式为C_(2072)H_(3325)N_(603)O_(628)S_(26),分子质量为47.57 ku,理论等电点(pI)为7.87,不稳定系数为66.16,脂溶指数为78.47,亲水值为-0.507。INHβA是一种碱性不稳定的亲水性脂溶性蛋白,没有跨膜结构,含有信号肽。二级结构预测显示,INHβA蛋白α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占22.59%、4.47%、54.12%和18.82%。三级结构预测显示,INHβA蛋白以α-螺旋为主,是含有8种蛋白修饰位点的β-桶状蛋白。本试验结果为深入研究哈萨克羊INHβA蛋白功能及探讨INHβA基因对提高哈萨克羊繁殖力的影响提供参考数据。  相似文献   

5.
鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析   总被引:6,自引:1,他引:6  
黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是其黑素皮质素受体MCR(MC1-5R)家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。  相似文献   

6.
根据GenBank中发表的牛TLR2基因序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的TLR2基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含TLR2完整编码区以及5′端和3′端非编码区的2399bp的全序列。序列分析结果表明,南阳黄牛TLR2基因开放阅读框全长2 355bp,共编码784个氨基酸。南阳黄牛的TLR2基因编码区与荷斯坦牛的相比发生了16个碱基突变,其中9个发生在胞外区,2个发生在跨膜区,5个发生在胞内区,没有引起氨基酸的改变。与GenBank已发表的其他动物TLR2基因参考序列进行比较,结果显示南阳黄牛与荷斯坦牛、野牛、水牛、山羊、绵羊、猪、大猩猩和人的同源性分别为99.3%、99.3%、98.0%、96.3%、95.5%、85.4%、83.2%和83.1%。TLR2N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点,蛋白分子结构预测TLR2蛋白含1个跨膜结构域。  相似文献   

7.
选择与羊同源性较高的牛独立生长因子1B(GFI1B)基因序列设计特异性引物,提取贵州黑山羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对GFI1B基因进行克隆测序及序列分析。结果表明:首次克隆了贵州黑山羊GFI1B基因cDNA序列996 bp,GenBank登录号为JN662390,编码331个氨基酸。贵州黑山羊GFI1B基因与牛的同源性高达97.0%。聚类分析显示:哺乳动物、禽类和两栖类各为一类。生物信息学分析表明:山羊GFI1B分子包括1个低组分复杂性区域、6个锌指结构域ZnF-C4。同时,预测结果还表明GFI1B分子不包含信号肽序列且没有跨膜螺旋结构域,26个磷酸化位点,蛋白糖基化位点有7个。  相似文献   

8.
王乐义 《中国家禽》2004,26(22):11-14
本试验采用RT-PCR方法对NDV Lasota株的全长F基因进行了扩增与克隆,并对其进行测序。扩出的F基因核苷酸长度为1664bp,单一的开放阅读框编码553个氨基酸的长肽,序列中有6个糖基化位点,13个半胱氨酸残基,包括完整的F1片段和完整的F2片段。裂解位点区(112-117aa)氨基酸序列为Gly-Arg-Gin-Gly-Arg-Leu,与所有弱毒株在这一区域的序列(Gy-Arg/Lys-Gin-Gly/Ser-Arg-Leu)相符。同源性分析表明,Lasota株F基因与已发表的其它NDVF基因相比,核苷酸序列同源性在88%-99%之间,推导的氨基酸序列同源性在90%~99%之间。  相似文献   

