人参种源遗传多样性和遗传关系的AFLP分析

【目的】阐明不同种源人参的遗传关系和遗传多样性。【方法】用AFLP分子标记对来自我国吉林、辽宁2省及韩国、朝鲜的24份人参种源的多态性、亲缘关系和居群遗传多样性进行分析。【结果】从36对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,用这8对引物共扩增出188个位点,其中138个位点为多态位点,多态位点百分率为73.4%;通过聚类分析,可将24个人参种源聚为4类;在集安、抚松和韩国的3个人参居群中,集安居群的Nei’s基因多样度、Shannon’s信息指数均最高,分别为0.1689和0.2738。【结论】AFLP分子标记研究结果能较好地揭示人参种源间的遗传多样性和遗传关系。     

梨Ty1-copia反转录转座子的克隆及IRAP分子标记体系的建立

【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ty1-copia反转录转座子全长序列,分析序列特点,并基于其中长末端重复序列(LTR)建立IRAP分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材,根据已知的Ty1-copia反转录转座子保守区域设计引物,利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端LTR序列设计引物,建立IRAP分子标记体系,并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得2条Ty1-copia反转录转座子全长序列,分别命名为PbTYZS1和PbTYZS2,长度分别是9 363和9 632bp。从红色芽变基因组中获得1条序列,命名为PbTYRM1,长度为9 652bp。经结构分析,获得的3条序列都是典型的Ty1-copia反转录转座子,但其开放阅读框(ORF)的完整性发生了变化。利用反转录转座子LTR保守区域设计引物成功建立了IRAP分子标记体系,早酥梨与红皮芽变的平均遗传距离为0.104,与极早熟芽变的遗传距离为0.115,并且早酥梨与极早熟芽变的多态性为20.41%,较之与红皮芽变的多态性(18.89%)更为丰富。【结论】早酥梨及其红皮芽变基因组中都含有完整结构的Ty1-copia反转录转座子,建立的IRAP分子标记体系可以得到清晰稳定的多态性指纹图谱。     

高丹草AFLP分子遗传连锁图谱的构建

【目的】对高丹草低氢氰酸含量及产量等重要性状进行QTL定位,构建其AFLP分子遗传连锁图谱,为分子标记辅助育种等研究奠定基础。【方法】以散穗高粱×红壳苏丹草杂种F2代305个分离单株为作图群体,利用AFLP分子标记技术先从供试AFLP引物中筛选适宜引物对,再用这些引物对对其供测群体进行PCR扩增;根据扩增原始数据,利用Join Map 3.0作图软件进行高丹草分子遗传连锁图谱构建。【结果】从113对AFLP引物组合中筛选出了25对多态性丰富、重复性好、条带清晰的适宜引物,对高丹草F2分离群体305个单株的基因组DNA扩增,得到444个AFLP分子标记位点,据此构建的高丹草遗传图谱包含10个连锁群,覆盖的基因组总长度为1 468.12cM,各连锁群的长度变幅为114.24~189.34cM,标记间平均图距为3.38cM。【结论】成功构建了一张密度较高的高丹草分子遗传连锁图谱。     

青藏高原7种嵩草遗传多样性AFLP研究

 【目的】从分子水平研究嵩草品种资源之间的遗传多样性,为综合评价青藏高原嵩草种质资源提供依据。【方法】用筛选出的4对E+3/M+3引物对11份嵩草基因组 DNA进行 AFLP扩增。【结果】共得到164条清晰可辨条带,多态性条带154条,多态性位点百分率为93.96 %,嵩草平均Nei’s 基因多样性指数为0.2430,Shannon’s多样性指数为 0.4012,表明嵩草种质间存在丰富的遗传多样性。通过UPGMA聚类分析,将11个嵩草居群划分为5类。【结论】嵩草的11个自然居群存在丰富遗传多样性,嵩草居群的遗传相似系数与海拔之间没有相关性,嵩草居群的生境的异质性影响遗传分化。     

