基于网络药理学及分子对接技术分析核桃治疗高尿酸血症的作用机制

基于网络药理学方法及分子对接技术分析核桃（Juglans regia L.）治疗高尿酸血症（Hyperuricemia,HUA）的作用机制，利用中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）预测核桃活性成分的作用靶点，运用OMIM、GeneCards和DrugBank数据库检索HUA疾病靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件进行作用靶点-活性成分-疾病网络绘制，利用Metascape平台进行富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接，对活性成分及重要靶点的结合度进行验证。结果表明，共筛选出核桃活性成分5种，与HUA有交集靶点16个；富集程度较高的信号通路包括癌症信号通路、化学致癌-受体激活信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路和卡波西肉瘤相关疱疹病毒信号通路；通过分子对接验证试验可知，核桃中主要活性成分与重要靶点结合紧密。     

基于网络药理学和分子对接技术探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制

本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...     

基于网络药理学与分子对接探究黄芪-葛根-丹参治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

本文运用网络药理学研究方法探究黄芪葛根丹参中有效成分治疗糖尿病视网膜病（DR）的潜在机制。采用TCMSP平台筛选黄芪葛根丹参的活性成分及靶点，通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选DR相关靶点，以及在UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名。利用STRING数据库结合Cytoscape软件进行拓扑分析，筛选出核心靶标并绘制网络互作图，再利用Metascape平台对药物疾病共同靶点进行GO和KEGG通路富集分析并建立成分靶点通路网络模型，最后使用Discovery Studio和AutoDock Vina软件对其重要化合物与DR关键靶点进行分子对接验证。通过上述方法共筛选得到中药有效成分89个及靶点基因247个，DR相关基因共4 231个，其中药物疾病共同靶点145个，涉及有效成分76个；GO富集分析涉及生物过程1 864条（P <0.05）;KEGG富集分析通路共205条（P <0.05），主要有AGE-RAGE、P13K-Akt、TNF和HIF-1信号通路等；关键成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、刺芒柄花素和...     

基于网络药理学方法研究两面针抗肿瘤的作用机制

【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度（OB）及类药性（DL）为限制条件在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...     

基于网络药理学的平胃散治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

通过网络药理学研究平胃散对于溃疡性结肠炎(UC)的治疗作用及其潜在机制.通过检索中药系统药理数据库(TCMSP)收集平胃散中苍术、厚朴、陈皮、甘草4味中药的主要活性成分及其相关药物作用靶点;基于UC相关疾病数据库GeneCards、 TTD以及OMIM综合筛选疾病靶点;比对药物与疾病靶点筛选共同潜在靶点,通过STRING数据库、 Cytoscape软件构建平胃散治疗UC靶点相互作用网络并筛出核心节点;同时将药物和疾病的共同潜在靶点与筛选后的平胃散中活性成分通过Cytoscape＿v3.2.1软件生成体现活性成分-靶点相互作用的网络图并筛选出核心节点;利用STRING在线分析药物与疾病共同潜在靶点的GO生物富集过程和KEGG通路富集情况,构建活性成分-靶点-通路网络,并通过AutoDock＿Vina软件对药物活性成分与核心靶点进行分子对接验证.在平胃散活性成分-靶点-通路网络中有40个活性成分、 35条KEGG通路以及16个核心靶点,分子对接结果显示,10个活性成分与蛋白靶点MMP9,CAT,PTGS2,MAPK3,MAPK8,AKT1,MAPK14的最低结合能小于-7 kJ/mol,说...     

