固原鸡线粒体DNA控制区全序列测定及分析

固原鸡是宁夏唯一的地方鸡品种资源,具有肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富等遗传特性。该试验采用PCR和直接测序的方法测定固原鸡(白羽、麻羽、红羽)线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,结果表明固原鸡3个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1230bp、1231bp或1232bp。分析种内的遗传变异,3个类群固原鸡共发现6个变异位点,其中4个转换,2个缺失/插入,没有观测到颠换;A、T碱基含量占59.9%~60.0%,G、C碱基含量占40.0%;固原鸡与其它8种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明固原鸡不同类群与红色原鸡亲缘关系最近。     

兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A＋T为61.3%,G＋C为38.7%,G＋C含量明显低于A＋T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度（Nucleotide diversity）Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A＋T为60.9%,G＋C为39.1%,G＋C含量明显低于A＋T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型（Haplotype）,其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。     

中国地鼠线粒体D-loop基因的克隆及序列分析

本试验根据已知相近物种动物基因序列设计引物,PCR扩增获得中国地鼠线粒体D-loop基因序列。采用DNAStar软件计算序列碱基组成,分析遗传变异情况。用MEGA 4.1软件计算物种间遗传距离,采用邻接法(NJ)、最小进化法(ME)构建系统进化树。结果表明,中国地鼠线粒体D-loop区序列全长为867 bp,碱基A、T、C、G的含量分别为29.53%、31.49%、26.07%、12.92%,中国地鼠与啮齿类动物有相似的碱基组成。系统进化树结果显示,中国地鼠与金黄地鼠亲缘关系较近,与大鼠的关系最远,与传统的分类相一致。所获得的中国地鼠D-loop基因可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究中国地鼠的群体遗传结构奠定了基础。     

绿头鸭线粒体DNA控制区全序列测定及分析

用PCR产物直接测序法,获得5只绿头鸭线粒体DNA控制区(D-loop)全序列。序列分析显示:绿头鸭D-loop区全长为1051bp,碱基A、G、T、C含量分别为27.97%、15.51%、25.21%、31.30%,A+T含量大于C+G;共检测到11个多态位点,其中转换10个,颠换1个,没有发现插入和缺失,核苷酸多样度为0.0046。结合GenBank已公布河鸭属鸭类D-loop区序列,基于邻接法和最小进化法构建河鸭属鸭类系统进化树。结果表明,绿头鸭、斑嘴鸭及家鸭三者关系密切,它们共同构成进化枝A,推测在家鸭的形成过程中,绿头鸭和斑嘴鸭都作出了贡献;其它河鸭类聚为进化枝B。     

绿头鸭线粒体DNA控制区全序列测定及分析

用PCR产物直接测序法,获得5只绿头鸭线粒体DNA控制区(D-loop)全序列.序列分析显示:绿头鸭D-loop区全长为1051bp,碱基A、G、T、C含量分别为27.97%、15.51%、25.21%、31.30%,A+T含量大于C+G;共检测到11个多态位点,其中转换10个,颠换1个,没有发现插入和缺失,核苷酸多样度为0.0046.结合GenBank已公布河鸭属鸭类D-loop区序列,基于邻接法和最小进化法构建河鸭属鸭类系统进化树.结果表明,绿头鸭、斑嘴鸭及家鸭三者关系密切,它们共同构成进化枝A,推测在家鸭的形成过程中,绿头鸭和斑嘴鸭都作出了贡献;其它河鸭类聚为进化枝B.     

鸳鸯mtDNA D-loop序列分析

采用PCR和直接测序方法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区全序列,与GenBank上已知序列相比较分析mtDNA D-loop 3个区的序列变异。结果发现,鸳鸯mtDNA控制区序列长1035 bp;与欧洲鸳鸯相比,鸳鸯(样品采集来自贵州省石阡县)mtDNA控制区共存在25处转换、12处颠换、2处插入和12处缺失;两种鸳鸯之间mtDNA控制区Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ区的序列变异率分别为14.5%、0.64%和0.8%,Ⅰ区的变异速率最快;mtDNA控制区的A、C、T、G碱基含量分别是26.6%、16.0%、26.6%和30.8%,A+T含量稍高于C+G含量,G含量最高,符合序列组成的碱基偏倚性。与其他鸭科物种进行了mtDNA控制区序列一致性的比较,结果均高于80%。     

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。     

芦花鸡线粒体DNA D-loop区部分片段的克隆及分析

采集芦花鸡血液分离血细胞,成功提取了线料体DNA,并通过PCR反应扩增出了D-Loop区高变区序列.测序后发现,芦花鸡线粒体DNA D-Loop区高变区序列长590 bp,A、T碱基含量占56.1%,G、C碱基含量占43.9%.     

