清远麻鸡H-FABP和A-FABP基因mRNA的差异表达研究

【目的】分析心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)和脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA在不同日龄清远麻鸡不同组织中的差异表达量,为进一步阐明H-FABP、A-FABP在鸡IMF含量和腹脂沉积中的作用机制奠定基础。【方法】依据鸡H-FABP和A-FABP基因及参照基因GAPDH序列设计引物,以鸡心肌、胸肌、腿肌、肝脏和腹脂mRNA逆转录合成的cDNA为模版,应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR,检测56和120日龄清远麻鸡A-FABP、H-FABP基因mRNA的差异表达量。【结果】H-FABP、A-FABP和GAPDH的基因融解曲线均为单峰,无杂峰及二聚体,定量准确。120 d时清远麻鸡的胸肌和腿肌的肌内脂肪(IMF)含量显著高于56 d;H-FABP基因mRNA 120 d时在心肌、胸肌和腿肌的差异表达量显著高于56 d,且同一日龄时在心肌的差异表达量显著高于胸肌和腿肌(P0.05)。120 d时清远麻鸡A-FABP基因mRNA在腹脂和肝脏的差异表达量显著高于56 d;同一日龄时,A-FABP基因mRNA在腹脂的差异表达量显著高于肝脏,A-FABP基因在心肌、胸肌和腿肌中不表达。相关分析表明,H-FABP基因mRNA差异表达量与胸肌、腿肌IMF含量分别呈显著和极显著正相关,A-FABP基因mRNA差异表达量与腹脂率呈极显著负相关。【结论】H-FABP基因主要在鸡肌肉组织的肌内脂肪中表达,而且在心肌中高度表达,与IMF含量呈显著或极显著的正相关,其是IMF含量的下调基因;A-FABP基因主要在腹脂与肝脏中表达,且在腹脂中高度表达,与腹脂率呈极显著负相关,是脂肪细胞的上调基因,且为正调控。     

鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的关联性分析

使用SSCP技术检测FSHβ、ESRα的SNPs位点,分析鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的相关性,为寻找玫瑰冠鸡产蛋性能相关分子标记提供依据。结果表明:在玫瑰冠鸡和海兰褐蛋鸡群体中分别检测到FSHβ(A-173G)和ESRα(G-78416T、A-119854T、C-158689G)4个多态位点,其中A-173G位点、A-119854T位点、C-158689G位点AB型对玫瑰冠鸡300日龄产蛋数有显著影响(P0.05);ESRα基因单倍型GTC个体的开产体质量和300日龄产蛋数高于单倍型GAG,是2种鸡的优势基因型;FSHβ、ESRα合并基因型中玫瑰冠鸡H6型的初生质量显著高于H1基因型(P0.05),海兰褐蛋鸡H1型的开产蛋质量显著高于H9、H10及H12合并基因型(P0.05),开产日龄显著早于H11基因型(P0.05),300日龄产蛋数显著高于其他合并基因型(P0.05)。因此FSHβ(A-173G)、ESRα(A-119854T)、ESRα(C-158689G)AB型与FSHβ、ESRα合并基因H6型有望作为与玫瑰冠鸡产蛋性能相关的分子标记。     

H-FABP基因在鹿苑鸡和隐性白羽鸡肉质中的差异表达

以鹿苑鸡和隐性白羽鸡为研究对象,选用心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因作为影响鸡肌内脂肪(IMF)的候选基因,利用实时荧光定量逆转录PCR,对12周龄H-FABP基因mRNA进行定量分析,结合IMF含量和屠宰性状测定,分析H-FABP基因表达水平对IMF含量等性状的影响.结果表明:H-FABP和内参基因GAPDH熔解曲线均为单峰,无杂峰及二聚体,定量准确.鹿苑鸡胸肌和腿肌的IMF含量显著高于隐性白羽鸡.H-FABP基因mRNA表达量与IMF含量呈显著的负相关.隐性白羽鸡H-FABP基因mRNA在胸肌和腿肌的IMF的表达量显著高于生长较慢的鹿苑鸡.     

