采用SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR方法对猪瘟强毒与疫苗弱毒的鉴别研究

为建立一种能够区分猪瘟病毒(CSFV)强毒与弱毒疫苗C株的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR结合熔解曲线分析方法,本研究对GenBank中登录的25株CSFV强毒株和兔化弱毒疫苗C株全基因组序列进行比较分析,设计一对共用下游引物以及分别针对CSFV强毒株与弱毒疫苗的特异性上游引物,其Tm值分别为84.5±0.5℃和88.5±0.5℃,熔解曲线分析显示为单特异峰.检测结果显示本实验建立的鉴别CSFV强毒感染与弱毒疫苗的荧光定量RT-PCR结合熔解曲线分析方法特异性强,对其他相关病毒无特异性扩增;敏感性高,最低检出量为5×RID50的细胞疫苗基因组拷贝;重复性好;并且扩增效率高、线性范围广、检测时间短,可对免疫猪群中CSFV强毒感染做出快速准确的鉴别检测,为有效防制猪瘟提供依据.     

猪流行性腹泻病毒野毒株及弱毒疫苗株RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株及弱毒疫苗株快速鉴别检测方法,根据Gen Bank中公布的PEDV野毒株及弱毒疫苗株的ORF3基因序列,在缺失区的两端设计合成1对特异性扩增引物,用以特异性的扩增PEDV ORF3基因片段,根据目的片段大小判断PEDV的毒株类型;通过退火温度等反应条件优化,建立了区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR鉴别检测方法。结果显示:所建立的RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株;PEDV野毒株扩增出234 bp目的片段,PEDV弱毒疫苗株扩增出185 bp目的片段;与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、A群猪轮状病毒(PRo VA)、猪嵴病毒(PKV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)及猪细小病毒(PPV)均无交叉反应;敏感性试验显示,该方法能检测到病毒滴度为1.3×10~3TCID_(50)/mL。利用该方法对采集自广西部分地区93份临床腹泻样品进行检测,临床腹泻样品中PEDV野毒株阳性率为61.29%(57/93),弱毒株阳性率为5.38%(5/93)。结果表明:该RT-PCR鉴别检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便,能快速、准确地区分PEDV自然感染野毒株和弱毒疫苗毒株,为猪流行性腹泻的快速诊断及病原分子鉴别检测研究提供了可供借鉴的技术手段。     

猪流行性腹泻病毒野毒株/疫苗株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

开放阅读框3(Open reading frame 3,ORF3)是猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因组中的惟一辅助基因。前期研究表明,PEDV疫苗株的ORF3在245²93位缺失49个核苷酸。在ORF3缺失区域两端设计合成引物建立反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)可以对PEDV野毒株和疫苗株进行鉴别诊断,野毒株扩增产物为319 bp,疫苗株扩增产物为270 bp。用该鉴别诊断方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖和呼吸综合征病毒的cDNA进行扩增均无特异性条带,说明该方法特异性强。现地病料的检测结果表明,该鉴别诊断方法能够区分PEDV野毒和疫苗株,而且可以排除其他病毒的影响,有助于减少免疫猪被淘汰的可能,降低经济损失。     

PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别诊断方法的建立及临床应用

根据猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗株和野毒株在ORF3基因上的差异,我们设计了一对引物用于建立PEDV疫苗株和野毒株的RT-PCR鉴别诊断方法,其中疫苗株PCR扩增产物长度为213 bp,野毒株为262 bp。特异性试验结果表明,该引物对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒的扩增均为阴性。2014年3月至2015年4月期间利用该方法对河南省51家猪场的581份腹泻样本进行检测,结果发现,PEDV总阳性率为54.9%(391/581),其中野毒株阳性率84.9%(332/391),疫苗株阳性率为15.1%(59/391),说明当前腹泻样本中的PEDV检出率依然较高,且在这些PEDV阳性病料中以野毒感染为主。     