基于线粒体DNA D-loop序列分析彭县黄鸡遗传多样性及其起源进化关系

研究旨在探究彭县黄鸡的遗传多样性和起源。通过对30只彭县黄鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区高变区部分序列的PCR扩增、测序和比对,结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨彭县黄鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明:测出的高变区部分序列长度为504~506 bp,12只为504 bp(484 bp处T碱基缺失),1只为506 bp(498 bp处C碱基插入)外,其余均为505 bp。在30只个体中,共发现15处单核苷酸多态位点,由此界定7种单倍型。系统发育分析发现,彭县黄鸡7种单倍型可以分为A、B、C三个分支。综上,彭县黄鸡mtDNA D-loop区具有较为丰富的多态性,并且3个母系起源,研究结果从分子水平上为彭县黄鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

百宜黑鸡与兴义矮脚鸡线粒体DNA 控制区遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和兴义矮脚鸡线粒体DNA控制区全序列,比较分析两种贵州地方鸡种的遗传变异。结果表明,百宜黑鸡、兴义矮脚鸡mtDNA控制区全序列长均为1231 bp;共发现26个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的2.11%,其中12个转换,14个颠换;百宜黑鸡mtDNA控制区的A、T、G、C碱基含量分别为27.096%、33.628%、13.117%、26.159%,矮脚鸡的A、T、G、C碱基含量分别是A26.916%、T33.409%、G13.387%、C26.288%,t检验结果显示,两种鸡mtDNA控制区的A和T含量差异显著。百宜黑鸡和兴义矮脚鸡的遗传距离是0.0379,根据分子钟计算,二者约在190万年前分歧进化。     

中国五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性研究

为探讨中国绵羊mtDNA D-环遗传多样性,通过PCR扩增和测序技术,对中国五个绵羊群体mtDNA D-环全序列进行研究,发现这五个绵羊群体mtDNA D-环碱基组成：A、T、G、C平均含量分别为34.66%、28.94%、13.90%、22.50%,（A＋T）%含量明显高于（G＋C）%含量,碱基突变以转换/颠换为主,且在绵羊mtDNA D-环区存在75bp的重复序列,含有4个重复序列是中国绵羊的基本特征;遗传距离分析结果显示,甘肃滩羊与其他中国绵羊群体之间的遗传距离较大,为0.0459-0.0573,其他四个绵羊群体之间遗传距离相对较小,为0.0246-0.0342,核苷酸多样度Pi为0.0323%,说明这五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性均较贫乏,应该对其遗传资源进行保护。     

鸡马立克氏病病毒LMS分离株基因组重复区的测定及分析

为分析鸡马立克氏病病毒(MDV)LMS分离株的分子遗传特性,本研究对该分离株基因组重复区(包括连接长重复区和短重复区的α样序列)进行了测定。LMS分离株基因组的长重复区为11 746 bp,α样序列为997 bp,短重复区为12 431 bp。在重复区内,预测存在43个ORF,与参考病毒株序列相比存在5个变异较大的ORF。重复区的遗传进化分析表明,LMS分离株与国内814株和欧洲pC12-130株亲缘关系较近。LMS分离株在短重复区潜伏相关转录本(LATs)编码序列的预测转录起始位点位置存在缺失;LMS分离株在α样序列内存在一个新的短重复序列。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析

本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 2种不同的母系起源     

四川黄牛品种线粒体DNA 遗传多样性研究

测定了四川黄牛5个品种的线粒体细胞色素b部分片段（420bp）42个个体以及28个个体线粒体DNA控制区（D-loop）的全序列，结合已报道的中国8个黄牛品种22个个体的线粒体DNA控制区（D-loop）全序列，分析结果表明：四川黄牛的部分Cytb基因片段有5个变异位点，7种单倍型可分为以2个单倍型为主的2大类型；线粒体DNA控制区检测到64个变异位点，28种单倍型，单倍型H1～H23为普通黄牛类型，单倍型H24～H28为瘤牛类型的单倍型。在四川黄牛中，67．86％为普通牛类型，32．14％为瘤牛类型。研究结果表明四川黄牛主要有2类母系来源。     

基于线粒体DNA D-loop区序列分析我国小型鹅种的系统进化

为了探究我国小型鹅种的系统进化,运用DNA测序技术测定了我国13个小型鹅种群体mtDNA D-loop区521 bp序列。结果显示这13个小型鹅种D-loop区的A、G、C、T含量分别为32.2%,15.0%,29.0%,23.8%。平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.2153和0.00046。13个家鹅种间变异大于种内变异,且均未出现群体扩张现象。群体聚类和系统进化树表明,伊犁鹅来源于灰雁（Anser anser）,其余12个鹅种来源于鸿雁（Ansercygnoides）     

中国荷斯坦牛mtDNA D-Loop全序列分析

本文分析了3头中国荷斯坦牛线粒体DNA D－Loop区910bp核革酸序列的变异情况，结果发现，3头中国荷斯坦牛mtDNA D-Loop区的平均核苷酸变异率为0.59%，其核苷酸变异类型包括转换、颠换和插入3种形式，其中，以转换最为常见。     

新疆野生盘羊mtDNA D-loop序列的多态性

根据GenBank中3条羊亚科动物线粒体DNA全序列设计并合成1对引物,成功扩增了新疆天山亚种野生盘羊线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全长序列片段,并进行序列分析。结果显示,1号和2号盘羊mtDNA D-loop序列全长分别为1 070,1 169 bp;在检测的2个个体上共发现73个突变位点,其中有7个插入,50个转换,11个颠换,5个缺失,表明碱基的替换有明显偏倚;1号和2号新疆天山亚种野生盘羊mtDNA D-loop区核苷酸突变位点分别为35个和38个,核苷酸变异率分别为3.27%和3.25%。这一结果表明,新疆天山亚种野生盘羊群体线粒体D-loop区存在着丰富的多态性,同时进一步说明了我国新疆野生盘羊遗传资源比较丰富。