番鸭A-FABP基因部分序列多态性与屠宰、肉质性状和血清甘油三酯含量关系

根据家鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增番鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计5对引物,利用PCR-SSCP对番鸭A-FABP基因部分进行多态性研究及多态性与部分屠宰性状、肉质性状、胸肌肌内脂肪含量和血清甘油三酯含量关系。结果显示,克隆序列包含番鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与家鸭和鸡A-FABP基因内含子1分别有序列94.43%和72.95%的同源性;经SSCP检测,在引物P3扩增片段上发现2处碱基突变:分别为1074处T-G和1089处A-C突变,这2处突变产生3种基因型AA、BB和AB型,χ2检验显示番鸭群体符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。最小二乘分析显示,AA、AB型个体在胸肌率、肌肉pH值以及胸肌肌内脂肪含量均存在显著性差异(P0.05)。结果表明,番鸭A-FABP基因内含子1多态性可能对个体生产性能产生重要的影响。     

鸡AIRC基因多态性及其对肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

以鸡AIRC基因为侯选基因,以丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡、隐性白羽鸡为试验材料,采用PCR-SS-CP方法对AIRC基因所有外显子及部分内含子区域进行SNPs检测,在外显子3和8中各发现1个单核苷酸多态位点.各种基因型与胸肌肌苷酸(IMP)含量的方差分析结果表明,外显子3中CC基因型个体的肌肉IMP含量显著高于TC和TT基因型个体,TC基因型个体也稍高于TT型,但差异不显著;外显子8中CG基因型个体的肌肉IMP含量显著高于GG和CC基因型个体,GG基因型个体的胸肌肌苷酸含量也显著高于CC型.外显子3和8的合并基因型对IMP含量也有显著的影响,合并基因型为CCCG的个体比TTCC合并基因型的个体高2.25mg·g-1,合并基因型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应.因此,可以利用该合并基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择.     

猪Calsarcin-2基因遗传多态性与胴体及肉质性状相关性研究

为探讨Calsarcin-2基因的多态性与猪胴体及肉质性状之间的关联性,共采集了4个品种,88头猪血样,利用PCR扩增,获得了Calsarcin-2基因第一内含子的4个核苷酸序列。对其进行测序和基因型分析,发现2个SNP位点(T613C、C936G),与胴体及肉质性状关联分析表明,613位点处AB型个体的肉质性状显著优于AA型(P0.05),而在胴体性状方面则相反;936位点处CC型个体的肉质性状显著优于DD型(P0.05)。     

秦川牛IRS-1基因多态性与体尺和肉质性状的相关性

旨在研究秦川牛IRS-1基因外显子的多态性,及其与秦川牛体尺和肉质性状的相关性。选取384头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川牛母牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术结合DNA测序技术检测IRS-1基因外显子上存在的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺和肉质性状进行关联分析。经DNA测序发现,在IRS-1基因外显子的2 346(B1位点)和2 394bp处(B2位点)分别发生了G→A和C→G突变,经分析发现,分别为氨基酸序列第782处Glu和798处Leu的同义突变。通过SSCP带型分析分别出现CC、CD和AA、AB 2种基因型,均未检测出第3种纯合基因型;卡方检验显示,B1位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而B2位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01);且B1处CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,处于低度多态状态;B2处基因型AA为优势基因型,A为优势等位基因,处于低度多态状态;关联分析表明,B1位点不同基因型个体间在体斜长、腰角宽、胸围和眼肌面积方面差异显著(P<0.05),B2位点在腰角宽、胸深和背膘厚方面差异显著(P<0.05)。将2个突变位点合并基因型进行单倍型分析发现,双杂合基因型个体(ABCD)除背膘厚和肌间脂肪含量外其他所分析的各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。结果提示,IRS-1基因对秦川牛体尺及部分肉质性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合ABCD可能是影响秦川牛体尺和胴体性状的最佳基因型组合。     

荆江麻鸭THRSPα基因内含子酶切多态性及其与屠体性状的研究

采用PCR-RFLP法检测96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA2种基因型。其中C等位基因频率为0.9792,为优势等位基因。χ2检验表明,该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。结果表明:荆江麻鸭THRSPα基因内含子多态位点CA基因型个体活重极显著高于CC基因型(P0.01),C基因C型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA基因型(P0.01),其他性状差异不显著(P0.05)。     

