TGF-β1基因多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1(TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790bp处碱基发生G→C的突变.多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659,在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05);LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05);在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05),TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

TGF-β1基因多态性及其与2个山羊品种产羔数的相关分析

为了研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1 (TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法探讨了其多态性与产羔数的关系.结果显示,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790 bp处碱基发生G→C的突变,多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659.在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05)；LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05).在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05).表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

促黄体素β基因多态性及其与济宁青山羊产羔数的关系

为了解促黄体素β基因多态性与济宁青山羊产羔数的关系,采用PCR-SSCP技术检测促黄体素v亚基(Luteinizing hormone beta-subunit,LHβ)基因5'调控区和3个外显子在高繁殖力(济宁青山羊)、中等繁殖力(波尔山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊和安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响.结果表明:山羊与绵羊的LHB基因核苷酸序列相似性为98%.6对引物中,仅引物P1和P5扩增片段存在多态性.对于P1扩增片段,在4个山羊品种中均检测到AA、AB和BB 3种基因型;测序分析发现BB与AA基因型相比在5'调控区存在2处突变202C→A和210C→T;济宁青山羊3种基因型之间产羔数差异均不显著(P>0.05).对于P5扩增片段,在济宁青山羊中检测到CC、CD和DD 3种基因型,辽宁绒山羊中检测到CC和CD2种基因型,波尔山羊和安哥拉山羊中都只检测到CC基因型;测序分析发现DD与CC基因型相比在外显子2存在单碱基突变1124C→T;济宁青山羊CC、CD和DD基因型频率分别为0.38、0.44和0.18;DD和CD基因型济宁青山羊平均产羔数分别比CC基因型的多0.99(P<0.01)和0.87只(P<0.01).济宁青山羊在P1、P5两个座位上都处于哈迪-温伯格平衡状态(P1座位:X2=1.66,P=0.437;P5座位:X2=1.22,P=0.544).     

小尾寒羊高繁殖力候选基因RARG的研究

以视黄酸受体γ（retinoic acid receptor-gamma，RARG）基因为候选基因，采用PCR—SSCP技术分析了RARG基因在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊）以及低繁殖力绵羊品种（特克塞尔、多赛特、萨福克）中的单核苷酸多态性，同时研究这个基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：RARG基因引物1扩增片段在5个绵羊品种中存在PCR—SSCP多态性，AA基因型只出现在湖羊中，AB和BB基因型均出现在5个绵羊品种中；BB基因型小尾寒羊平均产羔数比AB基因型多0．41只，但差异不显著（P〉0．05）。RARG基因引物2扩增片段在5个绵羊品种中存在PCR—SSCP多态性，CC和CD基因型均出现在5个绵羊品种中，5个绵羊品种中都没有检测到DD基因型；CC基因型小尾寒羊平均产羔数比CD基因型多0．55只（P〈0．05）。     

两种绵羊杂种 GDF9 基因和 FecB 基因的多态性及其与产羔数和体重关系的研究

以绵羊GDF9和FecB基因为候选基因,分别应用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法研究了德滩寒杂种羊和陶滩寒杂种羊共63只个体的基因多态性以及基因多态性对产羔数和体重的影响。结果表明,两种基因在两种杂交绵羊群体中各有2种基因型(AA和AB,CC和CD)。在德滩寒杂种羊群体中基因型频率分别为0.09(AA)、0.91(AB)、0.53(CC)、0.47(CD);陶滩寒杂种羊群体中基因型频率分别为0.19(AA)、0.81(AB)、0.58(CC)、0.42(CD)。对德滩寒杂种羊群体研究发现:AA基因型群体平均产羔数为2.50,显著高于AB基因型群体(1.63,P<0.05);CD基因型群体平均产羔数为2.33,显著高于CC基因型群体(1.50,P<0.05)。对陶滩寒杂种羊群体研究发现:AA基因型群体平均产羔数为2.67,显著高于AB基因型群体(1.96,P<0.05);CD基因型群体与CC基因型群体平均产羔数相差不大。这些结果表明:GDF9基因的杂合子与两种杂种绵羊的产羔数之间呈显著负相关;FecB基因杂合子与陶滩寒杂种羊产羔数之间呈显著正相关。FecB基因和GDF9基因对两种绵羊杂种的初生重和断奶重无显著影响。     