基于网络药理学黄精抗炎活性成分及作用机制研究

黄精属百合科黄精属，性味甘甜，食用爽口，具有重要的药用和食用价值。为探讨黄精抗炎可能活性成分及作用机制，借助TCMSP数据库筛选黄精活性成分，利用Pharmmapper和Uniprot数据库查找黄精活性成分靶点基因，借助GeneCards和MalaCards数据库筛选人体炎症相关基因，取交集获取黄精抗炎潜在靶点；在Metascape数据库进行GO富集和KEGG通路注释；使用Cytoscape3.6.1软件构建黄精抗炎潜在靶点的“成分-靶点-通路”网络图，STRING数据库构建PPI网络图。共筛选出(+)-丁香树脂醇-O-β-D-葡萄糖苷、中华在线1、甲基原纤细薯蓣皂苷、西伯利亚蓼苷A、3’-甲氧基大豆苷元、β-谷甾醇等12个潜在活性成分和ALB、EGFR、MAPK1、CASP3、ESR1等65个黄精抗炎潜在靶标，生物信息学富集分析中筛选出46个GO条目和13条KEGG通路，主要涉及Pathways in cancer（癌症的途径）、Prostate cancer（前列腺癌）、IL-17 signaling pathway（IL-17信号通路）、Hepatitis B（乙型肝炎）通路。该研究揭示了黄精抗炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为黄精抗炎机制研究和后续试验研究提供依据。     

基于网络药理学探讨艾草抗鸡马立克病毒的活性成分与作用机制

运用网络药理学方法探讨艾草抗鸡马立克病毒（Marek’s disease virus,MDV）的活性成分、作用靶点及可能的作用机制。利用TCMSP数据库检索艾草化学成分和作用靶点,查阅文献收集MDV相关宿主基因靶点,建立靶点数据库;利用STRING数据库结合Cytoscape 3.8.0软件构建靶点蛋白相互作用网络及活性成分-关键靶点网络,筛选核心靶点和主要活性成分;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;最后利用分子对接技术验证主要活性成分与关键靶点的结合能力。结果显示,从艾草中筛选出8种活性成分,共有108个基因靶点与MDV宿主基因存在相互作用,艾草抗MDV作用的主要靶点有JUN、CCND1、CDK1、IL-6等;GO功能分析涉及细胞活性、炎症反应等过程,KEGG富集分析涉及C型凝集素受体信号通路、MAPK信号通路、细胞衰老、p53信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路等;异泽兰黄素与靶点蛋白CCND1的对接能力最强。结果表明,艾草主要活性成分异泽兰黄素可能是通过作用于CCND1,干预细胞周期影响细胞活性,进而发挥抗MDV效应。     

基于网络药理学探讨余甘子治疗糖尿病及其并发症的机制

基于网络药理学方法探讨余甘子治疗糖尿病（DM）、糖尿病肾病（DN）、糖尿病足（DF）的作用靶点、信号通路及潜在的分子生物学作用机制。通过中药系统药理学技术平台（TCSMP）、PubChem数据库筛选出余甘子的有效活性成分及作用靶点;利用DisGenet及GeneCards获取与DM、DN、DF相关的靶点基因;将余甘子活性成分的作用靶点与疾病的靶点基因取交集,得到共同的靶点基因。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络图;借助STRING在线数据库构建蛋白互作PPI网络图,使用Cytoscape 3.9.1软件插件ClueGo对共同靶点进行基因本体（GO）分析和信号通路（KEGG）分析,筛选出潜在的信号通路,并分析其作用机制。通过筛选得到余甘子的有效活性成分有7个,余甘子作用于DM、DN、DF的靶点分别为116、76、34个,余甘子可同时治疗3种疾病的共同靶点有32个。GO富集分析结果显示,余甘子-糖尿病及其并发症的交集基因的生物功能主要涉及到凋亡过程的负调控、细胞增殖、细胞迁移、蛋白质磷酸化、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）信号通路的正向调控等生物学过程。KEGG...     