金定鸭LPL基因内含子5多态性对生产性能的影响

LPL基因是动物脂肪代谢和沉积以及畜禽肉质研究的重要候选基因。根据鸡的LPL基因组序列和鸭的LPL基因mRNA序列外显子的高度同源区设计1对特异性引物对金定鸭LPL基因内含子5进行扩增,利用PCR-SSCP方法检测单核苷酸多态,并分析其对体重、体尺、屠体和肉质性状的遗传效应,结果表明,所扩增片段大小为347 bp,内含子序列为187 bp,检测到3种基因型:AA、AB和BB,AA为优势基因型,A为优势等位基因,序列比对发现在内含子内存在4个SNP,分别为T243A、A244T、G265A和G269A,遗传杂合度为0.09,属低遗传杂合度,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡;AB基因型个体的半潜水长、胸深、胫长和胫围显著高于AA基因型(P<0.05),其他各基因型在各指标之间的差异均不显著(P>0.05),研究结果提示AB基因型是体尺性状的有利基因型。     

鸭ApoVLDL-Ⅱ基因的克隆及其多态与肉质和脂肪性状的关联分析

本研究设计6对引物,采用克隆测序和PCR-SSCP技术对鸭ApoVLDL-Ⅱ基因进行克隆测序和单核苷酸多态进行检测,并分析其多态对内质和脂肪性状的遗传效应.结果表明,首次获得鸭ApoVLDL-Ⅱ基因DNA序列3 197 bp(GQ 180104),与番鸭和鸡的同源性分别为94.44%和68.74%;在引物Exon3检测到1910位碱基后插入/缺失2个碱基CC和G2106A突变,产生3种基因型:CC、CD和DD,等位基因D为樱桃谷鸭的优势等位基因,而C则为金定鸭和苏牧麻鸭的优势等位基因,该座位的基因型分布仅苏牧麻鸭符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05);在引物Exon4检测到T2723C、C2743T和A2944C突变,产生AA、AB和BB 3种基因型,3个鸭群体中的等位基因B均为优势等位基因,基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05);2个多态座位均表现为中度多态,基因型分布仅苏牧麻鸭与金定鸭之间未达到显著差异(P＞0.05).最小二乘分析显示,AA型个体的UFA和EFA分别极显著低于和高于AB和BB(P＜0.01); AA型个体的胸肌率显著高于AB(P＜0.05),极显著高于BB(P＜0.01),揭示鸭ApoVLDL-Ⅱ基因Exon4座位的突变可能影响鸭胸肌率以及脂肪酸的合成和代谢过程,等位基因A可能是EFA和胸肌率的有利等位基因,等位基因B可能为UFA的有利等位基因.     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

白羽番鸭TLR7基因多态性与部分生产性状的关联分析

以白羽番鸭为研究材料,根据鸭的TLR7基因序列(DQ888644)设计引物,扩增TLR7基因的第1外显子和部分内含子,并分析其多态性对生产性状的遗传效应。结果表明:PCR产物出现片段长度多态,产生AA和AB2种基因型,其中AA型为优势基因型,A为优势等位基因;测序结果显示,在内含子区209位碱基发生C→T突变,在280位碱基之后缺失/插入3个碱基AAT;χ2检验结果表明,该座位处于Hardy-Weinberg平衡状态;AA型个体的体重、半潜水长和胫围极显著高于AB型(P<0.01),胫长显著高于AB型(P<0.05),其他指标在各基因型间的差异均未达到显著水平(P>0.05),AA型是白羽番鸭生长性状较为有利的基因型。     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

黑番鸭VIPR-1基因第12内含子SNP与就巢性状关联分析

VIPR-1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,以就巢期黑番鸭和非就巢期黑番鸭为研究对象,通过PCR-RFLP和测序的方法,对VIPR-1基因内含子12进行多态性检测,并进行相关性分析.结果表明,VIPR-1基因内含子12存在一个StuI酶切位点,该位点由于在内含子988 bp处发生了A→G的碱基突变,产生了AA、AG、GG三种基因型.其中就巢黑番鸭只表现为AG（1.0）一种基因型,而非就巢黑番鸭表现为AG（0.4167）、AA（0.1666）、GG（0.4167）三种基因型,就巢期黑番鸭与非就巢期黑番鸭两者之间基因型的分布差异极显著（P＜0.01）.试验表明黑番鸭VIPR-1基因第12内含子A988G突变与黑番鸭的就巢性状显著相关,为利用分子遗传标记辅助选择来降低或消除黑番鸭的就巢性,最大程度上提高黑番鸭的产蛋性能提供了新的依据.     

