高通量测序法分析感杨树灰斑病前后叶围微生物多样性

采用高通量测序法,探究小黑杨(Populus simonii×P.nigra)灰斑病(Coryneum populinum Bres.)病叶与健康叶之间共生细菌和真菌群落结构的差异。结果表明:小黑杨叶片感病前后细菌与真菌的OTU变化巨大,2组样品共有的细菌种类有27个,仅占细菌总数的5.49%,共有真菌种类有22个,仅占真菌总数的0.71%。2组样品中菌落结构基本相同,但相对丰度差异较大,在门水平下,变形菌门(Proteobacteria)是优势细菌,子囊菌门(Ascomycota)是优势真菌。在属水平下,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)是健康叶中的优势细菌,假单胞菌属(Pseudomonas)是病叶中的优势细菌;枝孢属(Cladosporium)是健康叶中的优势真菌,镰刀菌属(Fusarium)是病叶中的优势真菌,其次是棒盘孢属(Coryneum)。     

城市森林不同林型下土壤基本理化特性及土壤真菌多样性

以东北林业大学哈尔滨城市林业示范基地8种人工纯林(胡桃楸、水曲柳、黄檗、白桦、兴安落叶松、樟子松、黑皮油松、红皮云杉)为研究对象,在对不同纯林的土壤酸碱度、相对含水量和电导率等基本理化性质检测的基础上,进行了各样品的土壤真菌宏基因组间差异研究,结果显示:不同人工纯林的土壤酸碱度、相对含水量和电导率都存在着显著的差异,p H值的变化范围在4.597~7.393,相对含水量为4.11%~10.90%,土壤电导率为953.000~3 443.333μs·cm-1,其中胡桃楸林的土壤p H值和电导率最高,兴安落叶松林相反。土壤真菌宏基因组检测发现9个样品土壤真菌宏基因组间存在明显的差异,9个样品中共检测到8个真菌门、24个纲、63个目、124个科、211个属、362个种。其中真菌门和真菌纲水平的变化最明显,主要涵盖了子囊菌门、担子菌门、壶菌门、接合菌门、球囊菌门。另外,在黑皮油松中检测到近年来新发现的子囊菌门古菌根菌纲真菌,在对照样品中检测到担子菌门柄锈菌亚门伞型束梗孢菌纲真菌,在胡桃楸和水曲柳样品中检测到球囊菌门真菌,而担子菌门黑粉菌亚门外担菌纲真菌仅在对照和红皮云杉样品中检测到。在真菌门分类水平上,胡桃楸、水曲柳、兴安落叶松、樟子松样品中以子囊菌门真菌为优势菌种;白桦、黑皮油松、红皮云杉样品以担子菌门真菌为优势菌种。在真菌纲分类水平上,主要以伞菌纲真菌为优势菌种。水曲柳土样样品中发现优势菌种为子囊菌门盘菌亚门下的粪壳菌纲真菌。     

城市森林不同林型下土壤基本理化特性及土壤真菌多样性1）

以东北林业大学哈尔滨城市林业示范基地8种人工纯林（胡桃楸、水曲柳、黄檗、白桦、兴安落叶松、樟子松、黑皮油松、红皮云杉）为研究对象,在对不同纯林的土壤酸碱度、相对含水量和电导率等基本理化性质检测的基础上,进行了各样品的土壤真菌宏基因组间差异研究,结果显示：不同人工纯林的土壤酸碱度、相对含水量和电导率都存在着显著的差异,pH值的变化范围在4．597～7．393,相对含水量为4．11％～10．90％,土壤电导率为953．000～3443．333μs· cm－1,其中胡桃楸林的土壤pH值和电导率最高,兴安落叶松林相反。土壤真菌宏基因组检测发现9个样品土壤真菌宏基因组间存在明显的差异,9个样品中共检测到8个真菌门、24个纲、63个目、124个科、211个属、362个种。其中真菌门和真菌纲水平的变化最明显,主要涵盖了子囊菌门、担子菌门、壶菌门、接合菌门、球囊菌门。另外,在黑皮油松中检测到近年来新发现的子囊菌门古菌根菌纲真菌,在对照样品中检测到担子菌门柄锈菌亚门伞型束梗孢菌纲真菌,在胡桃楸和水曲柳样品中检测到球囊菌门真菌,而担子菌门黑粉菌亚门外担菌纲真菌仅在对照和红皮云杉样品中检测到。在真菌门分类水平上,胡桃楸、水曲柳、兴安落叶松、樟子松样品中以子囊菌门真菌为优势菌种;白桦、黑皮油松、红皮云杉样品以担子菌门真菌为优势菌种。在真菌纲分类水平上,主要以伞菌纲真菌为优势菌种。水曲柳土样样品中发现优势菌种为子囊菌门盘菌亚门下的粪壳菌纲真菌。     

