玉米粉对西藏巨菌草青贮发酵品质及微生物多样性的影响

试验旨在探究添加不同比例玉米粉对西藏地区巨菌草青贮发酵品质和微生物多样性的影响。试验以西藏地区种植的巨菌草为原料,设置4个青贮组,分别在巨菌草中添加0、5%、10%、15%玉米粉,每组设置5个重复。青贮60 d,取样测定青贮饲料发酵品质,利用16S rRNA测序技术分析巨菌草青贮微生物多样性。结果显示,添加玉米粉未显著改变巨菌草青贮饲料的干物质、粗蛋白、粗脂肪的含量及pH值,但显著降低了巨菌草青贮饲料的粗纤维和粗灰分含量（P<0.05）;巨菌草青贮饲料中添加玉米粉可改善青贮饲料的感官品质。微生物多样性测定结果显示,添加玉米粉可提高巨菌草青贮饲料中厚壁菌门、乳杆菌属和明串珠菌属的相对丰度。研究表明,添加玉米粉可以改善巨菌草青贮饲料的感官品质,提高青贮发酵品质。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析草原红牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

为系统探讨草原红牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析草原红牛(20月龄左右,均重为577.5 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示:通过Illumina Miseq测序平台共获得35 848条优质序列,聚类分析得到387个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属15个门、20个纲、25个目、41个科及110个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为50.09%和41.11%;基于属的组成,依次为普雷沃菌属(Prevotella)15.20%、未知属f型拟杆菌目(norankfBacteroidales)BS11菌群8.66%、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)NK4A214菌群6.96%、理研菌科(Rikenellaceae)RC9菌群5.56%、未知属(Christensenellaceae)R-7菌群4.01%、瘤胃球菌属2(Ruminococcus2)3.33%等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测结果显示,瘤胃内菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢,表面草原红牛体内含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了草原红牛瘤胃菌群的多样性,且预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索草原红牛瘤胃微生物的认知提供了基础,也为挖掘其他重要营养生理功能相关的瘤胃微生物功能基因提供了参考。     

长角血蜱肠道细菌的分离与鉴定

为深入研究肠道细菌在蜱的生理学和传播病原上的作用,本研究进行了长角血蜱肠道细菌的分离鉴定。按照细菌传统分离方法并结合16S rDNA测序鉴定,获得7个分离株,这些菌株分别属于显核菌属(Caryophanon sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、微杆菌属(Microbacterium sp.)和短杆菌属(Brevibacterium sp.)5个菌属。     

美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的全基因组测序及生物信息学分析

为了探究美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的功能。本研究利用Megalign构建美人鱼发光杆菌16S r DNA遗传进化树,利用电镜观察菌株,并进行生化鉴定;采用PacBio RSII高通量测序平台对美人鱼发光杆菌进行全基因组测序;利用SMRT portal软件对测序所得基因进行组装拼接;利用NR、KEGG、COG等数据库和SignalP、EffectiveT3、antiSMASH等软件对MCCC 1K03226株进行基因功能注释;利用Circos软件绘制基因组环形图谱。通过遗传进化树、序列比对及生化鉴定结果显示,该菌为美人鱼发光杆菌美人鱼亚种;测序结果显示该菌基因组由2条染色体和1个质粒组成,共编码4 298个基因,GC含量为41.59%;基因功能分析显示,2 392个基因对应美人鱼发光杆菌,1 980个基因参与34类代谢通路;3 452个基因编码蛋白质;3 570个基因与分子功能相关;2 884个基因与细胞成分相关;6 526个基因与生物学过程相关;501个基因编码转运蛋白;5个基因与耐药性相关;97个基因编码的蛋白与致病性相关;317个基因编码分泌蛋白,其中192个蛋白为III型分泌系统(T3SS)效应蛋白。本研究对美人鱼发光杆菌分离株MCCC 1K03226进行全基因组测序和生物信息学分析,为该菌的致病机制研究和疾病防控奠定基础。     

