1株重组类NADC34猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定与基因组特征分析

为分离天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染的样品进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释后进行间接免疫荧光鉴定,利用RT-PCR扩增分离纯化株全基因组序列并进行同源性及遗传进化分析,并对分离株进行重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,分离获得1株PRRSV毒株(命名为TJbc2021),分离毒株不能感染Marc-145细胞;该毒株全基因组长为15 111 bp,与NADC34的核苷酸同源性最高,为95.2%,属于目前流行于中国的类NADC34 PRRSV,其Nsp2存在100个氨基酸缺失的分子特征;重组分析显示该毒株以谱系1.5毒株(NADC34-like)为主要亲本,以谱系1.8毒株(NADC30-like)为次要亲本,在14 082～14 635 nt(ORF6～ORF7)发生了基因重组。结果表明,分离并鉴定了1株重组类NADC34 PRRSV,可为该地区...     

2016-2017年我国华北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒类NADC30毒株分子遗传演化分析

为了解我国华北地区类NADC30流行猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)及遗传变异情况,本研究自2016~2017年采集华北四省市(北京、天津、山东及河北)部分猪场疑似PRRSV样品239份进行RT-PCR检测,对所有阳性样品的ORF5基因测序分析及部分阳性样品病毒分离,并选择1株基因缺失病毒TJjh1602株进行全基因的序列扩增及分析.结果显示:PRRSV检测总阳性率44.35%(106/239),遗传进化显示52.83%(56/106)的流行毒株与类NADC30相近且位于系谱1(lineage 1),其中32.14%(18/56)的类NADC30流行毒株具有相同特征性的氨基酸位点缺失;TJjh1602株全基因长度为15018 nt,与NADC30同源性为95.2%,除具有上述特征性氨基酸位点缺失外,无其他插入或缺失.研究结果推测PRRSV类NADC30毒株在我国华北地区广泛流行,同时已遗传演化成一类具有ORF5缺失分子标签的新型类NADC30毒株,提示需进一步加强对PRRSV新型缺失毒株的流行病学调查及相关致病力研究.     

一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的全基因组序列分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对某猪场疑似患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪组织样品进行鉴定,测序获得全基因,并对该毒株的NSP2基因缺失特征同源性和遗传进化及重组情况进行分析。结果显示:该猪场感染猪体的病原体为PRRSV,该毒株被命名为180404-2fei;180404-2fei毒株的NSP2区存在131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失,与报道的类NADC30毒株缺失特征一致;180404-2fei的NSP2基因与NADC30毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%和90.1%,180404-2fei毒株的ORF5基因与NADC30的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.5%和92.0%;遗传进化和重组分析结果表明,180404-2fei毒株属于NADC30-Like亚群,可能是由NADC30与HP-PRRSV重组而来。本研究通过对一株类NADC30 PRRSV的全基因组序列进行分析,为研究PRRSV的遗传变异和PRRS的防控提供了参考依据。     

福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒多样性分析

为了解福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和基因变异情况,从该猪场采集9份疑似感染PRRSV的猪病料进行病毒分离及分离毒株ORF5、ORF7基因扩增。结果显示,所测9个PRRSV中仅W9-2和W9-3等2株的ORF5、ORF7的核苷酸序列同源性均为100%,其他7个毒株(C1-3、C4-6、C7-9、C10-13、W7-2、W7-4和W10-1)的ORF5、ORF7核苷酸序列同源性分别为83.3%~99.2%和88.4%~100%,与参考毒株核苷酸同源性分别为78.3%~96.2%和87.9%~99.7%,表明规模化猪场至少存在8种毒株。基于ORF5和ORF7序列构建的遗传进化树显示,C1-3、C4-6、C7-9和C10-13等4个毒株为来源于NADC30-like PRRSV与HP-PRRSV的重组毒株,而W7-2、W7-4、W9-2、W9-3和W10-1等5个毒株属于NADC30-like PRRSV。说明该规模化猪场存在多种PRSSV毒株,给该猪场防控PRRS带来严峻挑战,研究结果可为PRRS的防控和新型疫苗的研究提供参考。     

