小麦穗部组织 EST-SSR标记引物开发及其在小麦遗传多样性分析中的应用

为了筛选光温敏雄性不育系（PTGMS）小麦穗部的EST-SSR 分子标记,探讨其EST-SSR标记用于小麦品种遗传差异研究的可行性,用SSRSCAN软件对PTGMS小麦穗部的3 264条EST序列进行SSR 位点查找,结果得到108条含有SSR标记的序列。设计64对引物并进行PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳。结果显示,64对引物中有41对能在42个小麦品种中扩出PCR条带,有多态性条带的为36对,具有较高的扩增效率。聚类分析结果显示,42个小麦品种的遗传相似系数在0.64~0.87之间,3个PTGMS小麦品种具有较高的遗传相似系数。     

AFLP-SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP(Amplification fragment length polymorphism)片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部GrainGenes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列.利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR(Sequence Characterized Amplified Region)引物.115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性(Single nucleotide polymorphism).     

2011年黄河流域棉花区试对照种的SSR指纹图谱

 利用22对核心引物对2011年黄河流域棉花品种区域试验的对照种中植棉2号、鲁棉研28和瑞杂816进行SSR标记纯度检测,3个对照种纯度均较好。参考SSR标记纯度结果进行田间比对,每个品种抽取2个有代表性的植株用24对核心引物构建指纹图谱,并比较品种间的差异,每个品种均有特异的指纹图谱。     

芝麻EST-SSR引物的开发与应用

为丰富芝麻EST-SSR引物,本研究从实验室构建的高油芝麻品系中芝14号的不同种子发育期cDNA文库中获得45 569条表达序列标签（expressed sequence tags,EST）,通过前处理得到总长17.428Mb的无冗余EST共32 421条。利用MISA和SSR finder软件包工具对EST序列进行SSR位点查找,在这些序列中发现有1 688条Unigene,共有1 949个SSR。共226个序列含2个或2个以上SSR位点。这些SSR中出现频率最高的重复基序类型为三核苷酸(74%)。为开发芝麻EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于芝麻品种遗传差异研究的可行性,用12份不同含油量品系材料评价其中34对与油脂代谢相关的基因SSR引物,全部成功扩增,共有3对引物获得多态性条带。结果表明,芝麻EST-SSR 标记开发效率较高,是芝麻SSR标记开发的重要措施,对于芝麻品种的鉴定与遗传多样性分析具有很高的应用价值。       

小麦AFLP_SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP（Amplification fragment length polymorphism）片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部Grain-Genes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列。利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR（Sequence Characterized Amplified Region）引物。115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性（Single nucleotide polymorphism）。     

中国部分优质小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析

为明确中国优质小麦品种(系)间的遗传关系,利用21对SSR引物对75份优质小麦品种(系)进行了遗传多样性分析.结果表明,21对引物共检测到135个等位位点,每对引物等位位点数在2～13之间,平均为6.4个.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.49～0.90,平均为0.76.品种间遗传相似系数(GS)变幅为0.46～0.96,平均为0.66.SSR标记能将75份优质小麦品种(系)分成五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

利用SSR标记构建杂交棉EK288的指纹图谱

 摘要：采用陆地棉遗传标准系TM-1为对照品种,用15对核心引物对杂交棉EK288及其亲本进行多态性检测,共有l1对引物在2个亲本间具有多态性,其中,有7对引物在两亲本间扩增出大小不同的带,且这些标记位点在F1中均表现为杂合带,为共显性标记;另外4对引物的F1带型与母本或父本一致,为显性标记。构建杂交棉EK288的SSR指纹图谱,为该品种的纯度鉴定提供了一种准确和快捷的方法。     

湖南省主要茶树品种分子指纹图谱的构建

建立茶树品种分子指纹图谱对茶树资源鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。采用17个SSR标记对湖南省主要茶树品种尝试构建了分子指纹图谱,提出了构建茶树分子身份证的方法模式。17对SSR引物共检测出41个等位位点,每个引物检测到的等位位点变化范围为2~3个,平均2.4个。根据茶树SSR标记带型特点,将扩增得到的1、0数据进行了基因型转换,分别用1、2、3、4……N来代表不同的基因型,构建了一套湖南省主要茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了一个17位数的指纹图谱号码,进而可将参试品种完全区分开。同时,对参试品种进行了特异性指数分析,品种特异指数介于65.4~113.7之间,平均80.1,表明品种间的特异性差异较大。     