7种观赏桃新种质的TP-M13-SSR分子标记鉴定及亲缘关系分析

【目的】以7份选育出的观赏桃新种质和15份市面上常见桃品种的叶片为试验材料,通过简单重复序列（SSR）分子标记对其遗传多样性及亲缘关系进行分析鉴定,旨在探讨新种质与市面上常见桃品种的种间遗传距离与亲缘关系,为观赏桃起源演化、开发利用和亲本选配提供参考。【方法】利用36对引物进行TP-M13-SSR PCR扩增以及荧光毛细管电泳检测,并对扩增产物的扩增效率及引物多态性进行分析。对7份观赏桃新种质‘T20’、‘T22’、‘T28’、‘T10’、‘T13’、‘T9-1’、‘早花’与15份已有常见桃品种的亲缘关系进行鉴定,利用6个SSR位点构建22份观赏桃种质资源的指纹图谱,进行Neighbor-Joining聚类并结合表型性状开展综合分析。【结果】36对引物中筛选得到25对高多态性引物,共检测到183个多态性等位基因和98.396个有效等位基因,观察杂合度平均值为0.341,预期杂合度平均值为0.739,Shannon’s信息指数平均值为1.546,引物多态性信息指数平均值为0.683,介于0.510～0.841之间。新种质‘T20’和‘T10’与已有‘台阶’品种相似系数最大,分别为0.95...     

我国六个地方鸭品种的群体遗传结构及遗传分化

【目的】了解中国部分地方鸭品种的群体遗传结构和遗传分化.【方法】使用荧光标记的微卫星引物和ABI-3730XL型DNA测序仪器,对我国6个地方鸭品种(180只)在16个微卫星位点上的等位基因进行STR分型测序,利用Structure和Fstat软件对群体结构和遗传分化进行分析.【结果】16个微卫星位点共检测到141个等位基因,具有高度多态性;F-统计量结果显示群体间存在显著的遗传分化;Structure程序成功构建出了6个鸭品种的遗传分化结构图;Structure程序构建的Neighbor Joining(NJ)图将‘润州凤头白鸭’‘于田麻鸭’聚为一类,‘北京鸭’与‘樱桃谷鸭’‘吉安红毛鸭’聚为一类.【结论】通过16个多态性较好的微卫星位点对中国6个地方鸭品种进行了遗传结构性和遗传分化研究,为获取我国地方鸭品种间的遗传信息和遗传关系提供更准确的依据.     

秦岭山区野生猕猴桃资源遗传多样性分析

【目的】利用有效的分子标记技术,对秦岭山区野生猕猴桃的遗传多样性及系统进化关系进行研究,为猕猴桃新种质的挖掘和品种遗传改良奠定基础。【方法】利用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)技术,对采自秦岭山区的野生猕猴桃24个优良单株和中华猕猴桃等6个种或变种及其品种的22份资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】通过引物筛选,用16个RAPD引物对46份猕猴桃资源扩增出235条带,其中227条为多态性条带,多态性位点比例为96.29%;各猕猴桃资源间的遗传距离为0.139 53~0.807 34;UPGMA聚类分析结果显示,‘野生99-13’与‘武植2号’、‘魁蜜’、‘金阳1号’、‘武植6号’、‘中华♂’和‘广西红肉’等中华系列猕猴桃(A.chinensis Planch.)聚在一起,其余23份野生猕猴桃与‘哑特’、‘秦美’、‘徐冠’、‘徐香’等猕猴桃品种遗传距离较近。【结论】24份秦岭野生猕猴桃资源中,‘野生99-13’属中华系列猕猴桃,其余23份均属于美味猕猴桃(A.deliciosa var.deliciosa)。     

家蚕RAPD、AFLP和SSR标记的研究及比较分析

 【目的】探讨RAPD、AFLP和SSR标记系统在家蚕遗传学研究中各自适用领域，为其在种质资源研究中选择适合的分子标记系统提供参考。【方法】利用RAPD、AFLP和SSR 3种分子标记方法研究了15个家蚕品种的遗传多样性指数，同时对3种标记系统进行了比较分析。【结果】SSR标记位点的期望异质性（He）最大（0.40），AFLP标记位点的He最小（0.25），但AFLP有最高标记指数（MI，15.60）和最高的多态性检测效率（Ai，74.75）。【结论】SSR比AFLP和RAPD的信息含量高，使得它最适合用于种质资源的遗传多样性分析；AFLP的检测效率高即能够在1次PCR扩增反应中检测到最多的DNA带型，非常适合于种质鉴定与保护和构建连锁遗传图谱。     

