中国西南部分地区2020－2021年猪流行性腹泻病毒遗传变异分析

【目的】 了解中国西南部分地区流行的猪流行性腹泻病毒（PEDV）基因型及遗传变异规律。【方法】 对2020－2021年四川和云南不同地区来源的200份腹泻猪肛门拭子进行RT-PCR检测,对PEDV S和ORF3基因进行克隆测序,利用MegAlign软件进行变异性分析,采用Mega 7.0软件进行系统进化分析,采用RDP4软件进行基因重组分析。【结果】 在所有样本中PEDV总体阳性率为15.50%（31/200）,群体阳性率为100%（8/8）。检出的8株PEDV S基因和ORF3基因序列与已登录毒株相似性分别为90.5%~99.4%和92.9%~100%。对S基因的进化分析显示,8个PEDV流行株分布于G2a、G2b和G2c 3个亚群中。其中,四川SCWJSWUN02株与福建CH/FJXM/1/2012株遗传距离较近,云南YNKMSWUN01株与越南毒株单独聚为一支,表明当前西南地区PEDV的流行呈现出区域间传播的特征。与本地区近年流行毒株和常用疫苗株相比,其S蛋白氨基酸序列均存在不同程度的变异,但ORF3蛋白相对保守。部分毒株S蛋白存在连续氨基酸的插入或缺失,如在SCMYSWUN03株S蛋白59－62位氨基酸处发现4个氨基酸的缺失;在YNKMSWUN01株78－82位氨基酸处和84－88位氨基酸处分别有5个氨基酸插入和缺失。部分氨基酸突变位点存在于已鉴定的PEDV S蛋白受体结合中。此外,基因重组分析结果显示,SCMYSWUN03株可能发生了基因重组事件,概率为98.2%（P<0.01）。【结论】 本研究发现当前西南地区流行的PEDV毒株包括G2a、G2b和G2c 3个亚群,毒株基因型具有多样性,且不同毒株间的变异性较大,丰富了PEDV在四川和云南地区的分子流行病学调查资料,揭示了中国西南地区流行的8个PEDV毒株的分子遗传变异规律和进化特征,为本地区猪腹泻病防控措施的制定提供了理论依据。     

猪流行性腹泻病毒HB/HEBEU/2020株全基因组遗传变异与重组分析

【目的】了解猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的基因组特征及变异规律。【方法】以3只发病仔猪小肠病料作为模板,采用RT-PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织RNA为模板,进行RT-PCR,分段扩增PEDV全基因组,使用DNAStar软件对PEDV基因组测序结果进行剪辑、拼接和相似性分析,利用Mega X 10.0.5软件对PEDV基因组和S基因进行遗传进化分析;利用RDP4软件对PEDV基因组进行重组分析。【结果】PCR检测结果表明,3只病仔猪的小肠组织均检测到PEDV阳性。采用RT-PCR分段扩增成功获得1株PEDV全基因组序列,命名为HB/HEBEU/2020株,基因组大小为28 038 bp,含有7个开放阅读框,从5'到3'依次为复制酶1a基因、复制酶1b基因、S基因、ORF3基因、E基因、M基因和N基因。相似性分析结果显示,HB/HEBEU/2020与SNJ-P、USA/Colorado/2013和HB2018等变异毒株全基因组和S基因的相似性均较高,分别为97.8%~99.3%和95.7%~98.8%,在所有市售疫苗株中,与变异型疫苗株AJ1102毒株全基因组和S基因的相似性分别为98.3%和97.3%;遗传进化分析结果显示,21株PEDV可划分为G1群和G2群2个分支,G1群进一步分化为G1a亚群和G1b亚群,G2群进一步分化为G2a亚群和G2b亚群,HB/HEBEU/2020属于G2a亚群。在G2群内,所有流行株均为2010年后出现,HB/HEBEU/2020与市售疫苗株AJ1102遗传距离较近,其次是LW/L,与CV777和attenuated CV777株遗传距离较远;经重组分析,HB/HEBEU/2020基因组可能为重组毒株,存在3个潜在的重组事件,重组事件1~3的断点分别为15 918—22 119、100—734和2 214—2 729 bp,其中重组事件1和2发生概率较大。【结论】HB/HEBEU/2020为1株变异型PEDV,与以CV777为代表的经典毒株亲缘关系较远,与2010年后中国发生的变异型毒株亲缘性较近,并且存在潜在重组事件。本研究结果可为调研中国当前PEDV进化和变异提供重要资料,为遏制PEDV蔓延与进化、制定合理防控方案提供理论和现实依据。     