番鸭源鹅细小病毒ZQ株VP2基因的克隆和序列分析

根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。     

鸭毛囊中ASIP基因片段的克隆及组织表达分析

根据GenBank发表的鸡刺鼠信号蛋白(ASIP)基因序列的同源保守区域,设计了1对特异性引物。以番鸭、高邮鸭和英系北京鸭(即樱桃谷鸭)毛囊RNA为模板,经扩增、测序及拼接得到的部分mRNA序列均为编码序列,共308bp,对应编码102个氨基酸。与已发表的原鸡和鹌鹑的ASIP对应的mRNA核苷酸序列进行比对,番鸭、高邮鸭和英系北京鸭的同源性均在92.53%以上,相应编码的氨基酸序列同源性均高于92.16%。高邮鸭与英系北京鸭核苷酸,氨基酸序列一致,同源性为100%。半定量PCR结果显示,番鸭ASIP基因表达具有较高的普遍性,在皮肤组织(毛囊和皮肤)和中枢神经系统(下丘脑)及其他非皮肤中均有表达。皮肤和毛囊的表达差异不显著(P>0.05),下丘脑中的ASIP基因相对表达量最高,极显著高于皮肤中ASIP基因的表达量(P<0.01),而与毛囊中的差异不显著(P>0.05)。     

半番鸭Agouti基因的克隆与SSCP分析

以半番鸭血液基因组为模板进行PCR扩增,获得了半番鸭Agouti基因部分序列,该序列长为1178bp。序列分析表明该序列由部分第1外显子（92bp）、第1内含子（105bp）、完整的第2外显子（95bp）、完整的第2内含子（851bp）和部分第3外显子（35bp）组成;应用PCR-SSCP技术对扩增序列进一步研究发现位...     

番鸭GDF9基因克隆、生物信息学及组织表达分析

【目的】 对番鸭（Cairina moschata）生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）基因进行克隆及结构和功能的预测,并检测其在就巢期和产蛋期番鸭各组织中的表达差异。【方法】 以番鸭卵巢组织cDNA为模板,利用快速扩增cDNA末端（rapid-amplification of cDNA ends,RACE）技术对GDF9基因进行扩增和克隆,利用生物信息学软件对GDF9基因的编码序列进行相似性分析和进化树构建,分析其基本理化性质和编码氨基酸序列的结构特征。利用实时荧光定量PCR技术检测就巢期番鸭和产蛋期番鸭各组织中GDF9基因的相对表达量。【结果】 GDF9基因CDS区全长1 380 bp,编码459个氨基酸;番鸭GDF9基因序列与GenBank已公布的凤头潜鸭、绿头鸭、天鹅、棕硬尾鸭、浙东白鹅、企鹅、鸡、牛、绵羊、猪和小鼠对应序列的相似性依次为98.8%、97.5%、96.4%、95.8%、94.4%、90.2%、87.5%、64.5%、64.2%、63.9%和60.6%。系统进化树结果显示,番鸭与凤头潜鸭和绿头鸭的亲缘关系较近,与小鼠的亲缘关系较远。GDF9蛋白分子质量为52.81 ku,是一种不稳定的碱性亲水膜外蛋白,有1个信号肽,含有45个磷酸化位点,8个O-糖基化位点,3个N-糖基化位点,存在1个转化生长因子-β（TGF-β）结构域;蛋白质的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、T-转角和β-折叠构成,所占比例分别为58.61%、22.22%、16.56%和2.61%。GDF9蛋白三级结构预测结果与二级结构一致。GDF9蛋白可能与BMP15、BMPR1B、BMPR2、TGFBR1、ACVR1B、POF1B、ZP2、ZAR1和MOS蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,就巢期和产蛋期番鸭各组织中均有GDF9基因的表达,其中两个时期卵巢中的表达量均最高,且均极显著高于同一时期其他组织基因表达量（P<0.01）。同一组织不同时期相比,就巢期番鸭GDF9基因在脾脏、心脏和肾脏的表达量显著或极显著低于产蛋期（P<0.05;P<0.01）,在卵巢中的表达量极显著高于产蛋期（P<0.01）,其他组织中的表达量在两个时期间差异均不显著（P>0.05）。【结论】 本研究成功克隆番鸭GDF9基因,GDF9基因在番鸭各组织中均有表达,GDF9基因为番鸭产蛋期和就巢期卵巢、心脏、肾脏和脾脏的差异表达基因。该研究为进一步探索番鸭GDF9基因的功能提供了理论依据,也为研究GDF9基因在卵巢发育中的生物学功能及其分子机制奠定基础。     

家蚕P450基因CYP305B1的基因组序列克隆及结构分析

为了研究家蚕P450基因CYP305B1的结构,采用反向PCR技术克隆了家蚕CYP305B1基因的基因组序列,经序列测定,拼接得到家蚕CYP305B1全基因序列,发现家蚕CYP305B1的第1内含子位于5′端非翻译区序列(5′-UTR)中间。将家蚕CYP305B1与野桑蚕P450基因CYP305B1V1序列进行同源性比较的结果表明,二者在5′-UTR上游-400～-770 bp序列间的同源性只有40.4%,序列差异最大的是第1内含子和第6内含子。在第1内含子中,野桑蚕CYP305B1V1在翻译起始密码ATG上游-340之前存在330 bp的插入序列,在-110～-340 bp间二者的同源性也只有46.9%;在第6内含子中,家蚕CYP305B1比野桑蚕CYP305B1V1多了一段约300 bp的插入序列。研究结果有助于进一步探究该基因的转录和调控机制。     

