基于SRAP的辣木种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

为探讨辣木（Moringa spp.）种质资源间的遗传关系,采用相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism, SRAP）分子标记方法对18份辣木种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从170对引物中筛选出13对多态性较高的引物组合,共扩增出104条清晰稳定的条带,平均多态性条带百分率达62.50%。遗传多样性参数分别为等位基因数（Na）为1.6250,有效等位基因数（Ne）为1.4777,基因多样性指数（H）为0.2632,香农信息指数（I）为0.3797,说明18份辣木种质资源间有较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,18份辣木种质资在遗传相似系数0.732水平上,可分了3个群,来自非洲卢旺达的狭瓣辣木[M. stenopetala (Baker f.) Cufod.]具有较远的亲缘关系,单独聚类为一个类群Ⅲ;其余样品则分别聚类为类群Ⅰ和类群Ⅱ,类群Ⅰ共11份材料,主要为来源于印度的多油辣木（M. oleifera Lam.）及其改良种‘PKM1’和‘PKM2’,类群Ⅱ共6份材料,主要为来源于我国云南和海南的多油辣木及其改良种‘PKM1’和’PKM2’。SRAP标记反映了辣木种质资源间的遗传关系,本研究结果为辣木杂交育种的亲本选择提供了科学基础。     

中美重要甘蔗种质SSR遗传多样性比较

美国种质是中国甘蔗育种中重要的亲本材料,在中国甘蔗育种中具有重要的地位。本试验应用18对SSR引物对来自美国的12份种质和中国选育的36份种质进行分析,比较中、美甘蔗种质间的遗传多样性差异。48份材料在18对引物上共检测到257条多态性条带,平均每对引物上的多态性条带数为16.8,试验材料间的Jaccard遗传相似性系数介于0.3 913～0.7 246之间,平均为0.5 383。以Jaccard遗传相似性系数进行UPGMA聚类,在阀值约0.5时,48份材料可划分为3类,第一类包括34份中国材料和4份美国材料;第二类包括8份美国材料;第三类为具有热带种越南牛蔗血缘的两份中国材料。分析结果表明,美国种质和中国种质间具明显的遗传差异,继续加强美国种质的引进和应用有助于拓宽中国甘蔗品种的遗传基础;越南牛蔗的后代和其他材料之间具有明显的遗传差异,育种时应加强热带种的创新利用。     

138份河西地区春小麦种质资源的遗传多样性分析

为了解河西地区小麦种质资源的多样性,选取138份河西地区春小麦种质,分析其A-PAGE醇溶蛋白谱带.供试材料的醇溶蛋白经A-PAGE电泳分析后,共检测到39条谱带,其中33条为多态性条带,多态性条带占84.6％.种质间的Dice相似性系数(GS)为0.222～0.979,波动较大.说明河西地区春小麦种质资源的遗传关系复杂;138份春小麦种质在GS=0.63的水平上可以分为9个UPGAM聚类群,9个聚类群的Shannon多样性指数相对比较均匀,说明在同一类群内种质的多样性比较稳定,第9类群的Shannon多样性指数最小(0.6162),第8类群的变异最大(0.6588).本研究结果表明,河西地区小麦种质资源遗传多样性丰富,有利于河西地区春小麦育种工作.     

糯米香种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术,对12份糯米香种质资源进行遗传多样性研究。从95条随机引物中筛选出41条条带清晰、重复性及多态性好的引物,对12份糯米香种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出305条带,其中扩增条带的多态位点有120个,在物种水平上,多态性位点百分率为39.34%,表明供试糯米香种质资源遗传多样性较低。遗传相似性在0.734 4～0.963 9之间,12份种质表现出较高的遗传相似性。通过UPGMA构建树状图,当相似系数为0.821时,12份种质资源可以聚为Ⅰ和Ⅱ两个类群,在地理分布图上,来源地相同或较近的种质表现出较为亲密的亲缘关系。     