基于S基因序列分析新型猪流行性腹泻病毒的遗传演化

最近,笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒(PEDV),为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行,对实验室2018—2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因(spike)分子特征研究。结果表明:腹泻样本的PEDV检出率为42.2%(49/116,95%CI=33.1%～51.8%),并获得了13条完整的S基因序列,全长为4 149～4 170bp,序列相似性为94.2%～99.9%,其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%～98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群,其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群;SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支,且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程,以贝叶斯进化分析软件包(BEAST)进行分歧时间估算,结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年,早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间(2015.7年);SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年,早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年,所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV,并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川,为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。     

2015年～2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒S1蛋白关键表位的变异分析

为了解2015年～2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行特征和遗传变异规律，本研究利用RT-PCR扩增2015年～2017年11株分离自浙江地区PEDV流行株的S1基因序列，并与GenBank中我国东部地区(上海、江苏、山东、河南和安徽)的86株PEDV流行株的S1基因序列通过MEGA 7.0软件比较分析S1基因的遗传进化关系，采用CLC Sequence Viewer 8软件分析比对S1蛋白氨基酸序列的变异。PEDV S1基因遗传进化分析结果显示，97株PEDV中有92%的流行株属于G2型，与疫苗株CV777同源性较低(90.4%～96.1%)，山东地区2017年～2018年间的部分流行株与疫苗株CV777等属于G1型；G2型中，33%的流行株属于G2a型，67%的流行株属于G2b亚型，其中2019年～2021年的流行株有15%流行株属于G2a亚型，85%的流行株属于G2b亚型。S1蛋白关键表位的变异分析结果显示，与经典株CV777相比，中和表位COE (CO-26K equivalent epitope)发生8个氨基酸位点(A⁵¹⁷S、S     

2010年-2014年猪流行性腹泻病毒S基因遗传进化分析

自2010年以来,随着猪流行性腹泻病毒(PEDV)新毒株的出现,猪流行性腹泻(PED)开始在免疫猪群中流行,并迅速蔓延至国内多个省份,其发病率和病死率至今仍无法得到有效控制。为明确当前PEDV流行毒株的遗传变异情况,利用DNA Star、MEGA6等软件对2010年-2014年NCBI上已收录的319株PEDV S基因进行多序列比对,筛选出6个国家和地区的代表性毒株,并对各代表毒株、疫苗株、经典毒株的遗传进化关系、序列变化进行分析。遗传进化分析显示,进化树可分为G1、G2两大分支,其中多数流行毒株位于G1分支上,与较早的疫苗株及经典毒株遗传距离差异较大。除Chinju99和JS/HZ/2012两株经典毒株位于G1分支上外,其余所有的疫苗株和经典毒株均位于G2分支上。氨基酸序列比对结果显示,各流行毒株与经典毒株及疫苗株相比存在明显的变异位点,且主要集中于S1区的氨基端。结果表明,目前全球范围内广泛流行的PEDV毒株与经典毒株及疫苗株相比,其基因序列呈现出快速变异和进化的趋势,尽快从当前流行毒株中筛选出新的疫苗候选株将成为防控该病继续蔓延的关键措施之一。     