小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确目前中国小麦育种亲本材料间的遗传关系,为育种工作提供有益信息,利用74对SSR引物对103份小麦主要亲本材料进行了遗传多样性分析,共检测出298个等位位点,每对引物等位位点数在2～14之间,平均为4.03个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.020～0.899,平均为0.429.品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.369～0.948,平均值为0.636.74对SSR标记能将103份小麦品种(系)分为五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

利用SSR标记技术检测玉米杂交种纯度

对玉米子粒DNA提取、SSR扩增片段检测方法等进行了研究,并以4个利用常规种子贮藏蛋白质电泳技术难以鉴定纯度的玉米杂交种及相应自交系和9对玉米SSR位点引物为材料,分别筛选出适合这些不同杂交种纯度鉴定的SSR位点引物,建立了一套利用SSR标记进行玉米杂交种纯度鉴定的技术规程.该程序包括从粉碎干种子提取DNA和利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离SSR扩增片段,对仪器设备要求较低、简单、快速,易于推广。     

玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建

研究了39个玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建方法。结果显示:①用改良CTAB法得到的玉米DNA的A260/A280为1.82,A260/A230为2.02,其条带清晰,降解少,质量明显优于SDS法;②从所用的国内外63对核心引物中筛选出PIC值高、条带清晰、稳定性好的20对玉米SSR核心引物;③用8%聚丙烯酰胺电泳在20对引物扩增产物中检测出了171个位点,PIC值为0.855 4,远远高于3%琼脂糖电泳,更适合DUS测试;④建立了DUS标准品种SSR分子指纹图谱,为DNA检测方法在玉米新品种DUS测试中的运用奠定了基础。     

醇溶蛋白法和SSR标记法检测小麦种子纯度的比较

为了比较SSR标记法和醇溶蛋白法检测小麦种子纯度的准确度,以参加冬小麦区域试验的8个品系为试材,利用SSR标记法和醇溶蛋白法分别检测8个品系中的杂株,以田间表型鉴定结果为对照.结果表明,在800个单株(每个品系取100个单株)中,醇溶蛋白法和SSR标记法分别检出44和55个杂株,田间表型鉴定出49个杂株.这49个杂株中,有41株同时被SSR标记法和醇溶蛋白法鉴定出来,另有8株仅被SSR标记法鉴定出来.证明SSR标记法检测小麦种子纯度较醇溶蛋白法更加准确.     

11个芒果品种SSR指纹图谱的构建与品种鉴别

以11个有一定代表性的芒果品种为试材,从16对SSR引物中筛选14对多态性引物构建11个品种的指纹图谱.结果共检测出61个片段,其中多态性片段56个,每对引物可以检测到2～10个数目不等的片段,平均为4.4个,片段大小介于100～540 bp之间.11个芒果品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱,单一多态性引物能将11个芒果品种区分为2～5个类型.平均为3.3个类型.14对多态性引物中不同的4对核心引物指纹图谱可以将11个品种区分开.     

燕麦光周期不敏感基因的分子标记

为了寻找燕麦光周期不敏感基因的分子标记,本研究采用SSR及AFLP标记对来自加拿大和中国的22份燕麦材料进行了DNA指纹分析及光周期不敏感基因的分子标记研究。结果表明,所选6对燕麦SSR引物中有3对扩增出多态性高的条带,通过带型分析可以将所研究的多数燕麦品种区分开,所选的10对大麦SSR引物和4对小麦SSR引物在22个燕麦品种中多态性不高,不能将不同燕麦品种区分开来。同时利用AFLP标记对其中5个不同熟期的燕麦材料进行了分析,64对AFLP引物组合经选扩共获得18 240个条带,平均57条/引物组合。统计分析AFLP图谱,获得品种特异条带20条,可将各燕麦品种区分开。此外获得光周期不敏感燕麦品种特异条带2条,可作为燕麦光周期不敏感基因的相关分子标记。     

