贵港最大面积原生地新收集普通野生稻分子鉴定评价

为了对来自贵港市最大面积原生地新收集普通野生稻资源进行遗传多样性分析,并在此基础上 进一步对居群内的个体进行区分。选择分布于水稻染色体组的25 对微卫星(SSR)引物对来自贵港的 349 份材料进行多样分析和遗传结构研究。结果表明,所有个体平均等位基因数A=6,有效等位基因数 Ae=2.23,期望杂合度He=0.44,实际杂合度Ho=0.40,香农指数I=0.88。该居群可分为4 个亚群结构,并 且90%以上个体可以得到区分。该群体遗传多样性丰富,SSR分子标记可以简单有效的区分群体内的 大部分个体,提高了保护效率。     

海南三种野生稻遗传多样性的比较研究

利用39对SSR引物对海南114份普通野生稻、146份疣粒野生稻和81份药用野生稻进行扩增,从多态位点比率、平均等位基因数、香农指数等多个指标比较了3种野生稻遗传多样性的差异。结果表明,普通野生稻的遗传多样性最高,疣粒野生稻次之;在所检测的53个位点中,药用野生稻和疣粒野生稻的多态位点数分别为普通野生稻的1/7和2/7,等位基因数分别为普通野生稻的37%和39%;平均每个位点的实际杂合度,以普通野生稻杂合度最高（60%）,分别是疣粒野生稻和药用野生稻的4.6倍和6.6倍。Wright-统计量和聚类分析结果表明,普通野生稻群体的遗传多样性主要来自群间,当遗传一致度I等于0.53时,3个居群分别属于不同类群,因此建议将3个普通野生稻居群都纳入原生境保护点建设范围。同时,药用野生稻和疣粒野生稻无论居群间还是居群内遗传变异都很小,各居群个体间出现部分交叉,只有当I大于0.9时才分别聚为不同的类群,因此,在进行原生境保护时只需保护遗传多样性水平高的居群即可。     

梨属植物等位酶遗传多样性研究

利用超薄平板微型聚丙烯酰胺凝胶的等电聚焦电泳技术,对286份梨材料进行了等位酶遗传变异分析。在8个酶系中共检测到19个清晰位点和82个等位基因,19个位点均为多态位点,位点最大等位基因数为6,体现出梨丰富的遗传种质多样性;不同的居群具有特有等位基因;通过82个等位基因可以将286份材料完全区分开,表明等位酶基因型指纹可用作梨品种区分与鉴定的依据。     

大龙虎泡野生日本沼虾遗传多样性分析

为了深入了解本地日本沼虾的遗传特性,为育种选育提供理论支撑,利用微卫星分子标记技术,对大龙虎泡日本沼虾进行遗传多样性比较分析。结果显示,12个微卫星位点均属于高多态性位点(PIC>0.5);太湖2号养殖群体的等位基因数为4～11,有效等位基因为3.686 4～7.480 5,观测杂合度为0.318 2～0.833 3,期望杂合度为0.744 9～0.884 8;各位点的多态性为0.691 9～0.851 7,属于高遗传多样性的群体。大龙虎泡野生群体等位基因数为1～2,有效等位基因为1.00 0 0～2.000 0,观测杂合度为0.000 0～1.000 0,期望杂合度为0.000 0～0.517 2,各位点的多态性为0.000 0～0.375 0,属于遗传多样性较低的群体。2个群体均有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,大龙虎泡野生群体另出现3个位点无法进行Hardy-Weinberg平衡检验。太湖2号养殖群体的7个位点表现出来的是杂合子缺失,大龙虎泡野生群体的7个表现的是杂合子过剩。分子方差分析显示,有36.15%(P<0.01)的遗传变异来源于群体间,而6...     