猪流行性腹泻病毒流行株S全基因的遗传进化与重组分析

为了解猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究对2016—2018年间从河南和山西等地多个规模化猪场随机采集的25份患有腹泻仔猪小肠及内容物提取RNA进行PEDV RT-PCR检测,阳性样品进行S全基因克隆、遗传进化与重组分析。结果显示,25份腹泻仔猪样品中检测出18个PEDV阳性样品,成功克隆18株PEDV毒株S全基因序列,与GenBank中发表的30条PEDV S基因序列进行比较分析,核苷酸同源性均在92.8%以上,存在多处碱基点突变、插入与缺失,且SX-TY1-2017毒株在3 291～4 132 nt位置处发生重组,可能是由亲本株CH/HNZZ47/2016和HN-KF-2017重组产生的。基于S全基因遗传进化树结果,克隆的18株PEDV属于G2群且位于不同分支,表明PEDV流行株在2016—2018年间出现一定的变异。     

2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析

为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况，试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子，提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明：共获得57份PEDV阳性样品，来源于14家猪场，猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比，14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中，Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支，其余13株位于G2分支，14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高，为89.3%～99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中，14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%～99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中，FC2021-1、GD...     

山东地区猪流行性腹泻病毒遗传变异分析及其单克隆抗体的制备

为了分析猪流行腹泻病毒(PEDV)在山东地区的流行和遗传变异情况,对2013—2015年收集的临床腹泻样品,参照GenBank中已经发表的PEDV毒株的N基因序列,设计1对特异性引物,利用RT-PCR技术检测PEDV抗原,并对其中的16份阳性样品进行病毒分离与S1基因测序分析。将含有PEDV流行株S1基因其中1个抗原表位(83~276aa)的重组蛋白免疫BALB/c小鼠,通过杂交瘤细胞融合技术,筛选获得2株针对PEDV S蛋白抗原表位的杂交瘤细胞,其中1株(1E5)可以区分PEDV经典毒株和流行毒株。临床检测结果表明:PEDV临床检出率由2013年的57.8%提高到2015年的75.68%,PEDV在山东地区的发病季节除春冬季节,近年夏季也呈高发趋势,且各地区均有不同程度的感染。PEDV S1基因序列分析结果表明:分离到的16株PEDV毒株间的S1基因的核苷酸序列同源性为91%~99.8%,氨基酸序列同源性为87.8%~99.7%;山东分离毒株与15个国内外参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.5%~100%和88.4%~99.9%。对S基因分子流行病学分析发现,7个国外参考毒株、8个国内参考毒株与本次分离到的16个PEDV毒株被分为2个不同的进化分支G1和G2。在2013-2015年分离到的16株毒株中,有3株位于G1中,且距离CV777经典毒株较近;剩余的13株位于G2中,G2则以近年流行毒株为主,而山东分离株主要在G2分支中,这也解释了现有CV777疫苗毒株在山东地区的免疫保护力不佳的原因。本研究结果不仅从分子流行病学角度分析了山东地区PEDV的流行和变异情况,为指导该地区PEDV疫病防制提供了新的参考,并且制备了能够区分PEDV经典毒株和流行毒株的S蛋白单克隆抗体,为本病的实验室鉴别诊断提供了有效的检测工具和重要的理论基础。     

2018-2020年中国部分省市猪流行性腹泻病毒S1基因的监测及遗传变异分析

【目的】 调查中国规模化猪场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行情况。【方法】 利用RT-PCR检测方法对2018-2020年采集于全国11个省市318个规模化猪场的2 391份样品进行PEDV核酸检测,对30份阳性样品进行S1全基因扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 7.0等软件进行分析。【结果】 2018-2020年,猪场PEDV核酸阳性率分别为48.57%、10.96%和4.72%,样品PEDV核酸阳性率分别为28.97%、8.27%和7.50%,猪场和样品PEDV核酸阳性率呈现逐年下降的趋势。S1基因相似性分析显示,获得的30株毒株全部为GⅡ基因型,其中17株毒株为GⅡa基因亚型、5株毒株为GⅡb亚型、8株毒株为GⅡc亚型,GⅡa基因亚型毒株为2018-2020年流行的主要毒株类型;30株毒株S1基因序列之间核苷酸相似性为93.0%~99.5%, 氨基酸相似性为91.7%~100%,其中22株毒株与2017-2018年流行的GⅡ基因型毒株相比S1氨基酸序列表现出特征性插入和缺失。【结论】 本研究结果为监测和分析中国PEDV的变异和演化提供了临床数据,为猪流行性腹泻防控和疫苗研制提供了参考。     