布鲁菌疫苗株S2全基因组测序及功能分析

为找出布鲁菌疫苗株S2基因组分泌性蛋白、参与生物学途径基因、细胞组件基因、分子功能基因、毒力相关因子及耐药基因,对布鲁菌疫苗株S2全基因组测序并进行Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测、GO注释、VFDB注释、ARDB注释。全基因组测序结果表明,S2基因组大小约为3.3 Mb,杂合度和重复度较低,GC含量分布未出现异常。通过Ⅲ型分泌系统效应蛋白预测未找出S2分泌性蛋白。通过GO数据库注释,发现参与生物学途径基因有3 823个、细胞组件基因有1 949个、分子功能基因有2 585个。通过VFDB数据库注释,找出S2基因组有79个毒力相关基因,其中最大基因为8 604bp,最小基因为180bp。通过ARDB数据库注释,找出S2基因组有13个耐药基因,最大基因为3 225bp,最小基因为333bp;其中功能注释的有GL002835基因,是枯草杆菌肽类基因,此基因耐受抗微生物类药物。本研究为进一步了解布鲁菌S2基因组基本功能奠定了基础。     

布鲁菌疫苗株A19全基因组测序及功能分析

采用Illumina Hiseq和PacBio测序技术对布鲁菌A19进行全基因组测序,并进行GO注释、VFDB注释、ARDB注释、CRISPR以及基因岛预测等生物信息学分析。结果显示:A19全基因组大小为3.28 Mb,GC含量分布未见异常,含1个CRISPR和16个基因岛,通过GO数据库注释发现,参与生物学途径的基因5 311个、细胞组份基因有3 350个、分子功能基因有3 078个;通过VFDB注释发现,与毒力相关的基因82个,主要包括脂多糖(LPS)、纤连结合蛋白、virB四型分泌系统等毒力相关因子;通过ARDB数据库注释发现,与耐药相关的基因1个,该基因的表达产物通过影响焦磷酸异构酶的表达,从而产生对抗生素的耐药。本试验通过A19全基因组测序,为布鲁菌病的治疗和致病机制的研究及疫苗的开发奠定了基础。     

桑树内生细菌的分离及生防益菌的筛选

对不同品种健康桑树植株组织中的内生细菌进行分离,共得到229个菌株。探讨了较合理的内生细菌分离纯化方法,对内生细菌数量进行了测定。结果表明,桑树根、茎、叶柄、叶片、花蕾等组织内均存在大量的内生细菌,且不同品种及组织中内生细菌的数量均存在差异。离体抑菌作用测定表明,229株桑树内生细菌中,有42株(18.3%)菌株对桑树炭疽病菌有拮抗作用,有25株(10.9%)菌株对桑粘格孢菌有拮抗作用;以上67株菌种又有8株菌株对多种病原真菌都有抑菌作用,表现出较强抑菌活性,具有作为生防菌的应用潜能。对8株内生拮抗菌株进行了细菌学鉴定,结果表明,菌株G21、G49、Y12和J26归属于芽孢杆菌属(Bacillussp.),G82和J50归属于假单孢菌属(Pseudom onas sp.),Y33归属于欧文氏菌属(Erwinia sp.),B19归属于短小杆菌属(Curtobacterium sp.)。     

利用宏基因组学方法对马铃薯中某未培养内生菌的1-氨基环丙烷-1-羧酸脱氨酶基因(acdS)操纵子进行分析

乙烯前体物1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)脱氨基作用对植物十分有利,因而常见于许多植物促生菌中。本研究对马铃薯植株中某内生菌的ACC脱氨酶基因(acdS)进行了分析。采用PCR等方法分析出该内生菌存在2种acdS基因,其中的优势基因与荧光假单胞菌的acdS基因具有较高的同源性。本研究构建了宏基因组文库,并对其进行了功能筛选和序列分析,从PCR文库中成功筛选出含有acdS基因的阳性克隆。对其中一个克隆进行序列分析,从中发现某未培养内生菌acdS基因的整个操纵子,并且acdS基因与该未培养内生菌acdS转录调节因子基因同时出现在操纵子上游,与P.putida UW4菌株中的发现一致。但是,对195个完全测序结果及含有acdS基因的细菌的基因组进行分析,发现大多数菌株(包括许多假单胞菌属的菌株)在acdS基因附近或基因组的其他区域都不含有acdS调节基因,但一些α-和β-变形菌中含有acdR+-acdS+操纵子,其中最主要的是伯克氏菌属。     

细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析

为探讨细菌全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性，对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序，并进行血清型预测、多位点序列分型（multilocus sequence typing，MLST）和耐药基因分析，将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示：基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%，两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致；两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%，即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因；用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因，表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明：全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致，且具有快速、低成本、操作简单等优势，并且随着测序技术的发展，其检测成本和周期将进一步缩减，因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。     