新型反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别猪瘟强毒和弱毒疫苗方法的建立

对GenBank中登录的25株猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株基因组全序列进行比较分析,在其高度保守区设计1对通用引物,扩增片段为609bp,并在该对引物扩增区域内设计针对疫苗弱毒的特异引物,扩增片段为237bp,建立一种能够区分猪瘟病毒强毒和疫苗弱毒的敏感、特异、重复性好的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别诊断方法。该方法能将我国大陆地区流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒与疫苗弱毒完全区分开来,且不与牛病毒性腹泻病毒及其他猪源病毒发生非特异反应。应用本试验建立的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)方法可以及早对猪瘟作出准确诊断,并可将强毒感染猪迅速从弱毒疫苗免疫猪群中筛选出来,减少了未感染免疫猪被误杀的可能性。     

鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株双重RT-PCR检测方法的建立

为建立鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株的检测方法,本研究根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)M、ORF3基因序列,设计合成了2对特异性引物,通过PCR扩增条件的优化,建立了鉴别PEDV野毒株和疫苗株的双重RT-PCR检测方法。特异性试验显示,该检测方法对猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、Salmonella及E.coli等结果均为阴性;敏感性试验显示,所建立的双重PCR检测方法对M基因和ORF3基因的最低有效检测量分别为44.5拷贝/μL和481拷贝/μL。本研究建立的双重RT-PCR检测方法可实现对PEDV野毒和疫苗毒的快速检测,适合于现地猪流行性腹泻的鉴别诊断。     

高致病性PRRSV GD疫苗株与野毒株双重荧光定量RT-PCR鉴别方法的建立

为建立一种能够快速鉴别检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) GDr180疫苗株与GD野毒株的双重荧光定量RT-PCR方法,本研究在PPRSV的Nsp2基因和Orf7基因区域分别设计不同荧光标记的MGB探针及特异性引物.这两种MGB探针能够分别特异结合GD野毒株和GDr180疫苗株.通过对PRRSV培养液、感染猪血清和组织样品检测证明了该方法的可行性;采用双重实时荧光定量RT-PCR方法检测PRRSV GDr180疫苗株和GD强毒株时敏感性分别达到19.4拷贝/μL和34.2拷贝/μL;该方法与PRRSV其他8个病毒株和猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型和猪细小病毒不发生交叉反应,表明该方法具有良好的特异性;因此可以用于PRRSV GDr180疫苗株与野毒株的鉴别检测.     

基于Taqman-MGB探针的猪瘟病毒野毒株荧光RT-PCR检测方法的研究

应用MGB荧光RT-PCR技术对猪瘟病毒野毒株进行实时定量检测,以实现对猪瘟病毒野毒株与疫苗株的鉴别诊断。以猪瘟病毒5’端非编码区为扩增靶区,通过鉴别诊断位点的筛选、引物、探针和反应条件的优化,建立了猪瘟病毒野毒株荧光RT-PCR检测方法。试验结果表明,该方法的检测灵敏度为10拷贝/反应或3.0 TCID50/反应;对猪瘟病毒野毒株的检测结果均为阳性,而对猪瘟病毒疫苗株和其他猪源病毒的检测结果均为阴性,表明该方法具有较好的特异性;对515份临床样品的检测结果表明,该方法与RT-nPCR测序法的检测符合率为98.3%;猪瘟病毒人工感染猪实验结果表明,猪瘟野毒感染猪发病前2-4天即可被检测出阳性,疫苗免疫株检测结果始终为阴性。     

猪瘟病毒野毒株与疫苗株双重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪瘟病毒(CSFV)兔化弱毒疫苗(C株)与野毒株的快速鉴别检测方法,本研究根据GenBank登录的CSFV C株与野毒株的E2基因序列差异,设计2对特异性引物,建立了同时检测C株与野毒株的双重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。应用该方法对CSFV野毒和疫苗株的最低检出量为10拷贝;检测牛病毒性腹泻病毒Ⅰ型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型4种病毒均呈阴性;批内、批间重复试验的变异系数均低于3%。应用该方法检测从黑龙江省各地区猪场采集的600份样品,结果表明野毒株的阳性率为30.5%。该方法可应用于CSFV野毒株和C株的鉴别检测。     