2017年江西部分地区PEDV分子流行病学调查

为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%～100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%～100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%～100.0%和91.5%～100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。     

上海市某腹泻猪群猪流行性腹泻病毒检测及全基因序列分析

猪流行性腹泻（PED）是由猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染引起的仔猪严重腹泻性疾病,传播快,发病急,死亡率高,给我国养猪业造成巨大损失。2021年10月上海某猪场产房仔猪发生腹泻,发病率为30%～50%,死亡率为20%～30%,猪群之前进行过疫苗免疫。粪便样本经猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（RV）荧光RT-PCR检测,结果显示：PEDV检测为阳性,TGEV和RV检测均为阴性。经全基因测序后进行系统进化分析,结果显示：全基因序列属于GⅡ-c亚群,S基因序列属于GⅡ-b亚群,与目前的经典疫苗株CV777和变异株AJ1102相比,CV777的全基因和S基因都属于GⅠ-b群,AJ1102的全基因和S基因都属于GⅡ-b亚群,研究结果表明新基因型的PEDV已在上海地区流行,而传统疫苗株无法提供好的免疫效果,提示新的防控策略的制定和有针对性的疫苗的生产和使用,对于预防PEDV感染和流行有重要意义。     

一株猪流行性腹泻病毒的分离鉴定和遗传进化分析

从陕西地区26个疑似猪流行性腹泻病毒感染的猪场,采集发病仔猪的肛门拭子、粪便以及死亡仔猪的小肠,将其接种于Vero细胞,在添加胰酶的情况下,连续传代培养并观察,直至细胞出现典型的合胞体病变,经RT-PCR检测、测序、基因比对分析与动物回归实验,最终确定分离到一株PEDV病毒强毒株。经过测定毒株的S基因序列,进行序列比对分析和遗传进化分析,发现本次分离到的毒株与疫苗株CV777同源性较低,进化分支位于目前流行的PEDV G2a亚群。     

基于S基因序列分析新型猪流行性腹泻病毒的遗传演化

最近，笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒（PEDV），为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行，对实验室2018-2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因（spike）分子特征研究。结果表明：腹泻样本的PEDV检出率为42.2%（49/116，95% CI=33.1%~51.8%），并获得了13条完整的S基因序列，全长为4 149~4 170 bp，序列相似性为94.2%~99.9%，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%~98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群；SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支，且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程，以贝叶斯进化分析软件包（BEAST）进行分歧时间估算，结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年，早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间（2015.7年）；SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年，早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年，所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV，并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川，为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株S1基因的序列分析

采用RT—PCR方法扩增了12株鸡传染性支气管炎病毒中国分离株的全长S1基因，并进行了序列分析。通过与GenBank中登录的其他IBV参考毒株S1基因序列比较，进行了系统进化分析。结果表明，12株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群。其中11株分离株与国内一些分离株亲缘关系最近，属于同一进化亚群，而广西分离株GX04—1则与欧洲毒株4／91亲缘关系较近，属于另一亚群。这些结果说明，中国各地的流行毒株变异较大，实际免疫中要根据流行毒株的特性选择合适的疫苗株来进行。     

河北省猪腹泻相关病毒的检测及猪流行性腹泻病毒S基因遗传变异分析

为了解当前河北地区猪腹泻主要相关病毒流行情况,对2016年4月—2017年2月收集的河北地区腹泻样品,采用荧光定量PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒,并对扩增获得的9株PEDV S基因进行测序和序列分析。结果显示,全年腹泻病发生率为9.70%,在春冬季节多发。其中猪流行性腹泻病毒检出率最高,为13.89%,其在仔猪中检出率为19.28%,在育肥猪中检出率为17.24%。对PEDV S基因氨基酸序列分析显示,目前河北省PEDV流行毒株分布在G2群中的2个进化分支,部分毒株发生多处独特氨基酸突变。本研究表明,2016年河北地区PEDV对仔猪的感染情况有所缓解,而对育肥猪感染率较高,PEDV流行毒株S蛋白进化分支和突变较多提示PEDV流行毒株毒力和抗原活性可能发生改变。     