菠萝蜜种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记技术，对46份菠萝蜜种质资源进行遗传多样性研究。结果表明：20对SRAP引物组合共扩增出257条带，其中多态性条带194条，多态位点比率为75.5％，平均每对引物扩增条带数和多态性条带数分别为12.9条和9.7条。Shannon 遗传多样性指数I为0.365 7，Nei’s基因多样性指数H为0.241 4，表明供试样品遗传多样性不丰富。46份菠萝蜜种质间的遗传相似系数在0.674 8～0.975 5之间，平均为0.775 8，说明种质资源的亲缘关系较近。通过UPGMA构建树状图，当相似系数为0.771 0时，菠萝蜜种质资源可分为6个类群，我国的种质资源和东南亚来源的种质相对分开聚类，来源地相同或较近的种质表现出了较为亲密的亲缘关系。     

78份杧果种质资源AFLP分析

利用AFLP标记技术对78份杧果种质进行遗传多样性分析,结果显示,9对AFLP引物共产生908个等位位点,平均每对引物产生100.89个等位位点,多态性带为794条,共产生42个特异性位点,能区分21份种质,单态带25条,缺失带17条,特异性条带比例为4.63％,多态性比例为87.44％。不同种质间的相似系数范围是0.603~0.913,平均相似系数为0.735。聚类分析结果显示,以遗传相似性系数0.726为阈值,供试的78份种质可分成5个类群。主成分分析结果将供试的78份种质可分成4个类群,通过空间距离更能直观地表现种质间关系远近。     

基于SRAP分子标记的特早熟荔枝种质资源遗传多样性分析

以22份特早熟、6份早熟及2份中熟荔枝种质资源为材料,利用SRAP分子标记进行遗传多样性分析,探索特早熟荔枝种质资源的亲缘关系。结果表明：对182对SRAP引物组合进行筛选,获得16对多态性高、条带清晰的SRAP引物组合,共计产生扩增条带182条,其中多态性条带140条,占76.9%。材料间遗传相似系数为0.47~0.99,根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.73处可将30份荔枝样本分成4类,其中第Ⅰ类20份,占66.7%,包括绝大多数特早熟荔枝资源;第Ⅱ类4份,占13.3%,包括‘妃子笑’与部分杂交早熟资源;第Ⅲ类和第Ⅳ类各3份,分别占10%。以上研究结果为特早熟荔枝种质资源发掘、评价及新品种培育提供理论参考。     

基于ISSR标记的咖啡资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对87份咖啡资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,19条ISSR引物扩增出140条带,其中多态性带107条,多态性位点为76.4%。运用UPGMA方法构建了聚类图,在遗传相似系数0.625水平下,87份资源被分为3大类。第Ⅰ类群包括了3份大粒种（Coffea liberica Bull ex Hiern）;第Ⅱ类群为中粒种咖啡（C. canephora Pierre）;第Ⅲ类群包括了全部小粒种资源（C. arabica Linne）,共83份。咖啡种质的遗传关系种间容易划分,在种的分类水平上存在遗传关系多样性,而小粒种咖啡种内遗传多样性较窄。该研究结果将为咖啡种质鉴定、分类及分子育种提供重要科学依据。表明用ISSR分子标记进行咖啡资源遗传多样性的分析是可行的。     

利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记 在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在 79.31%~100%,平均为 93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I） 和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于 SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类 分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在79.31%~100%,平均93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

三角梅种质资源的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对68份三角梅种质进行分析,从100个引物中筛选出14个多态性丰富、重复性好的引物,对68份三角梅种质资源的DNA多态性检测共获得了195条谱带,其中多态性条带182条,多态性比率为93.3%。聚类分析结果表明,三角梅品种间的遗传相似系数在0.50～0.97之间,平均相似系数为0.67,这说明供试的68份材料间的遗传多样性不是特别丰富、亲缘关系较近。在0.64水平处将三角梅种质资源分为A类群和B类群,A类群可分为2亚类,B类群还可分为6亚类。本研究从分子水平上揭示了三角梅不同种质资源之间的亲缘关系,进一步明确了种质资源间的遗传距离,为三角梅优良品质性状的选择、杂交育种亲本选配和良种繁育,提供了DNA分子水平上的理论依据。     