牛大力精油成分测定及其作用机制预测分析

研究牛大力精油成分,并利用网络药理学方法初步分析其活性物质的作用机制。通过回流法提取牛大力精油,并利用固相微萃取技术对样品进行采集,气相色谱-质谱法(GC-MS)对样品成分进行测定,结合计算机谱库和人工谱图解析对样品成分进行鉴定,然后进一步利用药理学分析平台(TCMSP)结合类药五原则和口服生物利用度筛选出牛大力精油活性成分,通过PharmMapper数据库对活性成分的靶位点进行匹配,筛选出关键靶位点,通过DAVID数据平台对关键靶位点进行KEGG(京都基因与基因组百科全书)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建活性成分-靶点-KEGG通路网络。共测得牛大力精油化学成分65种,包括醛类、醇类、酸类、烃类、酮类和酯类等化合物,筛选出13种活性成分,主要作用于16个靶位点上,通过KEGG分析得到6条通路。牛大力精油中的活性成分邻苯二甲酸二丁酯、水杨酸甲酯等有可能作用于GSK3B、PPP1CC等基因编码的靶位点上,参与调控胰岛素、多巴胺受体、蛋白聚糖等信号通路,从而对糖尿病、神经系统、肿瘤和癌症等进行调控。     

益肺解毒颗粒防治新型冠状病毒感染的作用机制研究

本文研究益肺解毒颗粒防治新型冠状病毒感染的作用机制。通过TCMSP数据库收集益肺解毒颗粒中11味药材所含化学成分及对应靶点，利用数据库OMIM和GeenCards查找“novel coronavirus”的相关靶点，通过R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析，利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药材成分疾病靶点”网络图，采用计算机软件AutoDock 4.2.1进行分子对接分析。拓扑学分析表明，益肺解毒颗粒防治新型冠状病毒感染的活性成分主要有柚皮素、-谷甾醇、汉黄芩素和木犀草素等10个，关键靶点有RELA、MAPK3和IL6等12个，通过KEGG分析及文献报道，筛选出IL-17、PI3K-Akt和NF-B等相关通路20条；分子对接结果表明，益肺解毒颗粒主要药效成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶具有良好的结合能力。益肺解毒颗粒可能通过调控多条信号通路，并与SARS-CoV-2 3CL水解酶结合，从而发挥防治新型冠状病毒感染的作用。     

夏枯草抗乳腺癌成分-靶点-通路的网络药理学研究

目的 应用网络药理学方法预测夏枯草抗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗乳腺癌的作用机制。方法 在TCMSP和TCMID数据库中检索并筛选出夏枯草的潜在活性成分,在TCMSP数据库中查询活性成分作用靶点并采用Cytoscape 3.7.1软件构建活性成分-靶点网络图;在HPO和DisGeNET数据库中检索乳腺癌相关基因;将活性成分作用靶点和乳腺癌相关基因进行比对,得到重复项（即活性抗乳腺癌的可能靶点）;利用String平台构建潜蛋白互作网络（PPI）;使用Cytoscape 3.7.1软件构建夏枯草潜在活性成分-靶点-乳腺癌网络,并根据度值、介数和紧密度筛选出关键靶点;应用Metascape数据库分析关键靶点的KEGG信号通路并进行GO生物过程富集。结果 夏枯草中有19种活性成分,作用于253个靶点;夏枯草有17种成分可作用于乳腺癌相关的29个靶点,其中有7个关键靶点,7种主要活性成分,9条相关信号通路。结论 夏枯草可通过雌激素受体、细胞特异性周期蛋白、表皮生长因子受体等靶点及相关通路,发挥抗乳腺癌作用。     

决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease)和癌症信号通路(pathway in cancer)等154条信号通路。分子对接证实芦荟大黄素、决明内酯等成分可与对应靶点结合,进一步验证了网络药理学预测的可靠性。本研究发现决明子可通过大黄酸、芦荟大黄素、豆甾醇、决明内酯等11种成分作用于TP53、MYC、CASP3、ESR1、JUN等34个靶点发挥抗氧化作用,反映了决明子经多靶点、多途径发挥抗氧化作用的特点,为深入研究决明子抗氧化作用机制提供了参考。     

