原、异位保存普通野生稻种质资源的遗传多样性比较研究

 为了明确我国异位保存的普通野生稻是否能够代表原居群遗传多样性的完整性，利用SSR（简单序列重复）方法对江西省东乡县庵家山和水桃树2个普通野生稻居群的原、异位群体进行了遗传多样性比较研究。结果表明，庵家山居群原、异位保存群体的遗传多样性指数分别为0.5000和0.3555,异位保存群体的遗传多样性只有原位保存群体的71.1%，并且异位保存材料在聚类图中聚集在一起，仅为原位保护材料聚类图中的一个分支；虽然水桃树居群原、异位群体的遗传多样性指数分别为0.4100和0.4577,相差较小，并且原、异位保存材料在聚类图中混合聚类，似乎异位保存群体能够代表原居群的遗传多样性，但异位保存的14份材料在聚类图中有6份相邻的材料聚集在一起，说明异位保存取样时没有考虑野生稻植株的空间分布，属于重复取样，重复取样的比率高达42.9%。将2个分布点原、异位材料合并进行遗传多样性研究，结果与庵家山分布点的研究结果基本一致。据此推测我国保存的普通野生稻资源所包含的遗传变异相对较少，重复频率较高。建议进行普通野生稻遗传资源的再收集，并对已保存的野生稻种质资源进行全面鉴定，剔出重复样品。     

广西普通野生稻的遗传多样性及分布特征

 【目的】对广西境内普通野生稻居群遗传多样性进行研究,明确广西普通野生稻遗传多样性分布与地理特征的关系。【方法】利用36对分布于水稻12条染色体上的微卫星引物对来自广西14个区域（县级行政区域）的27个居群690份普通野生稻材料进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=9.86,有效等位基因数Ae=5.05,总遗传多样度Ht=0.74,基因分化系数Gst=0.49,说明广西普通野生稻遗传多样性丰富,且居群内与居群间的多样性对总遗传多样性的贡献相当。通过不同区域遗传多样性检测和聚类分析,在遗传一致度为0.5处可把广西普通野生稻分为3个类群。【结论】结合广西的地形及野生稻居群的分布情况,3个类群的形成与山脉的阻隔、水系的分布以及地质结构等影响基因传播途径的特征关系密切。     

应用微卫星标记分析东乡野生稻遗传多样性初探

 利用SSLP标记对东乡野生稻进行多样性分析。结果表明 ,在 14对SSLP标记引物中 ,12对引物扩增的产物呈现多态 ,多态性探针百分率为 85 .71% ,共扩增出 70条多态性带 ,平均每对引物扩增出多态性带 5 .83条 ,表明东乡野生稻具有较丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明 ,东乡野生稻 9个居群内及居群间存在一些差异较大的材料 ,同时也存在一些相同或遗传距离很小的材料 ;居群内平均遗传距离为 0 .2 3～ 0 .4 7,居群间平均遗传距离为0 .4 0～ 0 .5 5 ,居群间的遗传距离略大于居群内的遗传距离 ,为此 ,必须对东乡野生稻现有居群进行严格的保护。     

紫背天葵遗传多样性的ISSR分析（英文）

【目的】对野生紫背天葵资源的遗传多样性研究可为其育种、利用和保护提供参考依据。【方法】应用ISSR分子标记技术对广东肇庆鼎湖山、广西桂林大野神境、青狮潭3个紫背天葵野生居群的遗传多样性进行分析。采用POPGEN32进行数据分析,UPGMA绘制聚类图。【结果】12条ISSR引物共检测到112个清晰的扩增位点,多态性位点102个,多态位点百分率为91.07%;Nei's基因多样性指数(He)为0.3383,Shannon多样性指数(I)为0.5011,基因分化系数(Gst)为0.1507。居群间的遗传相似系数为0.8949~0.9162,平均为0.9026。聚类分析可知,各居群个体的聚类与其地理位置一致。【结论】紫背天葵具有较高的遗传多样性,但居群间的遗传分化水平较低,建议可将各种群后代种子或幼苗相互交叉移栽,以提高群体间的基因交流,增加遗传多样性水平。     