山西白猪DECR1基因多态性与生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测了192头山西白猪DECR1基因第5外显子位点的多态性,并采用最小二乘法拟合线性模型（GLM）对该位点多态性与山西白猪生长性状的关联性进行了分析。结果表明,DECR1基因第5外显子位点存在多态性,表现出CC、CD、DD 3种不同基因型。DECR1基因不同基因型对山西白猪6月龄体重、体高和胸围均有显著影响。CD基因型个体6月龄体重、体高、胸围都显著高于DD型个体（P＜0.05）;3种基因型对体长的影响均未达到显著水平（P＞0.05）,但呈现出CD＞CC＞DD的趋势;3种基因型对背膘厚的影响差异不显著（P＞0.05）,但呈现出CC＜CD＜DD的趋势。因此,初步推定CD基因型对选择有正向遗传效应。     

大河乌猪Ⅱ系雌激素受体基因、促卵泡素β亚基基因多态性及相关性状的研究

在对142头大河乌猪Ⅱ系核心群基础母猪ESR基因和FSH-β基因多态性检测的基础上,分析这两个基因座位的基因型及合并基因型对乳头数、初产仔数、经产仔数的影响。结果表明,FSH-β基因的3种基因型的产仔数、乳头数之间无显著差异;ESR基因初产仔数CC型>CD型>DD型,CC型比CD型多产仔1.72头,CC型初产仔数显著高于CD、DD型(P<0.05);ESR基因和FSH-β基因合并基因型初产仔数ABCC、BBCC和AACD型明显高于BBCD型(P<0.05)。这也证实ESR基因确实与产仔数有一定关联;但是在对乳头数和经产仔数的统计差异不显著。     

西农莎能奶山羊和布尔山羊GnRH基因多态性与产羔数的相关分析

根据牛GnRH基N序列设计4对引物,采用PCR—SSCP技术检测GnRH基因的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数和生长体质量的关系。所研究的西农莎能奶山羊和布尔山羊群体在P4扩增片段存在多态性,分别定义为CC、CT和TT3种基因型;P1、P2和P3扩增片段均不存在多态性,只表现一种带型。通过测序发现CC型与GG型相比扩增片段的第185、336bp处同时有C—T的单碱基突变。在西农莎能奶山羊和布尔山羊群体中,CC和CT基因型产羔数最小二乘均值均极显著或显著高于TT基因型（P〈0．05）。研究结果表明,GnRH基因对西农莎能奶山羊和布尔山羊的产羔数均有显著影响,因此认为GnRH基因P4扩增位点的突变可作为西农莎能奶山羊和布尔山羊多胎性状的有效分子标记。     

水貂EGF基因SNPS与皮张长度的相关性试验

以水貂的表皮生长因子基因(EGF)作为候选基因,采用单链构象多态性和DNA测序的方法检测了EGF基因单核苷酸多态性(SNPs)。针对该群体的特点建立合适的统计分析模型,并进行了EGF基因多态性与皮长性状的关联分析。结果表明,EGF基因对水貂的皮张长度有一定影响。BB基因型个体与AA基因型个体之间有一定的差异(P<0.05)。CD基因型个体皮长平均要高于CC和DD基因型,且与CC型个体差异显著(P<0.05),与DD型差异不显著(P>0.05)。统计各基因型之间的组合给水貂皮长带来的影响时,发现多数组合基因型对所检测的水貂皮长有显著影响(P<0.05)。     

乌湖杂交羊GnRHR与INHA基因多态性及其互作效应对产羔数的影响

试验旨在探究GnRHR和INHA基因遗传变异及其互作效应对绵羊产羔数的影响。参考GenBank发布的绵羊GnRHR基因(登录号:AH004943)和牛INHA基因(登录号:U16237)的DNA序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测GnRHR和INHA基因在乌湖羊、湖羊、乌骨绵羊中的遗传多态性,分析多态位点与产羔数的相关性,以及GnRHR和INHA基因间互作效应。结果显示,乌湖羊和湖羊群体GnRHR和INHA基因均存在多态位点,分别检测到GG、GC、CC和AA、AB、BB基因型,乌骨绵羊因样本较少,未发现多态位点。测序发现,GnRHR基因编码区198 bp处发生G→C突变,导致甘氨酸变为精氨酸,为错义突变;INHA基因877 bp处发生T→C突变,为同义突变(仍为天冬氨酸)。遗传学分析显示,GG和AA为优势基因型,G和A为优势等位基因;χ~2适合性检验显示,试验羊群体GnRHR和INHA基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05);分析GnRHR与INHA基因互作效应发现,基因互作效应在乌湖羊和湖羊群体差异显著(P0.05),ABCC互作基因型互作效应最大,AAGG互作基因型互作效应最小。乌湖羊ABCC互作基因型的平均产羔数比AAGG互作基因型多1.68只,湖羊ABCC互作基因型产羔数比AAGG互作基因型多1.32只,ABCC互作基因型比AB和CC基因型的产羔数都高,表明互作效应与羊产羔数呈正相关。本研究认为,INHA基因T877C位点与GnRHR基因G198C位点互作基因型与绵羊产羔数紧密关联,对试验羊群体产羔数影响显著。     