不同种植年限及覆膜栽培防风根际土壤微生物多样性研究

为探究防风生长发育及栽培方式对其根际微生物群落结构的影响，采用Illumina高通量测序技术对非根际土壤(CK)、1年生(F1)、2年生(F2)和覆膜栽培1年(FM)的防风根际土壤中细菌16SrRNA和真菌18S序列进行测序分析。研究发现各处理的微生物总数、菌群丰富度和复杂程度表现为1年生组>非根际土壤组，1年生组>2年生组、覆膜组。覆膜栽培后微生物α多样性以及小囊菌科和丛赤壳科真菌丰度整体下降，假球壳科真菌丰度急剧增加。各处理土壤样品中微生物的群落组成虽存在差异，但其优势菌门相对稳定，细菌丰度最大的2个门始终是放线菌门和变形菌门，真菌丰度最大的门为子囊菌门和担子菌门。Venn分析和UPGMA聚类分析显示，F2处理中独有细菌的OTU数少于F1处理，独有真菌的OTU数则多于F1处理，F2和FM处理在菌落结构组成上较为相近。Spearman相关性分析发现，土壤全钾、硝态氮和铵态氮含量是驱动根际微生物群落的主要因子，但其与各优势菌群的相关性不显著。利用PICRUSt2进行菌群功能预测发现，2年生组较其余组菌群功能差异最大。综上可知，生长年限和覆膜均会影响防风土壤细菌群落结构和生态...     

巨杉健康和感病叶片表面微生物组成和多样性比较

为分析巨杉(Sequoiadendron giganteum)健康叶片和感病叶片表面微生物的组成和多样性异同,以我国引种的巨杉叶片表面微生物类群为研究对象,采用高通量测序对细菌16S rRNA和真菌ITS片段测序,通过OTU数量、多样性指数、鉴定类群等方法,分析叶片表面细菌和真菌组成和多样性的异同.结果表明,健康叶片表面的细菌多样性比感病叶片高,但肠杆菌属(Enterobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和短小杆菌属(Curtobacterium)菌群的含量在感病叶片中占所有细菌群落的比例比健康叶片高;真菌类群在健康叶片表面的多样性比感病叶片丰富,其中葡萄孢属(Botrytis)的卡罗来纳葡萄孢(B.caroliniana)占感病叶片表面真菌总数量的49.60%,远远多于健康叶片所占比例16.10%.健康叶片比感病叶片表面维持了较高的细菌和真菌类群多样性,卡罗来纳葡萄孢真菌在感病叶片表面所占比例远远大于健康叶片,可能与植株感病有关,此结果可为巨杉致病菌的防治提供依据.     

小豆和绿豆茎基感病部位真菌群落结构研究

为了解小豆和绿豆茎基感病部位的真菌组成,采用Illumina高通量测序对小豆和绿豆茎基感病部位的真菌群落结构进行分析。结果表明,小豆和绿豆6个茎基感病部位真菌群落样品测序优化后共得到231个OTU （operational taxonomic units）,共同OTU为97个。2种作物茎基感病部位真菌群落中共同的优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,优势菌纲为粪壳菌纲（Sordariomycetes）,优势菌目为肉座菌目（Hypocreales）,优势菌科为从赤壳科（Nectriaceae）。对优势菌属分析发现,小豆和绿豆茎基感病部位镰刀菌属（Fusarium）处于绝对优势,相对丰度分别为32.94%和18.38%。Alpha多样性指数结果表明,绿豆茎基感病部位的真菌群落丰度高于小豆茎基感病部位的真菌群落丰度,但二者真菌群落多样性相似,为进一步研究小豆和绿豆茎基感病部位真菌群落的致病机理提供了理论依据。     