利用SSR荧光标记构建37个中国橡胶树栽培品种指纹图谱

以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。     

青海省几个主要春性甘蓝型油菜杂交种的SSR分析

为了探明青海省主要甘蓝型油菜品种的遗传变异,建立准确高效的种子纯度鉴定方法,本研究选取5个青海省甘蓝型油菜主栽品种,利用140对简单重复序列(Simple sequence repeat,简称SSR)引物对其进行分子标记分析,从中筛选出26对能清晰扩增出多态性主带的引物,进一步对包括这5个品种及其中4个杂交品种的7个亲本系进行扩增后,经6%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离和带型分析,成功构建出5个青海省甘蓝型油菜主栽品种及其中4个杂交种亲本系的指纹图谱,并鉴定出了这4个杂交种的共显性标记。这些标记不仅可用于亲本材料和杂交品种真伪的鉴别,还可为杂交种纯度的鉴定提供可靠方法,对亲本知识产权的保护及杂交种推广具有重要的意义。     

利用MFLP方法分析我国小麦地方品种及黄淮麦区主栽品种的遗传多样性

为明确小麦地方品种和生产主栽品种间的亲缘关系以及MFLP分子标记技术在小麦品种遗传多样性研究中的有效性,利用MFLP标记技术对24个地方品种和12个来自河北、山东和河南的生产主栽品种基因组DNA进行遗传多样性分析,并利用NTSYS pc 2.10软件对试验数据进行非加权组法（UPGMA）聚类研究。结果表明,5对MFLP引物共扩增出279 条具有特异性的多态性谱带。主栽品种间遗传相似系数为0.6989～0.8746,其遗传距离比较近;而地方品种间及地方品种与生产品种间遗传多样性差异较大。利用34个MFLP指纹图谱标记位点编制了分子检索表,能成功区分36个小麦品种。研究结果还表明,MFLP分子标记技术可有效地应用于小麦品种间的亲缘关系和遗传多样性研究中。     

黄淮冬麦区南部主要推广小麦品种的馒头加工品质研究

为了解中国黄淮冬麦区南部地区推广小麦品种的籽粒品质和馒头加工品质,并评选优质馒头小麦品种,对黄淮冬麦区南部42个小麦主栽品种的26个品质指标和馒头加工品质进行了测定.结果表明,42个小麦品种的籽粒和馒头品质性状,除淀粉含量、面粉亮度和白度及馒头比容特性外,其他性状的遗传变异范围较大;馒头总评分平均75.8分,达到80分以上的品种有10个,占24%;适合制作优质馒头的品种有豫农035、郑育麦029、周99133、周麦16、花培5号、周麦19、偃展4110、漯4518、豫麦34、丰舞981.馒头总评分与面粉白度和亮度呈极显著正相关,与面粉灰分、直链淀粉含量和膨胀势呈显著负相关,与其他品质指标相关性较小,没达到显著水平.     

黑麦通用特异性DNA探针的筛选

为了筛选出鉴定小麦背景下黑麦成分的通用特异性引物,选用胜利黑麦、八倍体小黑麦新麦73、六倍体小黑麦哈师209、普通小麦s165、中国春为试验材料,利用国内外发表的黑麦特异性DNA探针引物进行PCR扩增并进行了电泳检测.结果表明,在选用的6对引物(NOR-R1、AF1/AF4、PASW、pSC19.1、pSC20H、pSC10C)中只有4对引物即pSC20H、pSC119.1、AF1/AF4、NOR-1 R在黑麦和小黑麦DNA中扩增出了特异性条带,扩增片段大小依次为1 490、750、1 500、300 bp左右,说明这4对引物是黑麦通用特异性DNA探针引物,可以用于在小麦背景下进行黑麦外源种质的鉴定.     

两系杂交稻亲本SSR指纹图谱的建立及其在种子纯度鉴定中的应用

利用筛选到的20对SSR引物建立了两系杂交稻32个亲本(24个光温敏不育系和8个恢复系)的DNA指纹图谱,针对所涉及的9个杂交稻组合,获得能在父、母本间表现出多态性的特异SSR标记48个.以杂交稻组合两优932为例,在实验室用一个特异SSR标记(RM302)对200粒种子样本进行了纯度鉴定,结果鉴定纯度为90.50%,与田间种植鉴定结果90.60%(海南鉴定)和91.57%(武汉鉴定)基本一致,表明SSR标记技术适用于构建DNA指纹图谱和种子纯度鉴定.