A-FABP和H-FABP基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量(IMF)的效应分析

研究采用PCRSSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

A-FABP和H-FABP[WTHZ]基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量（IMF）的效应分析*

 研究采用PCR SSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

[目的]为确定影响肌内脂肪（IMF）沉积的主效基因奠定理论基础。[方法]以马身猪、大白猪、长白猪、杜洛克猪和山西白猪5个品种共383头猪为试验动物,应用PCR-SSCP方法分析猪H-FABP基因内含子3部分片段的多态性,并对每个多态片段进行测序分析。[结果]在猪H-FABP基因内含子3的346位上具有2个等位基因A和B,该位点的变异由碱基A→G的替换造成。[结论]在猪H-FABP基因内含子3发现1个多态位点,为进一步研究H-FABP基因与IMF含量的关系奠定了基础。     

猪肌内脂肪和H-FABP基因多态型研究进展

心脏脂酸结合蛋白基因(Heart fatty acid-binding protein gene,H-FABP)是猪肌内脂肪(intramuscular fat, IMF)的候选基因,不同基因型猪其IMF的含量不同,从而影响猪肉质的嫩度、风味和多汁性.本文简要介绍IMF、IMF候选基因及主基因和H-FABP基因多态型与IMF关系的研究进展.     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

据研究,肌内脂肪（IMF）含量是影响猪肉品质的决定因子之一。鉴于心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）在脂肪酸生成过程中的生物学功能,H-FABP基因可作为影响IMF含量的候选基因。目前,关于H-FABP基因的研究多集中在5′-上游区和第2内含子的PCR-RFLP及其与IMF的关系等方面。笔者首次对H-FABP基因内含子3多态片段进行序列分析,确定变异位点的位置及引起变异的原因,为确定影响肌内脂肪沉积的主效基因奠定理论基础。     

单冠、玫瑰冠、豆冠、胡桃冠鸡屠宰性能及肌肉品质

选用单冠、玫瑰冠、豆冠、胡桃冠4种不同冠型鸡各150只为研究对象,采用统一的常规饲喂方法至120日龄时,各随机抽取50只,公母各半,进行屠宰测定.总体评价玫瑰冠鸡肉用性能最好,有一定生产价值和推广前景,在今后的试验和育种工作中,应尽量提高其活体质量以增强食用性能;胡桃冠公鸡活体质量显著高于其他冠型,但屠宰率和肉品质较差,有进一步改善其肉用价值的潜力.     

湖北白猪及其杂交后代H-FABP基因型与相关性状关系研究

 【目的】对湖北白猪及其杂交后代H-FABP基因多态性以及与生产性状的相关进行分析,为在湖北白猪优质系培育过程中进行分子标记辅助育种提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP（HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ）方法分析湖北白猪及其杂交后代共计282头猪的H-FABP基因5′-上游区域和第二内含子遗传多态性,利用最小二乘模型分析杂交后代H-FABP基因型对相关生产性能的影响。【结果】湖北白猪在HinfⅠ-RFLP位点表现为单态,在HaeⅢ- RFLP和MspⅠ-RFLP位点上呈现多态,杂交一代、杂交二代在三个酶切位点均呈现出多态;湖北白猪在HinfⅠ-RFLP、HaeⅢ-RFLP位点均表现为低度多态,在MspⅠ-RFLP位点表现为中度多态,其杂交一代、杂交二代均表现为中度多态;不同基因型对IMF（Intramuscular fat,肌内脂肪）含量的影响,HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,aa＞Aa＞AA,dd 基因型IMF含量显著高于DD、Dd基因型（P＜0.05）,aa、Aa基因型IMF含量极显著高于AA型（P＜0.01）。HH基因型20日龄重显著高于hh基因型（P＜0.05）。其它生产性能在不同基因型间差异不显著（P＞0.05）。【结论】在选育群体中可以通过选择H-FABP的优势基因型（aa- dd- HH）提高IMF含量而不影响其它生产性状。     

鸡肉风味物质的遗传选择对北京油鸡饲料转化率及其他生产性状的影响

北京油鸡肉品质优良,但饲料转化率低.本试验旨在探讨鸡肉风味物质选择对北京油鸡的饲料转化率及生产相关性状的影响.试验选用9周龄北京油鸡公鸡肌苷酸(5'-Inosinic Acid,IMP)上选系和肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)双向选择系共510只,饲养8周,每周测定每个个体的采食量和体重,17周龄...     