2016—2018年广西猪繁殖与呼吸综合征流行病学调查和PRRSV ORF5基因的遗传变异分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行和变异情况,试验应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)的方法对2016—2018年广西14个地区规模化猪场的1 564份主要脏器进行了PRRSV检测,选取部分阳性样品进行ORF5基因的扩增并进行序列分析。结果表明:共检测出PRRSV阳性样品467份,阳性率为29.9%。在广西14个地区规模化猪场送检的样品中均能检测到PRRSV。从年份上看,2016年的PRRSV阳性率最高,为43.9%;2017年为26.9%;2018年最低,为23.7%。获得的25条PRRSV ORF5基因序列中有1株与NADC30株同源性较高,1株与GM2株同源性较高,其余23株均与高致病性PRRSV同源性较高。在25株PRRSV中有21株与TJM、JXA1、HuN等高致病毒株亲缘关系较近,并位于同1个分支;2株处于经典株和变异株之间,分别形成2个分支;1株与NADC30株亲缘关系较近,位于同1个分支;1株与GM2株亲缘关系较近,位于同1个分支。PRRSV ORF5基因编码氨基酸序列分析结果表明,25个毒株均为毒力较强的野毒株。说明广西地区仍以高致病性PRRSV为主要流行毒株,但2018年新发现类NADC30毒株和类GM2毒株的流行。     

河北省猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传变异分析

为了解河北省猪群中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况及毒株遗传变异趋势,应用RTPCR方法,对河北省10个地区的18个发病猪场进行调查,分别扩增出23株缺失部分NSP2基因和完整ORF5基因的毒株。序列分析结果显示,23株PRRSV NSP2基因均缺失了不连续的30个氨基酸,从而证实河北省存在美洲型PRRSV变异株的流行。23株PRRSV ORF5核苷酸序列与国内外已发表的基因序列绘制的遗传进化树表明:20个毒株与JXA1形成一个基因亚群;而另3个毒株与NADC30毒株形成一个基因亚群,并且变异最大,是以后的主要临床研究对象。推导编码氨基酸的比较结果表明,河北省流行的PRRSV毒株ORF5基因编码蛋白已发生较大变异,需在今后临床诊断与疫苗防控中引起重视。     

广西猪繁殖与呼吸综合征病毒流行株的分子流行病学调查及防控策略

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况和发展趋势,通过RT-PCR方法,对2015年1-8月份采自广西省各规模猪场的疑似样品进行PRRSV检测,并对阳性病料进行基因测序分析。结果显示:84份疑似样品中有40份检测为阳性,阳性率为47.6%,通过完整的ORF5基因序列遗传进化分析表明,广西地区流行毒株主要为美洲型PRRSV,且均与高致病性PRRSV高度同源。广西省各规模猪场毒株与2015年7月份采自广东肇庆某规模猪场的PRRSV分离毒株间的同源性均较低,经序列对比发现,广东肇庆分离毒株与美洲流行毒株NADC 30高度同源。结果表明,广西地区主要流行毒株为美洲型高致病性PRRSV毒株,且与美洲流行毒株NADC30同源性较低,但广东地区已出现美洲流行毒株NADC30,提示广西地区需加强对PRRSV流行及变异的监测,以及采取有效防控策略的必要性。     

2014年-2016年广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2和ORF5基因的遗传多样性分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,对2014年-2016年来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2和ORF5基因的扩增和测序分析.结果获得34个Nsp2基因序列和45个ORF5基因序列,均属于美洲型毒株.Nsp2基因间核苷酸序列的同源性为91.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为81.3％~84.3％、88.9％~92.1％、94.3％~99.3％和73.5％~75.1％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为51.5％~53.2％.ORF5基因间核苷酸序列的同源性为82.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为83.7％~99.5％、85％~95％、83.8％~99.7％和83.2％~86.4％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为62.4％~64.5％.基于Nsp2和ORF5基因推导的氨基酸序列绘制的遗传进化树中,广西地区的毒株主要分布在以JXA1为代表的Ⅳ亚群.表明当前广西PRRSV流行毒株以JXA1株为代表的高致病性美洲型毒株为主,各毒株Nsp2和ORF5基因序列存在一定的差异,尚未发现欧洲型毒株和美洲型NADC30类毒株.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒NADC30-like毒株的分离鉴定