海南两个自然保护区野生荔枝遗传多样性研究

采用常规聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对海南吊罗山和霸王岭两个国家级自然保护区野生荔枝等位酶遗传多样性进行了研究。13个酶系统、18个酶位点的检测结果表明,两个自然保护区野生荔枝具有较低的居群间遗传变异水平和较高的居群内遗传变异。吊罗山保护区野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.27。霸王岭居群野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.28。两个群体的遗传分化极小,GST=0.047.居群间遗传一致度较高I=0.977。共检测到7个稀有等位基因。两个自然保护区的野生荔枝均有各自特有的稀有等位基因,都应采取措施予以保护。     

基于SSR标记的钱塘江中下游三角鲂4个放流苗种群体遗传多样性和遗传结构检测

为检测钱塘江中下游三角鲂放流苗种群体遗传多样性和遗传结构,采用毛细管电泳基因分型技术,基于9对荧光标记SSR引物对来自4个放流苗种群体的192尾样本进行扩增和基因分型测序。结果表明,各群体单个位点检测到的等位基因数Na均值为(20±2)～(24±2),有效等位基因数Ne均值为(10.76±1.51)～(13.66±1.33),其中余杭群体等位基因数Na和有效等位基因数Ne最大,建德和桐庐群体的这2项指标大体相当;4个群体Shannon’s信息指数I均值为(2.55±0.13)～(2.83±0.09);4个群体观测杂合度Ho均值为(0.83±0.08)～(0.94±0.03),期望杂合度He均值为(0.88±0.02)～(0.92±0.01),绝大多数位点表现出杂合子过剩;余杭、建德、桐庐、富阳各群体的私有等位基因数依次为54、9、15、17个;4个放流三角鲂苗种群体遗传多样性处于较高水平,部分群体出现了杂合子过剩和等位基因丢失现象。分子方差分析显示,98.7%的遗传变异来自群体内的个体间,1.3%遗传变异来自群体间,4个放流群体间遗传分化指数为0.013～0.017,遗传分化很小(0&...     

福建黄兔的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄兔的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄兔群体中都表现出较丰富的多态性,在6个群体微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6622(0.5723~0.7222),各群体的PIC差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6857(0.5904~0.7267)。这显示黄兔群体的多态信息含量、杂合度等指标有较好的一致性,说明福建黄兔品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）根据奈氏标准遗传距离,并进行UPGMA聚类分析,结果显示6个群体间的遗传变异不大。福建黄兔地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;从遗传距离及聚类分析结果表明这些群体黄兔属于同一个地方品种。     

‘早胜牛’微卫星基因位点遗传多样性分析

为了从分子水平上分析‘早胜牛’的遗传多样性,采用PCR技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测了‘早胜牛’IDVGA46、ILSTS005、IDVGA27、TGLA44、IDVGA2、BM2113和ETH10这7个微卫星位点的多态性分布,并计算‘早胜牛’各个微卫星位点基因座的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、多态信息含量。结果显示:112头‘早胜牛’样品在7个微卫星位点上共有25个等位基因,平均等位基因数为3.5714,平均有效等位基因数为3.0004,平均期望杂合度为0.6996,平均多态信息含量为0.6526。分析结果表明‘早胜牛’群体的遗传杂合度比较高,遗传多样性丰富,所选的微卫星座位点可用于‘早胜牛’遗传多样性评估。     

用SSR标记研究不同耐盐特性四倍体紫花苜蓿的遗传多样性

用8个微卫星位点，63个等位基因，研究了8个栽培型紫花苜蓿品种（Medicago sativa L.），320个单株群体内和群体间的遗传变异。首次提出用四倍体方法统计紫花苜蓿微卫星位点的等位基因频率，以等位基因频率为基础，得到遗传杂合度、有效等位基因数、标准遗传距离和NJ（Neighbor Jointing）聚类图。结果表明这8个材料在群体内和群体间均具较高变异。通过0/1法和四倍体方法得到的遗传杂合度之间的显著性检验（P<0.01），表明四倍体方法更适于紫花苜蓿微卫星多态性研究。     