猪伪狂犬病野毒感染的临床诊断、血清学调查以及控制措施

目的为某规模化猪场猪伪狂犬病病毒野毒株感染防控工作提供科学的免疫防控方案。方法对某发病猪群（采用Bartha-K61经典毒株疫苗进行了猪伪狂犬病免疫）进行流行病学调查,并采用ELISA方法检测其猪伪狂犬病gB抗体和gE抗体水平。结果根据调查、解剖和血清抗体检测结果,初步确诊该发病猪群为猪伪狂犬病野毒感染。通过采取紧急免疫伪狂犬病HB2000毒株疫苗、调整免疫程序和配合药物治疗等措施,育肥猪死亡率从2.56%降低至0.60%;除了4周龄及12周龄猪群外,其余猪群伪狂犬病野毒抗体水平全部下降;种公猪、8周龄、10周龄、14周龄猪群伪狂犬病野毒抗体阳性率均为0。结论Bartha-K61经典毒株疫苗并不能提供完全的保护力,通过紧急免疫与流行毒株同源性较高的HB2000毒株疫苗,加强生物安全管理工作,能够有效控制猪伪狂犬病野毒感染。     

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法的建立

本研究旨在建立猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法。根据Shimen株设计1对特异性引物,建立猪瘟病毒RT-PCR-RFLP检测方法;对20份疑似猪瘟临床样品进行检测,并对检出的山东8株流行野毒株和2株疫苗株PCR产物进行克隆与序列分析,验证上述方法。结果RT-PCR扩增片段为825bp,产物经RFLP分析,野毒株的PCR产物能被ApaⅠ酶切为322bp和503bp 2个片段,兔化弱毒疫苗株则不能被酶切,检测出RNA的最低浓度为0.028 6μg.mL-1;8株流行野毒株都含GGGCCC序列(ApaⅠ酶切位点),2株疫苗株相应序列为GAGCCC,不能被ApaⅠ酶切;8株流行野毒株属于基因2群,2株疫苗株与HCLV遗传关系近,为基因1群。建立了可鉴别猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP检测方法,为猪瘟的防控提供有效手段。     

猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎弱毒二联疫苗研究

用猪流行性腹泻（PED）弱毒疫苗株PEDV－G1P83和猪传染性胃肠炎（GE）弱毒疫苗株TGEV－AG1制成PED和TGE弱毒二联疫苗,并进行了保存期试验、安全效力、免疫期试验和区域试验。结果表明,试验疫苗在－20℃保存4个月,经4月保存的疫苗免疫效力未见下降。4℃保存48h对疫苗病毒的毒价没有明显影响。用该毒二联疫苗按程序免疫妊娠母猪,对妊娠母猪安全,其仔猪获得了良好的被动免疫。其对PEDV强毒、TGEV强毒和该二种强毒混合功击的免疫效力分别达90．48％、93．75％和87．5％。用二联弱毒疫苗免疫8－10日龄的哺乳仔猪证明安全,28日龄时（25日龄断奶）分别用PEDV、TGEV和两种强毒混合攻毒免疫效力分别为100％、90．9％和100％。8－10日龄免疫仔猪生长到4月龄时用TGEV和PEDV强毒攻击,免疫效力分别为100％和73．3％。结果表明,该弱毒二联疫苗能够安全地对妊娠母猪和哺乳仔猪进行免疫,免疫后能有效地保护初生仔猪、断奶猪和肥育猪抵抗TGEV和PEDV强毒的攻击。该弱毒二联疫苗在区域试验中能显著降低猪病毒性腹泻的发病率和死亡率。取得良好的效果。     

广西猪流行性腹泻病毒感染病例的确诊与病毒S基因变异分析

旨在对广西玉林市某规模化猪场免疫猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)AJ1102疫苗株和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)二联弱毒活疫苗后,猪群发生的腹泻进行确诊。通过对发病猪群临床观察、腹泻死亡仔猪病理解剖、实验室RT-PCR检测和基因测序,最终诊断为PEDV变异株感染。对PEDV变异毒株的S基因进行了扩增测序与分析发现,该毒株与国内外参考毒株S基因核苷酸同源性为92.8%～99.5%,氨基酸同源性为91.8%～99.2%;遗传进化分析表明,该PEDV毒株属于G2-a型变异毒株;氨基酸序列比较结果显示,该PEDV变异株氨基酸在多个位点发生了变异,S蛋白在第807位与第827位疏水性氨基酸处出现了较大的变化,在抗原位点第800～813位氨基酸处发生了较为明显的变化。本研究通过该例猪流行性腹泻病毒变异株感染的临床诊断和S基因变异分析,为PEDV病原学研究以及科学防控该病提供参考依据。     