9.
试验旨在克隆哈萨克羊抑制素βA (inhibin beta A,INHβA)基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中绵羊INHβA基因序列(登录号:NM_001009458.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR方法对哈萨克羊INHβA基因进行扩增,将获得的INHβA基因片段插入到pMD19-T载体中进行克隆测序,并结合生物信息学方法预测和分析其核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白跨膜、蛋白修饰位点及二级结构、三级结构模型等。结果显示,哈萨克羊INHβA基因长1 278 bp,编码425个氨基酸。哈萨克羊INHβA基因与绵羊、牛、野猪、小鼠、人、大鼠、猫、兔、马的同源性分别为98.6%、97.7%、90.4%、87.9%、91.1%、88.2%、91.8%、89.8%和91.8%,表明INHβA基因在不同物种之间具有较高的保守性。INHβA蛋白分子式为C2072H3325N603O628S26,分子质量为47.57 ku,理论等电点(pI)为7.87,不稳定系数为66.16,脂溶指数为78.47,亲水值为-0.507。INHβA是一种碱性不稳定的亲水性脂溶性蛋白,没有跨膜结构,含有信号肽。二级结构预测显示,INHβA蛋白α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占22.59%、4.47%、54.12%和18.82%。三级结构预测显示,INHβA蛋白以α-螺旋为主,是含有8种蛋白修饰位点的β-桶状蛋白。本试验结果为深入研究哈萨克羊INHβA蛋白功能及探讨INHβA基因对提高哈萨克羊繁殖力的影响提供参考数据。  相似文献   

10.
口蹄疫病毒利用整联蛋白作为病毒受体进入宿主细胞。本试验在国际上首次从口蹄疫病毒感染猪的舌皮组织中克隆到了β8亚基基因,并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析。猪β8亚基基因的编码区含有2 304个核苷酸,编码767个氨基酸,其中信号肽由42个氨基酸组成,胞外域由637个氨基酸组成,含有7个潜在的糖基化位点(NXT/NXS)和49个半胱氨酸残基,跨膜区由30个氨基酸组成,胞浆域由58个氨基酸组成,猪β8基因与牛、人、犬、猕猴、家鼠和挪威大鼠的β8基因核苷酸序列同源性分别为94.3%、91.4%、91.7%、91.4%、83.5%、83.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为95.0%、91.8%、92.8%、91.5%、84.0%、84.8%。猪与牛β8亚基同源性最高。猪β8亚基存在复杂多变的二级结构,其中1-42、680-709位氨基酸区段疏水性较强,形成表面蛋白结构的可能性较小,分别是该亚基的信号肽和跨膜区。本试验为进一步深入研究β8亚基在口蹄疫感染过程中所扮演的角色奠定了基础。  相似文献   

11.
以雌性籽鹅脑垂体的总RNA为模板,利用特异性引物通过RT-PCR扩增获得长为363 bp的籽鹅促卵泡激素α亚基的cDNA片段,将扩增的促卵泡激素α亚基基因片段克隆至pMD18-T载体后进行测序。将测序结果与鸡、鹌鹑、火鸡、鼠、羊、牛等多种禽类和哺乳动物的该基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性分析。结果表明,这些物种促卵泡激素α亚基基因序列具有较高的保守性,其中与鸡、鹌鹑、火鸡的核苷酸同源性最高,均为95.9%,推导的氨基酸序列与鸡、鹌鹑、火鸡的同源性最高,均为97.5%。为了对克隆的籽鹅促卵泡激素α亚基基因功能研究提供基础,将籽鹅促卵泡激素α亚基基因克隆至pET-32a(+)原核表达载体。  相似文献   

12.
为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45~49位(SQKPP)、147~152位(RPPPTH)和169~173位(SPPKY)。  相似文献   

13.
从口蹄疫病毒试验感染康复牛肺组织中克隆了β1亚基基因,并对其核苷酸和推导氨基酸序列进行了比较分析.结果显示,牛β1亚基基因的编码区含有2 397个核苷酸,编码798个氨基酸,含有10个潜在的糖基化位点,其中信号肽由20个氨基酸组成,胞外域由708个氨基酸组成,跨膜区由29个氨基酸组成,胞浆域由41个氨基酸组成.与GenBank中的牛β1基因的同源性达99.5%,从起始密码子开始共有12个碱基发生了变化,引起第217、247、268、281、321、691、709位的氨基酸改变,分别由F、S、W、V、H、Y、V变为S、P、R、G、Y、C、G.牛β1基因与猪、猩猩、猫、犬、人、小鼠和鸡的β1基因核苷酸序列同源性分别为93.8%、89.3%、91.6%、90.2%、89.6%、85.4%、75.6%,推导氨基酸序列同源性分别为98.2%、93.7%、97.5%、96.7%、94.2%、93.2%、84.1%.牛与猪β1亚基同源性最高.  相似文献   