基于实时荧光定量PCR筛选巨菌草内参基因

以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。     

多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析

【目的】通过对多重耐药胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)GD2107株进行全基因组测序及生物信息学分析,丰富APP基因组数据库信息;构建基于ApxⅣ基因的系统进化树,分析该菌株的进化关系,为探索APP致病机制和临床防控猪传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumia,PCP)提供参考。【方法】通过药敏试验测定分离菌株的耐药谱;采用全基因组测序技术(whole genome sequencing,WGS)对细菌DNA进行全基因组测序,分别利用Illumina NovaSeq、PacBio SequeI测序平台对全基因组测序结果进行基因功能注释及生物信息学分析(包括基因组基本信息、功能元件分析及亚系统分析等);基于ApxⅣ基因构建系统进化树。【结果】药敏试验结果显示,GD2107菌株对青霉素、头孢拉定(先锋Ⅵ)、卡那霉素等14种抗菌药均耐药。对GD2107株全基因组测序得到1条大小为2 271 987 bp的环状染色体(GC含量为41.21%)和2个大小分别为5 027和3 497 bp的环状质粒,共预测到2 290个编码基因,包含19个rRNA (7个5S rRNA、6个16S rRNA、6个23S rRNA)、21个tRNA基因、20个ncRNA;23个基因岛、4个原噬菌体和2组CRISPR相关序列;分别有2 112、1 549和1 866个基因在COG、KEGG和GO数据库中得到注释,且相关蛋白集中分布于APP的代谢过程;另外在毒力因子(VFDB)和耐药因子(CARD)数据库中还注释到48个毒力基因和22个耐药基因(仅floR基因位于质粒上)。绘制该菌株的全基因组圈图,将基因组信息提交至NCBI,获得染色体GenBank登录号为CP097377,质粒登录号分别为CP097378和CP097379。系统进化树分析发现,该菌株与来自中国的APP菌株(CP063424.1)进化关系最近。【结论】本研究完成了对多重耐药菌株GD2107的全基因组测序与生物信息学分析,全面认识了该菌株基因组的结构和功能并探究了耐药和致病机制中的相关基因,进化关系显示该菌株具有一定的地域流行性,为预防PCP的流行和探索APP的致病机制提供了参考。     

1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2 096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp。预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736 bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。     

巨菌草内生细菌多样性及其促生特性

为探究不同生境巨菌草（Pennisetum sp.）内生细菌群落组成多样性,明确促生菌株的促生特性,本试验采用菌株16S rDNA全序列分析法,对5个不同生境的巨菌草中内生细菌的遗传多样性进行系统发育分析,并以溶磷、固氮、产吲哚乙酸（Indoleacetic Acid,IAA）、产铁载体和抑菌活性等为筛选标准,对初筛菌株进行多项促生活性测定。本研究中,从巨菌草植株中共分离得到187株内生菌株,其中86株具有分泌IAA的能力,占全部菌株的46%,菌株XJ-4产IAA的能力最强,分泌的IAA浓度为30.13 mg·L^-1;47株具有溶磷能力,占全部菌株的25%,菌株FJ-23,FJ-15溶磷能力最高,分别为7.10 mg·L^-1和7.35 mg·L^-1;128株可以在Ashby无氮培养基中正常生长,表明64%的巨菌草内生细菌都具有潜在的固氮能力;34株可以在产铁载体的培养基中正常生长,表明18%的菌株产铁载体;试验中,80%以上的内生细菌对1种或者多种指示菌具有抑制作用,其中菌株SX-21,SX-30,SX-1,NY-10表现出对3种指示菌的广谱性抑菌活性,菌株SX-30对玉米大斑病菌的抑制效果最好,抑菌圈达到30 mm。供试菌株共产生了23种遗传图谱类型,通过对每种图谱类型的代表性菌株进行16S rDNA全序列分析,23株菌株分别归属于芽孢杆菌属（Bacillus）、根瘤菌属（Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）和肠杆菌属（Enterobacter）。巨菌草中具促生特性的内生细菌表现出丰富的多样性,可为进一步构建巨菌草促生菌菌群提供良好的种质资源。     