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株复合实时荧光定量RT-PCR鉴别方法的建立

根据GenBank中的猪瘟病毒强毒和弱毒株基因组序列设计了1对针对猪瘟病毒的通用引物和2条分别针对猪瘟病毒强毒和猪瘟兔化弱毒疫苗株的特异性TaqMan水解探针，建立了一种能区分猪瘟病毒强毒和兔化弱毒疫苗株的复合实时荧光定量RT—PCR检测方法。结果显示，该方法能将我国大陆流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒株与猪瘟兔化弱毒疫苗株完全区分开来，而不与其他猪源病毒发生非特异反应，分别可检测到初始模板中41．8和81．5个拷贝的病毒RNA，与已建立的复合RT-套式PCR的敏感性相近，两种方法对152份样品检测的符合率达96．9％～100％。通过对8份猪瘟兔化细胞疫苗效价的检测，证实本方法与兔体反应热测定法有一定的相关性，可用于猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗的定量和鉴别检测。     

鸡毒支原体(MG)疫苗株和野毒株的PCR鉴定

针对由于鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum, MG)不同毒株(针对TS-11、6/85、F株疫苗株和S6、R株野毒株)的特定序列,设计出特异性检测引物,对临床免疫MG疫苗株TS-11的鸡群以及父母代(A～H场)鸡群和祖代(I场)鸡群采集毛蛋气囊拭子,A场父母代种鸡群和I场祖代鸡群同时采集咽喉拭子进行MG的PCR鉴别诊断,对临床送检免疫6/85的客户鸡群(J场)采集病料,F株疫苗株进行MG的鉴别诊断,同时采集SPF鸡群咽喉拭子作为阴性对照群,验证该鉴别引物的特异性。结果显示:鉴别引物具有非常好的特异性,SPF鸡群MG的检测均为阴性,不存在假阳性的弊端;临床免疫MG疫苗株6/85的鸡群(J场)存在MG野毒株S6的感染,在免疫后1个月左右采集病料中仍能检出MG 6/85疫苗株。对免疫TS-11的父母代种鸡群(A～H场)和祖代种鸡群(I场)死亡的毛蛋气囊拭子,用PCR检测MG阳性率,结果显示:祖代鸡群(I场)后代死亡的毛蛋气囊评估结果为优,毛蛋气囊拭子MG的PCR鉴别引物检测均为阴性;而父母代鸡群后代死亡的毛蛋气囊从50周龄开始出现浑浊,MG的PCR鉴别引物可同时检出TS-11疫苗毒和野毒株,部分鸡群同时存在R株和S6株两种野毒感染;采集A场父母代种鸡群的咽喉拭子和后代啄壳死亡毛蛋气囊拭子,PCR检测结果显示种鸡群和后代可同时检出野毒株S6和疫苗株TS-11。这表明种鸡群MG的感染,可通过垂直传播感染其后代。本研究设计的MG鉴别引物,可将不同MG疫苗株(TS-11、F株、6/85)与野毒株(S6株、R株)区分,为临床MG的鉴别诊断和种鸡群的MG感染状态评估提供积极的指导意义。     

CSFV强弱毒株双重RT-PCR方法的建立与应用

为了建立一种能在临床上快速鉴别猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)野毒和弱毒疫苗毒的检测方法,试验在对多株CSFV基因组序列比对分析后,选择特异保守区域设计2对引物构建CSFV强弱毒株双重RT-PCR方法,优化其退火温度,并检测该方法的特异性、敏感性及临床应用效果。结果表明:试验建立的双重RT-PCR方法能从CSFV弱毒疫苗毒和临床野毒株基因组中扩增出大小分别为447 bp和343 bp的特异性基因片段;最佳退火温度为55℃;应用该方法分别对繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)弱毒疫苗毒、猪口蹄疫病毒(FMDV)灭活疫苗毒、猪乙型脑炎病毒(JEV)弱毒疫苗毒总RNA和猪伪狂犬病毒(PRV)灭活疫苗毒、猪细小病毒(PPV)灭活疫苗毒、猪圆环病毒(PCV)灭活疫苗毒的总DNA进行检测,均未见特异性条带,特异性好;对CSFV疫苗弱毒的最低RNA检出量为6.28 ng,敏感性高;对临床混合感染病料进行检测,能同时或单独检测到CSFV强毒和CSFV弱毒疫苗毒核酸。说明试验建立的双重RT-PCR方法特异性好,敏感性高,可用于CSFV强弱毒株的检测。     