牛粪高温堆制过程中细菌和真菌多样性变化分析

高温堆肥是规模化养殖条件下畜禽粪便无害化转化的重要途径,但堆制过程中微生物驱动机制并不清晰。本研究基于Illumina平台高通量测序技术,分析了牛粪发酵升温期(IM)、高温期(TH)、降温期(CO)和熟化期(MA)细菌和真菌种群的多样性变化。4个时期样本共得到965个细菌OTU和164个真菌OTU。细菌CO期和MA期的OTU数比IM期及TH期大幅度提高,真菌TH期和MA期的OTU数比IM期和CO期明显增加。与IM期比较,细菌门水平TH期、CO期和MA期Actinobacteria(放线菌门)相对丰度明显提高,而Bacteroidetes (拟杆菌门)和Firmicutes(厚壁菌门)相对丰度大幅度下降;真菌门水平TH期、CO期和MA期Ascomycota (子囊菌门)相对丰度明显提高,TH期Zygomycota(接合菌门)和Basidiomycota(担子菌门)相对丰度大幅度增加。细菌属水平菌群分析表明,与IM期相比,TH期、CO期和MA期Pedobacter(土地杆菌属)、Pseudomonas(假单胞菌属)、Psychrobacter(嗜冷杆菌属)相对丰度大幅度下降,TH期Sphingobacterium(鞘氨醇杆菌属)、Pseudoxanthomonas(假黄色单胞菌属)、Thermovum(嗜热菌属)和Bacillus(芽孢杆菌属)相对丰度大幅度增加。TH期真菌属水平的优势菌群为Mortierella(被孢霉属)和Emericella(裸胞壳属)。综上,细菌和真菌的演替模式不同,二者共同驱动了高温腐熟进程。     

铁皮石斛叶片内生真菌多样性的研究

为检测铁皮石斛内生真菌种类,采用高通量测序技术测定铁皮石斛内生真菌的ITS2区序列,用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度和Alpha多样性。获得的有效序列和OTU数为41361/33;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。铁皮石斛内生真菌主要分布于裸胞壳属Emericella,构巢裸壳孢菌Emericella nidulans是铁皮石斛内生真菌的优势种群。     

γ射线辐照对食用菌基质中微生物的影响（英文）

以食用菌基质中微生物为研究对象,研究γ射线辐照处理对基质中微生物数量及群落的影响。结果表明:基质中菌落总数和霉菌数经过γ射线辐照后显著减少;γ射线辐照对基质中细菌种水平OTU和属水平OTU相对丰度影响较大;种水平上,EscherichiaShigella、Uncultured bacterium(Lactococcus)、Uncultured organism 3条细菌OTU的丰度在辐照后明显上升,其余细菌OTU明显降低;属水平上,辐照对Escherichia-Shigella影响较小;而从门水平上来看辐照对菌群影响不大,Proteobacteria和Firmicutes两个门的细菌始终是优势菌群。γ射线辐照对基质中真菌的菌群结构影响较小,属水平上,Fusatium、Unclassified、Candida、Aspergillus在辐照前后始终是优势菌群;门水平上,Ascomycota是主要优势菌。     

葡萄柚籽提取物和聚乙烯包装处理 对香椿贮藏期微生物变化的影响

基于香椿因采摘期短、季节性强和极易腐烂变质等问题,以二茬香椿为原料,采用不同浓度的葡萄柚籽提取物(GSE)和聚乙烯(PE)包装对其进行保鲜处理,测定其贮藏期间的菌落总数、霉菌酵母菌数及细菌和真菌的生物多样性.结果表明,0.5％GSE结合PE保鲜膜处理组能够有效地抑制菌落总数以及霉菌酵母菌数的增长;优势细菌门为蓝菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria),优势细菌属为产碱菌属(Alcaligenes)和红色杆菌属(Rubrobacter);优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota),优势真菌属为短梗霉属(Aureobasidium)和斯宾塞马丁氏孢菌属(Spencermartinsia).香农指数和主成分分析结果表明,0.5％GSE结合PE保鲜膜处理组的细菌和真菌生物多样性最低,微生物群落更加稳定.     

辣椒种植对根际土壤微生物多样性的影响

利用Illumina Mi Seq 2500测序平台对2个辣椒自交系(SJ11–3、06g19–1–1–1)和1个地方品种(樟树港)种植前后根际土壤的微生物进行测序,并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S r RNA基因V3+V4区域和真菌ITS1区域的丰富度、多样性指数以及微生物群落结构。结果表明:辣椒种植前后土壤均以变形菌门和酸杆菌门为优势细菌,子囊菌门、担子菌门和接合菌门为优势真菌;辣椒种植前后土壤中的细菌种类较真菌更加丰富,多样化程度更高;种植辣椒后土壤细菌、真菌的相对丰度及群落结构都发生了变化,土壤细菌Ace、Chao和Shannon指数都有所增加,增幅分别为25.26%~25.49%、24.51%~24.87%和8.28%~9.55%,而真菌的Shannon指数有不同程度降低,Simpson指数增大,增幅78.45%~275.69%;辣椒种植后土壤中细菌和真菌的操作分类单元(OTU)数和类型也有所改变,细菌OTU个数较种植前明显升高,增幅约28.73%,土壤中特有的OTU类型明显减少;真菌OTU个数变化及类型变化比细菌大,病原性真菌的相对丰度大幅增加。     