基于SSR标记的板栗种质资源遗传多样性分析

本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。     

大麦遗传多样性及连锁不平衡分析

为了合理评价引进种质资源,为大麦基因发掘及育种组合配置提供依据,选用分布于全基因组的64个SSR标记,对221份大麦材料进行了基因型分析。共检测到192个等位变异,变幅为2~7个;基因频率变异范围为0.0090~0.9729,平均0.3333;全部位点的基因多样性变化范围在0.0528~0.7807,平均0.4813;多态性信息含量(PIC)变异范围在0.0514~0.7464,平均0.4113。供试材料间遗传相似系数变幅为0.4844~0.9792,平均0.7023。221份材料被划分成两大群7个亚群,国内地方品种与1份北京品种为一大群,国内育种品种与所有国外引进品种为另一群。遗传结构分析与聚类结果基本一致,两大类群间的遗传距离为0.3358,且第二大群多样性比第一大群丰富。2016个SSR位点成对组合中,不论共线性组合还是非共线性组合,都存在一定程度的连锁不平衡(LD)。D′统计概率(P<0.01)支持的LD成对位点830个,占全部位点组合的41.2%,D′平均值为0.4,整体LD水平较高。栽培品种的LD水平高于地方品种,且现代遗传改良的目标性状集中于2H、4H、6H和7H染色体。     

西瓜核心种质遗传多样性分析及指纹图谱构建

深入了解西瓜核心种质资源的群体结构及遗传多样性,可以准确指导亲本间杂交组合的有效配置,避免具有相似遗传背景材料的组合,以便提高育种效率。据此,本研究通过采用45对具有多态性的SSR标记对不同来源的78份西瓜核心种质进行了多元统计分析。结果表明,45个SSR标记共检测出175个位点,其中具有多态性位点数为165个,多态性比率达95.41%,且每对引物平均检测到等位基因位点3.67个,PIC大小范围在0.049~0.781之间,平均值为0.415,其有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、多样性指数(I)及Nei's基因多样性指数(H)在该群体水平上分别为2.258、0.479、0.521、0.850和0.476,同时筛选出了28对多态性高、带型稳定、易于统计的核心引物,构建了78份西瓜核心种质的SSR指纹图谱。群体结构分析表明,78份西瓜核心种质资源划分为2大类群和4个亚群,其中来自不同地域的美国材料和日本材料分别独立趋于2大类群中,而中国种质材料普遍交叉分布于2大类群中,且各亚群之间存在着明显的基因交流,分子方差分析表明种质间遗传多样性主要存在于品种间和居群间。     

适于陆地棉品种身份鉴定的SNP核心位点筛选与评价

利用全基因组SNP信息, 筛选陆地棉品种特异的核心SNP位点组合, 可为陆地棉品种身份鉴定提供准确高效的检测手段。本研究利用棉花CottonSNP80K芯片对326份不同来源的陆地棉种质进行SNP分型。以南京农业大学陆地棉TM-1基因组Gossypium hirsutum (AD1) genome NBI v1.1版本为参考序列, 对SNP位点进行注释。结果表明, 93.85% (72 990/77 774)的位点检出率超过99%, 61 595 (79.20%)个SNP位点具有多态性, 其中76.32% (47 009)的位点最小等位基因频率(MAF)大于0.1。基于位点检出率大于0.99、位点具多态性、MAF大于0.2、杂合率小于0.05、每条染色体的SNP密度为400 kb/SNP左右等要求, 最终获得4857个覆盖全基因组的高质量核心SNP位点组合。这些核心SNP位点组合平均检出率接近100%; 平均MAF值为0.34; 平均杂合率为0.02; 99%以上的陆地棉材料均能够被准确鉴定。统计分析表明利用核心SNP位点组合与CottonSNP80K的鉴定结果呈极显著相关。本研究提供了包含4857个SNP位点, 适于陆地棉品种指纹图谱绘制的核心SNP位点组合, 可实现陆地棉品种身份鉴定和品种确权。     

Gain from marker‐based recurrent selection for increased heterozygosity in barley

Barley (Hordeum vulgare L.) is a highly adaptable cereal crop grown under a wide range of agro‐ecological conditions. Various literature reports demonstrate that heterozygosity may enhance the yielding level and stability of barley particularly in stress‐prone environments. The major aim of this study was to investigate whether recurrent selection (RS) for heterozygosity at highly polymorphic codominant molecular marker loci increases outcrossing in a genetically broad‐based population. Four to six SSR marker loci were used for this purpose. Selection was conducted over four cycles. Progress from selection was evaluated in a terminal experiment comprised of population samples from all four RS cycles. All experiments were conducted under greenhouse conditions. The starting population was composed of 201 gene bank accessions (178 lines, 12 landraces and 11 wild barley populations) sampled in West Asia and North Africa. Selection led to a stepwise increase in heterozygosity from 0.23% to 1.50%. Correspondingly, the estimated multilocus outbreeding rate rose from 1.4% to 3.5%. This positive selection response offers new perspectives for improving the productivity of barley in stress‐prone areas.     