基于水稻线粒体atp6基因的稻属CMS基因起源及DNA条形码的研究

【目的】探讨亚洲栽培稻CMS基因起源及水稻线粒体atp6特异性引物作为稻属DNA条形码标记的应用。【方法】用水稻atp6特异性引物通过PCR检测产于中国的4种水稻,共720个个体,并对111个个体测序。【结果】普通野生稻和亚洲栽培稻中均检测到atp6保守序列。药用野生稻中没检测到扩增产物。疣粒野生稻中检测到的5个单倍型间共计17个变异位点。澜沧、普洱、勐海居群共同拥有H1,单倍型H2、H3、H4和H5分别为新平、墨江、保亭和崖城居群特有。云南组和海南组,组内平均遗传距离为0,组间为0.02;组间遗传分化系数Fst为92.08%;变异位点数(S)、单倍型数(h)、核苷酸多样性(Pi)均显示:云南组(4、3、0.002 01)遗传多样性大于海南组(1、2、0.001 31);云南组单倍型多样性Hd为0.6,海南组为1。5个单倍型与水稻atp6保守序列的相似度最高为45.19%。最大似然法ML进化树显示:澜沧、普洱及勐海一带可能是疣粒野生稻的起源地,海南疣粒野生稻可能源自大陆。【结论】水稻atp6特异性引物可作为疣粒野生稻种内条形码标记,该标记也可区分普通野生稻、药用野生稻和疣粒野生稻。从线粒体DNA角度证实亚洲栽培稻CMS基因源自普通野生稻。     

西双版纳地区糯玉米品种四路糯、小黄糯的遗传多样性分析

【目的】研究西双版纳地区四路糯、小黄糯的遗传多样性和遗传结构。【方法】利用SSR标记，对来自西双版纳地区不同来源的四路糯、小黄糯3个地方糯玉米品种7个亚居群及1个地方爆裂玉米和1个薏苡居群进行遗传多样性分析，并以黄早四和Mo17为对照，进行聚类分析。【结果】（1）用21对玉米核心SSR引物，在7个糯玉米亚居群中总共扩增出201个等位基因，平均多态信息量PIC值为0.82，标记索引系数MI值7.92，Shannon多样性指数I为0.4094。(2) 品种内的遗传分化系数在0.0968～0.2216之间，品种间的遗传分化系数为0.3409。 (3) 遗传相似度和聚类分析的结果表明：7个糯玉米亚居群被划分为3组；与地方爆裂玉米及2个自交系的亲缘关系较远。【结论】四路糯和小黄糯均具有丰富的遗传多样性；不同品种间具有较大的遗传分化；品种内居群间也存在一定程度的遗传分化。     

亚洲6国普通野生稻群体遗传多样性分析

【目的】对6个亚洲国家的普通野生稻群体进行评价,以明确其遗传多样性特征。【方法】利用覆盖水稻12条染色体且多态性显著的25对微卫星分子标记,对来自中国南方4个省区(广西、广东、海南及云南)及与中国相邻的5个亚洲国家(尼泊尔、老挝、缅甸、柬埔寨及越南)11个居群的280份普通野生稻进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=17.32,有效等位基因数Ae=8.71,期望杂合度He=0.87,香农指数I=2.34,基因流Nm=0.72,固定指数F=0.43。供试自然居群中以来自中国海南文昌(WC)的普通野生稻遗传多样性最高(He=0.84),来自越南(VT)的次之(He=0.83),中国广东茂名(GZ)的普通野生稻遗传多样性最低(He=0.43)。通过综合比较发现,6个国家的野生稻资源遗传多样性以越南为最高(He=0.83),中国及老挝(He=0.81)次之,缅甸最低(He=0.32)。通过聚类分析发现,来自东南亚4国的野生稻居群之间、中国广西及广东的野生稻居群之间分别表现出较高的遗传相似性;而中国海南文昌的野生稻居群与东南亚4国的野生稻亲缘关系更近。供试野生稻有11个潜在的遗传分支,并且群体之间存在基因交流。【结论】供试普通野生稻整体遗传多样性丰富,纬度较低且临近东海岸的越南(VT)和中国海南文昌(WC)群体表现出较高的多样性;群体之间的遗传距离与地理位置以及气候条件密切相关。加强收集亚洲各国的野生稻资源,充分分析其遗传多样性将对我国水稻育种工作的推进起到重要作用。     