不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃细菌多样性的影响

研究不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃液细菌多样性及群落结构的影响。选择24只健康的8月龄、体重约25 kg的内蒙古绒山羊母羊,随机分为4组,每组6只,分别为苜蓿组(G1)、苜蓿补饲精料组(G2)、玉米秸秆组(G3)和玉米秸秆补饲精料组(G4),试验期共25 d,其中预饲期20 d。在正式试验期第5天,经口腔采集瘤胃液,利用高通量测序技术进行瘤胃细菌多样性分析。结果表明:基于相似性>97%的原则,4组样品共产生1 399个操作分类单元(OTU),共享OTU 1 040个,约占总数的74.34%;各组α多样性指数指标无显著性差异(P>0.05)。各组门水平最优势菌为拟杆菌门,科水平最优势菌为普雷沃氏菌科,属水平最优势菌为普雷沃氏菌属,在所有占总细菌比例大于1%的瘤胃细菌中,G2组软壁菌门比例显著高于G3和G4组(P<0.05),G1组毛螺旋菌科比例显著(P<0.05)高于其他3组,其余各组菌群比例均无显著差异(P>0.05)。综合得出,不同饲粮类型条件下,内蒙古绒山羊最优势菌门为拟杆菌门,最优势菌科是普雷沃氏菌科,最优势菌属是普雷沃氏菌属;不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃菌群结构影响不明显。     

马铃薯疮痂病不同抗性品种发病与健康块茎内生细菌群落结构及多样性

采用Illumina Miseq测序技术对比分析马铃薯不同抗性品种发病与健康块茎内生细菌群落结构多样性和优势菌群的差异性。结果表明，病原菌侵染改变了内生细菌原有的群落结构组成和多样性特征，与健康块茎相比，易感病品种闽薯2号发病块茎内生细菌Shannon指数降低，独有OTU明显提高，抗病品种中薯566发病块茎内生细菌Shannon指数略有提高，独有OTU数量降低；不同品种发病和健康块茎门、属水平上的主要优势菌分别为变形菌门(Proteobacteria)、慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium);抗病品种块茎内生细菌多样性和有益微生物群落结构比易感病品种更丰富和稳定，闽薯2号发病块茎内慢生根瘤菌属、假单胞菌属(Pseudomonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)等有益菌群不同程度降低，而中薯566发病块茎有益微生物的相对丰度明显提高；放线菌属(Actinobacteria)是健康块茎的重要细菌类群，对拮抗内生菌的挖掘具有一定的指导意义。     

香蕉吸芽苗内生真菌及其根际土壤真菌的鉴定

从香蕉吸芽苗的根、叶等组织内分离到11个属的真菌:曲霉属(Aspergillus)、炭疽菌属(Colletotrichum)、镰孢属(Fu-sarium)、胶帚霉属(Gliocladium)、木霉属(Trichoderma)、球二孢属(Botryodiplodia)、丝核菌属(Rhizoctonia)、单格孢属(Ulo-cladium)、散子囊菌属(Eurotium)、直双孢属(D idymaria)和丝葚霉属(Papuladpora)。炭疽菌属为优势菌,占内生真菌分离物总数的50%。从香蕉吸芽苗根际土壤中分离到10个属的真菌:曲霉属、镰孢属、木霉属、丝核菌属、毛霉属(Mucor)、青霉属(Penicillium)、拟青霉属(Paecilomyces)、帚霉属(Scopulariopsis)、球壳孢属(Sphaeropsis)和盾壳霉属(Coniothyrium)。拟青霉属、青霉属和毛霉属为优势菌,分别占根际土壤真菌分离物总数的39.7%、23.8%和17.5%。     