芝麻空间诱变品系（种）的DNA指纹分析

 【目的】揭示芝麻空间诱变品系（种）的DNA水平上的变异，探讨芝麻空间诱变的分子机理，以期为作物空间诱变育种提供理论基础。【方法】首次应用AFLP标记对芝麻空间诱变的3个品系（种）及原始对照种豫芝4号（未搭载处理的留地种子）进行DNA指纹分析。【结果】随机组合的30对AFLP引物对原始对照种及3个空间诱变品系（种）进行扩增，共获得1176条DNA谱带，其中多态性谱带625条，多态性位点比率为53.15%，每对引物均扩增出多态性，并且每一个空间诱变品系（种）与原始对照种间均扩增出多态性DNA谱带。利用NTSYS软件进行类平均法（UPGMA）聚类发现3个空间诱变品系（种）明显地聚在一起，与原始对照种存在较大差异。【结论】通过空间诱变能够在DNA水平上导致芝麻遗传物质变异，空间诱变是一种有效的育种途径。AFLP是一种研究植物空间诱变材料的高效率的分子生物学方法。     

应用SRAP标记对茄子品种进行遗传多样性分析与指纹图谱构建

利用SRAP技术对36份茄子栽培品种进行了分子鉴定。结果表明:选用25对引物组合对其基因组DNA进行PCR扩增,共获得566条扩增带,其中多态性谱带102条,平均每个引物组合扩增出4.08条多态性条带;品种间‘望哈茄’与‘本溪早紫茄’遗传相似系数最大,为0.986,‘辐射1号’与‘沪紫长茄’间遗传相似系数为0.581。同时使用8对引物组合构建了36个品种的指纹图谱,其中引物FC8ME10可以把‘闽长茄’与其他茄子品种完全区分开。引物SA1OD3可以把‘敦和茄’和‘苏大青茄’同其他茄子品种区分开来。表明:SRAP标记技术能较好地从分子水平揭示出茄子品种的遗传多样性,并能有效应用于茄子品种指纹图谱构建。     

基于 SSR 标记的 12 个非洲菊品种指纹图谱构建及杂交 F1 后代鉴定

【目的】基于 SSR 分子标记对 12 份非洲菊种质进行亲缘关系分析及部分种质杂交 F1 后代真假杂种鉴定，以期为非洲菊种质资源鉴评及创新利用提供技术支撑。【方法】收集 12 个非洲菊种质资源，提取其基因组 DNA 后，利用 50 对 SSR 引物进行 PCR 扩增，通过检测相关多态性结果进行聚类分析和指纹图谱构建，以及部分品种杂交 F1 后代鉴定。【结果】18 对引物在 12 份非洲菊材料中共扩增出 74 个多态性等位变异片段，平均每对引物扩增出多态性等位变异片段 4.1 个。利用 74 个等位位点，构建了 12 份非洲菊种质资源的系统进化树，UPGMA 聚类分析结果显示，当遗传系数为 0.75 时，可将受测的 12 份种质分为 5 组，Ⅰ组为‘云南红’‘大088’‘情人’，Ⅱ组为‘粉佳人’‘粉球’‘真爱’和‘福娃’，Ⅲ组为‘绣色’‘淑女’和‘黄球’， Ⅳ组和Ⅴ组均只包含 1 个品种，分别是‘紫水晶’和‘深圳 5 号’。筛选出 GHSSR-1、GHSSR-18、GHSSR-20和 GHSSR-21 等 4 对引物，可完全区分 12 份种质；其中，后 3 对引物鉴定出兼具双亲特异位点的单株分别是Gh-5、Gh-4 和 Gh-1，单独 1 对引物的鉴定率为 33%。且受检的 3 个单株均为真杂种，真杂种率为 100%。【结论】成功构建 12 份非洲菊品种的指纹图谱，综合 3 对多态性较好的引物鉴定出 3 株非洲菊杂交 F1 后代实生苗为真杂种，为非洲菊资源鉴评和创新利用提供可靠的 SSR 标记引物。     