陕西7个毛樱桃自然居群遗传多样性的SSR评价

【目的】研究陕西野生毛樱桃自然居群的遗传多样性,为科学保存和利用陕西野生毛樱桃资源提供理论依据。【方法】以陕西野生毛樱桃的7个自然居群140份样本为材料,用SSR分子标记技术研究其遗传多样性和遗传结构。【结果】用10对SSR引物从7个毛樱桃自然居群中共检测出92个等位基因,各引物扩增的条带在6~14个。居群多态位点比率(PPL)为100%,Shannon’s信息指数(I)平均值为1.280,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.655,可观察杂合度(Ho)平均值为0.584,期望杂合度(He)平均值为0.672,表明陕西7个毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平。居群的基因分化系数Fst=0.181,表明陕西野生毛樱桃的遗传变异主要存在于居群(81.9%)内,遗传分化居群内高于居群间,基于Fst测得基因流Nm为1.128。利用UPGMA对7个毛樱桃自然野生居群进行聚类,可以分为3类:麟游(LY)、绣房(XF)、华阴(HY)、哭泉(KQ)归为第1类,小峪(XY)为第2类,鹦鸽(YG)和青化(QH)归为第3类。【结论】李属植物SSR引物在毛樱桃上能够有效的转移利用,陕西毛樱桃自然居群具有较高的遗传多样性水平,其中华阴居群遗传多样性水平最高,遗传分化居群内高于居群间,7个居群可聚为3大类。     

东乡野生稻等位酶位点遗传多样性的初步研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术 ,对东乡野生稻 9个天然小群体进行了 15个等位酶位点的遗传多样性分析。结果表明 ,东乡野生稻具有较高的遗传变异水平 ,9个小群体的多态位点百分率 (P)为 2 8.2 % ,等位基因平均数 (A)为 1.30 6 ,预期杂合度 (He)为 0 .2 34;小群体间的分化程度不高 ,基因分化系数 (Gst)为 0 .0 12 ,等位酶测定的总变异中 ,1.2 %来自小群体间 ,其余的变异 (98.8% )来自小群体内。这些结果可以为东乡野生稻的保护提供依据     

基于EST-SSR标记的珠子参野生种质资源遗传多样性分析

【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。     

广西邕宁普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)种群遗传多样性及核心种质构建研究

[目的]研究广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性和核心种质构建,为普通野生稻种群保护提供依据。[方法]从水稻12条染色体上均匀选取24对SSR标记对243份样本进行遗传多样性分析。[结果]结果表明,24对引物均表现出多态性,多态位点比率为100%;24个多态位点共检测出103个等位变异,平均等位基因数A为4.291 7,平均有效等位基因数E是2.511 2,平均期望杂合度He为0.573 2,平均多态信息含量PIC为0.572 0。根据聚类结果分析,从243份材料中筛选出31份核心种质,包含了24个SSR位点检测到的所有的遗传变异,其平均期望杂合度He是0.595 8,平均多态信息含量PIC是0.586 3,基本上可以代表广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性。[结论]广西邕宁普通野生稻资源具有丰富的遗传多样性,建议对该地区普通野生稻种群的遗传多样性进行重点保护和利用     

Genetic Diversity of Dongxiang Wild Rice (Oryza rufipogon Griff. ) Detected by SSLP Markers

The genetic diversity of Dongxiang wild rice populations was evaluated by using 14 SSR primerpairs. Twelve of the primer pairs amplified polymorphic bands. A total of 70 polymorphic DNA bands weregenerated with average 5. 83 polymorphic bands per primer pair, indicating that the genetic diversity ofDongxiang wild rice was high. Cluster analysis showed that there were highly variant individuals within andamong populations, while others were highly similar to each other. The within-population genetic distanceswere 0.23 - 0.47, being smaller than 0.40 - 0.55 of among-population. Strict management must be taken forthe preservation of Dongxiang wild rice.     