乌伊岭湿地自然保护区水体淡水真菌多样性研究

以定点连续采样的方法对乌伊岭湿地自然保护区水体中的淡水真菌的多样性进行初步研究.获得淡水真菌16属,36种,优势属为木霉(Trichoderma)和青霉(Penicillium);常见属为曲霉(Aspergillus)、生赤壳属(Bionectria)、附球菌(Epicoccum)、镰刀菌(Fusarium)、赤霉属(Gibberella)、卷枝霉(Helicostylum)、肉座菌(Hypocrea)、白壳菌属(Leucostoma)、散斑壳属(Lophodermium)、毛霉(Mucor);稀有属为枝孢菌(Cladosporium)、丛赤壳菌(Nectria)、酵母(Pichia)、根霉(Rhizopus).而绿色木霉(T.viride)、桔绿木霉(T.citrinoviride)、黑绿木霉(T.atroviride)、棘孢青霉(P.aculeatum)、H.lixii为全年的优势种.淡水真菌种类、优势属及优势种随季节变化而变化,物种丰富度、Shannon-Wiener(1949)多样性指数、群落均匀度也表现出明显的季节性变化.     

不同轮作模式下稻田土壤细菌和真菌多样性变化

为探讨不同轮作模式对稻田土壤微生物的影响,设置水稻-小麦、水稻-油菜、水稻-绿肥、水稻-冬闲4个处理,于水稻收获后采集土壤样品,提取基因组DNA,构建文库,利用Illumina Mi Seq高通量测序技术研究土壤细菌和真菌的丰富度、多样性指数以及门和属水平上的群落结构变化。从12个土壤样品中共获得24 537个细菌OUT和5 882个真菌OTU,其中,变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门为土壤优势细菌门,子囊菌门和担子菌门为优势真菌门。从门的分类水平看,不同轮作模式土壤中细菌和真菌群落各门类组成的比例发生改变。属水平的分析结果也表明,不同轮作模式土壤中细菌前20个优势属的丰度和真菌前10优势属的丰度同样发生明显改变。不同轮作作物改变了土壤中有益微生物的比例,水稻-绿肥和水稻-冬闲处理有益微生物比例高于其他处理。随着轮作作物的改变,土壤生态系统中细菌和真菌群落的组成比例发生了变化。     

灵芝连作障碍的土壤微生物种群特性及其生物防治初探

以灵芝栽培0(对照)、1、2、3a的土壤为研究对象,采用选择性培养基分离计数三大主要微生物类群(细菌、放线菌和真菌)以及与灵芝生长繁殖密切相关的两大生理微生物类群(好气性纤维素分解菌、好气性自生固氮菌)。结果表明,随着栽培年限的增加,土壤中的微生物总数和细菌数量呈下降趋势,放线菌数量波动较大,先增加后减少;细菌、放线菌数量占微生物总数比例逐渐降低,真菌数量比例逐渐增加,其中细菌占绝对优势(83.36%~94.21%),放线菌次之(5.44%~15.04%),真菌最少(0.35%~1.60%);好气性纤维素分解菌和好气性自生固氮菌数量均逐渐减少,尤其是栽培2a后各类微生物的数量与对照的差异均达到极显著水平。由此可知,连作使灵芝土壤微生物区系的结构和数量发生了改变。连作土壤中分离鉴定出6个菌属的优势细菌,分别为芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、黄杆菌属(Flavobacterium)、短杆菌属(Brevibaterium);2个菌属的优势放线菌,分别为链霉菌属(Streptomyces)、小单孢菌属(Micromonospora),其中Streptomyces种类较多,有灰色类群、黄色类群、蓝色类群、白色类群、淡紫灰类群;6个菌属的优势真菌,分别为:木霉属(Trichoderma)、青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)、毛霉(Mucous)、链孢霉属(Neurospora)、根霉(Rhizopus)。将分离的菌种制成发酵素,分别加入到按正交试验设计进行组合的发酵原料中,当覆土层中发酵原料紫檀木屑、枫树木屑、椰糠椰壳、玉米秸秆与连作2a的土壤按1∶2∶2∶2∶2的比例加入时,灵芝增产率最高。     

设施生菜种植与T1菌肥处理对土壤微生物群落的影响

为研究生菜的种植(种菜)与混合菌肥T1对设施生菜生长土壤中微生物结构影响,设计菌肥(T1)处理与空白对照处理,利用16SrRNA基因与ITS基因高通量测序解析生菜生长土壤中微生物的物种组成和结构,同时测定生菜产量及病株率。结果表明:1)种菜可以显著提高土壤中细菌与真菌Shannon指数,而T1处理不明显改变土壤中Shannon与Sobs指数。2)T1处理降低由种菜提高的假霉样真菌属、烟草镰刀菌属、丝孢菌属与赤霉菌属在土壤中丰度,同时提高毛壳菌属、支顶孢菌属、粪壳菌目Sordariales中未分类属、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)中未分类属、火丝菌科(Pyronemataceae)中未分类属与拟盐杆菌科(Halobacteroidaceae)中未分类属在土壤中丰度。3)种菜对土壤中细菌真菌OTU总量改变不明显,但T1处理可以明显改变土壤中真菌OTU总数。4)T1处理后生菜产量增加11%,生菜病株率降低2.5%(P0.05)。因此,设施生菜种植时用T1菌肥处理,在不明显改变土壤微生物生物多样性情况下,能够富集部分有益菌属,改善土壤微生物结构,提高生菜产量,降低生菜病株率。     