14.
为探讨不同物种肌细胞生成素(MyoG)基因的组成结构与功能特性,利用比较基因组学方法,对GenBank中已报道的猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因完整编码区核苷酸及其氨基酸序列的分子结构、理化特性、糖基化位点、信号肽、跨膜区、二级结构、高级结构域以及基于该基因编码氨基酸序列的5个物种之间的进化关系进行了系统的生物信息学分析。结果表明:猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因核苷酸序列组成结构特点及其编码蛋白质的理化特性基本一致,均属于疏水性不稳定蛋白质;猪、牛和绵羊均含有6个潜在的N-糖基化位点,而家兔和家鸡则包括7个不同的N-糖基化位点;均不含信号肽,属于非分泌型蛋白质,不含跨膜结构域;均含有Basic和H-L-H保守结构域;α-螺旋和无规卷曲为myoG多肽链中的主要二级结构元件,三维结构预测均存在2个Helix与1个Loop结构单元;猪与其他4个物种氨基酸序列的同源性分别为96.0%,95.5%,95.5%和72.2%,牛与绵羊myoG基因进化关系最近。本研究为深入探讨myoG基因调控畜禽骨骼肌的生长发育机制提供了理论基础。  相似文献   

15.
为了研究藏羊IFN-γ基因的功能,提取藏羊脾脏总RNA,通过RT-PCR扩增藏羊IFN-γ基因并测序,应用DNA Star软件进行序列分析及编码蛋白结构预测。结果表明,藏羊IFN-γ基因长度为429bp,其中腺嘌呤和胸腺嘧啶含量较高,该基因编码143个氨基酸,其中疏水性氨基酸和亲水性氨基酸的含量较高。藏羊IFN-γ基因与参考绵羊、山羊、藏羚羊和牛IFN-γ基因的核苷酸序列同源性依次为100%、99.3%、99.1%和97.2%,氨基酸序列同源性依次为100%、99.3%、99.3%和95.8%。IFN-γ蛋白主要由α螺旋组成,亲水性较高,含有5种蛋白质功能位点,分别为1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酰胺化位点、2个N-糖基化位点、2个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点和3个蛋白激酶C磷酸化位点。  相似文献   

16.
为研究梅花鹿BST-2蛋白的生物学功能,使用特异性引物扩增梅花鹿BST-2基因,构建真核表达载体并表达,利用生物信息学软件对梅花鹿BST-2序列进行分子特性分析。结果表明,梅花鹿BST-2基因CDS区为480 bp,编码159个氨基酸,其氨基酸序列与人,马、牛、羊、猪等物种BST-2氨基酸序列同源性分别为37. 8%、30. 1%、67. 3%、74. 2%和53. 1%。梅花鹿BST-2蛋白含有两个跨膜结构,胞外段具有两个潜在的糖基化位点和三个潜在的二聚化位点。构建真核表达质粒,在其胞外段插入HA标签,转染293T细胞发现梅花鹿BST-2蛋白能在细胞中正确表达,并且可定位在细胞膜上。对其潜在的糖基化位点进行突变可见糖基化现象减弱。本研究为今后进一步研究梅花鹿BST-2蛋白的抗病毒机制奠定了基础。  相似文献   

17.
试验根据GenBank登录的牛2,4-双烯-CoA还原酶1(2,4-dienoyl-CoA reductasel,DECR1)基因序列(NP_001068891)设计引物,应用PCR技术对德国美利奴绵羊、杜泊绵羊、特克塞尔绵羊DECR1基因的exon 5部分序列进行克隆测序;利用PCR-SSCP技术检测了3个绵羊群体exon 5单链构象多态性(SNP),所获序列与GenBank中其他物种exon 5序列进行了同源性比较,并构建了亲缘关系聚类分析图.结果表明,绵羊DECR1基因exon 5长为137 bp,3个绵羊群体中exon 5均不存在SNPs,各种动物之间DECR1基因exon 5的同源性较高,在81.02%(鸡)~97.08%(牛)之间,其中绵羊和牛同源性最高,达到97.08%;与鸡的同源性最低,为81.02%;聚类分析结果显示,绵羊首先与牛聚为一类,再分别与兔子、狗聚为一类,最后分别与人、猪聚为一类,绵羊与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远,与传统分类相一致,说明DECR1基因exon 5在动物进化过程中高度保守.  相似文献   