2个山羊品种多胎性状的微卫星标记研究

根据比较基因组学原理,选择与绵羊高繁殖力紧密关联的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329、BMS2508,分析其在波尔山羊和西农莎能奶山羊中的多态性分布情况。结果表明,4个微卫星标记在波尔山羊中的多态信息含量（PIC）分别为0.834 0、0.722 2、0.802 1、0.685 5,有效等位基因数（Ne）分别为6.719、4.098、5.610、3.542;在莎能奶山羊中的PIC分别为0.765 5、0.738 7、0.670 1、0.682 0,Ne分别为4.849、4.360、3.520、3.609。4个微卫星基因座对波尔山羊和莎能奶山羊的产羔数效应分析表明,在波尔山羊群体中,OarAE101基因座126 bp等位基因对产羔数具有正效应,而134 bp则呈负效应;OarHH55基因座120和124 bp等位基因对产羔数具有正效应,而130 bp/140 bp基因型则呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数具有正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数具有正效应,而122 bp/141 bp基因型和148 bp等位基因均呈负效应。在西农莎能奶山羊群体中,OarAE101基因座108 bp等位基因和114 bp/126 bp基因型对产羔数均呈正效应,而124 bp等位基因则呈负效应;OarHH55基因座120 bp等位基因对产羔数呈正效应,而150 bp/165 bp基因型呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数呈正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型则均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数呈正效应,而141 bp等位基因和153 bp/160 bp基因型均呈负效应。     

大白猪群中PIT1基因多态性与生长性状的相关性研究

猪的生长性状能反映猪的生长速度,研究其遗传机理具有重要意义。本研究利用PCR-RFLP技术检测343头法系大白猪PIT1基因Msp I酶切位点多态性,并对乳头数、达100 kg体重日龄、校正背膘厚、初生重和体长等性状进行关联分析。结果显示在法系大白群体中检测到PIT基因3种基因型(分别为DD、CD、CC基因型)的存在,其中PIT1基因DD基因型个体左乳头数高于CC基因型个体,且显著(P0.05)高于CD基因型个体,而CC基因型个体的活体背膘厚和100 kg体重日龄要低于DD基因型个体,但并没有达到显著水平。     

奶山羊POU1F1基因遗传变异及其对泌乳量的影响

利用PCR-SSCP和DNA测序方法,检测西农萨能奶山羊、关中奶山羊和崂山奶山羊3个品种POU1F1基因10个位点的遗传变异,并分析多态位点与泌乳量的关系.结果表明,在3个奶山羊品种中存在4个多态变异位点,共发现12个单核苷酸多态性(SNPs)位点.关联分析表明,Exon 3位点多态与奶山羊第1胎和第4胎产奶量显著关联(P＜0.05);Exon 5位点对平均产奶量有显著影响(P＜0.05);不同位点组合效应表明,Exl-Ex4组合基因型对奶山羊第3胎产奶量有显著影响;Ex3-Ex4组合基因型对平均产奶量有显著影响:Ex3和Ex5位点的互相效应对奶山羊第1胎产奶量有显著影响.暗示POU1F1基因可作为奶山羊泌乳量MAS的重要候选基因.     

乌湖杂交羊GnRHR与INHA基因多态性及其互作效应对产羔数的影响

试验旨在探究GnRHR和INHA基因遗传变异及其互作效应对绵羊产羔数的影响。参考GenBank发布的绵羊GnRHR基因（登录号：AH004943）和牛INHA基因（登录号：U16237）的DNA序列设计引物，采用PCR-SSCP技术检测GnRHR和INHA基因在乌湖羊、湖羊、乌骨绵羊中的遗传多态性，分析多态位点与产羔数的相关性，以及GnRHR和INHA基因间互作效应。结果显示，乌湖羊和湖羊群体GnRHR和INHA基因均存在多态位点，分别检测到GG、GC、CC和AA、AB、BB基因型，乌骨绵羊因样本较少，未发现多态位点。测序发现，GnRHR基因编码区198 bp处发生G→C突变，导致甘氨酸变为精氨酸，为错义突变；INHA基因877 bp处发生T→C突变，为同义突变（仍为天冬氨酸）。遗传学分析显示，GG和AA为优势基因型，G和A为优势等位基因；χ²适合性检验显示，试验羊群体GnRHR和INHA基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）；分析GnRHR与INHA基因互作效应发现，基因互作效应在乌湖羊和湖羊群体差异显著（P<0.05），ABCC互作基因型互作效应最大，AAGG互作基因型互作效应最小。乌湖羊ABCC互作基因型的平均产羔数比AAGG互作基因型多1.68只，湖羊ABCC互作基因型产羔数比AAGG互作基因型多1.32只，ABCC互作基因型比AB和CC基因型的产羔数都高，表明互作效应与羊产羔数呈正相关。本研究认为，INHA基因T877C位点与GnRHR基因G198C位点互作基因型与绵羊产羔数紧密关联，对试验羊群体产羔数影响显著。     

