一种高效便捷的水稻DNA提取法及其应用

 以水稻叶片、根和种子为材料,采用高通量快速法提取基因组DNA,用稻瘟病Pita基因分子标记进行检测,获得与预期片段大小一致的特异性条带,对165份育种材料的检测结果与稻瘟病接种鉴定一致。操作方法如下：将少量水稻叶片、根或种子放入 200 μL PCR盘中,加入70 μL 缓冲液A (含NaOH和Tween20),在PCR仪中加热到95℃,保持 10 min,再加入70 μL 缓冲液B (Tris HCl和EDTA),该提取液可以直接用于PCR扩增。该方法具有几个优点：1）成本低,仅用4种化学试剂,共140 μL 提取液;2）操作简便,仅需3步,每人每天可以提取上千份样品;3）仪器设备简单,只用常规的PCR仪;4）可直接提取干种子的DNA;5）DNA质量好,能检测出水稻中的抗稻瘟病单基因Pita,并且与稻瘟病接种鉴定结果一致;6）用量少,只需要 5~20 mg 叶片、20 mg 根或半粒籽粒。尤其是检测大量样本的基因型时, 此种方法更显得高效便捷。     

油菜DNA快速高通量提取方法改良及应用

[目的]找到一种快速、高通量、低成本提取油菜DNA的方法。[方法]将改良碱煮法快速高通量提取油菜DNA的方法与试剂盒法（磁珠法）提取的DNA质量进行比较,并进一步分析油菜植株不同部位和叶片不同时期的提取效果。[结果]与以磁珠法为代表的传统提取法相比较,改良的碱煮法快速高通量提取油菜DNA的方法,用于普通的SSR分子标记检测没有明显差异。同时,通过对油菜植株不同部位和叶片不同时期的提取效果进行分析,发现没有明显差异,表明该方法在分子标记辅助育种以及DNA纯度鉴定等试验中可广泛应用。[结论]改良的碱煮法提取DNA可以在油菜不同时期和不同部位应用,进一步提高了碱煮法的使用效率。     

澳洲坚果SSR体系的建立及F1代的鉴定

为了探索澳洲坚果SSR-PCR的可行性，采用单因素分析法对影响PCR的各个因素进行分析，建立SSR-最佳反应体系。结果表明：在25 μL PCR反应体系中，当Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为2.50 mmol/L、0.10 mmol/L、0.40 μmol/L、1.25 U时，PCR扩增效果最好。筛选到19对可得到扩增结果的SSR引物，其中有2对在以900为母本、294为父本的组合中PCR扩增结果存在差异，可以应用于900×294组合的F1代鉴定。     

蓖麻DNA的提取及SRAP反应体系的建立

为建立蓖麻快速有效的DNA提取方法和SRAP标记的技术体系,本研究采用SDS法和CTAB法对蓖麻不同叶片（新鲜嫩叶、老叶和陈旧的嫩叶、老叶）的基因组DNA进行提取,并以DNA模板用量、Mg2+浓度、引物浓度和Taq酶用量4个因素的不同水平配制了10个反应体系对蓖麻SRAP反应体系进行优化。结果表明,SDS法和CTAB法均可获得较高质量的DNA,多数样品的A260/A280值介于1.7～1.9之间,但以CTAB法更为省工省时,不同叶片DNA的提取效果,以嫩叶效果最佳;设计的10个反应体系中,以反应体系A（总体积为15µL,40ng DNA模板,1.5mmol/L Mg2+浓度,0.2mmol/L dNTPs,0.3µmol/L引物浓度和1Unit Taq酶）最为经济适用,将该体系用于蓖麻的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。本实验为蓖麻的遗传多样性研究及目标性状的分析定位提供了技术支撑。     

CTAB法提取红麻总DNA技术优化与ISSR和SRAP扩增效果

红麻基因组总DNA的提取纯度,关系到新型分子标记ISSR、SRAP的PCR扩增效果。经反复实验,对CTAB法提取红麻总DNA技术进行了改进,即采集足量的红麻嫩叶、提取时加入β-巯基乙醇、提取过程中使用2.5%CTAB、最后用预冷的无水乙醇沉淀DNA。OD260/OD280比值检测结果为平均1.824,而且DNA得率也较高,证明用此法提取的DNA能完全满足ISSR和SRAP分析的要求和获得较理想的效果,本文还讨论了高质量DNA提取应注意的有关技术环节。     