东乡野生稻苗期耐冷性的QTL定位

【目的】研究东乡野生稻苗期耐冷性的QTL和连锁标记,为水稻耐冷种质资源的利用及分子标记辅助选择育种提供理论和实践依据。【方法】以东乡野生稻作为非轮回亲本,南京11号为轮回亲本,构建144株BC2F1分离群体。通过SSR标记以根电导率作为耐冷性指标,以复合区间定位法对东乡野生稻苗期耐冷性进行QTL定位。【结果】检测到2个QTL qRC10-1和qRC10-2均位于第10染色体,对表型的贡献率分别为34.13%和37.02%,是两个主效的QTL。在与2个QTL的连锁标记RM171周围发展分子标记进一步定位,检测到3个QTL位于标记RM171附近。【结论】东乡野生稻第10染色体上的2个QTLqRC10-1,qRC10-2与苗期耐冷性有关,并位于SSR标记RM304-RM1108区间,可用于水稻耐冷性分子标记辅助选择育种。     

利用SSR标记定位东乡野生稻苗期耐冷性基因

应用由 2 13个株系组成的协青早B/东乡野生稻的BC1F1群体 ,分析了东乡野生稻的耐冷基因与DNA标记的连锁关系。以苗期的死苗率为指标 ,对亲本和BC1F1群体各株系进行耐冷鉴定。结果表明 :死苗率在BC1F1群体中呈连续分布 ,表明耐冷性是由多基因控制的数量性状。应用单因素方差分析法 ,分别在第 4、第8染色体上发现有与耐冷性连锁的SSR标记RM 2 80、RM 337。     

中国普通野生稻和亚洲栽培稻核基因组的遗传分化

通过对来自中国5个省（自治区）39份普通野生稻（Oryza rufipogon Griff.）和33份亚洲栽培稻（O.sativaL.）的核DNA的RFLP分析，探讨了中国普野籼粳分化及其与栽培稻之间的遗传分化关系。结果表明，在核DNA分化上，中国普野可分为原始普野型、偏籼型和偏粳型。中国普野因地理分布不同，其遗传分化表现出多态性；江西东乡和湖南茶陵以及部分云南江普野既不与籼稻聚在一起，又不与粳稻聚在一起，而独聚一类，其形态上亦比较原始，属于原始祖先型；广东、广西普野则表现为偏籼或偏粳。本研究认为籼粳演化多途径的。     

用SSR标记比较亚洲栽培稻与普通野生稻的遗传多样性

 用 30对SSR引物比较了 5 2份不同生态型的栽培稻和 34份不同省 (区 )的普通野生稻 (简称CWR)的遗传多样性 ,发现在 2 84条多态性带中 ,有栽培稻特异带 15条 (5 .2 % ) ,普通野生稻特异带 117条 (41.2 % ) ,栽培稻与普通野生稻的差异主要来自野生稻。栽培稻和普通野生稻的平均基因多样性分别为 0 .6 7和 0 .9,每一位点在栽培稻中的等位基因平均为 5 .3,而在野生稻中平均为 9.6 ,栽培稻中的等位基因数仅为野生稻的 6 2 % ;野生稻材料间的平均遗传距离为 0 .80 11,远大于栽培稻品种之间的 0 .6 6 0 3,说明野生稻的遗传多样性大于栽培稻。此外 ,籼稻品种与粳稻品种之间的平均遗传距离也明显大于籼、粳亚种内品种间的遗传距离 ,表明籼粳分化是亚洲栽培稻遗传分化的主流。聚类分析结果表明 ,SSR标记既能较好地将栽培稻与野生稻分开 ,又能较好地进行籼粳稻的分类。