结缕草属植物种质资源遗传变异研究

利用SRAP标记技术研究45份结缕草属植物的遗传变异情况。从100对引物中筛选出13对扩增带型清晰、多态性较好的引物对其进行扩增,共扩增出113条条带,平均每对引物扩增出8.69条条带,多态性条带数为96条,多态性条带所占比例为84.16%,遗传相似性范围为0.54~0.96,平均为0.75。基于UPMAG(unweighted pair-group method with arithmetic means)法,在遗传相似性系数为0.74时,可将45份结缕草属种质分为4个类群,生态地理条件相似的种质优先聚在一起。本研究结果说明结缕草属植物种质间遗传变异比较广泛,为结缕草属植物种质资源的开发利用及新品种选育奠定了良好基础。     

乌龙茶种质资源种群遗传多样性AFLP评价

以银染法AFLP分子标记技术用5对引物组合对来自福建武夷山市、安溪县、台湾省和广东潮安县45份乌龙茶品种资源进行遗传多样性分析。结果表明,5对引物扩增出208条多态性条带,多态性为92.03%;最大遗传距离为0.481,最小遗传距离为0.124,种质资源间遗传多样性估值较高,达0.311。按照地理分布分组分析表明,种群内遗传多样性以武夷山最高,其次为安溪乌龙茶种质资源,以台湾的乌龙茶种质资源遗传多样性最小;种群间遗传相似性,以武夷山与安溪种群间最高,达0.9505,以台湾和潮安县类型间的相似性最低,相似性系数为0.77。构建的种间和种群间进化树表明,可将45份乌龙茶品种划分为二大类型,福建类型和广东潮安类型。结合种群间相似系数,提出乌龙茶种质资源与其加工工艺的演化路径是一致的,也是由武夷山向安溪再向台湾传播。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明：从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx 6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（N_a）为2.000,平均有效等位基因数（N_e）为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数（H_e）为0.153,平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc 2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667~0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。     

基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析

采用SRAP（sequence related amplified polymorphism）技术对154份国兰（杂交兰）种质资源的亲缘关系进行分析。从168对SRAP引物中筛选出16对条带多、带型清晰、多态性强的引物组合对所有样品进行扩增,共获得874条带,其中多态性条带857条,多态性比率为98.1%,平均每对引物每个样品产生5.74条带。UPGMA聚类分析表明:Me6-Em3引物能较好地揭示154份国兰种质间的遗传多样性与亲缘关系,在遗传相似系数0.818处将它们分为8个类群,遗传相似系数变化范围为0.772~1.000。此外,发现引物Me8-Em4、Me11-Em2和Me12-Em11可以较可靠地联合鉴定建兰。该研究结果可为国兰种质资源利用及杂种后代鉴定提供参考。     

文心兰种质遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记分析文心兰部分种质资源的遗传多样性，采用30对引物组合对33份文心兰种质进行扩增，从中筛选出19个多态性较高的引物组合，共产生277条多态性条带，平均每个引物组合产生14.6个多态性条带，相似系数在0.280～0.927。通过聚类分析发现，在值为0.37时，可将33份文心兰种质划分为4大类群。第Ⅰ类厚叶大花品种，第Ⅱ类为厚叶小花品种，第Ⅲ、第Ⅳ类均为类薄叶品种。 结果表明，文心兰种质的聚类与其遗传背景有很大的关系。     