基于网络药理学及分子对接研究蒙药文冠木治疗类风湿关节炎的作用机制

基于网络药理学及分子对接研究蒙药文冠木治疗类风湿关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)的作用机制,为其基础研究及临床应用提供依据。通过本草组鉴数据库及文献收集文冠木成分,通过Pubchem、Swiss ADME、PharmMapper、GeneCards、DisGeNet、DrugBank和UniProt等数据库获取文冠木治疗RA的靶点;通过STRING数据库获得蛋白互作关系;通过Metascape数据库进行基因富集分析,获得文冠木治疗RA的潜在作用通路,通过Cytoscape软件绘制成分-靶点-通路图,应用网络拓扑分析判断文冠木治疗RA的主要活性成分及核心靶点;采用SYBYL2.1.1软件对主要活性成分及核心靶点进行分子对接验证。共筛出文冠木15个活性成分;文冠木治疗RA靶点40个;文冠木治疗RA主要涉及通路有促丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白介素-17 (IL-17)信号通路、Ras信号通路、破骨细胞分化信号通路和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等;网络拓扑分析预测文冠木治疗RA的重要活性成分有文冠酸、原花青素A-2、...     

基于网络药理学和分子对接探究绞股蓝抗高脂血症的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨绞股蓝防治高脂血症（Hyperlipidaemia, HLP）的可能机制。利用TCMSP数据库搜集绞股蓝的主要活性成分及作用靶点，选定DrugBank数据库、TTD数据库和GeneCards数据库筛选高脂血症有关基因，选取的交集靶点导入String构建蛋白互作，并对结果数据导入Cytoscape 3.8.2进行可视化。应用Metascape数据库，对交集基因进行GO富集和KEGG通路富集分析，最后对关键活性成分和关键蛋白进行分子对接验证。筛选绞股蓝中槲皮素、山柰酚、豆甾醇和绞股蓝皂苷等27个有效成分，预测治疗高脂血症的相关靶点109个，GO功能富集和KEGG通路富集结果显示，绞股蓝治疗高脂血症作用机制主要涉及细胞对激素、无机物和脂多糖应答等生物过程，并通过脂质与动脉硬化、AGE-RAGE信号通路和胰岛素抵抗等多条通路共同发挥作用；分子对接结果也进一步表明，潜在活性成分和RELA、TNF、AKT1、TP53等关键靶蛋白均具有较好的亲和作用。绞股蓝治疗高脂血症的特点符合多成分、多靶点和多通路的中药复方作用机理，可为绞股蓝治疗高脂血症的进一步研究提供理论基础。     

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗肝硬化的作用机制

探究桂枝茯苓丸治疗肝硬化潜在的作用机制。利用TCMSP、ETCM和HERB数据库获得桂枝茯苓丸的化学成分及作用靶点,Genecards、OMIM和TTD数据库收集肝硬化相关靶点,并运用Venn图获取药物和疾病交集靶点。通过STRING在线数据库对交集靶点蛋白构建蛋白相互作用网络(PPI),采用Cytoscape 3.9.1软件对结果进行可视化分析。使用Metascape数据平台进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,AutoDock Tools 1.5.7和Discovery Studio 2021软件进行分子对接验证。共获得桂枝茯苓丸的有效成分56个,PPI包含靶点蛋白121个,关键蛋白包括TNF、AKT1和TP53等。GO功能分析,得到桂枝茯苓丸治疗肝硬化主要通过对活性氧的反应、对脂多糖的反应和对细菌来源的分子反应等发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示,桂枝茯苓丸治疗肝硬化的机制可能与AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等有关。分子对接发现药物核心活性成分与靶点基因之间的结合活性良好。本文初步揭示了桂枝茯苓丸治疗肝硬化的多成分、多靶点和多通路的作用机制,为...     