CTAB法提取红麻总DNA技术优化与ISSR和SRAP扩增效果

红麻基因组总DNA的提取纯度，关系到新型分子标记ISSR、SRAP的PCR扩增效果。经反复实验，对CTAB法提取红麻总DNA技术进行了改进，即采集足量的红麻嫩叶、提取时加入β-巯基乙醇、提取过程中使用2．5％CTAB、最后用预冷的无水乙醇沉淀DNA。OD260，OD2踯比值检测结果为平均1．824，而且DNA得率也较高，证明用此法提取的DNA能完全满足ISSR和SRAP分析的要求和获得较理想的效果．本文还讨论了高庸量DNA提取应注意的有关技术环节．     

芒果ISSR反应体系的建立与优化

运用L16(45)正交设计对芒果ISSR反应的5个因素,即DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度在4个水平上进行优化试验,通过不同反应体系扩增效果比较,建立优化的芒果ISSR反应体系,即25μL的PCR体系中含有DNA模板25 ng、Mg2+浓度为1.5 mmol/L、dNTPs 0.3 mmol/L、引物0.32μmol/L、Taq DNA聚合酶1.25 U。这为进一步运用ISSR标记在DNA分子水平上对芒果种质资源进行分析奠定基础。     

玉米微量PCR反应体系研究

借鉴不同作物分子标记技术的研究成果,通过对玉米分子标记技术体系中组织DNA提取步骤、PCR扩增、电泳检测等环节的优化,初步建立了以5 μL反应体系为基础的PCR检测方法。该方法可以加快玉米重要性状的分子标记检测速度,降低玉米分子标记检测过程中的消耗。     

玉米基因组DNA的提取及SSR分析

采用改良的CTAB法,以玉米的黄化苗叶片为材料提取玉米基因组DNA,提取的DNA经0.8%的琼脂糖凝胶电泳检测。结果表明:此法具有快速、高效、DNA质量好和纯度高等优点。对所构建的选育高直链淀粉玉米群体的双亲进行了SSR-PCR检测,得到了清晰的多态性SSR标记,为玉米分子标记辅助育种打下了基础。     

橡胶林土壤微生物2种DNA提取方法的比较

比较了橡胶林土壤微生物CTAB-SDS提取法和SDS提取法的效果。结果表明,2种提取方法均获得约 23.1kb的DNA片段,2种提取方法在颜色、提取量和纯度上存在较大差异。CTAB-SDS提取法提取DNA的纯度较好,不需要纯化可以直接用于PCR扩增、酶切等后续操作;SDS提取法提取的纯度低,不能直接用于PCR扩增。2种方法都适合橡胶林土壤DNA的提取,如果要求获得纯度高的DNA,CTAB-SDS提取法是最佳选择。橡胶林土壤微生物DNA的提取,推荐使用CTAB-SDS提取法。     

A Simplified Rice DNA Extraction Protocol for PCR Analysis

DNA molecular marker technology has been advancing rapidly during past decades and its application perspective seems very brilliant in crop breeding, varietal purity test of crop seeds and germplasm fingerprinting [1]. Among various DNA markers, the PCR-based marker is the most popular and efficient one since it needs small amounts of DNA with relative low quality [2]. Meanwhile, PCR is also an essential approach for detection of target genes in transgenic breeding and genetic modified (…     

利用聚合酶链式反应技术研究单粒古代稻谷(公元800年)离体DNA片段的扩增

 在东南亚地区已发掘出很多古代稻谷，如果能从这些古稻谷中把DNA提出加以分析，可以得到有关栽培稻的系统分化和地理传播方面的直接信息。古代稻种的基因型相当复杂，必须要能从单粒种子开始分析，方能得到有价值的资料。为此，我们进行了从单粒古稻谷中提取DNA的研究工作。本研究采用通常提取植物组织中DNA的方法，从在日本挖掘出的古代稻谷单粒种子中提取出了50-100 ng左右的DNA片段。以这些DNA作为模扳，用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction，PCR)技术将DNA加以扩增．由其中几个DNA片段初步合成了相当于水稻光敏色素基因的DNA序列。     