Association of polymorphisms in adipocyte fatty acid binding protein gene with fat-related traits in chicken

PCR-SSCP analysis was used to detect polymorphic sites in chicken adipocyte fatty acid binding protein (A-FABP) gene. Six Chinese local breeds, Beijing-You chicken, Dwarf chicken, Taihe silky chicken, Chongrenma chicken, Xiayan chicken, Luyuan chicken and an introduced foreign breed, Arbor Acre broiler, were used as test populations. Three PCR-SSCP loci were detected. Statistical results showed that frequencies of genotypes and alleles were significantly different in the test populations. Sequence analysis revealed that C → T, G → A, and C → T transitions were responsible for the polymorphisms. Some fat-related traits such as body weight, content of intramuscular fat (IMF) and percentage of abdominal fat (AFP) were measured in Dwarf chickens and male Beijing-You chickens. We found out that chicken quality was significantly related to different genotypes in these two populations. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(6): 526–532 [译自 : 畜牧兽医学报]     

鸡肌内脂肪性状候选基因的聚合效应及初步验证

 【目的】旨在探讨影响鸡脂肪性状重要候选基因A-FABP、Ex-FABP的聚合效应,并对其进行初步验证,为进一步开发利用脂肪性状的有效分子标记提供依据。【方法】运用PCR-SSCP技术分别检测如皋鸡A-FABP、Ex-FABP基因所有外显子区域的单核苷酸多态性（SNPs）,分析单基因型和聚合基因型与12周龄胸肌脂肪含量之间的关系;同时,采用荧光定量PCR技术检测后代分离群体单基因型和聚合基因型的发育性表达规律,进行聚合基因型遗传效应的初步验证。【结果】如皋鸡A-FABP的外显子3、Ex-FABP基因外显子4区域中存在A/G突变,共出现3种基因型;AA型(A-FABP)、BB（Ex-FABP）型个体的肌内脂肪含量显著高于其它基因型（P＜0.05）,为有利基因型,两者聚合的AABB型个体同样为最佳基因型。经后代分离群体Q-PCR证实,单基因表达和聚合基因型的表达均不存在性别效应,在胸肌组织中,两候选基因在4周龄时表达量最高,8周龄下降,至12周龄缓慢上升。在聚合基因型个体中,均以AABB型表达水平最高,ABAB型表达量较低。【结论】A-FABP、Ex-FABP两个基因存在聚合效应;其中,AABB型与胸肌组织中高肌内脂肪含量具有紧密关联性。A-FABP、EX-FABP两基因及其聚合基因型可作为如皋鸡肌内脂肪性状有效的候选标记。     

静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究

为确定静原鸡ELOVL5基因遗传变异位点,探讨其遗传特性,本研究利用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)及DNA测序技术对静原鸡ELOVL5基因进行多态性检测。结果表明,静原鸡ELOVL5基因exon2和exon5均无多态性;在intron2扩增片段上共检测到1个SNP位点(g.88620433+1683G>A),其表现为2种基因型(AA、AG)。其中AA为优势基因型,基因型频率为0.84,A为优势等位基因,基因频率为0.92。在248个静原鸡群体中未发现纯合GG型个体。群体遗传学分析表明,该位点纯合度较高(0.84),PIC为0.14(PIC<0.25),呈低度多态。卡方适合性检验结果表明,静原鸡ELOVL5基因intron2突变未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。综上,静原鸡ELOVL5基因intron2多态性较低,exon2和exon5未发生变异。     

皖南黑猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的多态性分析及克隆测序

对皖南黑猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-上游区和第二内含子的多态性进行分析及克隆测序,为开展皖南黑猪肉质性状分子育种奠定理论基础。采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了184头皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区和第二内含子区的遗传变异情况,并对该基因的多态片段进行克隆和测序分析。结果显示:(1)在5’-上游区,HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.62,表现为中度多态(PIC=0.359 6);在第二内含子区,HaeⅢ位点上存在多态性,等位基因D的基因频率为0.92,表现为低度多态(PIC=0.130 7);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型;HinfⅠ*位点上也存在多态性,等位基因B的基因频率为0.78,表现为中度多态(PIC=0.282 4);(2)χ2检验表明,除5’-上游区HinfⅠ多态位点外,其他3个位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);(3)对H-FABP基因3个多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1811bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。本试验确证了皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区的多态位点并在第二内含子区检测到了HaeⅢ和Hinf*Ⅰ多态位点,这可为进一步分析H-FABP基因不同基因型与IMF含量的关系,以及确定影响IMF沉积的主效基因提供一定的数据基础。     