18.
牛口蹄疫病毒受体通用亚基αv的基因克隆及分子特征   总被引:4,自引:2,他引:4  
研究发现,4种整联蛋白αvβ1、αvβ3、αvβ6、αvβ8能够介导口蹄疫病毒感染自然宿主,其中αv是4种受体的共用亚基。本试验对牛口蹄疫病毒受体通用亚基αv基因进行了克隆测序并对其编码蛋白的二级结构进行了预测。结果显示,牛αv亚基基因的编码区含有3147个核苷酸,编码1048个氨基酸,其中信号肽由30个氨基酸组成,胞外域由957个氨基酸组成,跨膜区由29个氨基酸组成,胞浆域由32个氨基酸组成;在890和891位氨基酸之间有1个蛋白酶裂解位点(KR-D);胞外域含有13个潜在的糖基化位点(NXT/NXS)、2个Ca^2+结合位点[DX(D/N)XDGXXD]、18个半胱氨酸残基。该基因在GenBank中的登录号为DQ871215。牛αv基因与猕猴、家鼠、犬、人、鸡的αv基因的核苷酸序列同源性分别为91.0%、85.7%、90.1%、91.2%、73.1%,推导的氨基酸序列同源性分别为94.7%、91.6%、96.3%、95.0%、81.6%。牛αv亚基存在复杂多变的二级结构,这是其具有多种生物学功能的分子基础,其中1-30位、988-1017位氨基酸区段疏水性较强,形成表面蛋白结构的可能性较差,分别是该亚基的信号肽和跨膜区。本试验为进一步深入研究口蹄疫病毒与宿主细胞的相互关系奠定了基础。  相似文献   

19.
根据GenBank中鸡白细胞介素18(IL-18)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)基因的序列设计2对特异引物,以白来航鸡脾淋巴细胞总RNA为模板进行RT-PCR扩增,克隆白来航鸡IL-18和GM-CSF工基因并进行序列分析.测序结果表明,白来航鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡IL-18基因与GenBank中鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%~99.8%,氨基酸同源性为97.5%~99.5%.白来航鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%~100%,氨基酸同源性为99.3%~100%,生物信息学分析表明,IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性,IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点,存在3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点;GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.  相似文献   

20.
麻鸭α干扰素基因的克隆与序列分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
根据GenBank文献,应用Oligo6.0分析软件设计合成了用于扩增鸭Ⅰ型干扰素(α—IFN)基因的2对引物。以麻鸭肝脏提取的基因组DNA为模板,采用Nest—PCR方法扩增获得了约600bp片段,经T载体克隆和测序分析证实,是麻鸭Ⅰ型干扰素基因(SDIFN—α)。生物信息学分析表明,SDIFN—α的开放阅读框架(ORF)由576个核苷酸所组成,预测蛋白质相对分子质量为21640,编码191个氨基酸。其中前28个氨基酸可能是信号肽部分,切割位点在28号氨基酸A和29号氨基酸S之间,序列中无内含子。成熟的多肽中含8个半胱氨酸和2个糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点(protein kinase C phosphorylation site)和2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点(casein kinase Ⅱ phosphorylation site)。SDIFN—α与鸭α—IFN基因核苷酸同源性为99.3%。有4个碱基的差异;与北京鸭α—IFN基因的核苷酸同源性为99.1%,氨基酸同源性为98.96%;与鸡α—IFN的核苷酸同源性为71.8%。与鹅、狗、牛、马和人的α—IFN基因的核苷酸同源性分别为96.0%、45.8%、45.5%、44.6%和41.7%。遗传进化分析结果表明,IFN—α的这些同源性与其动物分类地位相一致。  相似文献   

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