SCoT分子标记技术在木薯遗传多样性分析中的应用

应用SCoT标记对不同来源的28份木薯种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明：从36条引物中筛选出19条重复性好、条带清晰的引物对28份木薯材料进行PCR扩增。共扩增出171条带,其中多态性条带123条,平均每条引物扩增多态性条带6.5条,多态性条带比率为71.9％。经NTSYS-pc2.10e软件计算分析,28份木薯种质间遗传相似系数在0.631~0.930之间。利用UPGMA法进行聚类的结果显示：在系数0.68处,木薯材料分为2大类,品种BRA354单独成为一类;在系数为0.734处,28份木薯种质资源主要聚为5大类,聚类结果与材料来源有一定相关性。SCoT标记能在木薯种质间检测出一定程度的遗传多样性,可为木薯遗传育种提供新的技术支持。     

利用RAPD标记分析咖啡种质资源的遗传多样性

通过引物筛选获得18条RAPD多态性引物,利用该引物对72份咖啡种质资源进行RAPD扩增,共扩增出149条条带,其中多态性条带126条,多态性位点为84.6%。运用UPGMA方法构建了聚类图,在相似系数0.632的水平下可将72份资源聚为3个大类,其中A类群包含了所有的中粒种资源(Coffea canephora Pierre)及一份由云南德宏所选育的中小粒种杂交种(阿拉伯斯塔),共34份咖啡种质资源;B类群包括了6份查理种(Coffea excelsa Chevalier)和大粒种(Coffea liberica Bull ex Hiern);C类群由小粒种(Coffea arabica.Linne)咖啡组成。结果说明咖啡种质的遗传关系种间容易划分,在种的分类水平上存在遗传关系多样性,部分资源的分类学地位与地理来源无相关性。     

89份香蕉种质资源SRAP分子标记亲缘关系分析

香蕉分类是一个难题,利用形态学特征进行分类已无法满足需要。分子标记技术逐渐被应用到香蕉品种（系）的种群鉴定与分类、亲缘关系分析和遗传多样性研究等方面。本研究采用SRAP分子标记技术对89份香蕉种质资源的亲缘关系进行分析。利用10对正反引物两两组合成100对引物组合,从中筛选出扩增条带易于识别、带型清晰、多态性高的13对SRAP引物,共扩增出170条可辨认条带,平均每对引物扩增13.08条,其中表现出多态性的条带有140条,多态性比率为79.00%。89份香蕉种质资源的相似系数的变化范围在0.241～1.000之间,遗传多样性非常丰富,来源于同一个地方或者来源不同地方的同一类型的野生蕉的相似性系数较高。当相似性系数为0.49时可以将这89份香蕉资源分成六大类,包括香牙蕉、贡蕉和龙牙蕉为主的第一大类（AAA、AA、AAB基因型）,粉大蕉、粉蕉和BB类野蕉为主的第二大类（ABB、BB基因型）,大蕉、阿宽蕉类野蕉为主的第三大类,以及红花蕉、地涌金莲、蝎尾蕉分别所属的第四、五、六类群。其结果与现行的经典分类结论基本一致,只有部分香蕉种质分类地位有差异,说明用SRAP标记对香蕉种质资源进行分类是可...     

22份余甘子核心种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记检测资源圃中保存的代表南方湿润分布区(福建、广东、广西)的22份余甘子种质材料遗传多样性。结果表明:8对SRAP引物组合共产生167条扩增带,其中135条为多态性条带。多态性条带比率为68.8%~90.0%,平均为80.8%。分析计算余甘子种质间的遗传相似度(GS),22份材料GS的范围为0.641~0.964。UPGMA法聚类分析结果表明,22份种质可分为两大类,其中福建地区15份余甘子间的遗传相似系数为0.641~0.964,广东地区5份余甘子的遗传相似系数为0.707~0.952。此研究结果表明,余甘子基因型具有丰富的遗传多样性,SRAP技术可有效运用于余甘子资源的遗传多样性分析。