饲料中添加壳寡糖对刺参肠壁菌群的影响

为研究饲料中添加壳寡糖对刺参Apostichopus japonicus肠壁菌群的影响,在刺参基础饲料中分别添加0.25%(G1)、0.50%(G2)、0.75%(G3)和1.00%(G4)的壳寡糖,另设对照组(G0),养殖50 d后采集各组刺参幼参(5.03 g±0.03 g)肠壁样品,并采用高通量测序技术分析刺参肠壁菌群结构特征。结果表明:壳寡糖添加组刺参肠壁的细菌多样性和丰度均高于对照组;各组样品肠壁优势菌门均为变形菌门和厚壁菌门;壳寡糖对刺参肠壁菌群组成产生了明显影响,对照组优势菌属为希瓦氏菌属Shewanella,而壳寡糖添加组希瓦氏菌属的相对比例均下降,对照组芽孢杆菌属Bacillus的相对比例较低,而壳寡糖添加组芽孢杆菌属的相对比例均较高或成为优势菌属;1.00%壳寡糖组各类菌属相对比例均较低,高浓度壳寡糖出现抑制现象。研究表明,饲料中添加壳寡糖可提高刺参肠壁细菌多样性和丰度,明显改善刺参肠壁菌群结构。     

稻鸭共育模式下水稻根际土壤真菌和细菌种群多样性分析

[目的]比较稻鸭共育模式与常规管理模式种植水稻的根际土壤微生物种群多样性,为利用土壤微生物多样性开展水稻生态栽培提供科学依据.[方法]采集常规管理模式水稻根际土壤样品(记为S2)和稻鸭共育模式水稻根际土壤样品(记为S3),采用电位法测定土壤pH、重铬酸钾—外加热法测定土壤有机质含量;针对土壤样品真菌ITS1~ITS2区域和细菌16S rDNA扩增子V3~V4区域进行Illumina MiSeq 2×300 bp双末端测序,分析两种模式土壤真菌和细菌的种类及丰度差异.[结果]S3的pH为5.10,有机质含量为23.91 g/kg;S2的pH为5.34,有机质含量为19.84 g/kg.在真菌门水平上,两种管理模式的根际土壤优势门均为子囊菌门(Ascomycota),S3中子囊菌门的相对丰度为42.36%,S2为93.67%,两者相差2.21倍;在真菌属的水平上,S3的优势属为毛壳菌属(Chaetomium),相对丰度为2.63%,而S2的毛壳菌属相对丰度仅为0.26%,两者相差10.12倍;S3中居第2位的属是嗜热真菌属(Mycothermus),相对丰度为2.21%,而S2的嗜热真菌属相对丰度为0.05%,两者相差44.20倍;S2的优势属是黑盘孢属(Melanconiella),相对丰度为6.66%,而S3的黑盘孢属相对丰度为0.26%,两者相差25.62倍.两种管理模式下相对丰度居前2位的细菌门均为变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria),S3中变形菌门的相对丰度为40.90%,S2为29.45%,两者相差1.38倍;S3中酸杆菌门的相对丰度为18.90%,S2为27.84%,两者相差1.47倍;两种管理模式下相对丰度居前10的细菌属相同,其中7个属隶属变形菌门[其中3个属隶属于根瘤菌目(Rhizobiales)、3个属于隶属粘细菌目(Myxococ-cales)、1个属隶属于δ-变形菌纲未分目(unidentified Deltaproteobacteria)]、3个属隶属于酸杆菌门,10个属中仅有红微菌属(Rhodomicrobium)在两种管理模式土壤中相对丰度相差2.23倍(S3为1.18%,S2为0.53%),其他9个属相差均在1.00倍左右.[结论]与常规管理模式比较,稻鸭共育模式的水稻根际土壤pH略低,有机质稍高,真菌的种群结构丰富,而细菌的优势门和优势属无明显差异.