番鸭脂肪酸合成酶基因的克隆及填饲对其mRNA水平的影响简

本研究以番鸭肝脏为试验材料,通过RT-PCR扩增出番鸭脂肪酸合成酶（fatty acid synthase,FAS）部分CDS序列,利用相关分子生物学软件对其进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术检测FAS基因在成年番鸭各组织中的表达特性及填饲对番鸭肝脏和腹脂中该基因表达的影响。结果表明,克隆出的番鸭FAS基因CDS片段大小为1122 bp,编码374个氨基酸,与近缘物种禽类核苷酸同源性为92%～99%;实时荧光定量PCR结果表明,番鸭FAS基因在肝脏和腹脂中高表达,说明FAS具有组织表达特异性;填饲导致肝脏中FAS基因表达显著升高（P＜0.05）。本试验结果可为进一步研究FAS基因在番鸭肝脏脂质代谢中的作用奠定基础。     

水貂酪氨酸酶基因外显子1的鉴定及序列变异分析

根据GenBank中公布的雪貂(登录号:EF405957)、大熊猫(登录号:XM_002930310)、家犬(登录号:CFU42219)及猫(登录号:AY959314)的酪氨酸酶(tyrosinase, TYR)基因DNA序列保守区域,设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定了短毛黑水貂、红眼白水貂和米黄色水貂的TYR基因外显子1部分序列,并对该序列进行了BLAST鉴定及变异位点分析,基于该基因编码氨基酸序列构建了16个物种的系统进化树。结果表明,测定的3种毛色水貂TYR基因序列长度均为796 bp,包括795 bp的外显子1和1 bp 5'UTR,共检测到5个单一突变位点:g.A34G、g.T138A、g.T248C、g.A545G和g.C765A,包含4个错义突变:g.A34G(p.Ser12Gly)、g.T248C(p.Val83Ala)、g.A545G(p.Tyr182Cys)和g.C765A(p.His255Gln),1个移码突变分别出现在短毛黑水貂和红眼白水貂个体间:g.T138A(p.Cys46*),获得TYR基因GenBank登录号分别为:短毛黑水貂(KJ198847)、红眼白水貂(KJ658343)和米黄色水貂(KJ152769)。水貂与雪貂、大熊猫、家犬、猫、家兔、猪、羊驼、山羊、绵羊、牛、人、猕猴、黑猩猩、原鸡和日本鹌鹑的TYR基因核苷酸序列同源性为72.8%～98.6%,相应氨基酸序列同源性为75.0%～98.1%。TYR基因分子进化树显示水貂与雪貂遗传关系最近,分化时间约为1000万年前,且与原鸡和日本鹌鹑亲缘关系最远。该结果为进一步开展TYR基因多态性与水貂毛色表型的相关性研究奠定了生物信息学基础。     

一株番鸭源N6亚型禽流感病毒神经氨酸酶基因的克隆及序列分析

为了丰富水禽源流感病毒神经氨酸酶基因（NA）的分子流行病学资料,通过对2008年分离自福建省某种番鸭1株罕见的H6N6亚型禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）NA基因进行克隆分析,发现该毒株NA基因全长为1431bp,开放阅读框为1380bp（19～1398）,其中从第175～207位缺失33个核苷酸：其编码459个氨基酸,颈部存在有11个氨基酸的缺失（TNSTTTIINNN）,为在N6亚型神经氨酸酶基因中首次报道有颈部缺失。该NA基因和我国分离的A／duck／Eastern China／01／2007（H4N6）NA基因的核苷酸同源性最高,达97．1％,并处在同一遗传进化分支上;与其它H6N6亚型AIV分离株NA基因的同源性均较低,同源性处在78．3％到79．6％之间,相互之间遗传关系较远,其它H6N6亚型AIVNA基因在遗传进化上呈独立进化分支。     

MyoG和A—FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性（SNP）与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR—SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A—FABP基因内含子2SNPs,并进行相关分析。研究结果表明：（1）MyoG基因外显子1扩增序列大小为420bp,共有1个突变,突变位点在64bp处,为C—T突变,不同基因型之间肌纤维密度、直径差异显著（P〈0．05）;（2）A—FABP基因扩增序列大小为482bp,共发现3个突变位点,在第187bp处发生C—T突变,在第235bp处发生C—A突变,在第372bp处发生A—C突变;（3）A—FABP基因内含子2扩增产物经SSCP分析后发现两种基因型,不同基因型之间脂肪含量有一定差异。比对发现其与家鸭同源性达91％,与家鸡的同源性为85％。本研究结果为进一步分析MyoG和A—FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。