鸡mir-1658前体基因多态性分析

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对microRNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列（GenBank登录号：NR_035151.1）设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡（95只）、北京油鸡（83只）和来航鸡（42只）3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用miRanda软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5％位点有g.28 C＞G、g.31 C＞T、g.70 G＞A和 g.71 G＞–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G＞A 位点表现为低度多态（PIC＜0.25）,其余3个位点均表现为中度多态（0.25＜PIC＜0.50）。适合性检验表明,除了来航鸡的g.31 C＞T、g.71 G＞–位点、太行鸡的g.71 G＞–位点以及北京油鸡的g.70 G＞A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高（41.00 kcal·mol^-1）,H2和H5单倍型突变体的自由能最低（35.70 kcal·mol^-1）;群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol^-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在“AUACCAU”、“AUACCAC”2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有“AACUCUG”、“AGCUGUG”、“AACUGUG”和“AGCUCUG”4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】（1）gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。（2）种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

藏猪生长激素（pGH）基因多态性研究

猪生长激素（pGH）是猪生长发育性状重要的候选基因之一。采用PCR RFLP技术检测藏猪pGH基因+159～+734 bp片段的Dra I、Apa I和Msp I酶切多态性。结果显示,藏猪群体中Dra I酶切全部切开,无多态;Apa I酶切具有4个等位基因,出现5种基因型,其中CC基因型（299A/432C）频率最高,为0.7857;藏猪群体Msp I酶切出现3种基因型,杂合性CT基因型频率最高,为0.5089,等位基因C和T频率分别为0.5580和0.4420。经比较,藏猪pGH基因Dra I酶切位点与其他猪种一样无多态性,而Apa I酶切出现了特异的432突变位点,Msp I酶切等位基因分布相对均衡,表现出与其他猪种的差异。     

云南4个地方鸡种PRL外显子5基因多态性研究

[目的]研究云南4个地方鸡种PRL外显子5基因的多态性。[方法]对云南地方鸡种剥隘小种鸡（BA）、大围山微型鸡（DW）、武定鸡（WD）、盐津乌骨鸡（YJ）4个鸡种P地基因第5外显子PCR-SSCP进行检测分析,并采用Progene,Editplus等软件进行数据分析。[结果]PcR-SSCP检测分析发现,PRL外显子5有4个SNP位点,均有多种基因型。在PRL-exon5681、742和816bp处呈现基因多态性,剥隘小种鸡、武定鸡、盐津乌骨鸡有AA、BB和AB3种基因型,大围山微型鸡有AA和AB2种基因型。PRLR-exon5950bp处有1个SNP,4种鸡均有AA、BB和AB3种基因型。[结论]A基因可能是影响繁殖性状的优势基因。     

促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)多态性及其与西农萨能奶山羊产羔性状关系的研究

在所选具有头3胎产羔记录的西农萨能奶山羊和布尔山羊群中检测促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)的多态性,根据检测结果分析GnRHR基因对产羔性状的影响。设计7对引物,采用单链构象多态(PCR-SSCP)技术检测该基因第1和第2外显子在西农萨能奶山羊和布尔山羊中的单核苷酸多态性。结果发现:引物P3和P7扩增片段具有多态性。P3扩增片段,在西农萨能奶山羊和布尔山羊都检测到AA和AB基因型,AB型与AA型相比在外显子1有+714缺失A和+731插入G二个突变;P7扩增片段,在布尔山羊中检测到CC和CD基因型,在西农萨能奶山羊中只检测到CC基因型,CD型与CC型相比在外显子2有+1440C→A一个突变。经过统计分析发现,西农萨能奶山羊AA和AB基因型频率分别为0.86和0.14,杂合体AB型平均产羔数比纯合体AA型多0.31只(P<0.05)。推测,GnRHR基因可能是控制山羊繁殖力的主效基因或是与之紧密遗传连锁的标记。