我国部分省份猪流行性腹泻的流行病学监测

[目的]为摸清我国猪群流行性腹泻的感染状况,[方法]从2011年底到2014年3月,对云南、广西等29个省份开展了猪群腹泻疫情流行病学调查,采集、收集了发生腹泻症状的发病猪群样品（新鲜粪便、肠道组织等）,进行了猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）等多种病原检测。[结果]在7021个调查猪场中,出现腹泻的阳性猪场4060个（57.83%）。在收集的1383份腹泻样品中,利用RT-PCR方法检测到PEDV阳性样本686份（49.58%）,其中腹泻发病猪样品中PEDV的检出率为67.82%,675份组织样品共检测出PEDV阳性样本86份（12.75%）。[结论]这表明我国猪场PEDV的感染十分普遍。对S基因进行分子流行病学分析发现,我国PEDV流行毒株与已有PEDV毒株可以分为2个完全不同的进化分支G1和G2,G1以CV777和DR13等疫苗株和早期毒株为主,G2则以2011-2013年流行毒株为主,流行毒株之间的同源性为97.8%-100%,与疫苗株CV777之间的同源性为94.3%-94.5%。     

5株猪流行性腹泻病毒流行株的遗传变异分析

为了解当前猪流行性腹泻流行情况,对4个地区疑似PEDV S1、ORF3基因进行RT-PCR扩增,并对5株PEDV流行株进行核苷酸同源性及遗传进化分析。S1基因核苷酸同源性比较与进化分析显示,5株PEDV流行株与意大利Italy/69979-25株、美国OH851株、我国主要变异株W-pintung-52株、AH2012、JXGZ2013等位于同一进化分支,其核苷酸同源性达98%以上。ORF3基因核苷酸同源性比较与进化分析发现,5株PEDV流行株均属于野毒株,与Tottori/JPN/2014变异株亲缘关系较近,其核苷酸同源性高达98.8%～100%。提示当前猪流行性腹泻病毒仍以变异株为主。     

四川彭州猪流行性腹泻流行株全基因序列测定及其遗传变异分析

为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%～99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位(P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6)和1个中和抗原表位(SID)均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。     

河南部分地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查

试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus, PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV的S基因部分序列进行测序、同源性和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻病例部分为混合感染,作为主要病原的PEDV、猪A群轮状病毒(PoRV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的检出率有所不同。将8株PEDV的S基因与参考毒株CV777进行比较,S基因存在不同位点和不同程度的氨基酸突变。S基因的同源性比较和遗传进化分析表明:河南地区的8株PEDV毒株属于不同的分支,且181737-1、181737-2和180278-1为流行株,180276-3、180276-6、180435-1和181753-1更接近于经典株,181212-1更接近于疫苗株。结果表明,河南地区现阶段流行的PEDV毒株复杂多样,优势毒株可能发生了变化。     

猪流行性腹泻病毒流行毒株S基因的遗传变异和B细胞线性抗原表位分析

为了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异规律,应用连续RT-PCR方法扩增分离的4株PEDV流行毒株的S基因,并对S基因进行测序、同源进化和B细胞抗原表位分析。结果显示,4个流行毒株S基因长4 161(4 158)个碱基,在59-62位(GENQ)和140(N)位的插入突变和163-164位(NI)缺失突变,属于与CV777、DR13和KPEDV-9等参考疫苗毒株不同的进化分支G2群,与参考疫苗毒株之间的氨基酸同源性为92.4%~93.3%;B细胞线性抗原表位分析显示,流行毒株52-62、360-365、752-781位抗原表位显著高于疫苗毒株,提示可能与流行毒株的致病性、受体结合能力和侵染性等相关。