猪流行性腹泻病毒疫苗株与野毒株PCR-HRM鉴别检测方法的建立

基于新型的PCR产物分析技术-高分辨率熔解曲线(HRM),大量分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)全基因序列的特点,建立鉴别PEDV CV777疫苗株与野毒株的PCR-HRM分析方法。在ORF1保守区域设计区分引物,同时用普通的RT-PCR方法进行对比。检测19份临床样品中,PCR-HRM方法检测均为阳性且鉴定为野毒株,普通RTPCR之后凝胶电泳分析检测18份阳性,为野毒株。结果表明,PCR-HRM方法具有特异性好,灵敏度高,PCR扩增之后产物无需开盖分析,极大地避免了污染问题,是一种新型的鉴别检测方法。     

鸡传染性法氏囊病超强毒Gx与疫苗毒Gt在鸡体内的复制研究

本试验利用鸡传染性法氏囊病超强毒Gx及其致弱疫苗毒Gt为对象,研究超强毒与弱毒株在鸡体主要免疫器官内的复制情况,以探讨两类毒株表现不同生物特性的原因。分别利用鸡胚半数致死量和鸡胚成纤维细胞半数感染量对超强毒Gx和疫苗株Gt进行病毒滴度的测定;再利用荧光定量RT-PCR对两类毒株进行病毒量的校准。以相同量的病毒对2周龄SPF鸡进行攻毒。攻毒试验表明超强毒Gx能造成47.5%的死亡,法氏囊、脾脏、胸腺等免疫器官均严重损伤;而疫苗毒Gt无致死,且未能造成任何病理可见的损伤。病毒的体内复制情况表明超强毒相对于疫苗毒复制更为迅速,病毒载量更高。     

一种检测猪伪狂犬病野毒方法的建立

猪伪狂犬病是危害养猪业的重要病毒性传染病,如何鉴别疫苗接种动物和野毒感染动物是控制和净化该病的前提。本试验根据不同猪伪狂犬疫苗株gE基因缺失的特点,建立了一种猪伪狂犬病野毒病原核酸的PCR检测方法。该方法可以检出猪伪狂犬病野毒,而不能检出猪伪狂犬病疫苗株,实现了疫苗毒和野毒的鉴别检验,同时不能检测出猪常见病毒性传染病病原。最低检测限度为10~3个病毒核酸拷贝。在组织样品检测中不受宿主组织核酸干扰,能区分野毒感染动物组织和疫苗免疫动物组织,是一种值得推广的伪狂犬病毒野毒检测方法。     

伪狂犬病病毒野毒和疫苗毒双重RPA鉴别检测方法的建立和应用

为建立伪狂犬病病毒(PRV)野毒和疫苗毒的快速鉴别检测方法,本研究基于PRV gB和gE基因保守区域设计引物,建立了一种双重重组酶聚合酶扩增方法(RPA)。本研究所建立的双重RPA方法在38℃水浴锅中恒温反应20min,能够在同一个反应体系中实现对PRV野毒和疫苗毒的特异性鉴别检测,而与其它常见的猪病毒没有交叉反应。所建立的双重RPA方法对PRV gB和gE基因的检测限均为102拷贝,并且与荧光定量PCR方法检测限一致。通过对4株不同PRV株和37份临床样品的检测,结果表明双重RPA方法能够实现对不同PRV株的检测,对临床样品中PRV gB和gE基因的检出率均为45.9%(17/37),与荧光定量PCR方法检测的符合率为100%。本研究所建立的双重RPA方法反应快速、操作简便、结果可靠,可有效应用于对PRV野毒和疫苗毒的快速鉴别检测。