对河南漯河地区某养殖场检出的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)阳性病料进行处理,接种到原代猪肺泡巨噬细胞中,经细胞盲传成功分离出1株PRRSV毒株,命名为HeNLH2017株,并测定了该分离株在原代猪肺泡巨噬细胞上的生长曲线。为进一步分析该分离株的遗传进化特点,扩增测定了ORF5基因和部分Nsp2基因的核酸序列。核酸同源性分析显示,该分离毒株ORF5基因和Nsp2序列与NADC30毒株同源性最高,分别为93.4%和93.8%。遗传进化树分析显示,该分离株与我国2013年以来流行的NADC30-like(Lineage1)毒株处于同一进化分支。氨基酸序列比对分析显示,ORF5基因和Nsp2序列与NADC30-like毒株具有相似的遗传变异特点,且Nsp2序列存在特征性的131个不连续的氨基酸缺失。成功分离到1株NADC30-like毒株,有助于进一步认识NADC30-like毒株在河南地区的流行情况和临床致病特点。     

华东地区部分猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒检测及其ORF5遗传变异分析

为了实时掌握猪场PRRSV的感染情况,对其遗传变异趋势进行跟踪分析,本文利用RT-PCR方法对2011—2013年采自苏北地区和上海浦东地区部分猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪的血清进行PRRSV检测,并对ORF5基因进行扩增测序,分析PRRSV ORF5的遗传变异情况。试验共采集样本328份,其中苏北某猪场258份,检测阳性样本为113份,浦东地区70份,阳性样本17份。每次检测选择一个样品进行ORF5测序分析。结果表明,本文所获得的15株分离株的ORF5序列与美洲型毒株氨基酸同源性为80.2%⁹9%,与欧洲型毒株同源性为53.4%99%,与欧洲型毒株同源性为53.4%⁶0.1%,均属于美洲型。进化树分析表明,有12个ORF5序列与高致病性PRRSV参考毒株同缘关系较近,其中包括苏北某猪场10份及浦东某猪场2份。结果显示,两猪场均存在PRRSV感染情况,且高致病性PRRSV与经典PRRSV并存,病毒ORF5中和表位都有变异发生,PRRSV的分布没有呈现明显的地域性差异。本试验为进一步研究华东地区猪场PRRSV感染情况及分子流行病学特征积累了有益资料。     

2016年-2017年广东省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为研究广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株ORF5基因的遗传演化情况,采用RT-PCR方法对2016年-2017年采自广东省地区猪场疑似PRRS猪肺脏组织样品中的PRRSV ORF5基因进行了扩增,并对这些毒株的核苷酸和氨基酸序列进行了生物信息学分析.结果表明,成功扩增出12株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段.遗传演化分析表明,扩增出的毒株有10株与国内高致病性毒株亲缘关系较近,属于同一分支;2株与广东地区新报道的毒株QYYZ和GM2亲缘关系较近,属于同一分支.氨基酸序列比对结果表明,新分离的毒株在GP5抗原表位上存在广泛的变异.结果表明,该地区PRRSV毒株已经发生广泛变异.研究结果不仅揭示了广东地区流行的PRRSV ORF5基因的遗传演化特性,也为该地区PRRS的防控提供了科学依据.     

2014-2017年山东省部分规模化猪场PRRSV ORF5基因的遗传演化分析

为了解山东省规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的流行情况及其分子特征,对2014-2017年其省内96个规模化养殖场的236份疑似PRRSV感染猪的肺脏、淋巴结、脾脏等病料进行RT-PCR检测,并对PRRSV阳性样品进行ORF5基因的克隆测序和遗传演化分析。共检测到阳性样品122份,阳性率51. 7%,测序获得122条ORF5基因序列。所检测PRRSV ORF5核苷酸序列同源性与氨基酸同源性分别是:78. 9%～99. 7%和73. 7%～99. 5%。遗传演化分析结果表明,山东地区主要存在4个Lineage的PRRSV毒株,以Lineage 1(NADC30-like)、Lineage 5(VR-2332)和Lineage 8(Hu N4)的毒株为主要流行株,其中Lineage 1检出率最高(46. 7%)。本研究在2014年检测到的Lineage 1毒株是国内首次报道,可能由美国引入,尚未在我国广泛流行。氨基酸比对分析表明,ORF5基因存在较大变异,但各Lineage毒株在ORF5基因的进化上具有保守性,均具有独特的氨基酸特性。通过对PRRSV ORF5遗传演化分析,表明山东地区PRRS的流行具有广泛的毒株变异特性,毒株的持续变异,增大了PRRS临床防控的难度,同时该研究为PRRS的防控提供一定的数据支持。     