基于数据挖掘及网络药理学方法探讨中药复方抗上呼吸道感染的用药规律及作用机制

[目的]研究中药复方治疗上呼吸道感染的用药规律及核心中药的作用机制。[方法]通过CNKI数据库收集临床用于上呼吸道感染的中药复方,采用Excel 2010及SPSS 24.0软件对纳入标准的中药进行频次、性味归经、四气五味及功效统计,并对频数大于40的中药进行聚类分析;使用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)对频数较高且在聚类分析中聚为一类的配伍中药进行成分、靶点筛选,将其靶点与在GeneCards数据库和Malacards数据库中筛选得到的上呼吸道感染的疾病靶点进行匹配,获取高频中药治疗上呼吸道感染的关键靶点;采用STRING平台对关键靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络分析;采用DAVID数据库对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Cytoscape 3.6.1软件构建“中药-活性成分-关键靶点-通路”网络,并进行拓扑分析。[结果]共获得符合标准的中药复方464首,涉及中药414味;其中以补虚药、清热药较多见,归肺、胃经居多,以寒温、苦辛为主;累计频次最高且聚为一类的是黄芪、防风、白术。获得活性成分共32个,核心成分包括槲皮素、山柰酚、异鼠李素、汉...     

基于网络药理学和分子对接探究杜仲防治骨质疏松作用机制

本研究运用网络药理学和分子对接的分析方法，探究杜仲防治骨质疏松的分子作用机制。通过TCMSP、GeneCards、OMIM以及DrugBank数据库分别对杜仲的入血有效活性成分、作用靶点以及与骨质疏松有关的疾病靶点进行汇总与筛选。将杜仲的有效活性成分与作用靶点经Cytoscape处理建立起药物靶点的网络关系图，找到药物疾病的共同作用靶点；通过STRING平台建立这些靶点的蛋白质言进行关键靶点的基因本体（Gene Ontology, GO）功能和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路富集分析，并将分析数据可视化，最后利用AutoDock进行分子对接验证。结果显示筛选后共得到25个杜仲的有效活性成分和202个预测作用靶点，对应的主要化学成分为槲皮素、山柰酚和?-谷甾醇，与骨质疏松有关的疾病靶点共计4 603个，与杜仲有共计144个共同作用靶点，在这144个关键靶点的PPI网络中筛选后得到14个关键靶点。关键靶点的基因富集结果显示，PTGS2、HSP90AA1、PPARG、ESR1和JUN等核心靶点主要通过...     

基于网络药理学与分子对接探讨火把花根干预IgA肾病的作用机制研究

运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制。通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息。利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息。利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证。共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素...     

基于网络药理学的铁皮石斛免疫调节作用机制

研究表明,铁皮石斛在增强人体免疫力方面具有良好作用。为了明确铁皮石斛潜在的免疫活性成分及其作用机制,本研究从PubChem、SciFinder数据库中收集铁皮石斛小分子化合物及其化学结构相关的研究,然后通过Swiss ADME筛选优效目标化合物。通过Swiss Target Prediction预测优效化合物的靶点集,并通过Genecards数据库获取免疫调节相关靶点集,两者取交集得到铁皮石斛免疫调节相关靶点集,进一步通过Cytoscape软件建立化合物-靶点网络图,将交集靶点导入STRING构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心靶点。通过R的Cluster Profiler包对核心靶点进行功能富集分析,包括基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点-生物功能网络。最终,共筛选出优效化合物124个,对应靶点421个;与免疫调节相关化合物58个,对应靶点60个;其中黄酮类化合物对应的免疫靶点较多,可能为主要的免疫活性成分。得到9个免疫调节相关核心靶点,GO分析发现这些核心靶点共参与了2 059个条目,KEGG分析获得153个代谢通路。本研究通过化合物-靶点-生物功能网络展示了铁皮石斛多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续作用机制的深入研究和验证提供了可行方向。