鼠伤寒沙门菌ATCC13311诱导耐药株的转录组测序和分析

为研究鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株在转录组水平上的差异,使用环丙沙星为诱导药物,采用梯度浓度诱导法,诱导鼠伤寒沙门菌ATCC13311产生耐药性。构建ATCC13311和其诱导耐药株TW4的转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双向测序及数据分析。诱导获得ATCC13311对环丙沙星MIC值为4mg/L的耐药菌TW4。测序获得了4.46G有效数据,通过de novo拼接,获得了311条unigene,平均长度为15 587bp。拼接所得到的全序列长度为4 847 532bp,经预测4 998条基因中有4 902条得到GO注释。采用COG功能将注释基因划分为25类。初步确定TW4有3 434个基因表达量显著上升,32个基因表达量显著下降,7条代谢途径表达差异显著。利用转录组测序技术对鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株TW4进行研究,揭示了鼠伤寒沙门菌耐药性诱导前后差异表达的基因和显著变化的代谢途径,为深入研究细菌耐药分子机制及与细菌代谢途径之间的联系提供重要依据。     

猪源大肠杆菌O157∶H7毒力差异株的转录组测序分析

为了解大肠杆菌O157∶H7毒力差异株转录组差异,丰富O157∶H7转录组数据信息,本研究采用Illumina HiSeq^TM 2000平台对两株大肠杆菌O157∶H7毒力差异株进行高通量测序,测序数据采用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。结果发现,经过测序,两个菌株分别获得3 113 118和2 944 912条reads,比对到参考基因组上的reads分别占总reads的83.76%和78.97%。以中等毒力株为参考,在高毒力株中共获得941个差异表达基因,其中上调基因637个,下调基因304个。GO功能注释分析表明,差异表达基因主要与催化活性功能、黏附、转运活性、受体活性、酶调节活性、定位、生化调节、运动等诸多生理生化过程相关;KEGG富集分析发现共有425个基因注释到160个代谢通路中,其中新陈代谢、核糖体、鞭毛合成、嘧啶代谢、糖类代谢、细菌趋化等通路显著富集。此次通过大肠杆菌O157∶H7毒力差异株转录组研究对差异表达基因涉及的信号调控及可能的功能基因进行了探索,丰富了转录组信息,为进一步开展大肠杆菌O157∶H7毒力相关基因的研究及分子调控机制奠定了基础。     

1株大鲵源葡萄牙柠檬酸杆菌的全基因组测定及毒力基因和耐药基因的分析

葡萄牙柠檬酸杆菌是一种新发现的条件性致病菌,为明确重庆地区大鲵源多重耐药葡萄牙柠檬酸杆菌的基因组及其耐药特征,本试验对患病大鲵分离菌进行鉴定、药敏试验、全基因组测序及毒力、耐药基因的分析。分离菌首先通过16S rDNA进行初步鉴定,腹腔注射健康小鼠观察其致病性;利用Kirby-Bauer(K-B)纸片法进行9类共35种抗生素的敏感性试验;再利用二代测序技术进行全基因组测序,通过生物软件和数据库对分离菌的毒力基因和耐药基因进行分析。结果显示,分离菌鉴定为葡萄牙柠檬酸杆菌,将其命名为CQ-CP1,该菌对小鼠具有较强的致病性。药敏试验显示CQ-CP1对多种抗生素不敏感,为多重耐药菌株。全基因组测序该菌株共有5 006 960 bp, G+C含量为51.8%,共编码有4 722个结构蛋白,基因组信息在GenBank中的登录号为RZIH00000000.1。病原毒力因子数据库(VFDB)比对发现CQ-CP1中共有49个与毒力相关的基因,与细菌的运动、黏附、转录等相关;耐药基因数据库比对结果显示,该菌携带6个耐药基因(ARG),分别是氨基糖苷类aadA1,喹诺酮类qnrS1、qnrB32,β内酰胺...     