庄河大骨鸡GHR、IGF-Ⅰ基因的多态性及基因聚合对产肉性能的影响

本文旨在探究庄河大骨鸡GHR和IGF-Ⅰ基因产肉性能的遗传标记及聚合基因型的效应,为庄河大骨鸡的选育奠定理论基础。利用PCR-RFLP标记技术和最小二乘法分析了GHR、IGF-Ⅰ单基因型和聚合基因型与17周龄产肉性能的关联。结果发现:GHR基因和IGF-Ⅰ基因都存在3种基因型且处在哈代温伯格平衡状态;GHR基因AA型的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重和平均日增重分别显著高于AB型和BB型(P<0.05);IGF-Ⅰ基因DD型的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重和平均日增重分别显著高于CC型和CD型(P<0.05);聚合基因型AADD、AACD和ABDD的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、平均日增重显著高于其他各基因型(P<0.05)。GHR基因的AA型,IGF-Ⅰ基因的DD型和聚合基因型AADD、AACD、ABDD对鸡的产肉性能有显著影响,但是能否作为庄河大骨鸡选育的理论依据还需进一步研究。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

苏太猪SLA-DQA基因SNP检测及其对部分经济性状的遗传效应分析

实验对苏太猪SLA-DQA基因的第4外显子进行多态性分析,并初步探讨DQA基因作为影响苏太猪经济性状候选基因的可能性。PCR-SSCP分析共检测到CC、CD和DD 3种基因型;在第4外显子检测到G5233A突变,导致了氨基酸Thr到Ala的改变。结果表明:苏太猪3种基因型个体的初生重、35日龄断奶体重、4月龄体重、6月龄体重以及60 kg体尺和背膘厚等生长发育指标差异不显著(P0.05);DD基因型第3胎次总产仔数、产活仔数、初生窝重均高于CC和CD基因型的个体,尤其是断奶仔猪数和断奶窝重显著高于CC和CD基因型的个体(P0.05),但CC和CD基因型个体间繁殖性能差异不显著(P0.05)。     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

PRLR基因外显子10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析

设计4对引物,采用PCR—SSCP技术检测催乳素受体（PRLR）基因外显子10在西农萨能奶山羊群上的单核苷酸多态性,同时研究该基因对其产奶性能的影响。结果表明：引物P2、P3与P4扩增片段具有多态性,P1的扩增片段不存在多态性。应用P2扩增片段,在西农萨能奶山羊中仅检测到AA和AB基因型,纯化测序表明AA与AB基因型相比有2处突变,C27T的突变没有导致氨基酸变化,第189处的碱基缺失导致氨基酸由组氨酸变为酪氨酸和苏氨酸。AA和AB基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著（P〈0．05）,AA基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均高于AB基因型,其中第3胎的产奶量达到显著水平（P〈0．05）;应用R扩增片段,在西农萨能奶山羊中检测到3种基因型（CC、CD、DD）,纯化测序表明CC与DD基因型相比有2处突变（C103A和T106C）,分别导致氨基酸由赖氨酸变为苏氨酸、苏氨酸变为异亮氨酸;3种基因型之间产奶量的最小二乘均值差异不显著（P〉0．05）。应用P。扩增片段,在西农萨能奶山羊中也只检测到EE和EF基因型,纯化测序表明EE与EF基因型相比有1处突变（A114G）,该突变导致氨基酸由蛋氨酸变为缬氨酸;EE和EF基因型之间产奶量差异显著（P〈0．05）。EE基因型的个体各胎次产奶量均比EF型高,其中在第3、4胎产奶量和前4胎平均产奶量3项指标上都达到显著水平（P〈0．05）。研究结果提示：PRLR基因对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为PRLR基因外显子10位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记。     

肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究

本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性。结果表明,MyoG基因外显子1上存在1个G102A突变,外显子3上存在1个T36C突变,分别形成基因型AA、AB、BB和CC、CD、DD。关联分析结果显示,基因型AA、AB和BB在京海黄鸡繁殖性状上无显著差异（P＞0.05）;基因型CC和DD在京海黄鸡开产体重上存在显著差异（P＜0.05）,在其余性状上各基因型差异均不显著（P＞0.05）。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的繁殖性状无显著影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。