带叶兜兰遗传多样性的SRAP分析

【目的】从分子水平上了解带叶兜兰的遗传多样性,为带叶兜兰种质资源的保护和利用奠定基础。【方法】采用SRAP分子标记技术,对40份采自广西木论自然保护区天然居群的野生带叶兜兰种质资源进行分析,利用Popgene软件估算遗传多样性参数。【结果】从414对SRAP引物中筛选获得30对能扩增稳定、清晰可辨条带的引物组合;30对引物组合可从40份DNA样品中扩增获得256条带,每对引物扩增条带数为6～11条,平均每对引物组合扩增获得8．53条带;其中多态性条带62条,多态性比例为12．50％～33．33％,平均多态性比例为24．22％。遗传多样性分析结果显示,Nei’s基因多样性指数为0．1282,Shannon多样性指数为0．1582。【结论】带叶兜兰种质资源群体个体数少,个体间遗传多样性水平较低。     

25个油茶优良无性系的遗传分析与分子鉴别

【目的】为油茶种质资源的合理利用奠定理论基础,为油茶优良品种资源保护提供技术支持.【方法】采用SRAP分子标记对来源于江西省的25个油茶优良无性系进行遗传分析与分子鉴别.【结果和结论】11对SRAP引物组合共扩增出347个位点,其中多态性位点332个,多态性位点占比为95.68%.聚类分析结果表明,25个油茶优良无性系的遗传距离介于0.255 6~0.738 4,平均遗传距离为0.599 9,表明这些油茶无性系的地理来源相近.在遗传距离为0.528 0处,可以将25个油茶优良无性系分为5组.利用筛选出的引物构建了25个油茶优良无性系的DNA指纹图谱,每一对引物构建的指纹图谱均可以用于25个优良无性系的分子鉴别.     

观赏及砧木用苹果品种的SRAP-PCR反应体系优化及其多态性检测

通过建立和优化PCR扩增体系,开展观赏及砧木用苹果品种的SRAP分子标记遗传多样性研究,根据所获得的多态位点探究不同材料间的亲缘关系。研究结果表明SRAP-PCR最佳反应体系为(20μL):模板DNA30ng,1×Buffer,Mg2+1.5 mmol/L,dNTP 0.3 mmol/L,引物各0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶1.0 U。应用筛选出的12对多态性丰富的SRAP引物组合对8个观赏和砧木用苹果品种进行遗传多样性分析,共得到97条扩增谱带,其中多态性谱带78条,多态性比率80.4%,平均每个引物组合产生6.5个多态性位点,供试材料间遗传变异相对丰富。运用NTSYS软件中的UPGMA算法分析,各材料的遗传相似系数为0.62~0.92。树状图中,芭蕾苹果‘舞乐’、‘舞佳’聚为同组,遗传变异较小;砧木种质‘CX3’、‘CX5’遗传差异相对较大;‘秋幸’、‘秋实’具有较近的遗传关系。此研究结果可为观赏及砧木用苹果种质资源的品种鉴定及分子标记辅助育种提供参考。     

部分牡丹品种遗传多样性的AFLP分析

【目的】研究牡丹遗传多样性为合理利用牡丹种质资源、培育观赏价值高的牡丹新品种提供依据。【方法】利用荧光标记AFLP技术，采用8对M+3和P+3引物组合对30份牡丹栽培品种进行了总基因组DNA水平上的多态性检测。【结果】检测结果共获得1 123条可统计的条带，其中965条呈多态性，多态性带百分率达86%。揭示了牡丹栽培种质丰富的遗传多样性。8组引物在30个品种中检测到数目不等的品种特异带型，这些品种的特异带型对供试牡丹品种具有一定的鉴别价值。【结论】8对引物能将30个牡丹品种完全区分开。聚类分析结果表明多数来源地相同的牡丹种质表现出较为密切的亲缘关系。     

不同猕猴桃品种雌雄植株的AFLP分析

以猕猴桃(Actinidiaspp.)幼叶为材料提取基因组DNA,从64个引物组合中选取12对引物进行雌、雄集群DNA样品的扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)扩增,再从中选取4对引物进行6对雌、雄DNA样品的AFLP扩增.4对引物共扩增出74个AFLP标记,其中多态性标记为58,多态性标记百分比为78.4%.遗传相似性分析表明,同一品种雌雄样品之间的AFLP电泳图谱表现出一定的差异,但小于不同品种间的差异,而品种间的差异又小于不同种间的差异.同时AFLP多态性初步检测出猕猴桃不同性别在DNA水平上的差异.     