敲除小RNA gcvB后沙门菌的转录组分析

为筛选与沙门菌小RNA gcvB相关的靶基因,采用高通量的转录组测序(RNA-seq)技术对野生型沙门菌和敲除小RNA gcvB沙门菌的mRNA进行对比分析,全面地预测GcvB的靶基因的数量与种类,通过GO和KEGG数据库对筛选基因进行比对注释,进一步分析筛选基因的主要功能及涉及的生物过程。并利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示:差异表达基因共1 244个,其中基因表达上调678个,基因表达下调566个。GO富集分析显示,差异表达基因主要涉及氧化还原活性、铁离子结合、运动活性等分子功能,细菌鞭毛的细胞成分,细胞呼吸、钴胺素代谢过程和钴胺素生物合成过程等生物过程。KEGG数据库分析显示,差异表达基因主要参与细菌趋化性、卟啉和叶绿素代谢、不同环境中的微生物代谢、双组分系统、甲烷代谢等14个信号通路。对筛选出的10个差异表达基因进行荧光定量PCR验证,结果显示:差异表达基因相对表达量与RNA-seq测序结果基本一致。本研究为进一步探明小RNA gcvB与靶基因相互作用、小RNA的调控机制,以及沙门菌致病机制奠定了基础。     

牦牛肺转录组图谱绘制及特有正选择遗传进化基因探究

旨在利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析牦牛低氧适应及相关遗传机制。本研究以牦牛和黄牛肺为样本,经Illumina HiSeq2 500平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,在黄牛转录测序文库中共获得了54 720 968条序列,包含4 924 882 170bp,在牦牛中共获得了51 641 282条序列,包含4 647 715 380bp。牦牛基本转录组分析发现,8 123条mRNA的5′-或3′-末端在原有基础上发生了延伸,同时还发现了7 059个新转录本,预测其中2 795个新转录本具有编码蛋白的能力;GO分析表明,共有14 764个基因得到分类注释,涉及细胞组分、生物学过程及分子功能3个大类59个小类,其中细胞、细胞过程及绑定类别最为富集;KEGG分析表明,14 485个基因涉及到258个通路,代谢途径通路最为富集,其次为粘着斑通路及阿米巴病通路。将牦牛肺转录组与黄牛进行比较,Ka/Ks分析筛选出39个正选择基因,这些基因的GO分类注释结果显示,在细胞组分TOP10中与核糖体相关的类别所占比例最大(4/10),生物学过程TOP10中与免疫细胞相关的类别所占比例最大(7/10),分子功能TOP10中与酶活性相关的类别所占比例最大(5/10);KEGG注释结果表明,这些基因共涉及56个通路,最为富集的前10个通路中涉及糖类能量、维生素、核酸等相关代谢的通路占到了7/10。同时发现,最为富集前10个通路中有3个涉及到疾病,推测这与牦牛的自我保护机制有关。本研究通过RNA-Seq转录组测序技术获得了牦牛肺正常转录组数据库,描绘出了牦牛肺正常转录组图谱,为进一步的完善牦牛基因组数据库提供了有价值的数据。同时通过与黄牛转录组的比较,筛选出了相关的正选择基因,为进一步在分子水平揭示牦牛高原低氧适应的独特进化过程及遗传分子机制提供了参考依据。     

BHV-1感染MDBK细胞lncRNA表达谱系及lncRNA与mRNA的关联性分析

为探究牛疱疹病毒1型(BHV-1)感染MDBK细胞的长链非编码RNA(lncRNA)表达谱系变化及lncRNA与m RNA的关联性,本研究将BHV-1感染MDBK细胞,以未感染BHV-1的MDBK细胞作为对照,于感染后采用Illumina HiSeqTM4000测序,测序数据基于stringtie进行转录本重构,得到7 935个lncRNA转录本,再用CPC和CNCI两个软件进行新转录本编码能力的预测,获得681个新产生的lncRNA转录本。利用DESeq2软件对差异表达的lncRNA进行分析,结果显示,实验组共获得839个差异表达的lncRNA转录本,其中表达上调转录本508个,表达下调转录本331个。利用RNA plex软件对反义lncRNA与mRNA进行关联性分析,得到lncRNAmRNA相互作用的靶基因对1 227个,其中差异表达的lncRNA-mRNA相互作用靶基因对42个;顺式作用lncRNA与m RNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对3 793个,差异表达的lncRNA-mRNA靶基因对149个;反式作用lncRNA与mRNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对268 409个。通过基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析进一步对与lncRNA关联mRNA的功能和途径进行分析,结果显示,关联的mRNA在细胞进程、单组织代谢过程、代谢过程及生物学调节等过程显著富集。随机选取10个差异表达的lncRNA,利用qRT-PCR方法进行验证,结果显示,其表达变化趋势与高通量测序数据趋势一致。本研究为进一步研究lncRNA在病毒感染中的作用奠定了基础,同时为进一步阐述BHV-1的发病机制、致病机理提供参考。