荷斯坦牛12个STR基因座遗传多态性研究

选用牛的12个STR基因座,利用PCR和电泳银染技术对来自不同牛场的100头荷斯坦牛进行遗传多态性检测.结果表明,12个STR基因座的杂合度、多态信息含量、有效等位基因数的均值为0.871 1,0.857 4,8.166 6,这些基因座的遗传杂合度及多态信息含量高,均为高度多态位点,适用于动物的遗传分析和个体鉴定.     

用SSR标记分析豫综5号和金皇后综合种的遗传变异

利用40对SSR标记引物分析了豫综5号和金皇后综合种的遗传变异.结果表明:40对引物在两群体中都扩增出115个多态位点;累加40对引物扩增的基因型种类,豫综5号196种,金皇后194种;豫综5号的平均遗传距离为0.383 4,金皇后综合种为0.339 7;豫综5号的平均观察杂合度是0.382 6,平均期望杂合度是0.474 7;金皇后综合种的平均观察杂合度是0.329 2,平均期望杂合度是0.414 3.从以上结果来看,豫综5号的遗传变异较丰富.     

一对粳稻细胞质雄性不育系与恢复系的DNA限制性片段长度的多态性分析

通过对粳稻细胞质雄性不育系秀岭 A 和 C8411的染色体限制性片段长度的多态性分析,定量地评估了它们的 F_1杂种基因组的杂合性。在评估时,总共检测了12对染色体上的122个位点,使用9种不同的限制性内切酶,结果发现,在26%的位点中有等位的差异,而且呈现多态性的位点不是随机或均匀地分布在不同的染色体上的。根据揭示多态性的限     

陕西省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性研究

为了研究陕西地区野生大豆的遗传多样性特点,利用SSR分子标记分析了陕西省6个野生大豆(Glycine soja)天然种群和1个栽培大豆(Glycine max)种群的遗传结构与遗传多样性。结果显示：13个位点共检测出113个等位基因,平均每个位点的等位基因数(A)为8.69个,等位基因数目范围为4~13个,有效等位基因数(N_e)范围为2.135(Satt590)~9.385 (Satt487),平均有效等因基因数为5.623;观察杂合度(H_o)变化范围为0.033~0.121,平均为0.080;预期杂合度(H_e)的变化范围为0.312~0.658,平均为0.482;种群平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.657;野生大豆种群基因多样度比率(F_ST)为0.465。该研究显示,陕西省野生大豆具有较高水平的遗传多样性,野生大豆的遗传多样性普遍高于栽培大豆;随着海拔的不断升高,野生大豆遗传多样性变低;陕西中部、南部的野生大豆种质资源丰富、种群具有较高的遗传多样性,推测该区域为陕西省野生大豆的遗传多样性中心。     

楸树EST-SSR标记开发及种质资源的遗传多样性分析

利用转录组数据开发SSR标记是一种经济高效的DNA分子标记开发策略。本研究利用高通量测序技术开发楸树(Catalpa bungei)EST-SSR标记,了解其在转录组序列中的分布类型,并利用41对多态性较好的引物对来自安徽(AH)、河南(HN)、湖北(HB)和山东(SD)的4个楸树居群的48个无性系的遗传多样性进行分析。结果表明:在大于1kb的14634条序列中,共鉴定出3999个SSR位点,580条序列包含2个及以上位点;单核苷酸重复(1957,48.94%)是最常见的SSR类型,其次是二核苷酸重复(1164,29.11%),三核苷酸重复(834,20.86%),四核苷酸重复(41,1.03%)和五核苷酸重复(3,0.08%);共扩增出243个等位基因,每个位点的等位基因数为3~13个,平均为4.85个,观测杂合度为0.14?1.00,平均为0.63,期望杂合度为0.42?0.84,平均为0.67,大部分位点偏离哈迪-温伯格平衡;AH和HN居群在有效等位基因数和期望杂合度的数值较高,表明其遗传多样性较丰富;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在居群内。本研究为楸树及同属其他树种种质资源鉴定、遗传多样性提供依据,且在指导楸树良种选育等方面具有重要的意义。