利用聚合酶链式反应技术研究单粒古代稻谷(公元800年)离体DNA片段的扩增

在东南亚地区已发掘出很多古代稻谷,如果能从这些古稻谷中把DNA提出加以分析,可以得到有关栽培稻的系统分化和地理传播方面的直接信息。古代稻种的基因型相当复杂,必须要能从单粒种子开始分析,方能得到有价值的资料。为此,我们进行了从单粒古稻谷中提取DNA的研究工作。本研究采用通常提取植物组织中DNA的方法。从在日本挖掘出的古代稻谷单粒种子中提取出了50—100ng左右的DNA片段。以这些DNA作为模板,用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术将DNA加以扩增。由其中几个DNA片段初步合成了相当于水稻光敏色素基因的DNA序列。     

一种适于PCR扩增的荞麦DNA大量提取及纯化方法

为满足对大批量材料进行分子标记检测的需要,以荞麦叶片为材料,针对荞麦叶片中黄酮含量高,提取荞麦基因组DNA时采用改良的CTAB方法,该方法提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳和检测,获得的DNA条带较亮、无RNA、无拖尾现象;经分光光度计检测获得数据证明酚类、蛋白质较少。利用ISSR引物对提取的荞麦基因组DNA进行PCR检测,能获得清晰稳定的条带,说明该方法提取的荞麦基因组DNA能满足PCR反应的需要。     

Evaluation and analysis the chalkiness of connected rice kernels based on image processing technology and support vector machine

In order to determine the location and type of rice chalkiness accurately, image processing techniques were adopted to process acquired rice kernel images. Connected rice kernels were separated from each other using a convex point matching method. Chalkiness was extracted according to the differences in grayscale levels between chalky and normal regions in the rice kernel and chalky rice kernels were classified by a support vector machine (SVM). The results showed that 2–5 connected rice kernels could be separated accurately using this method and chalky areas could be extracted. The classification accuracy for indica rice and japonica rice reached 98.5% and 97.6%, respectively, by using SVM. Hence, the measurement results are accurate and reliable, and the presented work provides a theoretical and practical basis for the further application of computer vision technology to chalkiness detection.     

A Rapid DNA Mini-prep Method for Large-Scale Rice Mutant Screening

With the completion of whole genome sequence, focus on rice research has been apparently shifted from sequence analysis (genomics) to identifying and understanding the functions (functional genomics) of nearly 40 000 genes presented in rice genome [1-3]. Gene functional identification requires new materials and methods. Mutant is considered as one of the most important sources of starting materials. In mutant detection, a new reverse genetics strategy termed TILLING (Targeting Induced Loca…     

用于水稻突变体大量筛选的DNA微量快速提取法

介绍了一种高通量水稻DNA微量快速抽提法。该方法特别适用于精细作图群体和大型突变体库的筛选鉴定,不仅通量大、速度快,而且可以确保足够的DNA浓度和纯度。DNA质量可以确保一般的PCR扩增,包括SSR检测以及应用于TILLING（targeting induced local lesion in genome）分析。     

内参法在线粒体DNA纯度鉴定中的应用

为了确定普通差速离心法提取的小麦线粒体DNA(mtDNA)的纯度,以小麦肌动蛋白β亚基(β-Actin)、1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶大亚基(RabcL)和细胞色素C 氧化酶第三亚基(COXIII)基因的片段作为内参标记,依靠聚合酶链式反应(PCR)及琼脂糖凝胶电泳技术,对提取的mtDNA进行了检测.结果表明,普通差速离心法提取的mtDNA中混杂有核DNA和叶绿体DNA(ctDNA).对提取的mtDNA稀释后再进行内参法检测,结果发现,当mtDNA稀释到DNA原液的300～400倍时,混杂其中的核DNA已达不到PCR反应的敏感度,但mtDNA、ctDNA仍能满足作为PCR反应体系模板的要求.此时,提取到的mtDNA可视为无核DNA污染的细胞质基因组DNA.     

玉米叶片DNA快速提取方法改进研究

分子生物学研究需要大量的DNA样品,DNA的快速提取是提高研究效率的关键。研究比较多种植物DNA的提取方法,对部分实验步骤做了修改,建立了适于玉米叶片DNA微量快速提取的新方法。该方法不仅操作步骤简单、速度快、省时间,而且可以确保提取的玉米基因组DNA有足够的浓度和纯度。利用此方法,在一般实验室条件下每人每天可以提取150～200个DNA样品,一个DNA样品可供50～60次PCR反应使用,DNA 质量可以确保一般的PCR扩增,适用于玉米遗传多样性、分子标记辅助选择、引物筛选和分子标记定位等多种研究目的。