2015-2016年北方某省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传变异分析

为了解北方某省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2015-2016年省内各地163家养殖场的874份PRRS疑似病料进行RT-PCR检测,并对PRRSV阳性样品的ORF5基因进行测序及变异分析.结果显示,PRRSV阳性样品共209份,阳性率为23.9%.扩增阳性样品的ORF5基因序列,并选取44条有代表性的基因序列,遗传进化分析表明,北方某省PRRSV流行毒株为美洲型毒株,其ORF5基因核苷酸同源性为82.6%~99.5%,与VR-2332、CH-1a、HuN4和JXA1、CHsx1401和NADC30株的核苷酸同源性分别为83.5%~99.3%、85.1%~95.2%、83.5%~99.3%和82.4%~96.8%.基于ORF5基因核苷酸序列绘制的遗传进化树显示,目前北方某省流行的美洲型PRRSV可分为4个亚群,其中24株属于以CHsx1401和NADC30为代表的Ⅱ亚群,19株属于以HuN4和JXA1为代表的Ⅳ亚群,1株属于以VR2332为代表的Ⅰ亚群.各毒株ORF5基因序列之间存在一定差异,但无明显地域性.本研究结果可为北方某省PRRSV遗传进化研究和疫病防控提供参考.     

猪流产胎儿中猪繁殖与呼吸综合征病毒的检测及GP5抗原分析

河南某规模化猪场,按照每年4次高致病性猪繁殖与呼吸综合征弱毒疫苗免疫接种,2016年11月,妊娠后期母猪陆续产死胎。为确诊病因,采集死产胎儿肺脏组织,采用RT-PCR方法,扩增PRRSV NSP2基因部分片段(根据产物片段大小,能区分高致病性与经典毒株)和ORF5全长基因,结果显示,NSP2片段扩增大小约为418bp,表明检测毒株是高致病性PRRSV毒株;ORF5全长基因扩增结果,与预期大小片段一致。为分析猪繁殖与呼吸综合征疫苗免疫失败的原因,利用DNA Star软件,将检测毒株ORF5基因序列与其他17种PRRSV毒株ORF5基因序列构建遗传进化树,并对检测毒株与其他9种高致病性PRRSV毒株ORF5基因推导的氨基酸序列进行分析、比较及GP5抗原性分析。结果显示,ORF5序列分析表明,检测毒株与2015年福建分离毒株FJYR、河南分离毒株TJbd14-2同源性最高,分别为97.2%和97.0%,与美洲型经典毒株VR-2332同源性为87.7%,与欧洲型毒株Lelystad virus、NMEU09-1亲缘关系最远,分别为62.8%和62.6%;根据ORF5DNA序列推导氨基酸序列分析表明,与其他9种高致病性PRRSV毒株相比,从病料中检测毒株的GP5共有13个位置发生变异;GP5抗原指数分析表明,第30-40、51-63位抗原性,相比其他9种高致病性PRRSV毒株显著降低,据此推测这是导致免疫失败的根本原因,导致该猪场母猪流产的病原为一种变异的美洲型高致病性猪繁殖与呼吸综合征毒株。     

福建省某规模化猪场种公猪精液PRRSV检测及ORF7基因序列分析

为了解福建省某规模化猪场种公猪猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和流行特点。按照10%比例随机采集该场种公猪精液样本17份,通过RT-PCR方法对其进行PRRSV检测及ORF 7基因序列分析。结果表明,9份精液PRRSV呈阳性,样品阳性率为52.7%;遗传进化树分析表明,该猪场PRRSV ORF 7基因与QYYZ、GM2、FJFS等谱系3毒株亲缘关系较近,处于同一进化分支,而与VR2332、CH-1a、NADC30、JXA1和HuN4等亲缘关系较远,处于不同的进化分支,表明该毒株为近期新流行的谱系3的毒株。     

