广西片形吸虫中间宿主-小土窝螺线粒体rrnL基因遗传多态性研究

为研究广西小土窝螺不同地理株线粒体大亚基(large subunit ribosomal rRNA,rrnL)基因的遗传多态性,对广西大片吸虫6个流行地区96个小土窝螺样品的rrnL基因进行PCR扩增,通过单链构象多态性(single strand conformation poly-morphism,SSCP)技术筛选出具有代表性的样品进行克隆、测序,并用DNAStar 5.0及MEGA 4.0软件加以比对分析。结果显示,6个地区小土窝螺rrnL基因PCR扩增长度约500 bp,在长度为273 bp的序列中检测到15个变异位点,占核苷酸总数的5.49%。百色、南宁和桂林3个地区相同地理株间存在较大的遗传差异。种系发育分析表明,线粒体rrnL基因在一定程度上不是研究小土窝螺种群遗传变异的良好分子标记。本研究为阐明片形吸虫中间宿主—小土窝螺的种群遗传关系提供了基础数据。     

基于线粒体细胞色素b基因的细颈囊尾蚴种群遗传多样性研究

为探讨我国细颈囊尾蚴种群之间的遗传相似性及与其他带科带属绦虫的亲缘关系,用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列研究了分离自我国四川和云南2省7地区猪、山羊和绵羊共33个细颈囊尾蚴的遗传变异,并用MEGA 4.0程序NJ法和PAUP 4.0程序MP法绘制种系发育树.本研究结果显示:细颈囊尾蚴分离株的Cyt b基因全长为1 068 bp,共检测到22个单倍型,单倍型间核苷酸相似性较高(97.3％～99.9％),其与带科带属其他5种绦虫的相似性均在82％以下.系统发育树显示,7个不同地域的细颈囊尾蚴聚为一支,分为3个亚群,且与地理区域、宿主没有直接的相关性,呈现混杂的分布格局,未形成明显的地理分支或宿主分支.研究结果表明:细颈囊尾蚴Cytb基因存在一定的遗传差异,但种内相对保守,与其他带科绦虫种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,并为细颈囊尾蚴的种群遗传学研究及其与其他带科绦虫病的鉴别诊断的建立奠定基础.     

广西片形吸虫中间宿主—小土窝螺线粒体rrnL基因遗传多态性研究

为研究广西小土窝螺不同地理株线粒体大亚基（large subunit ribosomal rRNA,rrnL）基因的遗传多态性,对广西大片吸虫6个流行地区96个小土窝螺样品的rrnL基因进行PCR扩增,通过单链构象多态性（single strand conformation polymorphism,SSCP）技术筛选出具有代表性的样品进行克隆、测序,并用DNAStar 5.0及MEGA 4.0软件加以比对分析。结果显示,6个地区小土窝螺rrnL基因PCR扩增长度约500 bp,在长度为273 bp的序列中检测到15个变异位点,占核苷酸总数的5.49%。百色、南宁和桂林3个地区相同地理株间存在较大的遗传差异。种系发育分析表明,线粒体rrnL基因在一定程度上不是研究小土窝螺种群遗传变异的良好分子标记。本研究为阐明片形吸虫中间宿主—小土窝螺的种群遗传关系提供了基础数据。     

基于线粒体12S基因分析四川地区鸡异刺线虫的种群遗传多态性

为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体Cytb和nad4基因的序列测定与种系发育分析

利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,2个猪囊尾蚴分离株的Cytb基因全序列长度均为1 068bp,nad4基因部分序列长度均为815bp,核苷酸序列同源性均为99.8%。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株形成一个分支,2个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,Cytb和nad4基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定基础。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体cox1和nad1基因的序列测定与种系发育分析

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,猪囊尾蚴的cox1基因全序列长度为1 620bp,nad1基因部分序列长度为796bp。cox1和nad1基因序列均存在一定的遗传变异,且cox1基因序列的变异高于nad1序列。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株构成一个分支,3个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,cox1和nad1基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定了基础。     

我国三省区细粒棘球绦虫基因的变异分析

对从青海省、甘肃省和新疆维吾尔族自治区采集的24株细粒棘球蚴，用线粒体DNA的CO1基因和ND1基因结合rDNA的ITS2测序，调查了不同地区分离株基因型的变异情况。结果显示，所有分离株均为普通羊株(G1基因型)；CO1基因序列的变异率为0～0．8％，ND1基因的变异率为0．1％～0．7％；青海分离株ITS2序列的变异率为0．4％～3．1％；2株青海省西宁市和1株甘肃省武威市分离株分剐在C01基因和ND1基因序列不同位点发生的1处核苷酸非同义替换，导致1个编码的氨基酸替代。研究表明，我国上述3省、区部分区域存在的细粒棘球蚴属于同一株(G1基因型)。     

新疆3个地区银盾革蜱种群的遗传多样性分析

为了解银盾革蜱遗传多样性和种群分化情况,本研究在新疆伊犁、阿勒泰和巴州地区采集硬蜱562份,对其进行形态学鉴定后,PCR扩增其中的50份银盾革蜱的COI基因序列后对其进行遗传多样性分析。结果显示,在50条597 bp的COI基因序列中,共检出84个变异位点。所有样品共检测到12种单倍型,群体单倍型和核酸多样性指数分别是0.757和0.05554。COI基因系统发育树分析结果显示,新疆3个地区银盾革蜱各地理种群间可划分为2个不同的谱系,且不同地理群体间存在着基因交流。中性检验显示,研究区域内的群体在近期未经历种群扩张;巴州地区内两个种群出现遗传分化现象。表明,3个地区银盾革蜱整体遗传多样性水平高,且种群内部出现了遗传分化现象。本研究结果为银盾革蜱不同地理种群间的系统发育及进化关系的研究提供遗传学信息。     

中甸牦牛mtDNA ND6和COⅢ基因遗传多样性及系统进化分析

为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。     

多头带绦虫甘肃分离株线粒体NADH脱氢酶亚基Ⅰ基因片段差异分析

应用线粒体DNA中的NADH脱氢酶亚基Ⅰ(ND1)基因作为分子标记,对我国甘肃省景泰和平凉地区10个绵羊源脑多头蚴进行分析,构建系统进化树,分析其种内变异.结果表明,所有多头带绦虫(T.multiceps)分离株均成功扩增出约0.5kb的ND1基因片段.序列分析显示,去除引物序列后多头带绦虫的ND1基因片段长为488bp,可以分为9类,共有22个核苷酸变异位点,变异率为0.20%～2.66%.基于ND1序列的系统进化树表明所有T.multiceps分离株构成1个分支,可分为3个亚群,国内分离株分别处在不同的亚群中.国内分离株中除了与已知的遗传变异型Tm1(AY669089/Tm-JT081204/Tm-JT090331)和Tm3(DQ077820/Tm-JT080526)相同外,还存 在新的遗传变异型(Tm-JT081008/Tm-JT090603/Tm-JT090115-2),独立为一支,与其他分离株亲缘关系较远;表明ND1基因片段适合作为研究T.multiceps分离株种内变异的分子标记.