嵩草AFLP分析体系的建立及引物筛选

【目的】建立一套适用于嵩草的AFLP技术体系。【方法】参考前人在其他物种上的研究结果,对嵩草AFLP体系的影响因素(包括模板DNA的制备、MseⅠ/EcoRⅠ以及T4 DNA连接酶的浓度、反应时间以及反应体系的组成等)进行研究,建立适用于嵩草的AFLP分析体系,并对引物进行了筛选。【结果】用于酶切的嵩草基因组DNA模板以600 ng为宜,连接最适反应时间为10 h,预扩增产物最适稀释倍数为5倍。E-ACC+M-CAG、E-ACA+M-CAG和E-ACA+M-CTG 3对引物均适合于嵩草AFLP分析,其中以E-ACA+M-CAG引物组合效果最佳,扩增出101条多态性带,多态性带比率为99.02%。【结论】建立的AFLP技术体系可用于嵩草AFLP分析,用该体系可得到条带清晰多态性好的嵩草AFLP指纹图谱。适合嵩草种质资源研究的引物组合有E-ACC+M-CAG,E-ACA+M-CAG和E-ACA+M-CTG,其中E-ACA+M-CAG组合的效果最好。     

悬铃叶苎麻AFLP反应体系的建立

【目的】建立悬铃叶苎麻植物AFLP反应体系,为其无融合生殖的分子标记及构建遗传图谱提供技术支持。【方法】以悬铃叶苎麻叶片为材料,采用改良CTAB法提取基因组DNA,并对酶切与连接体系、预扩和选扩程序进行探索,建立一套优化的AFLP反应体系。【结果】通过对EcoRⅠ+NNN/MseⅠ+NNN的64对引物组合的筛选,获得了清晰的选择性扩增图谱和多态性较高的引物组合。【结论】经多次重复验证,建立的优化体系可用于悬铃叶苎麻的AFLP分析。     

广东省大豆种质资源遗传多样性分析及DNA 分子身份证构建

【目的】对广东省大豆资源进行遗传多样性分析，筛选有效的SSR 分子标记，以及构建快速鉴定的DNA 分子身份证。【方法】收集了广东省19 个市37 个县市共96 份大豆种质资源，提取基因组DNA 后，利用30 对SSR 引物进行PCR 扩增，通过测序检测获得相关多态性结果进行聚类分析以及DNA 分子身份证构建，记录相关品种性状并转化为可视化信息。【结果】毛细管电泳检测结果表明，30 对SSR 引物在96 份大豆材料之间均具有清晰稳定的多态性片段，共扩增出273 个多态性等位变异片段，平均每对引物扩增出多态性等位变异片段数14.29 个；不同引物揭示的多态性信息含量（PIC）的范围为0.3891~0.9310，平均值为0.6786，30 对引物可用于区分广东大豆资源。通过聚类分析发现，所收集的大豆样品可以分为3 个类群，具有遗传多样性。从PIC 最高者开始进行引物组合，筛选出6 对能将96 份大豆区分开的引物。【结论】基于6 对SSR 引物扩增结果，对多态性片段排序，通过数字与英文结合编码，成功构建96 份大豆资源的DNA 分子身份证，为广东省大豆种质资源鉴定提供了重要依据。     

RAPD和AFLP在分析尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用比较

比较了RAPD和AFLP标记技术在尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用。共筛选20个RAPD引物和7个AFLP引物组合,检测到AFLP标记的有效等位基因数和平均多态信息量稍低于RAPD标记,但AFLP标记的多态性检测效率显著高于RAPD标记。两种分子标记所得遗传相似系数接近。结果表明:AFLP和RAPD适宜于基因组DNA检测,但AFLP优于RAPD。