中国新发L1A PRRSV变异株的出现与流行状况分析

2017年我国首次发现类NADC34 PRRSV，该类病毒属于L1A (Sublineage1.5)亚型。近年来，新发类NADC34 PRRSV在我国不断变异，已经成为危害我国养猪业重要的PRRSV亚型。为了确定新发类NADC34 PRRSV的流行特征，本研究从2021年～2023年37份新发类NADC34 PRRSV阳性病料样品中选择4份样品经PCR分段扩增PRRSV全基因组序列并测序，利用Seq Man软件拼接，获得了4株完整的PRRSV全基因组序列，相应的病毒分别命名为TZJ2165、TZJ2451、TZJ2756、WK621株。下载GenBank中所有中国类NADC34 PRRSV和美国L1C变异株的ORF5基因及NSP2基因序列，利用MEGA7.0构建上述PRRSV ORF5基因序列的遗传进化树，分析其遗传变异情况。利用Megalign软件分析各分支内ORF5基因序列的相似性，以及新发类NADC34 PRRSV NSP2氨基酸序列，分析其是否存在一致的氨基酸缺失特征。根据PRRSV ORF5基因的限制性片段多态性(RFLP)分类方法，对新发类NADC34 PRRSV的ORF5...     

一株重组类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及基因组分析

为分离上海地区猪繁殖与呼吸综征病毒（PRRSV）并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染病猪的2份肺样进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将盲传3代后出现细胞病变的PAMs经间接免疫荧光鉴定,通过RT-PCR扩增分离株全基因组序列,测序后与GenBank登录的参考株全基因组序列进行同源性及遗传进化分析,分析了分离株Nsp2、GP5氨基酸序列的遗传进化关系,并对分离株做了重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,成功分离出1株PRRSV,命名为SH2019,其全基因组开放阅读框大小为14677 bp,分离株与NADC30的核苷酸同源性最高,属于目前流行于中国的类NADC30 PRRSV,其Nsp2存在131个氨基酸缺失的分子特征;分离株是以谱系1毒株为主要亲本,以谱系3、谱系5或谱系8毒株为次要亲本,在12601~12901 nt(ORF2~ORF4)发生了基因重组的重组毒株,分离株不能感染Marc-145细胞。本研究分离鉴定一株重组类NADC30 PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防控提供参考。     

一例猪繁殖与呼吸综合征病的诊断

河南某地区一猪场肥猪群出现严重呼吸道症状,母猪出现流产现象,病理剖检显示猪肺门淋巴结肿大,猪肺脏呈现间质性肺炎病变,边缘出现实变,临床症状显示疑似猪繁殖与呼吸综合征病(PRRS)阳性。为了确诊,从肺脏病变部位采集病料,提取RNA进行RT-PCR扩增,最后进行序列的遗传进化分析,结果显示扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因(ZMD),进化分析显示扩增出的序列与NADC30和NADC30-like序列位于同一分支,序列比对显示ZMD与欧洲型LV的核苷酸同源性为61.4%;和美洲型VR-2332毒株的同源性为85.1%;与经典疫苗株CH-1a核苷酸同源性为87.1%;和致病性很高的毒株JXA1核苷酸同源性为85.6%;与NADC30毒株核苷酸同源性最高,为95.9%。这些试验结果表明引起猪只发病的病原为PRRSV,毒株类型为NADC30-like毒株。     

基于全基因组分析2017—2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征

通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析，从而了解PRRSV流行情况及基因组特征，为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清，进行病毒分离鉴定，采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增，应用DNAstar 7.0软件进行序列分析，使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析，并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14 938～15 439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%～99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%～99%和59.8%～60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗...     

一例类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒感染的诊断及防控

2021年12月初,河北望都县某猪场出现疑似猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）疫情,主要表现为繁殖母猪流产、仔猪高热和呼吸困难等。为确定发病原因,对病死仔猪进行剖检,发现仔猪全身淋巴结肿大、肺脏肿大充血等,采集病猪肺脏、淋巴结和扁桃体等组织样品进行实验室诊断。结果发现,送检的2份样品均为猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）阳性,但其它病原核酸均为阴性。以RT-PCR法对该毒株ORF5基因部分序列进行扩增与分析,发现该毒株与类NADC30毒株对应序列同源性较其它基因型PRRSV毒株同源性更高。以上结果提示,该场暴发PRRS是类NADC30毒株感染所致,可采取疫苗接种和提高生物安全防控水平等方式对该病进行科学防控。